#NEXUS [written Wed Jul 11 00:33:01 EDT 2012 by Mesquite version 2.75 (build 566) at Simba.local/10.0.1.39] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=45; TAXLABELS Nicotiana_plumbaginifolia Nicotiana_longifolia Nicotiana_forgetiana Nicotiana_bonariensis Nicotiana_langsdorffii Nicotiana_alata Nicotiana_forsteri Nicotiana_africana Nicotiana_cavicola Nicotiana_goodspeedii Nicotiana_megalosiphon Nicotiana_rotundifolia Nicotiana_velutina Nicotiana_maritima Nicotiana_occidentalis Nicotiana_glauca Nicotiana_noctiflora Nicotiana_petunioides Nicotiana_acaulis Nicotiana_sylvestris Nicotiana_linearis Nicotiana_pauciflora Nicotiana_corymbosa Nicotiana_acuminata Nicotiana_miersii Nicotiana_paniculata Nicotiana_knightiana Nicotiana_benavidesii Nicotiana_raimondii Nicotiana_cordifolia Nicotiana_solanifolia Nicotiana_glutinosa Nicotiana_undulata Nicotiana_thrysiflora Nicotiana_wigandioides Nicotiana_obtusifolia_var._palmeri Nicotiana_obtusifolia_var._obtusifolia Nicotiana_kawakamii 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Nicotiana_forsteri 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Nicotiana_africana 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Nicotiana_goodspeedii 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Nicotiana_megalosiphon 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Nicotiana_rotundifolia 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Nicotiana_velutina 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Nicotiana_maritima 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Nicotiana_glauca 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Nicotiana_noctiflora 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Nicotiana_sylvestris 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Nicotiana_corymbosa 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Nicotiana_acuminata 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Nicotiana_miersii 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Nicotiana_paniculata 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Nicotiana_knightiana 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Nicotiana_benavidesii 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Nicotiana_raimondii 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Nicotiana_glutinosa 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Nicotiana_undulata 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Nicotiana_thrysiflora 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Nicotiana_wigandioides 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Nicotiana_kawakamii 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Nicotiana_tomentosiformis 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Nicotiana_tomentosa 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Nicotiana_otophora 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Symonanthus_aromaticus