#NEXUS [written Mon Feb 01 00:32:56 JST 2016 by Mesquite version 3.04 (build 725) at tonysharks-PC/192.168.3.2] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=21; TAXLABELS Liagora_japonica_Misaki_topotype Liagora_japonica_Wakayama Liagora_japonica_Sado_Oki Liagora_albicans_HQ422978 Liagora_albicans_HQ422866 Liagora_albicans_HQ422860 Liagora_distenta_HQ603225 Liagora_donaldiana_HQ423078 Liagora_julieae_HQ422852 Liagora_pectinata_HQ603226 Liagora_viscida_HQ603227 Liagora_sp_HQ422956 Liagora_sp_HQ422954 Liagora_sp_HQ422780 Liagora_boergesenii_HQ422649 Liagora_sp_HQ422634 Neoizziella_divaricata_HQ423117 Izziella_orientalis_HQ422594 Cumagloia_andersonii_HM916454 Nemalion_helminthoides_HQ603241 Nemalion_multifidum_HQ603240 ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE Character_Matrix; DIMENSIONS NCHAR=579; FORMAT DATATYPE = DNA INTERLEAVE GAP = - MISSING = ?; MATRIX Liagora_japonica_Misaki_topotype CTAGGAGGATGTATGTCCTTACTAATAAGAATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCACTTATTGTCTGGTAATCACCAAATTTACAATGTTTTAATTACAGCTCACGCTTTTTTAATGATCTTTTTTATGGTAATGCCTGTAATGATAGGAGGTTTTGGGAATTGGCTAGTACCTATTATGATAGGAAGCCCAGATATGGCTTTTCCGAGATTAAATAACATTAGTTTTTGGTTATTACCACCTTCTTTGTGTCTATTATTAGCTTCATCATTAGTTGAAGTTGGTGCAGGTACTGGCTGGACAGTGTATCCGCCTTTAAGTTCTATACAAAGCCATTCAGGAGGAGCTGTAGATTTAGCAATTTTTAGTCTGCATTTATCAGGCGCAGCTTCAATATTGGGAGCAATAAACTTCATATCTACAATATTGAATATGAGAAATCCTGGACAAAGTATGTATAGAATGCCCTTGTTTGTTTGATCAATATTTGTAACAGCTCTTTTGTTACTTTTAGCAGTACCAGTCTTAGCAGGTGCAATTACAATGTTATTAACTGACAGAAACTTTAATACTTCATTT Liagora_japonica_Wakayama CTAGGAGGATGTATGTCCTTACTAATAAGAATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCACTTATTGTCTGGTAATCACCAAATTTACAATGTTTTAATTACAGCTCATGCTTTTTTAATGATCTTTTTTATGGTAATGCCTGTAATGATAGGAGGTTTTGGGAATTGGCTAGTACCTATTATGATAGGAAGCCCAGATATGGCTTTCCCGAGATTAAATAACATTAGTTTTTGGTTATTACCACCTTCTTTGTGTCTATTATTAGCTTCATCATTAGTTGAAGTTGGTGCAGGTACTGGCTGGACAGTGTATCCACCTTTAAGTTCTATACAAAGCCATTCAGGAGGAGCTGTAGATTTAGCAATTTTTAGTCTGCATTTATCAGGCGCAGCTTCAATATTGGGAGCAATAAACTTCATATCTACAATATTGAATATGAGAAATCCTGGACAAAGTATGTATAGAATGCCCTTGTTTGTTTGATCAATATTTGTAACAGCTCTTTTGTTACTTTTAGCAGTACCAGTCTTAGCAGGTGCAATTACAATGTTATTAACTGACAGAAACTTTAATACTTCATTT Liagora_japonica_Sado_Oki