#NEXUS [written Sat Aug 10 13:45:24 EDT 2013 by Mesquite version 2.75 (build 566) at spiekeries/192.168.2.10] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=121; TAXLABELS Phytophthora_mengei_P1275_HQ261365 Phytophthora_mengei_P10139_HQ261366 Phytophthora_siskiyouensis_P15122_HQ261421 Phytophthora_siskiyouensis_P16301_HQ261419 Phytophthora_tropicalis_P6522_HQ261467 Phytophthora_tropicalis_CBS_43491_HQ708417 Phytophthora_glovera_P10619_HQ261436 Phytophthora_capsici_P10386_HQ261267 Phytophthora_citricola_CBS_22188_HQ708269 Phytophthora_aff._botryosa_CBS_23530_HQ708214 Phytophthora_aff._botryosa_CBS_23828_HQ708213 Phytophthora_bisheria_P10117_HQ261250 Phytophthora_bisheria_P11311_HQ261249 Phytophthora_bisheria_P7191_HQ261248 Phytophthora_botryosa_CBS_58169_HQ708222 Phytophthora_botryosa_P1044_HQ261257 Phytophthora_botryosa_P3425_HQ261256 Phytophthora_botryosa_P6944_HQ261255 Phytophthora_botryosa_P6945_HQ261254 Phytophthora_capsici_P1319_HQ261266 Phytophthora_citricola_STEU6750_GU133459 Phytophthora_citrophthora_3BO_HM752780 Phytophthora_citrophthora_PCRh71_HM752781 BO01 BO02 BO03 BO04 BO05 BO06 P0318_CTR1 P3078_CTR1 P3079_CTR1 P3771_CTR3 P7487_CTR1 Phytophthora_citrophthora_STEU6751_GU133458 STEU7420 STEU7421 STEU7422 STEU7423 STEU7424 STEU7425 STEU7426 STEU7427 STEU7428 STEU7429 STEU7430 STEU7431 STEU7432 STEU7433 STEU7434 STEU7435 STEU7436 STEU7437 STEU7438 STEU7439 STEU7440 STEU7441 STEU7442 STEU7443 STEU7444 STEU7445 STEU7446 STEU7447 STEU7448 STEU7449 STEU7450 STEU7451 STEU7452 STEU7453 STEU7454 STEU7455 STEU7456 STEU7457 STEU7458 STEU7459 STEU7460 STEU7461 STEU7462 STEU7463 STEU7464 STEU7465 STEU7466 STEU7467 STEU7468 STEU7469 STEU7470 STEU7472 STEU7473 STEU7474 STEU7475 STEU7476 STEU7477 STEU7478 STEU7479 STEU7480 Vi11 Vi12 Vi21 Vi22 Phytophthora_citrophthora_CBS_111338_HQ708275 Phytophthora_citrophthora_CBS_111339_HQ708274 Phytophthora_citrophthora_CBS_111726HQ708273 Phytophthora_citrophthora_CBS_95087_HQ708272 Phytophthora_citrophthora_P10341_HQ261283 Phytophthora_citrophthora_P10368_HQ261282 Phytophthora_colocasiae_P6290_HQ261287 Phytophthora_colocasiae_P6317_HQ261286 Phytophthora_heveae_P1000_HQ261321 Phytophthora_katsurae_P6921_HQ261346 Phytophthora_meadii_CBS_21988_HQ708324 Phytophthora_meadii_P6128_HQ261354 Phytophthora_multivesiculata_CBS_54596_HQ708340 Phytophthora_multivesiculata_P10670_HQ261371 'Phytophthora sp. 