#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 05, 2024; 13:09 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Colgan D., Ponder W., & Costa P. 2006. Mitochondrial DNA variation in an endemic aquatic snail genus, Caldicochlea (Hydrobiidae; Caenogastropoda) in Dalhousie Springs, an Australian arid-zone spring complex. Molluscan Research, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1589] [ The following blocks are input data for analysis step 3103 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep3103; DIMENSIONS NTAX=27; TAXLABELS Austropyrgus_rectus Caldicochlea_globosa_A1_1 Caldicochlea_globosa_A1_2 Caldicochlea_globosa_A1_3 Caldicochlea_globosa_A1_4 Caldicochlea_globosa_A1_5 Caldicochlea_globosa_Ca1_1 Caldicochlea_globosa_Ca1_4 Caldicochlea_globosa_Ca1_6 Caldicochlea_globosa_Ca5B_5 Caldicochlea_globosa_Cd1_1 Caldicochlea_globosa_Cd1_4 Caldicochlea_globosa_Cd1_5 Caldicochlea_harrisi_Ca1_3 Caldicochlea_harrisi_Cd1_3 Caldicochlea_harrisi_Db4_1 Caldicochlea_harrisi_Db4_5 Caldicochlea_harrisi_E1_1 Caldicochlea_harrisi_E1_3 Caldicochlea_harrisi_E1_4 Caldicochlea_harrisi_E1_5 Caldicochlea_harrisi_H1_1 Caldicochlea_harrisi_H1_2 Caldicochlea_harrisi_H1_4 Fonscochlea_zeidleri Jardinella_isolata Trochidrobia_punicea ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1263] TITLE COI; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3103; DIMENSIONS NCHAR=540; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Austropyrgus_rectus TTTATTAATTCGAGCTGAACTTGGCCAGCCAGGTGCGTTATTGGGGGATGATCAGCTTTATAATGTAATTGTTACAGCTCATGCATTTGTTATAATTTTTTTCTTAGTGATGCCTATAATAATTGGAGGATTTGGAAATTGGCTAATTCCTTTAATGTTGGGGGCTCCAGATATGGCTTTCCCCCGATTAAATAATATAAGATTTTGATTGTTGCCCCCAGCTCTACTTTTACTTCTGTCTTCTGCAGCAGTTGAAAGTGGTGCTGGGACTGGGTGAACTGTATACCCTCCACTAGCAAGAAATATTGCTCATGCCGGGGGATCTGTAGATTTGGCTATTTTTTCTTTACATTTAGCGGGTGTTTCTTCTATTTTAGGTGCAGTAAATTTTATTACCACAGTAATTAATATACGTTGACGGGGAATACAATTTGAGCGTCTTCCTCTCTTTGTTTGATCTGTAAAAATCACAGCAATTCTTCTTTTACTTTCTTTGCCTGTTTTAGCTGGAGCAATTACAATGTTATTAACAGACCGGAA Caldicochlea_globosa_A1_1 CTTATTAATTCGAGCAGAACTTGGTCAACCGGGAACATTATTAGGAGACGATCAACTTTATAATGTTATTGTTACTGCACATGCTTTTGTTATAATTTTTTTCTTAGTAATACCTATAATAATTGGGGGATTTGGTAACTGATTGATTCCCCTTATATTAGGAGCTCCAGATATAGCTTTCCCTCGTTTAAATAATATAAGATTTTGGCTACTACCTCCTGCCTTATTATTATTATTGTCTTCAGCTGCAGTGGAAAGAGGGGTTGGGACAGGATGAACAGTGTACCCACCTCTAGCGGGTAATATTGCTCATGCTGGAGGGTCTGTAGATTTAGCTATTTTTTCTTTACACCTAGCTGGAGCTTCTTCTATTTTAGGTGCTGTAA?TTTTATT?