CTAGGAGGATGCATGTCCTTACTAATAAGAATGGAACTAGCACAACCAGGTAATCACTTATTGTCTGGTAATCACCAAATTTACAATGTTTTAATTACAGCTCATGCTTTTTTAATGATCTTTTTTATGGTAATGCCTGTAATGATAGGAGGTTTTGGGAATTGGCTAGTACCTATTATGATAGGAAGCCCAGATATGGCTTTCCCGAGATTAAATAACATTAGTTTTTGGTTATTACCACCTTCTTTGTGTCTATTATTAGCTTCATCATTAGTTGAAGTTGGTGCAGGTACTGGCTGAACAGTGTATCCGCCTTTAAGTTCCATACAAAGCCATTCAGGAGGAGCTGTAGATTTAGCAATTTTTAGTCTGCATTTATCAGGTGCAGCTTCAATATTGGGAGCAATAAACTTCATATCTACAATATTGAATATGAGAAATCCTGGACAAAGTATGTATAGAATGCCGTTGTTTGTTTGATCAATATTTGTAACAGCTTTTTTGTTACTTTTAGCAGTACCAGTCTTAGCAGGTGCAATTACAATGTTATTAACTGACAGAAACTTTAATACTTCATTT Liagora_albicans_HQ422978 TTAGGTGGTTGCATGTCTTTATTAATACGTATGGAGTTAGCACAACCAGGTAATCATTTGCTAATGGGTAATCACCAAGTATACAATGTATTAATTACTGCTCATGCTTTTCTAATGATATTTTTTATGGTCATGCCAGTTATGATAGGAGGTTTTGGTAATTGATTAGTTCCTATAATGATTGGTAGCCCAGATATGGCTTTCCCTCGTTTAAATAATATCAGTTTTTGATTATTACCACCTTCGTTATGCTTGCTTTTAATTTCGTCTCTTGTTGAAGTTGGTGCTGGTACTGGATGAACAGTTTACCCACCTTTAAGTTCTATACAAAGTCATTCAGGAGGAGCAGTTGATTTAGCAATATTTAGTTTACACTTATCAGGTGCAGCCTCAATATTAGGAGCAATAAATTTTATATCTACAATATTGAATATGAGAAATCCTGGTCAAAATATGTATAGAATGCCTTTATTTGTATGATCTATATTTGTAACTGCTTTCTTGTTACTTTTAGCTGTACCCGTACTTGCAGGTGCTATTACAATGTTATTAACTGATAGGAACTTTAATACCTCGTTT Liagora_albicans_HQ422866 TTAGGTGGTTGCATGTCTTTATTAATACGTATGGAGTTAGCACAACCAGGTAATCATTTGCTGATGGGTAATCACCAAGTATACAATGTATTAATTACTGCTCATGCTTTTTTAATGATATTTTTTATGGTCATGCCAGTTATGATAGGAGGTTTTGGTAATTGATTAGTTCCTATAATGATTGGTAGCCCAGATATGGCTTTCCCTCGTTTAAATAATATCAGTTTTTGATTATTACCACCTTCGTTATGCTTGCTTTTAATTTCATCTCTTGTTGAAGTTGGTGCTGGTACTGGATGAACAGTTTACCCACCTTTAAGTTCTATACAAAGCCATTCAGGAGGAGCAGTTGATTTAGCAATATTTAGTTTACATTTATCAGGTGCAGCTTCAATATTAGGGGCAATAAATTTTATATCTACAATATTGAATATGAGAAACCCTGGTCAAAATATGTATAGGATGCCTTTATTTGTATGATCTATATTTGTAACTGCTTTTTTGTTACTTTTAGCTGTACCTGTACTTGCAGGTGCTATTACAATGTTATTAACTGATAGGAACTTTAATACCTCGTTT Liagora_albicans_HQ422860 TTAGGCGGTTGTATGTCTTTGTTAATACGTATGGAGTTAGCACAACCGGGCAACCATTTGTTAATGGGCAACCATCAAGTATATAACGTACTAATTACTGCTCATGCTTTTTTAATGATATTTTTTATGGTTATGCCGGTTATGATAGGTGGTTTTGGCAATTGATTAGTTCCTATAATGATTGGTAGTCCAGATATGGCTTTTCCGCGTCTAAATAATATCAGTTTTTGACTATTACCCCCTTCATTATGTTTGCTTTTAACTTCGTCCCTTGTTGAAGTTGGAGCTGGTACTGGATGAACAGTTTACCCACCTTTAAGTTCGATTCAAAGCCATTCAGGAGGAGCTGTTGATTTAGCAATCTTTAGTTTACATTTATCAGGCGCAGCTTCAATATTGGGAGCAATAAATTTTATATCCACAATATTGAATATGAGAAATCCTGGTCAAAATATGTATAGAATGCCTTTATTTGTATGGTCTATATTTGTAACTGCTTTTTTGTTACTTTTAGCTGTACCCGTACTTGCAGGTGCTATTACAATGCTATTAACTGATAGAAACTTTAATACTTCATTT Liagora_distenta_HQ603225 TTGGGTGGTTGTATGTCATTATTAATACGTATGGAGTTAGCTCAACCAGGTAACCACCTGTTAATAGGTAATCACCAAATATATAATGTATTAATTACTGCGCACGCTTTTTTAATGATATTCTTTATGGTAATGCCTGTCATGATAGGTGGTTTTGGGAATTGGTTAGTACCTATAATGATTGGTAGCCCAGACATGGCTTTCCCCCGATTAAATAATATTAGTTTTTGGTTGTTGCCTCCTTCGTTATGTTTGCTTTTAGCATCATCTCTTGTTGAAGTTGGTGCTGGTACTGGTTGAACAGTTTACCCTCCTTTAAGTTCTATACAAAGTCATTCAGGGGGAGCTGTTGATTTAGCAATTTTTAGCTTGCACTTATCAGGAGCAGCTTCTATATTAGGAGCAATAAATTTTATATCTACGATATTAAATATGAGAAACCCTGGACAAAGTATGTACCGAATGCCATTATTTGTATGGTCTATATTCGTAACTGCTTTTCTATTACTTTTGGCGGTACCAGTACTTGCAGGCGCAATCACAATGTTATTAACTGACCGAAACTTTAATACTTCATTT Liagora_donaldiana_HQ423078 TTAGGAGGATGTATGTCTCTATTAATACGTATGGAATTGGCACAACCAGGTAATCATTTGTTAGCTGGTAATCATCAAATTTACAATGTATTAATTACTGCTCACGCCTTTTTAATGATTTTCTTCATGGTAATGCCCGTAATGATAGGAGGCTTTGGTAATTGATTAGTACCTATAATGATAGGTAGCCCAGATATGGCTTTTCCTAGATTAAATAATATAAGTTTTTGGTTATTACCGCCTTCATTATGTTTATTATTAGCTTCTTCATTAGTTGAAGTAGGTGCAGGAACCGGCTGAACAGTTTATCCTCCTTTAAGTTCGATACAAAGTCATTCAGGTGGCGCAGTAGATCTAGCTATATTTAGTTTGCATTTATCAGGTGCAGCGTCTATATTAGGTGCTATAAACTTTATATCTACAATTTTAAATATGAGAAATCCGGGCCAAAGTATGTATAGAATGCCTTTATTCGTTTGGTCTATATTTGTAACAGCTTTTTTGTTACTTCTAGCTGTACCTGTTTTAGCTGGTGCAATTACCATGTTATTGACTGATAGAAATTTTAATACTTCTTTT Liagora_julieae_HQ422852 TTAGGTGGTTGCATGTCATTATTAATACGTATGGAACTAGCTCAACCAGGTAATCATTTGTTAATGGGTAACCATCAAGTATATAATGTTTTAATCACTGCTCATGCTTTTTTAATGATATTCTTTATGGTAATGCCTGTTATGATAGGGGGTTTTGGCAATTGATTAGTTCCGATAATGATTGGTAGTCCAGATATGGCTTTTCCTAGATTAAATAATATCAGTTTTTGATTATTACCACCTTCATTATGTTTGCTTTTAGCTTCGTCGCTTGTTGAAGTTGGTGCGGGAACTGGGTGAACAGTTTATCCCCCTTTAAGTTCTATCCAAAGCCACTCAGGAGGTGCTGTTGATCTAGCAATTTTTAGTTTACATTTGTCTGGAGCCGCTTCAATATTAGGAGCAATAAACTTTATATCTACAATATTGAACATGCGAAATCCTGGACAAAGTATGTACAGAATGCCATTATTYGTATGATCAATATTTGTAACAGCCTTTTTATTATTGCTAGCTGTACCAGTACTTGCAGGTGCAATTACAATGTTATTAACTGATCGTAATTTTAATACTTCATTT Liagora_pectinata_HQ603226 TTAGGAGGATGTATGTCTTTATTAATTCGTATGGAGTTAGCTCAACCAGGGAACCACTTACTTTCTGGAAATCACCAAGTGTACAATGTATTGATTACAGCTCATGCGTTTTTAATGATATTTTTTATGGTTATGCCGGTAATGATAGGTGGGTTTGGAAATTGACTTGTACCAATAATGATTGGTAGTCCTGATATGGCTTTCCCGCGTTTAAATAATATTAGTTTTTGGTTATTACCTCCATCATTATGTTTACTCTTAGCTTCTTCTCTTGTAGAAGTAGGTGCTGGTACTGGCTGGACAGTATATCCACCGTTAAGTTCAATACAGAGTCATTCTGGAGGTGCCGTAGACTTGGCTATATTTAGCCTTCACTTATCAGGTGCTGCATCAATTTTAGGCGCAATCAATTTTATATCTACTATACTAAATATGCGAAATCCCGGACAAAGTATGTATAGAATGCCTTTATTTGTTTGGTCAATCTTTGTAACAGCATTTTTGTTACTTTTAGCCGTACCTGTTTTAGCAGGTGCTATTACAATGCTATTAACGGATCGAAATTTTAATACTTCTTTT