NEXUS
[File created by TreeBASE:  1/16/09  15:32:55]
[Matrix accession#: M3627]

BEGIN TAXA;
	TITLE M3627;
	DIMENSIONS  NTAX=4;
	TAXLABELS
		Mus_musculus_b2genew2	Mus_musculus_b2genew1	Mus_musculus_b2genep	Mus_musculus_b2gened
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M3627;
	DIMENSIONS NCHAR=1401;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Mus_musculus_b2genew2       ATGGTGCACCTGACTGATGCTGAGAAGTCTGCTGTCTCTTGCCTGTGGGCAAAGGTGAACCCCGATGAAGTTGGTGGTGAGGCCCTGGGCAGGCTGCTGGTTGTCTACCCTTGGACCCAGCGGTACTTTGATAGCTTTGGAGACCTATCCTCTGCCTCTGCTATCATGGGTAATCCCAAGGTGAAGGCCCATGGCAAAAAGGTGATAACTGCCTTTAACGAGGGCCTGAAAAACCTGGACAACCTCAAGGGCACCTTTGCCAGCCTCAGTGAGCTCCACTGTGACAAGCTGCATGTGGATCCTGAGAACTTCAGGCTCCTGGGCAATGCGATCGTGATTGTGCTGGGCCACCACCTGGGCAAGGATTTCACCCCCGCTGCACAGGCTGCCTTCCAGAAGGTGGTGGCTGGAGTGGCCACTGCCCTGGCTCACAAGTACCACTAATTGGTATCCAAGTTACAAGGCAGCTCACAAGTAGAAGTTGGGTGCTTGGAGACAGAGGTCTGCTTTCCAGCAGGCACTAACTTTCAGTGTCCCCTGTCTATGTTTCCCTTTTTAGGGTGAGTCTGATGGGCACCTCCTGGGTTTCCTTCCCCTGGCTATTCTGCTCAGCCTTCCTATCAGAAAGAAAGGGGAAGCGATTCTTGGGAGCAGTTTCGATGATGGTGTGTGGATGTGAATTGTGGAGTGTTGACTAGAGTTTGGATATTTTATTCTCTACTCAGAATCGCTGCTCCCTCTCATTCTGTTCTGTTCTTCTGTGTTGTCATTTCCTCTTTCTTGGTTAAGTTTTAATTTTCAGTTGCAGTTTTAAAGTGCATCTTTTATCTACTTTCTGTTTTCTTTTCAAATATATCCTGGTATCTTACTCTGAGGACAAAAAGATAAATGATTCTCTGATTCTTTCCACAGTTCTAATGAATTATAGGGCGATAATTGGCTTTTAGGATAGGACAATAAGGAAGAGTATATTTTGCGGCTAAATTTTGTCTGTCATAGAATAATTGTTTTTTATTTATTTATTTATT-----TTTCATAGAATAATTCTTATCAAAATTGACCAATAGAACCCAGCTGCCATTTTACCTATCTTTGAAGATTATAACTGTAAATTCCATTTGAAATCGGCCTTCAGCATCTTGTATTGTTGCTCTACTTCATATTGATGCCTTTTCTGTCTTCCCACAGTATAAAGCTGAGCAGGGTCAGTTGCTTCTTACGTTTGCTTCTGAGTCTGTTGTGTTGACTTGCAACCTCAGAAACAGACATCGACCCTTTCTTGCTATTGTCTATGCACAAAGGTTATATGTCCCCTAGAGAAAAACTGTCAATTGTGGGGAAATGATGAAGACCTTTGGGCATCTAGCTTTTATCTAATAAATGATATTTACTGTCATCT
