#NEXUS

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	'Plasmodium berghei NC_015303'         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	'Plasmodium falciparum NC_002375'      ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAGCTTTTGGTATCTCGTAATGTAGAACAATATTGAGTTG------------------ACCGTCAAATCCTTTTCATTAAA-AGAGTGGATTAAATGCCCAGCCAACACC-----ATCCAATTTGATTGGGAATTATCTGTGTTACAA--ATTTTTGATCCC---AGGCTGGTAAAAAATGTAA--------ACTTTTAGCCCAT--AAGAATAGAAACAGATGCCAGGCCAATAACTCAA------A----CAGAGCT-----ATGACGCTATCAATTTTT----AGCAAGACGGATAAATT-----TTTCATAG--AACTTAACGTATCATCATCCATGCAAAGA-TAAAACGGTAGATAGGGAACAAACTGCCTCAAGACGTTCTTAACCCAGCTCACGCATCGCTTCTAACGGTGAACTCTCATTCCAATGGAACCTTGTTCAAGTTC-AAATAGATTGGTAAGGTA--TAGTGTTTACTA-------------------TCAAATGAAACAATGTGTTCC--------------ACCGCTAGTGTTTGCTTCTAACATTCCACTTGCTTATAACTGTATGGACGTAACCTCCAGG----------------------------CAAAGAA--AATGAC-CG-G---------------------TCAAAACGGAATCAATTA------ACTAT-----GGATAGCTGATACTATCAATTTATCATTACTCAAGTCAGCATAGTATATATGAAGG-TTTCTATGGAAACACACTTCCCTTCTCGCCA------TTTGATAGCGGTT--AACCTTTCCTTTTCCTTACGTACTCTAGCTATGAACACAATTGTCTATTCGT-------ACAATTATTCATATATATATTTGAAACAGGACATA---CATGTTCATTTATTCTGAATAG-AATAAGAACTCTATAAA---TAACCAGACTATTTCAACAAAATGCCAATATAAAATTGTAATTTGATCAGTGTGAGGTATAACAATATATGATATACCGAAAGAATTTATA-AACCATTCGGTAGA---AGTATCATATATTTCTATTATTCTTATAAAG-------TATATTATTAATAATAATAAACCTATTACTACATGAGAAAAATGTAATCCTGTAACACAATAAAATAATGTAGTATATACAGTATCATTTATATGATATGATAAATGTAAATACTCTGTAGTTTGTAGAGATGCAAAACATTCTCCTAATAAGTATATTA---------TACAAATAATACTAGAG---ATTTCAAAACTCATTCCTTTTTCTATAAATACTTGTAAACATGCAGTCATACATGATGCACTAGCTAATATAAATGTAATTGTTAAGATTAACATTCTTGA--TGAAGTAATGATAATACCTTCATTACTTAATGGATATGGTGATAAACTAAAATGTAATATACCCCAAAAATATGTAAAGAATAATAAAGCTTCTGATATTATGATAGATAACATACCAGAAGTTA-----AAGATGAAA-ATACAGAATAAAAACTTTCTCGAATAGAAT---------ATACAAATATTAATAGGATTATAGGGTTAAATGTAAATAATATCCCTACAGAAAAGTATTTTAAAGATGTACCATATAA-------TGATGTTAATGCAGGATA-------TGAAACTAGATGTG---------------------------CTTTTATATTTGATAAATTACTAAATAAAATAAAT-----TTATAAGAACGGTGAG--ATAATGTGCCGTAAACATATAACGGTAAGAAGGTTCGCCGGGGATAAC--AGGTT------------------------ATAGTATATATAGAGC-----TCTAATCTTTATA-----------TACTATTGGCACC--TCCATGTCGTCTCATCGCAGCCTTGCAATAAATA--------ATATCTAGCGTGTATT---------------GTTGCCT-TGTACACACCGCTCGTCACGCAA---------------TATCAATATACTGGGTATAGAACTCCAGGCGTTAACCTGTAGAGTTGAGATGGAAAC-----------AGCCGGAAAG-------GTAATTTTACGCCCTTAACGTAAAGATCATTTATGAAATAGATTA--GCATGG------GAC-TAAAAAATGTTATGTTGTTGGTT---TAAGCCCT----------ATTACCATACAAGAGATCGCGTACTTTG-GACCGAATAAAGCTGTGAG----------GAAACTACATTAAA--------GGAACTCGACTGGCCTACA----CTATAAGAACGAACGCTTTTAACGCCTGACATGGATGGATAATACTCGACTCTTCCAAAGTATAACCGCTGTCGCTGGGACTGTATGGATCAAATATTTCTCATTTATATCCGAGCCTCATGTTATTTT------------------TATTGTTTTAAATAGATATTCACTTATTACAAATTGTAACCATAAAACTTTAGGA--TTATACTATTTATGGTTTTCATTTTTA---TTTGGTAGTTATGGATTTTTATTATCAGTAATACTACGTACTGAATTATATTCTTCATCTTTAAGAATAATTGCACAAGAAAATGTAAATCTATATAATATGATATTTACAATTCA-----CGGAATAATTATGATTTTTTTCAATATAATGCCAGGATTATTCGGAGGATT-----TGGTAATTACTTTCTACCTATTTTATGTGGATCTCCAGAATTAGCATATCCTAGAATTAATAGTATATCTTTACTGTTACAACCAATTGCTTTTGTTTTAGTTATATTATCTACTGCAGCAGAATTTGGTGGTGGAACTGGATGGACTTTATATCCACCATTAAGTACATCTTTAATGTCATTATCTCCTGTAGCTGTAGATGTAATAATTTTTGGTTTATTAGTATCTGGAGTCGCTAGTATTATGTCTTCATTAAATTTTATTACTACAGTAA---TGCATTTAAGAGCAAAAGGATTAACACTTGGTATATTAAGTGTTTCTACATGGTCATTGATCATTACATCAGGAATGTTATTGCTAACACTACCGGTTTTAACTGGAGGAGTATTAATGTTATTATCAGACTTACATTTTAATACTTTATTTTTTGACCCAACATTTGCAGGAGATCCAATATTATATCAACATTTATTCTGGTTTTTTGGACATCCTGAAGTATACATTTTAATATTACCTGCTTTTGGAGTAATTAGTCATGTAATTTCTACTAATTATTGCA---GAAATCTATTTGGTAATCA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	'Plasmodium floridense NC_009961'      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	'Plasmodium juxtanucleare NC_008279'   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	'Plasmodium knowlesi NC_007232'        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	'Plasmodium mexicanum NC_009960'       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	'Plasmodium reichenowi NC_002235'      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	'Plasmodium relictum NC_012426'        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	'Plasmodium simium NC_007233'          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	'Plasmodium vivax NC_007243'           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	'Theileria parva NC_011005'            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;
END;

BEGIN TREES;
	Title Plasmodium_18;
	LINK Taxa = Taxa;
	TRANSLATE
[0] 		1 'Babesia bovis NC_009902',
[1] 		2 Leucocytozoon_fringillinarum_FJ168564,
[2] 		3 Leucocytozoon_majoris_FJ168563,
[3] 		4 'Leucocytozoon sabrazesi NC_009336',
[4] 		5 'Plasmodium berghei NC_015303',
[5] 		6 'Plasmodium falciparum NC_002375',
[6] 		7 'Plasmodium floridense NC_009961',
[7] 		8 Plasmodium_fragile_AY722799,
[8] 		9 'Plasmodium gallinaceum NC_008288',
[9] 		10 'Plasmodium juxtanucleare NC_008279',
[10] 		11 'Plasmodium knowlesi NC_007232',
[11] 		12 'Plasmodium mexicanum NC_009960',
[12] 		13 'Plasmodium reichenowi NC_002235',
[13] 		14 'Plasmodium relictum NC_012426',
[14] 		15 'Plasmodium simium NC_007233',
[15] 		16 'Plasmodium vivax NC_007243',
[16] 		17 Theileria_annulata_CR940346,
[17] 		18 'Theileria parva NC_011005';
	TREE Fig._4 = ((1:1.725,(17:0.575,18:0.575):1.725):7.3044,((5:0.0,(4:0.0,(10:0.0,9:0.0):0.0):0.0):4.19491,(((7:0.475,14:0.475):1.05,(12:0.0,(13:0.0,6:0.0):0.0):1.05):2.91708,(15:1.6025,(2:0.575,(16:0.0,(11:0.0,(8:0.0,3:0.0):0.0):0.0):0.575):1.6025):2.91708):4.19491):7.3044);
END;