Liagora_viscida_HQ603227 TTGGGTGGTTGCATGTCCTTATTAATACGTATGGAGCTAGCTCAGCCAGGTAATCATCTTTTAATGGGTAATCACCAAGTATATAATGTATTAATTACTGCTCACGCCTTTTTAATGATATTTTTTATGGTGATGCCAGTTATGATAGGCGGTTTTGGTAATTGGTTAGTTCCTATAATGATTGGTAGTCCAGACATGGCTTTTCCCAGATTAAATAATATTAGTTTCTGACTATTACCACCTTCTCTATGCTTACTTTTAGCCTCATCTCTTGTTGAAGTAGGTGCTGGAACTGGATGAACAGTTTACCCGCCTTTAAGTTCTATTCAAAGTCATTCAGGAGGAGCCGTTGATTTAGCAATTTTTAGTTTGCATTTATCAGGAGCAGCTTCAATACTAGGCGCAATAAATTTTATATCTACAATTTTAAATATGCGTAATCCTGGTCAAAGTATGTATAGAATGCCATTATTTGTGTGATCTATATTTGTAACTGCTTTTTTATTGCTTTTAGCTGTCCCAGTACTTGCTGGTGCAATTACAATGTTGCTAACTGACCGTAACTTTAATACTTCATTC Liagora_sp_HQ422956 TTAGGCGGTTGTATGTCGTTACTAATACGTATGGAGTTAGCTCAACCAGGTAACCATTTGTTAATGGGTAATCATCAAGTATACAATGTACTAATTACTGCCCATGCTTTCTTAATGATATTTTTTATGGTGATGCCAGTTATGATAGGTGGTTTTGGTAATTGATTAGTTCCTATAATGATTGGAAGTCCTGATATGGCTTTTCCACGACTAAATAACATTAGTTTTTGGCTGTTACCGCCTTCATTATGTTTACTTCTAGCTTCGTCACTTGTTGAAGTTGGGGCTGGGACTGGTTGGACAGTTTATCCTCCTTTAAGTTCTATTCAAAGTCATTCAGGCGGAGCTGTTGATTTAGCAATCTTTAGTCTACATTTATCAGGTGCGGCTTCAATACTAGGGGCAATAAATTTTATATCTACCATACTAAATATGAGAAATCCTGGTCAAAGCATGTACAGAATGCCATTATTTGTATGATCTATATTTGTAACTGCCTTTTTGTTGCTTTTAGCTGTGCCTGTACTTGCGGGGGCAATTACAATGTTATTAACTGACCGTAATTTTAACACTTCTTTT Liagora_sp_HQ422954 TTAGGAGGCTGTATGTCTTTATTAATACGCATGGAGTTAGCTCAACCGGGTAACCATTTATTAATGGGTAATCACCAAGTATATAATGTATTAATCACTGCCCACGCTTTTTTAATGATATTTTTTATGGTAATGCCAGTTATGATAGGTGGATTTGGAAATTGATTGGTACCTATAATGATAGGTAGCCCAGATATGGCTTTCCCTCGACTAAATAATATTAGTTTTTGGTTATTACCCCCTTCATTATGTTTACTTTTAGCTTCGTCTTTAGTAGAAGTTGGTGCTGGAACGGGTTGAACAGTTTATCCTCCTTTAAGTTCTATACAAAGCCATTCTGGGGGAGCTGTGGATTTAGCAATTTTTAGTTTACATTTATCTGGAGCAGCTTCTATACTAGGAGCAATAAATTTCATATCTACAATACTAAATATGAGAAATCCCGGGCAAAGTATGTACAGAATGCCTTTATTTGTATGGTCTATATTCGTAACTGCCTTTTTATTACTTTTAGCAGTTCCGGTACTTGCAGGTGCAATTACAATGTTATTAACTGACCGGAATTTCAATACGTCATTT Liagora_sp_HQ422780 