TGGAAACTTACTAAGTGATCACTTTCAAATTCAGAGAAACCCTGGAATTAACAAAAATGGGCAATCCTGAGCCAAATCCTGTTTTCCGAAAACAAACAAAGGTTCAGAAAAA-AAGGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTATTCTAACAAATGGAGTTAAATGCGTTGGTAGAGGAATCTTTACATCGAAACTTCAGAAAGAGAAAGAATGAAGTGAAGGATAAACGTATATACATACGTATTGAATACTATA------TCAAATGATTAATGATGACCCGAATCCGTATTTTTTCTATAAAAAATAGAAGAATTGGTGTGAATCGATTCTACATTGAAGAAAGAATCGAATATTCATTGATCAAATCATTCACTCCATAGTCTGATAGATCTTTTGAAGAACTGATTAATCGGACGAGAATAAAGATAGAGTCCCATTCTACATGTCAATACCGGCAACAATGAAATTTATAGTAAGAGGAAAATCCGTCGACTTTAAAAATCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAAAAAGACTATTTCACTCCCCAACTATTTATCCGACCCCCTTTCCTTAGCGGTTCCAAATTCCTTATCTTTCTCATTCACTCTATTCTTTTAG----AAATGGATTTGAGCGTAAATGGCTTTCTCTTATTACAAGTCTTGTGATATATATGATACACATAGAAATGAACATCTTTGAGCAAGGAATCCCTAGTTGAATGATTCCCTATCA----------------ATATCATTACTCATACTGAAACTTACAAAGTCATCTTTTTGAAGATCGAAGAAATTCCCCGGCTTTGATAAAATTTTTT-AATCTACTTTTGTCCTTT-TAATTGACATAGACCCCAGTTCTCTAATAAAATGAGGATACTACATTGGGAATAGCCGGGATAGCTCAGTTGTCAAATGGAAGAAATCCAAAGATATTTACAGCCAGATAGATCACAACAACACAACTTCCTATATCCACTTATCTTTCAGGAGTATATTTATGCACTTGCTCATGATCATGGTTTAAACAGAAATAGGTCGATTTTGTTGGAAAATCCAGGTTATAACAATAAATTGAGTTTCCTAATTGTGAAACGTTTAATTACTCGAATGTATCAACAGAATCATTTTCTTATTTCTACTAATGATTCTAACAAGAATGCATTTTTGGGGTGCAATAAGAGTTTGTATTCTCAAATGATATCAGAGGGATTTGCATTTATTGTGGAAATTCCGTTTTCTCTACGATTAATATCTTCTTTATCTTCTTTCGAAGGCAAAAAGATTTTTAAATCTCATAATTTACGATCAATTCATTCAACATTTCCTTTTTTAGAGGACAATTTTTCACATCTAAATTATGTATTAGATATACTAATACCCTACCCCGTTCATCTGGAAATCTTGGTTCAAACTCTTCGCTATTGGGTAAAAGATGCCTCTTCTTTACATTTATTACGATTCTTTCTCCACGAATATTGGAATTTGAATAGTCTTATTACTTCAAAGAAGCCCGCTTACTCCTTTTCAAAAAAAAATCAAAGATTCTTCTTCTTCTTATATAATTCTTATGTATATGAATGCGAATCCACTTTCGTCTTTCTACGGAACCGATCTTCTCATTTACGATCAACATCTTTTGGAGCCCTTCTTGAACGAATATATTTCTATGGAAAAATAGAACGTCTTGTAGAAGTCTTTGCTAAGGATTTTCAGGTTACCCTATGGTTATTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGTTAGGTATCAAGGAAAATCAATTCTGGCTTCAAAAGGGACGTTTCTTTTGATGAATAAATGGAAATTTTACCTTGCCAATTTTTGGCAATGTCATTTTTCTCTGTGCTTTCACACAGGAAGGATCCATATAAACCAATTATCCAACCATTCCCGTGACTTTA------TGGGCTATCTTTCAAGTGTGCGACTAAATCCTTCAATGGTACGTAGTCAAATGTTAGAAAATTCATTTCTAATCAATAATGCAATTAAAATTAAGAAGTTCGATACCCTTGTTCCAATTATTCCTTTGATTGGATCATTAGCTAAAGCAAACTTTTGTACCGTATTAGGGCATCCCATTAGTAAACCGGTTTGGTCCGATTTATCAGATTCTGATATTATTGACCGATTTGGGCGTATATGCAGAAATCTTTTTCATTATTATAGCGGATCTTCCAAAAAAAAGACTTTATATCGAATAAAGTATATACTTCGACTTTCTTGTGCTAGAACTTTAGCTCGGAAACACAAAAGTACTGTACGCACTTTTTTGAAAAGATCGGGCTCGGAATTATTGGAAGAATTCTTAACGTCGGAAGAACAAGTTCTTTCTTTGACCTTCCCACGAGCTTCTTCTAGTTTGTGGGGAGTATATAGAAGTCGGATTTGGTATTTGGATATTTTTTGTATCAATGATCTGGCGAATTATCAATGATTCATTCTTAGATTTTCTAACTACATGAGATAGCACATAAGATAAAGGAAAGAATCTTTCTTTCTCTCTTTTCTTCTTTCTATATTATATAGATATGTACAACTTTTAT-------------------CATCAATTTCCTT---------------TATTTCTTTATCT---------------------------AAAGTAAAGGAAGGGCTCAGAAGAGCCAAGAATATCAAGAAAAATAAAGAAGACCTCCTTTCTTTGTCTTGATTTTGTTCGAAAGGACCCTCTTATTCTCATGGCCTGGTCTGGTCAGTACCCAGCCGGGCCTCTTTTGTTCCAACGAATTTGAATTTGAAAACCAAAATGCCTGTTATAGTTGTAATATTTCATTTTAATTGAATAGTTCATATTCAAGCAACAAGAAAAAATTCCCATTTTTTGT--AAAA-----------GTAAAATAAAATATATAAAATAGAAAATTCGATCAAAATAAAAGTCTCATTTCTCTTTCTGCTTTTTTATTTTATGTTTACCACCTTGCTGGCCTAAAAAAAA--GAAACTTTCGAGTATTCCACAATGCATTTTTATGTTATGATTTTAGTGGTTTTGACGAGCCGTATCTCTATCAAAACTCCTACAGCAAAAG-AAAA--------------------------GATAGAACTTAATTCTTTAATTTAGTTATTTAAAT---------GAACCCTCGTTTCCGAATCTCATCAAATTGGAATCCCCCC----AGG---AAA-AAGATCAACACTCTAATTTGGATGATTCTGTGACGACCCTATCTTATCCTATCTTGATTACCACAATTCCCCTGTTCGACAAAAGTTGCATTTGTAGGGGTCTTATCGAAGCGCTTTATTTCATTTGATTACTCATGCTTATTCCAAAGCATTATTATTTTTAGGATCCGGATCCATTATTCATTCAATGGAAACTATTGTTGGATATTCTCCAGCTAAAAGCCAGAATATGGGTCTTATGGGAGGTTTAAGAAAACATGTACCAATTACCAAAATCACATTTTTATTAGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCTTGTTTTTGGTCCAAAGATGAAATTCTTAATGATAGTTGGTTGTATTCGCCAATTTTCGCAATAATAGCTTGGGCTACGGCGGGATTAACCGCATTTTATATGTTTCGGATCTATTTACTTACTTTTGAAGGGCATTTAAACGTTCATTTTCAAAATTATGCTGGGAAACAAAAAACCCCCTTCTATTCAATATCTGTATGGGGTAAAAACGGAGTTAAGAAAAACTCTTGTTTATTAACAATGAATA------ATAATGAAAGTACTTATTTTTTTTCAAAAACTAAATATCCAATTGATAAAAATGGAAGAAAGATGACACAACCTTTTATGACTATTGCTCATTTTGAGCATAAAGCGGTTTATTCCTATCCTTATGAATCGGACAATACTATGCTATTCCCAATATTTGTATTAGGACTCTTTACTTTGTTTGTTGGATGTCTAGGAATTCCTTTCAACCAAGAGGGAGGGTATTTGGATATATTATCGAAATGGTTAGCTCCATCTATAAATCTTTTGCATCAAAAGTCGAATAATTCGATTGATTGGAATGAATTTTTAAAAGATGCAGTTCTTTCAGTCAGTATAGCTTATTTCGGAATATTTATAGCATCCTTTTTATATAAACCCATTTATTCTTCTTTCAAAAATTTTGAGTTAATTAATTCTTTTGTTAAAAAGGGTCCTAAGAGAATTCTGTGGGACAAAATTATAAATGGCATATATGATTGGTCATATAATCGTGCTTACATAGATGCTTTTTATACAAAATTCTTAGTTGGTGGGATAAGAGGATTAGCTGAATTTACTCATTTTTTTGATCGACGAGTAATTGATGGGAT Symonanthus_bancroftii 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Anthocercis_intricata 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Cyphanthera_microphylla 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; END; BEGIN TREES; Title Plastid_alignment_diploids_and_sect_Suaveolentes; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 Nicotiana_plumbaginifolia, 2 Nicotiana_longifolia, 3 Nicotiana_forgetiana, 4 Nicotiana_bonariensis, 5 Nicotiana_langsdorffii, 6 Nicotiana_alata, 7 Nicotiana_forsteri, 8 Nicotiana_africana, 9 Nicotiana_cavicola, 10 Nicotiana_goodspeedii, 11 Nicotiana_megalosiphon, 12 Nicotiana_rotundifolia, 13 Nicotiana_velutina, 14 Nicotiana_maritima, 15 Nicotiana_occidentalis, 16 Nicotiana_glauca, 17 Nicotiana_noctiflora, 18 Nicotiana_petunioides, 19 Nicotiana_acaulis, 20 Nicotiana_sylvestris, 21 Nicotiana_linearis, 22 Nicotiana_pauciflora, 23 Nicotiana_corymbosa, 24 Nicotiana_acuminata, 25 Nicotiana_miersii, 26 Nicotiana_paniculata, 27 Nicotiana_knightiana, 28 Nicotiana_benavidesii, 29 Nicotiana_raimondii, 30 Nicotiana_cordifolia, 31 Nicotiana_solanifolia, 32 Nicotiana_glutinosa, 33 Nicotiana_undulata, 34 Nicotiana_thrysiflora, 35 Nicotiana_wigandioides, 36 Nicotiana_obtusifolia_var._palmeri, 37 Nicotiana_obtusifolia_var._obtusifolia, 38 Nicotiana_kawakamii, 39 Nicotiana_tomentosiformis, 40 Nicotiana_tomentosa, 41 Nicotiana_otophora, 42 Symonanthus_aromaticus, 43 Symonanthus_bancroftii, 44 Anthocercis_intricata, 45 Cyphanthera_microphylla; TREE con_all_compat = (1:5.72E-4,2:2.36E-4,((3:6.01E-4,4:7.3E-4):0.001653,((5:1.71E-4,6:4.08E-4):4.15E-4,(((((7:0.001173,(((9:0.002893,(12:1.72E-4,13:1.77E-4):0.001097):3.27E-4,((10:0.001188,11:9.19E-4):4.16E-4,14:0.001657):1.76E-4):4.17E-4,15:9.43E-4):0.002168):6.6E-4,8:0.004432):4.22E-4,((16:0.00206,(17:1.71E-4,18:4.07E-4):0.001635):0.0010,19:0.004315):0.001721):6.58E-4,((21:0.002176,((22:1.76E-4,(23:6.61E-4,24:6.59E-4):1.76E-4):9.16E-4,25:0.001432):4.26E-4):0.003404,((((((26:0.00116,27:1.73E-4):0.00495,(28:9.1E-4,29:6.6E-4):9.46E-4):4.02E-4,(30:0.003179,31:0.001675):0.00216):0.001089,((32:0.002266,(33:0.003062,34:0.004366):6.83E-4):6.96E-4,35:0.002422):0.001021):0.001431,(((38:0.001438,(39:1.73E-4,40:1.74E-4):4.01E-4):0.0063,41:0.008257):0.002109,((42:4.08E-4,43:0.001164):0.006688,(44:0.007707,45:0.007788):0.003917):0.001199):6.77E-4):4.07E-4,(36:1.67E-4,37:1.74E-4):0.009755):4.6E-4):0.001907):1.79E-4,20:0.003402):0.001366):3.03E-4):0.001086); END; BEGIN ASSUMPTIONS; TYPESET * UNTITLED = unord: 1 - 4432; 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