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AL-2010b P1212 HQ261453 CTR2' AATCATAAAGATATTGGAACTTTATATTTAATTTTTAGTGCTTTTGCGGGTGTTGTTGGTACAACATTATCTCTTTTAATTAGAATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAAATCTTTATGGGAAATCATCAATTATATAATGTTGTTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCTGCTTTAATAGGTGGTTTTGGTAATTGGTTTGTTCCTTTAATGATCGGTGCACCTGATATGGCTTTTCCTCGTATGAATAATATAAGTTTTTGGTTATTACCTCCAGCTTTATTATTATTAGTTTCATCAGCTATTGTAGAATCTGGTGCTGGTACTGGTTGGACTGTTTATCCACCATTATCAAGTGTACAAGCACATTCAGGACCTTCAGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACAGGTATTTCTTCATTATTAGGTGCAATTAATTTTATTTCAACTATTTATAATATGAGAGCTCCTGGTTTAAGTTTTCATAGATTACCTTTATTTGTTTGGTCTGTATTAATTACAGCATTCCTTTTATTATTAACTTTACCTGTATTAGCTGGTGCAATTACTATGTTATTAACTGATAGAAATTTAAATACTTCTTTTTATGATCCTTCAGGTGGAGGTGATCCTGTATTATATCAACATTTATT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Phytophthora_himalsilva_44_HM752796 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WATCATAAAGATATTGGAACTTTATATTTAATTTTTAGTGCTTTTGCGGGTGTTGTTGGTACAACATTATCTCTTTTAATTAGAATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAAATCTTTATGGGAAATCATCAATTATATAATGTTGTTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCTGCTTTAATAGGTGGTTTTGGTAATTGGTTTGTTCCTTTAATGATCGGTGCACCTGATATGGCTTTTCCTCGTATGAATAATATAAGTTTTTGGTTATTACCTCCAGCTTTATTATTATTAGTTTCATCAGCTATTGTAGAATCTGGTGCTGGTACTGGTTGGACTGTTTATCCACCATTATCAAGTGTACAAGCACATTCAGGACCTTCAGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACAGGTATTTCTTCATTATTAGGTGCAATTAATTTTATTTCAACTATTTATAATATGAGAGCTCCTGGTTTAAGTTTTCATAGATTACCTTTATTTGTTTGGTCTGTATTAATTACAGCATTCCTTTTATTATTAACTTTACCTGTATTAGCTGGTGCAATTACTATGTTATTAACTGATAGAAATTTAAATACTTCTTTTTATGATCCTTCTGGAGGGGGTGATCCTGTATTATATCAACATTTATTTTGGTTTTTTGGACATCCTGAAG---------------------------------------------------------------------------------------------- ; END; BEGIN TREES; Title Maximum_likelihood_phylogeny_of_Phytophthora_clade_2_based_on_COI_sequences; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 Phytophthora_mengei_P1275_HQ261365, 2 Phytophthora_mengei_P10139_HQ261366, 3 Phytophthora_siskiyouensis_P15122_HQ261421, 4 Phytophthora_siskiyouensis_P16301_HQ261419, 5 Phytophthora_tropicalis_P6522_HQ261467, 6 Phytophthora_tropicalis_CBS_43491_HQ708417, 7 Phytophthora_glovera_P10619_HQ261436, 8 Phytophthora_capsici_P10386_HQ261267, 9 Phytophthora_citricola_CBS_22188_HQ708269, 10 Phytophthora_aff._botryosa_CBS_23530_HQ708214, 11 Phytophthora_aff._botryosa_CBS_23828_HQ708213, 12 Phytophthora_bisheria_P10117_HQ261250, 13 Phytophthora_bisheria_P11311_HQ261249, 14 Phytophthora_bisheria_P7191_HQ261248, 15 Phytophthora_botryosa_CBS_58169_HQ708222, 16 Phytophthora_botryosa_P1044_HQ261257, 17 Phytophthora_botryosa_P3425_HQ261256, 18 Phytophthora_botryosa_P6944_HQ261255, 19 Phytophthora_botryosa_P6945_HQ261254, 20 Phytophthora_capsici_P1319_HQ261266, 21 Phytophthora_citricola_STEU6750_GU133459, 22 Phytophthora_citrophthora_3BO_HM752780, 23 Phytophthora_citrophthora_PCRh71_HM752781, 24 BO01, 25 BO02, 26 BO03, 27 BO04, 28 BO05, 29 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