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Fonscochlea_zeidleri TTTATTAATTCGAGCAGAACTTGGGCAACCAGGAGCATTATTAGGAGATGATCAACTTTATAATGTTATTGTTACCGCTCATGCTTTTGTTATAATTTTTTTTTTAGTTATACCTATAATAATTGGAGGATTTGGAAATTGATTAGTTCCTCTTATATTAGGGGCTCCAGATATAGCTTTTCCCCGTTTAAATAATATAAGATTTTGATTATTACCTCCTGCTTTACTACTATTATTATCTTCAGCTGCAGTAGAAAGGGGGGCTGGGACAGGATGAACAGTATATCCACCTTTAGCAGGTAATATTGCTCATGCTGGTGGATCTGTAGATTTAGCTATTTTTTCTTTACATTTAGCAGGGGCTTCTTCTATTTTAGGTGCTGTAAATTTTATTACAACGGTAATTAATATACGTTGACGTGGAATGCAGTTTGAACGTCTTCCTCTTTTTGTTTGATCTGTAAAAATTACTGCTATTTTATTATTGCTTTCATTACCTGTTTTGGCGGGGGCTATTACGATGTTATTAACTGATCGAAA Jardinella_isolata TTTATTAATTCGAGCAGAATTAGGACAGCCAGGAGCCTTATTAGGAGATGATCAACTTTATAACGTGATTGTTACTGCTCATGCTTTTGTCATAATTTTCTTTTTGGTAATACCTATGATAATTGGTGGATTTGGGAATTGATTAATTCCTTTAATATTAGGTGCTCCGGATATAGCTTTTCCACGTTTAAATAATATAAGATTTTGATTATTGCCCCCTGCTTTGTTGCTATTATTATCCTCAGCTGCAGTAGAAAGAGGTGCTGGGACTGGATGAACTGTATATCCTCCTCTGGCTGGAAATATTGCTCATGCAGGTGGTTCTGTTGATTTAGCTATTTTTTCTTTACACTTAGCTGGTGTATCTTCAATTTTAGGGGCAGTTAATTTTATTACGACAGTTATTAATATACGATGACGTGGAATGCAACTTGAGCGTCTGCCATTATTTGTTTGATCGGTAAAAATTACGGCTATTTTACTTTTACTTTCTTTACCTGTATTAGCTGGAGGTATTACAATATTGTTAACAGATCGAAA Trochidrobia_punicea ACTATTAATTCGAGCAGAACTAGGACAACCAGGGGCTCTTTTAGGAGATGATCAGCTTTATAACGTTATTGTTACTGCACATGCTTTTGTTATAATTTTTTTCTTAGTTATGCCTATAATAATTGGTGGATTTGGAAATTGATTGATTCCTTTAATATTAGGAGCTCCAGATATAGCTTTTCCTCGTTTAAATAATATAAGATTTTGATTATTACCTCCTGCTTTACTATTATTATTATCATCAGCTGCAGTTGAAAGAGGAGTAGGAACAGGATGAACAGTGTATCCACCTCTAGCTGGAAATATTGCACATGCTGGGGGATCTGTAGATTTAGCAATTTTTTCATTACATTTAGCTGGTGTTTCTTCTATTTTGGGTGCTGTAAATTTTATTACAACTGTAATTAATATACGTTGACGTGGAATACAATTTGAGCGGCTTCCTTTATTTGTATGATCGGTAAAAATTACTGCTATTTTATTATTACTTTCATTACCTGTATTAGCAGGTGCTATTACAATATTATTAACTGATCGAAA ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = COI) = N: 1-540; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = COI) = N: 1-540; END; [ The following blocks are output data for analysis step 3103 ] BEGIN TREES; TITLE Tb7876; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3103; TREE Fig._4 = [&R] ((((((((Caldicochlea_globosa_A1_5,Caldicochlea_globosa_A1_2,Caldicochlea_globosa_A1_3,Caldicochlea_globosa_A1_4),Caldicochlea_globosa_Ca1_1),Caldicochlea_globosa_Ca1_4,(Caldicochlea_globosa_Cd1_5,Caldicochlea_globosa_Cd1_4)),Caldicochlea_globosa_Cd1_1),Caldicochlea_globosa_Ca1_6),(Caldicochlea_globosa_Ca5B_5,((Caldicochlea_harrisi_H1_1,Caldicochlea_harrisi_H1_2,Caldicochlea_harrisi_H1_4),Caldicochlea_harrisi_E1_1,Caldicochlea_harrisi_E1_3,Caldicochlea_harrisi_E1_4,Caldicochlea_harrisi_E1_5))),Caldicochlea_harrisi_Ca1_3),(Fonscochlea_zeidleri,(Austropyrgus_rectus,Jardinella_isolata))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr2536] END;