		Mus_musculus_b2genew1       ATGGTGCACCTGACTGATGCTGAGAAGTCTGCTGTCTCTTGCCTGTGGGCAAAGGTGAACCCCGATGCAATTGGTGGTGAGGCCCTGGGCAGGCTGCTGGTTGTCTACCCTTGGACCCAGCGGTACTTTGATAGCTTTGGAGACCTATCCTCTGCCTCTGCTATCATGGGTAATCCCAAGGTGAAGGCCCATGGCAAAAAGGTGATAACTGCCTTTAACGAGGGCCTGAAAAACCTGGACAACCTCAAGGGCACCTTTGCCAGCCTCAGTGAGCTCCACTGTGACAAGCTGCATGTGGATCCTGAGAACTTCAGGCTCCTGGGCAATGCGATCGTGATTGTGCTGGGCCACCACCTGGGCAAGGATTTCACCCCCGCTGCACAGGCTGCCTTCCAGAAGGTGGTGGCTGGAGTGGCCACTGCCCTGGCTCACAAGTACCACTAATTGGTATCCAGGTTACAAGGCAGCTCACAAGTAGAAGTTGGGTGCTTGGAGACAGAGGTCTGCTTTCCAGCAGGCACTAACTTTCAGTGTCCCCTGTCTATGTTTCCCTTTTTAGGGTGAGTCTGATGGGCACCTCCTGGGTTTCCTTCCCCTGGCTATTCTGCTCAACCTTCCTATCAGAAGGAAAGGGGAAGCGATTCTAGGGAGCAGTTTCGATGATGGTGTGTGGATGTGAATTGTGGAGTGTTGACTAGAGTTTGGATATTTTATTCTCTACTCAGAATCGCTGCTCCCTCTCACTCTGTTCTGTTCTTCTGTGTTGTCATTTCCTCTGTCTTGGTTAAGTTTTAATTTTCAGTTGCAGTTTTAAAGTGCATCTTTTATCTACTTTCTGTTTTCTTTTCAAATATATCCTGGTATCTTACTCTGAGGACAAAAAGATAAATGATTCTCTGATCCTTTCCACAGTTCTAATGAATTATAGGGCGATAATTGGCTTTTAGGATAGGACAATAAGGAAGAGTATATTTTGTGGCTAAATTTTGTCTGTCATAGAATAATTCTTTTTTATTT-TTTATTTATTATTTTTTTCATAGAATAATTCTTATCAAAATTGACCAATAGAACCCAGCTGCCATTTTACCTATCTTTGAAGACTATAACTGTAAATTCCATTTGAAATCGGCCTTCAGCATCTTGTATTGTTGCTCTACTTCATATTGATGCCCCTTCTGTCTTCCCACAGTATAAAGCTGAGCAGGGTCAGTTGCTTCTTACGTTTGCTTCTGAGTCTGTTGTGTTGACTTGCAACCTCAGAAACAGACATCGCCCCTTTCCTGCTATTTTCTATGCACAAAGGTTATATGTCCCCTAGAGAAAAACTGTCAATTGTGGGGAAATGATGAAGACCTTTGGGCATCTAGCTTTTATCTAATAAATGATATTTACTGTCATCT
		Mus_musculus_b2genep        ATGGTGCACCTGACTGATGCTGAGAAGTCTGCTGTCTCTTGCCTGTGGGCAAAGGTGAACCCCGATGCAATTGGTGGTGAGGCCCTGGGCAGGCTGCTGGTTGTCTACCCTTGGACCCAGCGGTACTTTGATAGCTTTGGAGACCTATCCTCTGCCTCTGCTATCATGGGTAATCCCAAGGTGAAGGCCCATGGCAAAAAGGTGATAACTGCCTTTAACGAGGGCCTGAAAAACCTGGACAACCTCAAGGGCACCTTTGCCAGCCTCAGTGAGCTCCACTGTGACAAGCTGCATGTGGATCCTGAGAACTTCAGGCTCCTGGGCAATGCGATCGTGATTGTGCTGGGCCACCACCTGGGCAAGGATTTCACCCCCGCTGCACAGGCTGCCTTCCAGAAGGTGGTGGCTGGAGTGGCCACTGCCCTGGCTCACAAGTACCACTAATTGGTATCCAGGTTACAAGGCAGCTCACAAGTAGAAGTTGGGTGCTTGGAGACAGAGGTCTGCTTTCCAGCAGGCACTAACTTTCAGTGTCCCCTGTCTATGTTTCCCTTTTTAGGGTGAGTCTGATGGGCACCTCCTGGGTTTCCTTCCCCTGGCTATTCTGCTCAACCTTCCTATCAGAAGGAAAGGGGAAGCGATTCTAGGGAGCAGTTTCGATGATGGTGTGTGGATGTGAATTGTGGAGTGTTGACTAGAGTTTGGATATTTTATTCTCTACTCAGAATCGCTGCTCCCTCTCACTCTGTTCTGTTCTTCTGTGTTGTCATTTCATCTGTCTTGGTTAAGTTTTAATTTTCAGTTGCAGTTTTAAAGTGCATCTTTTATCTACTTTCTGTTTTCTTTTCAAATATATCCTGGTATCTTACTCTGAGGACAAAAAGATAAATGATTCTCTGATCCTTTCCACAGTTCTAATGAATTATAGGGCGATAATTGGCTTTTAGGATAGGACAATAAGGAAGAGTATATTTTGTGGCTAAATTTTGTCTGTCATAGAATAATTCTTTTTTATTT-TTTATTTATTATTTTTTTCATAGAATAATTCTTATCAAAATTGACCAATAGAACCCAGCTGCCATTTTACCTATCTTTGAAGACTATAACTGTAAATTCCATTTGAAATCGGCCTTCAGCATCTTGTATTGTTGCTCTACTTCATATTGATGCCCCTTCTGTCTTCCCACAGTATAAAGCTGAGCAGGGTCAGTTGCTTCTTACGTTTGCTTCTGAGTCTGTTGTGTTGACTTGCAACCTCAGAAACAGACATCGCCCCTTTCCTGCTATTTTCTATGCACAAAGGTTATATGTCCCCTAGAGAAAAACTGTCAATTGTGGGGAAATGATGAAGACCTTTGGGCATCTAGCTTTTATCTAATAAATGATATTTACTGTCATCT
		Mus_musculus_b2gened        ATGGTGCACCTGACTGATGCTGAGAAGTCTGCTGTCTCTTGCCTGTGGGCAAAGGTGAACCCCGATGAAGTTGGTGGTGAGGCCCTGGGCAGGCTGCTGGTTGTCTACCCTTGGACCCAGCGGTACTTTGATAGCTTTGGAGACCTATCCTCTGCCTCTGCTATCATGGGTAATCCCAAGGTGAAGGCCCATGGCAAAAAGGTGATAACTGCCTTTAACGAGGGCCTGAAAAACCTGGACAACCTCAAGGGCACCTTTGCCAGCCTCAGTGAGCTCCACTGTGACAAGCTGCATGTGGATCCTGAGAACTTCAGGCTCCTGGGCAATGCGATCGTGATTGTGCTGGGCCACCACCTGGGCAAGGATTTCACCCCTGCTGCACAGGCTGCCTTCCAGAAGGTGGTGGCTGGAGTGGCCACTGCCCTGGCTCACAAGTACCACTAATTGGTATCCAGGTTACAAGGCAGCTCACAAGTAGAAGCTGGGTGCTTGGAGACAGAGGTCTGCTTTCCAGCAGGCACTAACTTTCAGTGTCCCCTGTCTATGTTTCCCTTTTTAGGGTGAGTCTGATGGGCACCTCCTGGGTTTCCTTCCCCTGGCTATTCTGCTCAACCTTCCTATCAGAAGGAAAGGGGAAGCGATTCTAGGGAGCAGTTTCGATGATGGTGTGTGGATGTGAATTGTGGAGTGTTGACTAGAGTTTGGATATTTTATTCTCTACTCAGAATTGCTGCTCCCTCTCACTCTGTTCTGTTCTTCTGTGTTGTCATTTCCTCTTTCTTGGTTAAGTTTTAATTTTCAGTTGCAGTTTTAAAGTGCATCTTTTATCTACTTTCTGTTTTCTTTTCAAATATATCCTGGTATCTTACTCTGAGGACAAAAAGATAAATGATTCTCTGATCCTTTCCACAGTTCTAATGAATTATAGGGCGATAATTGGCTTTTAGGATAGGACAATAAGGAAGAGTATATTTTGTGGCTAAATTTTGTGTGTCATAGAATAATTCTTTTTTATTT-TTTATTTATTATTTTTTTCATAGAATAATTCTTATCAAAATTGACCAGTAGAACCCAGCTGCCATTTTACCTATCTTTGAAGATTATAACTGTAAATTCCATTTGAAATCGGCCTTCAGCATCTTGTATTGTTGCTCTACTTCATATTGATGCGTCTTCTGTCTTCCCACAGTATAAAGCTGAGCAGGGTCAGTTGCTTCTTACGTTTGCTTCTGAGTCTGTTGTGTTGACTTGCAACTTCAGAAACAGACATCGCCCCTTTTCTGCTATTGTCTATGCACAAAGGTTATATGTCCCCTAGAGAAAAACTGTCAAGTGTGGGGAAATGATGAAGACCTTTGGGCATCTAGCTTTTATCTAATAAATGATATTTACTGTCATCT
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 1401 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;