NEXUS [File created by TreeBASE: 7/26/07 21:09:15] [Matrix accession#: M2902] BEGIN TAXA; TITLE M2902; DIMENSIONS NTAX=51; TAXLABELS Aporothielavia_leptoderma Ascocoryne_cylichnium Ascocoryne_sarcoides Byssoascus_striatisporus Cadophora_finlandia Cadophora_luteoolivacea_AY249081 Cadophora_luteoolivacea_AY249082 Cadophora_malorum Cadophora_melinii Cadophorea_malorum Capronia_pilosella Capronia_semiimmersa Catenulifera_rhodogena_305 Catenulifera_rhodogena_328 Catenulifera_rhodogena_408 Catenulifera_rhodogena_409 Catenulifera_rhodogena_410 Catenulifera_rhodogena_411 Catenulifera_rhodogena_412 Ceramothyrium_carniolicum Ceratocystis_fimbriata Ceratocystis_paradoxa Chaetomium_brasiliense Chaetosphaeria_pygmaea Chalara_microchona Chloridium_lignicola Coniochaeta_malacotricha Coniochata_ligniaria Cryphonectria_parasitica Cryptendoxla_hypophloia Cyathicula_coronata Diaporthe_medusaea Gaeumannomyces_graminis Geoglossum_glabrum Hymenoscyphus_ericae Lasiosphaeria_ovina Lecythophora_decumbens Leotia_viscosa Leptographium_abietinum Magnaporthe_grisea Melanochaeta_sp_AF279421 Neobulgaria_pura Neurospora_crassa Phaeoacremonium_aleophilum Phialocephala_fortinii_AF326082 Phialocephala_fortinii_AY394921 Phialophora_americana Phialophora_calyciformis Phialophora_richardsiae Spathularia_flavida Wallrothiella_subiculosa ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE M2902; DIMENSIONS NCHAR=908; FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? 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Ascocoryne_sarcoides ????????????????????????ACC?GG?ATTGCCTCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCTCTTY????CAGAGTCCGAGTTGTAATTTGTARAAGA?TGCTCCGGGTGCGGCCCCAGTCTAAGTCCCTTGGAAGAGGACGTCATAGAGGGTGAGAATCCCGTATGT?GA?CCAGGTGCCCGCGCCCATGTAAAGCTCTTYCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAATGGGTGGTATATTCCATCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAAAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAMCAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAATCAGACTTGCGTGCCGYCGATCAYCCCAGGTCCT?CCTAGGTGCACTCGGCGGCGC?TCAGGCCAGCATCGGTCCTGGTGGTGGGATAAAGGCCTTGGAAATGTAGCTCCTTCC????GGG??AAGTGTTATAGCCCTCGGTGCAATGCCGCCTACCGGGACCGAGGACCGCGC??TYCGGC?TAGGATGCTGGCGTAATGGTTGTAAGCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGA???GTCTAACATCTATGCGAGTGTTTGGGTGTC?AA??CCCA?TACGCGTAATGAAAGTGAACGGAGCTAAGAACCCTTTAGGGTGCATTAGCGACCGATCCTGATGTCTYCGGACGGATTTGAGTACGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAG?ATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGCATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCAT Byssoascus_striatisporus CAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACA?GGGATTGCCTCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCTCCTT????TGGGGTCCGAGTTGTAATTTGGAGAAGA?TGCTTCGGGTACGGTCCCGGTCTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCACAGAGGGTGAGAATCCCGTACGT?GG?TCGG?TGGCCGTGCCCGTGTGAAGCTCTTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAACAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAACCAGACTTGCGCGCGGTCGATCATCCTGGGTTCG?CCCGGGTGCACTCGGCCGCGC?TCAGGCCAGCATCGGTTCGGGTGGTTGGATAAAGGCCTCGGGAACGTGGCTCCCCTC????GGG??GAGTGTTATAGCCCGAGGTGCAATGCAGCCTACCTGGACCGAGG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Cadophora_luteoolivacea_AY249081 CAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCACCA?GGGATTACCTCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGTAACAGCTCAAATTTGAAAGCTAGCTCTTT????TAGGGTTCGCATTGTAATTTGTAGAAGA?TGCTTCGGGTGTGGCCCCGGTCTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCATAGAGGGTGAGAATCCCGTATGT?GA?CTGGGTGCTTTCGCTCATGTGAAGCTCTTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAACAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAACCAGACTTGCGCGCTGATGATCATCCGGGCTTCT?GCCCGGTGCACTCGTCTGCGC?TCAGGCCAGCATCGGTTTCGGTGGTGGGATAAAGGCCTTGGGAATGTAGCTCCTCTC????GGG??GAGTGTTATAGCCCTCGGTGCAATGCCGCCTACCGGGACCGAGG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Cadophora_melinii CAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACA?GGGATTACCTCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGTAACAGCTCAAATTTGAAAGCTAGCTCTTT????TAGGGTTCGCATTGTAATTTGTAGAAGA?TGCTTCGGGTGTGGCCCCGGTCTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCATAGAGGGTGAGAATCCCGTATGT?GA?CTGGGTGCTTTCGCTCATGTGAAGCTCTTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAACAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAACCAGACTTGCGCGCTGATGATCATCCGGGCTTCT?GTCCGGTGCACTCGTCTGCGC?TCAGGCCAGCATCGGTTTCGGTGGTGGGATAAAGGCCTTGGGAATGTAGCTTCTTTC????GGG??GAGTGTTATAGCCCTCGGTGCAATGCCGCCTACCGGGACCGAGG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Cadophorea_malorum CAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACA?GGGATTNCCTCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGTAACAGCTCAAATTTGAAAGCTAGCTCTTT????TAGGGTTCGCATTGTAATTTGTAGAAGA?TGCTTCGGGTGTGGCCCCGGTCTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCATAGAGGGTGAGAATCCCGTATGT?GA?CTGGGTGCTTTCGCTCATGTGAAGCTCTTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAACAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAACCAGACTTGCGCGCTGATGATCATCCGGGCTTCT?GCCCGGTGCACTCGTCTGCGC?TCAGGCCAGCATCGGTTTCGGTGGTGGGATAAAGGCCTTGGGAATGTAGCTCCTCTC????GGG??GAGTGTTATAGCCCTCGGTGCAATGCCGCCTACCGGGACCGAGG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Capronia_pilosella CAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACA?GGGATTGCCTCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCCTCT?????AGGGGTCCGAGTTGTAATTTGTAGAGGA?TGTTTCGGGTACCGCTCCGGTTTAAATTTCTTGGAACAGAATGTCAAAGAGGGTGAGAATCCCGT?CTT?GG?ACCGGTGGTAGGGCCTATGTGAAACTCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGAGTTAAACAGTATGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTGGCAACCAGACTTGCGCGCGGCGGTTCCCCCTTCCTTTT?GGTTGGGTTACTCCGCCGTGT?CCAGGCCAATATCGGTTTTGGGGGTCGGTCAAAGGCGTTGGGAATGTACCTACCCTCCGG?GCGT??AGACTTATAGCCCAGCGTGTCATGCGACCTCCCGGGACCGAGGAACGCGC??TTCGGC?TCGGATATTGGCGTAATGGTTGTCAGCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAG?A???GTCTAACAACTATGCGAGTGTTTGGGTGTC?AAA?CCCGGAACGCGTAATGAAAGTGAACGGAGGTAGGAAGCCTTTTGGCTGCACTATCGACCGATCCTGATGTCTTCGGATGGATTTGAGTAAGAGCATAATTGTTGGGACCCGAAAG?ATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCAT Capronia_semiimmersa 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Neurospora_crassa CAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACA?GGGATTGCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCTTC?????????GGCCCGAGTTGTAATTTGTAGAGGA?AGCTTTTGGTGAGGCACCT?TCTGAGTCCCCTGGAACGGGGCGCCATAGAGGGTGAGAGCCCCGTATA??G??TCGGCTGCCGATCCA?ATGTAAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTAGTTTGGGAATGCTGCTCAAAATGGGAGGTAAATTTCTTCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGAGTCAAAAAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGTTTGTGACCAGACTTCGCCTTCCATCATCATGTGCTGTTCT?CACCGGTGCACTCGGACA?GC?TCAGGCCAGCATCGGTTTTGGCGGG?GGATAAAGGTCCGGGGAACGTAGCTCTCC??????GG???GAGTGTTATAGCCC??GGCGTAATGCCTC??GCCGGGACCGAGGTTCGCGC??ATCTGC?AAGGATGCTGGCGTAATGGTCATCAACG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Phaeoacremonium_aleophilum CAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACA?GGGATTGCCCCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCCTC?????????GGCCCGAGTTGTAATTTGCAGAGGA?TGTTTCTGGCGCGGTGCCT?TCTGAGTTCCCTGGAACGGGACGCCATAGAGGGTGAGAGCCCCGTAC???GG?TTGGACGCCTAGCCT?GTGTGAAACTCCTTCGACGAGTCGAGTAGTTTGGGAATGCTGCTCAAAATGGGAGGTATATCTCTTCTAAAGCTAAATACCGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACCTTGAAAAGGGGGTTAAACAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCCCATGACCAGACTTGTGCCCGGCGGATCACCCAGCGTTCT?CGCTGGGGCACTCCGCCGGGT?CCAGGCCAGCATCGGTTTTCGCCGGGGGATAAAGGCTCTGGGAACGTAGCTCCTCC?????GG???GAGTGTTATAGCCCTCTGCGTAATACCCTGG?CGGGGACCGAGG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Phialocephala_fortinii_AF326082 CAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACA?GGGATTACCTCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGTAACAGCTCAAATTTGAAAGCTGCCAA???????CA?GG?CCGCGTTGTAATTTGTAGAAGC?TGCTTTGGGTGTCGGCCCGGTCTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCATAGAGGGTGAGAATCCCGTATGT?GA?TCGGTGCCGTTGCCC???GTAAAGCGCTTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGA???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Phialocephala_fortinii_AY394921 CAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACA?GGGATTACCTCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGTAACAGCTCAAATTTGAAAGCTGCCAA???????CA?GG?CCGCGTTGTAATTTGTAGAAGC?TGCTTTGGGTGTCGGCCCGGTCTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCATAGAGGGTGAGAATCCCGTATGT?GA?TCGGTGCCGTTGCCC?GTGTAAAGCGCTTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAACAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAACCAGACTTGCGGGCGGTCGATCATCCGAGGTTCT?CCCCGGTGCACTCGATCGTTC?TCAGGCCAGCATCGGTTTCCGGGGTGGGATAAAGGCGGTGGGAATGTGGCTCTTC??????G????GAGTGTTATAGCCCACCGTGCAATGCCGCCACTGGGGACCGAGGACCGCGC??TTCGGC?TAGGATGCTGGCGTAATGGTTGTAAGCGACCCGTCTTGAAAACGGGACCACGGACCCGTCTTGAAACACGGACCACG???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Phialophora_americana CAATAAGCGCAGGAAAAGAAACCAACA?GGGATTGCCTCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCCTCT?????CGGGGTCCGAGTTGTAATTTGTAGAGGA?TGTTTTGGGTACCGCCCCGGTTTAAATTTCTTGGAACAGAATGTCAAAGAGGGTGAGAATCCCGT?CTTGGA?CCGGCGGTAGGGCCT?GTGTAAAACTCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGAACTTTGAAAAGAGAGTTAAACAGTATGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAACCAGACTTGAGCGCGACGGTTCCCCTAGCCTTTT?GGCTAGGCTACTCCGTCGTGT?CCAGGCCAACATCGGTTCTGAGGGTCGGTCAAAGGCCCCGGGAATGTACCTACCCAC????GGGT??AGACTTATAGACCGGGGTGTCATGCGGCCTCTCGGGACCGAGGAACGCGC??TTCGGCTC?GGATGTTGGCGTAATGGTTGTCAGCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGA???GTCTAACATCTATGCGAGTGTTTGGGTGTC?AAA?CCCGGAACGCGGAATGAAAGTGAACGGAGGTAGGAAGC?TT?CGGCTGCACTATCGACCGATCCTGAAGTTTACGGATGGATTTGAGTAAGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAG?ATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCAT Phialophora_calyciformis CAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACA?GGGATTGCCCCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCCTC?????????GGCCCGAGTTGTAATTTGCAGAGGA?TGCTTCTGGCGCGGCGCCT?TCCGAGTTCCCTGGAACGGGACGCCACAGAGGGTGAGAGCCCCGTAT???GG?TCGGACGCCAAGCCA?GTGTGAAGCTCCTTCGAAGAGTCGAGTAGTTTGGGAATGCTGCTCTAAGCGGGAGGTATACGTCTTCTAAAGCTAAATACCGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACCTTGAAAAGGGGGTTAAACAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCCTGTGACCAGACTTGCGCCGGGCGGATCATCCAGCGTTCT?CGCTGGTGCGCTCCGCCCGGC?TCAGGCCAGCATCGGTTCTGGCGGGGGGATAAAGGCGGCGGGAACGTGGCTCCCCC?????GG???GAGTGTTA????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Phialophora_richardsiae CAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACA?GGGATTGCCCCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCCTC?????????GGCCCGAGTTGTAATTTGCAGAGGA?TGCTTCTGGCGCGGCGCCT?TCCGAGTTCCCTGGAACGGGACGCCACAGAGGGTGAGAGCCCCGTAT???GG?TCGGACGCCAAGCCA?GTGTGAAGCTCCTTCGAAGAGTCGAGTAGTTTGGGAATGCTGCTCTAAGCGGGAGGTATACGTCTTCTAAAGCTAAATACCGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACCTTGAAAAGGGGGTTAAACAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCCTGTGACCAGACTTGCGCCGGGCGGATCATCCAGCGTTCT?CGCTGGTGCGCTCCGCCCGGC?TCAGGCCAGCATCGGTTCTGGCGGGGGGATAAAGGCGGCGGGAACGTGGCTCCCCC?????GG???GAGTGTTA????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Spathularia_flavida CAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACA?GGGATTGCCTCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAAGCTGGCTCTTT????CAGGGTCCGCGTTGTAATTTGTAGAGGA?TGCTTCGGGCGCGGCGCTGGTCTAAGTTCTTTGGAACAAGACGTCATAGAGGGTGAGAATCCCGTATGT?GA?CTAGCTGCCTGTGCCTGTGTGAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTGTACTTCATCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAACAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAATCAGACTTGCGCGGCGTCGATCAGCCTGGGTTCT?CCCTGGTGCACTCGGCGCTGC?TCAGGCCAGCATCAGTTTCAGCGGTTGGATAAAGGCCTAGGGAACGTGGGGTTACTTC???GGT??GACTGTTATAGCCCTAGGTGCAATGCAGCCTGTTGGGACTGAGGACCGCGC??TTCGGCTTAGGATGCTGGCGTAAT???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Wallrothiella_subiculosa TACTTACCGGAGGAAAAGAAACCAACA?GGGATTGCCCCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCCTC?????????GGCCCGAGTTGTAATTTGTAGAGGA?TGCTTTGGGGGAGGTGCCT?TCTGAGTTCCCTGGAACGGGACGCCAGAGAGGGTGAGAGCCCCGT?T???G??TCGGACACCTAGCCTC?TGTAAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTAGTTTGGGAATGCTGCTCAAAATGGGAGGTATATCTCTTCTAAAGCTAAATATAGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGGGTTAAATAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGTGACCAGACTTGCGCCGGGCTGATCATCCAGTGTTCT?CACTGGTGCACTCGACCCGGT?TCAGGCCAGCGTCGGTTCTCGCGGGGGGACAAAAGCGGTGGGAACGTAGCTCCTCC?????GG???GAGTGTTATAGCCCGCCGCCCAATACC?CTCGCGGGGACCGAGGTTCGCGC??T?CTGC?AAGGACGCTGGCATAATGGTCATCAGCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGA???GTCGAGGTATTGCGCGAGTGTTTGGGTGT??AAAACCCG?CACGCGTAATGAAAGTGAACGTAGGTGAGAGC??TT??CGGCGCATCATCGACCGATCCTGATGTATTCGGATGGATTTGAGTAAGAGCGTATAGCCTCGGACCCGAAAG?ATGGTGAACTATGCCTGTATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATATGGGCATGGGGGCGAAAGACTAATCGAACCAT ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions = N: 1 - 908 ; CODESET * UNTITLED = Universal: all ; END; BEGIN ASSUMPTIONS; OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; END;