CTTGGTGGTTGTATGTCTTTGCTAATACGTATGGAACTAGCTCAACCAGGTAATCATTTATTAATGGGTAACCATCAAGTATATAATGTATTGATTACAGCCCATGCTTTTTTAATGATATTTTTTATGGTAATGCCTGTTATGATAGGAGGTTTTGGTAATTGGTTAGTTCCAATAATGATTGGTAGCCCGGACATGGCTTTTCCTCGACTAAATAATATTAGTTTCTGATTACTACCACCTTCGTTATGTTTACTTTTAGCGTCATCTTTAGTTGAAGTAGGTGCGGGTACTGGCTGAACTGTTTATCCTCCCCTAAGCTCTATTCAAAGTCATTCAGGAGGAGCTGTTGACCTAGCAATTTTTAGTTTACATTTATCAGGTGCAGCTTCAATATTAGGTGCAATAAATTTTATATCTACAATACTAAATATGAGAAATCCGGGTCAAAGTATGTATAGAATGCCTTTGTTTGTATGGTCGATATTTGTAACTGCTTTTTTATTACTCTTAGCGGTACCAGTGCTTGCAGGTGCAATTACAATGTTATTAACTGACCGTAATTTTAATACTTCATTC Liagora_boergesenii_HQ422649 TTAGGGGGGTGTATGTCTTTATTAATACGTATGGAGTTAGCACAACCTGGTAATCACTTATTATCTGGCAATCATCAAATTTATAACGTGTTAATTACAGCCCATGCCTTTTTGATGATTTTTTTCATGGTAATGCCTGTAATGATTGGAGGATTTGGAAACTGATTGGTACCAATCATGATAGGTAGCCCAGATATGGCTTTTCCTAGATTAAATAACATTAGTTTTTGACTATTACCTCCATCATTATGTTTATTACTAGCCTCGTCTTTGGTTGAAGTAGGTGCTGGAACAGGATGAACAGTATATCCACCTCTAAGCTCGATACAAAGCCATTCTGGAGGAGCTGTGGATTTAGCAATATTCAGTTTACACTTGTCAGGTGCAGCGTCTATACTAGGTGCTATAAATTTTATATCTACAATATTAAACATGAGAAATCCGGGACAAAGTATGTATAGAATGCCTTTGTTTGTTTGGTCAATATTTGTAACAGCTTTTTTACTGCTTTTAGCGGTACCAGTTTTAGCTGGCGCAATTACGATGTTGTTAACAGACAGAAATTTTAACACTTCTTTC Liagora_sp_HQ422634 TTAGGGGGGTGTATGTCTTTATTAATACGTATGGAGTTAGCACAACCTGGTAATCATTTATTATCTGGTAATCATCAAATTTATAACGTGTTAATTACAGCCCATGCCTTTTTGATGATTTTTTTTATGGTAATGCCTGTAATGATTGGAGGATTTGGAAACTGATTGGTACCAATCATGATAGGTAGCCCAGATATGGCTTTTCCTAGATTAAATAACATTAGTTTTTGATTATTACCTCCATCATTATGTTTATTACTAGCCTCGTCTTTGGTTGAAGTAGGTGCTGGAACAGGATGAACAGTATACCCACCTTTAAGCTCGATACAAAGCCATTCTGGAGGAGCTGTGGATTTAGCAATATTCAGTTTACACTTGTCAGGTGCAGCGTCTATACTAGGTGCTATAAATTTTATATCCACAATATTAAACATGAGAAATCCGGGACAAAGTATGTATAGAATGCCTTTGTTTGTTTGGTCAATATTTGTAACAGCTTTTTTACTGCTTTTAGCGGTACCAGTTTTAGCTGGCGCAATTACAATGTTGTTAACAGACAGAAATTTTAACACTTCTTTC Neoizziella_divaricata_HQ423117 TTAGGTGGTTGTATGTCATTACTAATACGTATGGAATTAGCGCAACCAGGCAATCATCTGCTAGGGGGCAATCACCAAATCTATAATGTTTTAATTACAGCGCATGCATTTTTGATGATTTTTTTTATGGTAATGCCAGTAATGATAGGAGGTTTTGGAAACTGATTAGTACCTATTATGATAGGTAGTCCAGATATGGCTTTTCCTAGGTTAAACAATATTAGTTTTTGGCTATTACCGCCATCATTGTGTTTATTACTAGCTTCGTCATTGGTTGAAGTAGGAGCAGGAACTGGTTGAACAGTTTATCCGCCCCTAAGTTCAATACAAAGTCATTCAGGAGGAGCTGTAGATTTAGCAATTTTTAGTTTGCATTTGTCTGGCGCAGCTTCAATATTAGGAGCAATAAATTTTATATCTACCATATTAAATATGCGAAATCCGGGACAAAGCATGTATAGAATGCCTTTATTTGTCTGATCTATATTTGTAACAGCATTTTTGTTACTTTTAGCAGTACCTGTTTTAGCAGGGGCAATTACCATGTTGTTGACTGATAGAAATTTTAATACTTCGTTT Izziella_orientalis_HQ422594 