#NEXUS [written Tue Jun 17 09:15:47 NZST 2014 by Mesquite version 2.75 (build 564) at YuIto-PC/10.32.3.101] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=23; TAXLABELS Triglochin_striata Potamogeton_maackianus Zannichellia_palustris Zostera_marina Posidonia_australis Cymodocea_rotundata Halodule_pinifolia Syringodium_isoetifolium Ruppia_megacarpa Ruppia_tuberosa_A Ruppia_tuberosa_B Ruppia_maritima_F Ruppia_maritima_A Ruppia_polycarpa_B Ruppia_maritima_E Ruppia_polycarpa_A Ruppia_maritima_B Ruppia_maritima_C Ruppia_maritima_D Ruppia_maritima_G Ruppia_maritima_H Ruppia_cirrhosa_B Ruppia_maritima_L ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE Character_Matrix; DIMENSIONS NCHAR=2108; FORMAT DATATYPE = DNA INTERLEAVE GAP = - MISSING = ?; MATRIX Triglochin_striata 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TTTCAGATGTAATTGAAGGCAAAGAGGGAAGATTTAGGGAGACTCTGCTTGGTAAACGAGTCGATTATTCGGGACGTTCCGTTATTGTTGTGGGCCCTTCACTTTCATTACATCAATGCGGATTACCTCGAGAAATAGCAATAGAGCTTTTCCAGACATTTGTAATTCGTGGTCTAATCAGACAACATGTTGCTTCTAACATAGGGATTGCTAAAAGTAAAATTCGCGAAAAAGAACGAATTGTATGGGAAATACTTCAAGAAGTTATGCAGGGCCATCCTGTATTGCTGAATAGAGCACCCACCCTGCATAGATTAGGAATACAGGCATTTCAACCTATTTTAGTGGAGGGACGTGCTATTTGTTTACACCCATTAGTTTGTAAAGGCTTTAATGCAGACTTTGATGGGGATCAAATGGCTGTTCATGTACCTTTATCCTTGGAAGCTCAAGCCGAG Ruppia_cirrhosa_B TTTCAGATGTAATTGAAGGCAAAGAGGGAAGATTTAGGGAGACTCTGCTTGGTAAACGAGTCGATTATTCGGGACGTTCCGTTATTGTTGTGGGCCCTTCACTTTCATTACATCAATGCGGATTACCTCGAGAAATAGCAATAGAGCTTTTCCAGACATTTGTAATTCGTGGTCTAATCAGACAACATGTTGCTTCTAACATAGGGATTGCTAAAAGTAAAATTCGCGAAAAAGAACGAATTGTATGGGAAATACTTCAAGAAGTTATGCAGGGCCATCCTGTATTGCTGAATAGAGCACCCACCCTGCATAGATTAGGAATACAGGCATTTCAACCTATTTTAGTGGAGGGACGTGCTATTTGTTTACACCCATTAGTTTGTAAAGGCTTTAATGCAGACTTTGATGGGGATCAAATGGCTGTTCATGTACCTTTATCCTTGGAAGCTCAAGCCGAG Ruppia_maritima_L TTTCAGATGTAATTGAAGGCAAAGAGGGAAGATTTAGGGAGACTCTGCTTGGTAAACGAGTCGATTATTCGGGACGTTCCGTTATTGTTGTGGGCCCTTCACTTTCATTACATCAATGCGGATTACCTCGAGAAATAGCAATAGAGCTTTTCCAGACATTTGTAATTCGTGGTCTAATCAGACAACATGTTGCTTCTAACATAGGGATTGCTAAAAGCAAAATTCGCGAAAAAGAACGAATTGTATGGGAAATACTTCAAGAAGTTATGCAGGGCCATCCTGTATTGCTGAATAGAGCACCCACCCTGCATAGATTAGGAATACAGGCATTTCAACCTATTTTAGTGGAGGGACGTGCTATTTGTTTACACCCATTAGTTTGTAAAGGCTTTAATGCAGACTTTGATGGGGATCAAATGGCTGTTCATGTACCTTTATCCTTGGAAGCTCAAGCCGAG ; END; begin paup; set autoclose = yes warnreset = no increase = auto; set criterion = parsimony; hsearch; pset opt = acctran; roottrees outroot = monophyl; describetrees all / plot = phylogram brlens = yes; savetrees file = Najas_rbcL.tre brlens = yes; contree all / strict = yes tcompress = yes treefile = NrbcLcontree.tre; bootstrap nrep = 1000 treefile = NrbcLbs.tre; END; BEGIN ASSUMPTIONS; TYPESET * UNTITLED = unord: 1 - 2108; END; BEGIN TREES; Title 'Trees from "Ruppia_ptDNA....tre"'; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 Triglochin_striata, 2 Potamogeton_maackianus, 3 Zannichellia_palustris, 4 Zostera_marina, 5 Posidonia_australis, 6 Cymodocea_rotundata, 7 Halodule_pinifolia, 8 Syringodium_isoetifolium, 9 Ruppia_megacarpa, 10 Ruppia_tuberosa_A, 11 Ruppia_tuberosa_B, 12 Ruppia_maritima_F, 13 Ruppia_maritima_A, 14 Ruppia_polycarpa_B, 15 Ruppia_maritima_E, 16 Ruppia_polycarpa_A, 17 Ruppia_maritima_B, 18 Ruppia_maritima_C, 19 Ruppia_maritima_D, 20 Ruppia_maritima_G, 21 Ruppia_maritima_H, 22 Ruppia_cirrhosa_B, 23 Ruppia_maritima_L; TREE PAUP_1 = (1:56.0,(((2:30.0,3:66.0):58.0,4:86.0):21.0,((5:25.0,((6:19.0,8:23.0):30.0,7:45.0):10.0):15.0,(9:8.0,((10:3.0,11:0.0):5.0,(((12:0.0,22:1.0,23:1.0):2.0,(15:0.0,21:1.0):1.0):3.0,((13:0.0,14:1.0):4.0,(17:0.0,18:1.0,19:1.0):3.0):4.0,16:7.0,20:4.0):5.0):3.0):70.0):24.0):58.0):0.0; TREE PAUP_2 = 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