TTAGGAGGGTGTATGTCATTATTGATACGTATGGAATTAGCTCAACCAGGTAATCACTTGTTAATGGGTAACCATCAAATTTATAATGTGCTAATTACTGCCCATGCTTTTTTAATGATATTCTTTATGGTTATGCCAGTTATGATAGGCGGCTTTGGTAATTGGTTAGTTCCTATAATGATAGGTAGCCCAGATATGGCTTTTCCACGTTTAAATAATATTAGTTTTTGGTTATTACCTCCTTCGTTATGCTTACTTTTAGCTTCTTCTCTTGTCGAAGTTGGTGCTGGAACCGGGTGAACAGTTTACCCGCCTTTAAGTTCTATACAAAGTCACTCAGGAGGAGCCGTAGATCTAGCAATTTTCAGCTTGCATTTATCAGGTGCAGCTTCTATATTAGGAGCTATAAATTTTATCTCAACAATCTTAAATATGAGAAATCCTGGACAAAGTATGTATAGAATGCCGTTATTTGTATGATCAATATTTGTGACTGCTTTTTTATTGCTTCTAGCTGTTCCAGTACTTGCTGGGGCAATTACAATGTTACTAACTGATCGTAACTTTAATACCTCATTT Cumagloia_andersonii_HM916454 TTAGGAGGTTGTATGTCATTATTAATAAGAATGGAGTTAGCTCAACCAGGTAATCATTTGTTGATCGGTAATCATCAAATTTATAATGTCTTGATCACCGCACATGCCTTCCTAATGATATTTTTCATGGTTATGCCCGTAATGATAGGAGGTTTCGGTAATTGACTTGTTCCAATCATGATTGGAAGTCCTGACATGGCTTTTCCTCGTCTAAATAACATTAGTTTTTGATTGCTTCCGCCTTCGCTCTGCTTATTGTTAGCTTCATCGCTTGTAGAGGTTGGAGCAGGTACTGGTTGAACTGTGTACCCACCTTTGAGTTCAATACAAAGCCATTCGGGTGGAGCAGTTGACTTAGCAATTTTCAGTTTACATCTTTCGGGAGCTGCTTCGATTCTAGGAGCCGTAAATTTTATATCTACTATTTTAAATATGCGTAACCCCGGCCAAAGTATGTATAGAATGCCGTTATTTGTTTGGTCAATATTCGTAACAGCTTTCTTGTTATTACTAGCAGTACCGGTTTTAGCTGGAGCAATTACTATGTTATTGACTGACCGTAACTTTAACACATCTTTC Nemalion_helminthoides_HQ603241 TTAGGTGGTTGCATGTCATTACTGATTCGTATGGAGTTAGCGCAACCAGGTAATCATTTATTATCTGGCAATCATCAAACTTACAATGTGTTAATAACTGCACATGCCTTCTTAATGATATTTTTCATGGTTATGCCGGTGATGATAGGTGGTTTTGGAAATTGACTTGTTCCGATAATGATCGGAAGTCCTGATATGGCATTTCCTCGATTAAACAATATAAGTTTTTGGTTGCTACCGCCTTCACTTTGCCTTTTGTTAGCCTCTTCTCTTGTGGAAGTAGGTGCGGGTACGGGTTGAACTGTGTACCCCCCTTTAAGTTCAATACAAAGTCATTCAGGAGGTGCTGTGGATTTAGCCATTTTTAGTCTTCATCTTTCGGGCGCGGCGTCAATTTTAGGCGCAGTCAACTTCATATCTACAATTCTAAACATGCGTAATCCAGGTCAAAGTATGTACAGAATACCTCTGTTTGTTTGGTCTATCTTTGTAACAGCTTTTCTTTTGTTATTAGCGGTACCTGTTTTAGCCGGCGCAATAACAATGCTTTTAACTGACAGAAACTTTAATACTTCCTTC Nemalion_multifidum_HQ603240 TTAGGGGGTTGTATGTCGCTATTAATTCGCATGGAATTAGCACAGCCAGGCAACCATTTGTTGTCTGGCAATCACCAAATTTATAACGTGTTGATAACTGCGCATGCCTTTTTAATGATATTTTTCATGGTTATGCCAGTGATGATTGGCGGTTTTGGTAATTGACTTGTACCCATAATGATTGGAAGTCCGGATATGGCTTTTCCAAGACTAAATAATATAAGTTTCTGGTTATTACCACCTTCACTTTGCCTTCTGTTAGCTTCTTCACTCGTAGAAGTGGGCGCAGGCACTGGTTGAACGGTGTATCCGCCTTTAAGTTCTATACAAAGCCACTCAGGAGGTGCCGTAGATTTAGCTATCTTTAGTCTTCATCTTTCAGGCGCAGCATCAATTTTAGGGGCGGTCAATTTCATATCCACGATTCTGAATATGCGTAATCCAGGCCAAAGTATGTACAGGATGCCTTTGTTCGTTTGATCTATCTTCGTGACAGCTTTTTTGTTATTGTTAGCGGTCCCTGTGTTAGCAGGTGCGATAACAATGCTTTTAACTGATAGAAACTTCAACACTTCTTTT ; END; BEGIN PAUP; Lset Base = equal Nst = 1 Rates = equal Pinvar = 0; END; BEGIN ASSUMPTIONS; TYPESET * UNTITLED = unord: 1 - 579; END; BEGIN CODONS; CODESET * UNTITLED = universal: 1 - 579; END; BEGIN MESQUITECHARMODELS; ProbModelSet * UNTITLED = 'Jukes-Cantor': 1 - 579; END; BEGIN TREES; Title Imported_trees; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE [0] 1 Liagora_japonica_Misaki_topotype, [1] 2 Liagora_japonica_Wakayama, [2] 3 Liagora_japonica_Sado_Oki, [3] 4 Liagora_albicans_HQ422978, [4] 5 Liagora_albicans_HQ422866, [5] 6 Liagora_albicans_HQ422860, [6] 7 Liagora_distenta_HQ603225, [7] 8 Liagora_donaldiana_HQ423078, [8] 9 Liagora_julieae_HQ422852, [9] 10 Liagora_pectinata_HQ603226, [10] 11 Liagora_viscida_HQ603227, [11] 12 Liagora_sp_HQ422956, [12] 13 Liagora_sp_HQ422954, [13] 14 Liagora_sp_HQ422780, [14] 15 Liagora_boergesenii_HQ422649, [15] 16 Liagora_sp_HQ422634, [16] 17 Neoizziella_divaricata_HQ423117, [17] 18 Izziella_orientalis_HQ422594, [18] 19 Cumagloia_andersonii_HM916454, [19] 20 Nemalion_helminthoides_HQ603241, [20] 21 Nemalion_multifidum_HQ603240; TREE Imported_tree_1 = ((20,21),(19,(10,((((12,(6,(4,5))),(7,13)),(14,(9,(11,18)))),((17,(8,(15,16))),(3,(1,2))))))); END; Begin MESQUITE; MESQUITESCRIPTVERSION 2; TITLE AUTO; tell ProjectCoordinator; timeSaved 1454254376965; getEmployee #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa; tell It; setID 0 2914598922627348346; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.ManageCharacters.ManageCharacters; tell It; setID 0 5620567659794322117; mqVersion 304; checksumv 0 3 1585432686 null getNumChars 579 numChars 579 getNumTaxa 21 numTaxa 21 short true bits 2305843009213693967 states 15 sumSquaresStatesOnly 340281.0 sumSquares -9.2233720368545034E18 longCompressibleToShort false usingShortMatrix true NumFiles 1 NumMatrices 1; mqVersion; endTell; getWindow; tell It; suppress; setResourcesState false false 100; setPopoutState 300; setExplanationSize 0; setAnnotationSize 0; setFontIncAnnot 0; setFontIncExp 0; setSize 700 472; setLocation 8 8; setFont SanSerif; setFontSize 10; getToolPalette; tell It; endTell; desuppress; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowCoord.BasicDataWindowCoord; tell It; showDataWindow #5620567659794322117 #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindowMaker; tell It; getWindow; tell It; setExplanationSize 30; setAnnotationSize 20; setFontIncAnnot 0; setFontIncExp 0; setSize 600 400; setLocation 8 8; setFont SanSerif; setFontSize 10; getToolPalette; tell It; endTell; setActive; setTool mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindow.arrow; colorCells #mesquite.charMatrices.ColorByState.ColorByState; tell It; setStateLimit 9; toggleUniformMaximum on; endTell; colorRowNames #mesquite.charMatrices.TaxonGroupColor.TaxonGroupColor; colorColumnNames #mesquite.charMatrices.CharGroupColor.CharGroupColor; colorText #mesquite.charMatrices.NoColor.NoColor; setBackground White; toggleShowNames on; toggleShowTaxonNames on; toggleTight off; toggleThinRows off; toggleShowChanges off; toggleSeparateLines off; toggleShowStates on; toggleAutoWCharNames off; toggleAutoTaxonNames off; toggleShowDefaultCharNames off; toggleConstrainCW on; toggleBirdsEye off; toggleShowPaleGrid off; toggleShowPaleCellColors off; toggleShowPaleExcluded off; togglePaleInapplicable on; toggleShowBoldCellText off; toggleAllowAutosize off; toggleColorsPanel off; toggleLinkedScrolling on; toggleScrollLinkedTables off; endTell; showWindow; getWindow; tell It; forceAutosize; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.ColorCells.ColorCells; tell It; setColor Red; removeColor off; endTell; getEmployee #mesquite.categ.StateNamesStrip.StateNamesStrip; tell It; showStrip off; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.AnnotPanel.AnnotPanel; tell It; togglePanel off; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.CharReferenceStrip.CharReferenceStrip; tell It; showStrip off; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.QuickKeySelector.QuickKeySelector; tell It; autotabOff; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.SelSummaryStrip.SelSummaryStrip; tell It; showStrip off; endTell; getEmployee #mesquite.align.AlignToDropped.AlignToDropped; tell It; gapCosts 8 3 2 2; subCosts 10 5 10 10 10 5 5 10 10 10 5 10; endTell; getEmployee #mesquite.molec.ColorByAA.ColorByAA; tell It; emphasizeDegeneracy off; endTell; getEmployee #mesquite.molec.SequenceInfoEditor.SequenceInfoEditor; tell It; panelOpen false; endTell; endTell; endTell; endTell; end;