#NEXUS
[written Sat Nov 26 17:38:04 EST 2016 by Mesquite  version 3.03 (build 702) at wl-10-190-115-64.wireless.duke.edu/10.190.115.64]

BEGIN TAXA;
	TITLE Taxa;
	DIMENSIONS NTAX=236;
	TAXLABELS
		Abrothallus_acetabuli Abrothallus_buellianus Abrothallus_cladoniae Abrothallus_hypotrachynae Abrothallus_parmeliarum Abrothallus_parmotrematis Abrothallus_secedens Abrothallus_sp1 Abrothallus_sp2 Abrothallus_suecicus Abrothallus_usneae Aff_Cryomyces_sp_CCFEE_5476 Aliquandostipite_khaoyaiensis Alternaria_alternata Alternaria_eureka Alternaria_sp Alternaria_tenuissima Alyxoria_varia Arthonia_caesia Arthopyrenia_salicis Arthrocatena_tenebrio Astrothelium_cinnamomeum Aureobasidium_pullulans Bimuria_novaezelandiae Bipolaris_maydis Bipolaris_sorokiniana Botryosphaeria_dothidea Byssothecium_circinans Capnodiales_sp_A73 Capnodiales_sp_CCFEE_5205 Capnodiales_sp_CCFEE_5389 Capnodiales_sp_CCFEE_5410 Capnodiales_sp_CCFEE_5459 Capnodiales_sp_CCFEE_5502 Capnodium_coffeae Caproventuria_hanliniana Catenulostroma_abietis Cercospora_beticola Chiodecton_natalense Cladosporium_cladosporioides Cladosporium_herbarum Cladosporium_sphaerospermum Cochliobolus_geniculatus Combea_mollusca Coniothyrium_cereale Coniothyrium_palmarum Cryomyces_antarcticus Cucurbitaria_elongata Curvularia_brachyspora Davidiellaceae_sp_AN1 Davidiellaceae_sp_CCFEE_5211 Davidiellaceae_sp_CCFEE_5388 Davidiellaceae_sp_CCFEE_5456 Delitschia_winteri Delphinella_strobiligena Dendrographa_decolorans Dendrographa_leucophaea Dendryphiopsis_atra Devriesia_strelitziae Devriesia_thermodurans Didymella_pisi Didymella_rabiei Didymosphaeria_enalia Diplodia_mutila Diplodia_tsugae Dothidea_hippophaes Dothidea_insculpta Dothidea_ribesia Dothidea_sambuci Dothideomycetes_sp_A6 Dothideomycetes_sp_AN13 Dothideomycetes_sp_CCFEE_5416 Dothideomycetes_sp_CCFEE_5460 Dothideomycetes_sp_TRN11 Dothideomycetes_sp_TRN111 Dothideomycetes_sp_TRN122 Dothideomycetes_sp_TRN123 Dothideomycetes_sp_TRN124 Dothideomycetes_sp_TRN129 Dothideomycetes_sp_TRN137 Dothideomycetes_sp_TRN138 Dothideomycetes_sp_TRN142 Dothideomycetes_sp_TRN152 Dothideomycetes_sp_TRN153 Dothideomycetes_sp_TRN211 Dothideomycetes_sp_TRN235 Dothideomycetes_sp_TRN245 Dothideomycetes_sp_TRN267 Dothideomycetes_sp_TRN279 Dothideomycetes_sp_TRN42 Dothideomycetes_sp_TRN43 Dothideomycetes_sp_TRN437 Dothideomycetes_sp_TRN44 Dothideomycetes_sp_TRN452 Dothideomycetes_sp_TRN456 Dothideomycetes_sp_TRN5 Dothideomycetes_sp_TRN529 Dothideomycetes_sp_TRN62 Dothideomycetes_sp_TRN66 Dothideomycetes_sp_TRN77 Dothideomycetes_sp_TRN79 Dothideomycetes_sp_TRN80 Dothideomycetes_sp_TRN87 Dothiora_cannabinae Dothiorella_sarmentorum Drechslera_erythrospila DTO_277_D2 DTO_277_I3 DTO_305_C3 DTO_305_E1 Elasticomyces_elasticus Elsinoe_centrolobi Elsinoe_phaseoli Elsinoe_veneta Extremus_antarcticus Farlowiella_carmichaeliana Friedmanniomyces_endolithicus Geoglossum_nigritum Gloniopsis_praelonga Gloniopsis_subrugosa Glonium_circumserpens Guignardia_bidwellii Guignardia_gaultheriae Helicomyces_roseus Herpotrichia_diffusa Herpotrichia_juniperi Hysterium_angustatum Hysterium_pulicare Hysterobrevium_smilacis Hysteropatella_clavispora Hysteropatella_elliptica Jahnula_appendiculata Jahnula_aquatica Jahnula_bipileata Jahnula_bipolaris Jahnula_granulosa Jahnula_sangamonensis Kirschsteiniothelia_aethiops Lasiodiplodia_theobromae Laurera_megasperma Lecanactis_abietina Lepidosphaeria_nicotiae Leptosphaeria_maculans Lophiostoma_arundinis Lophiostoma_crenatum Lophium_mytilinum Macrophomina_phaseolina Manglicola_guatemalensis Massariosphaeria_grandispora Massariosphaeria_roumeguerei Massariosphaeria_triseptata Massariosphaeria_typhicola Melanomma_radicans Microxyphium_citri Montagnula_opulenta Mycosphaerella_eurypotami Myriangium_duriaei Mytilinidion_andinense Mytilinidion_mytilinellum Mytilinidion_resinicola Mytilinidion_rhenanum Mytilinidion_scolecosporum Neofusicoccum_kwambonambiense Neofusicoccum_ribis Oedohysterium_insidens Oedohysterium_sinense Opegrapha_dolomitica Ophiosphaerella_herpotricha Ostreichnion_sassafras Otthia_spiraeae Paradendryphiella_arenariae Parastagonospora_avenae Parastagonospora_nodorum Phaeodothis_winteri Phaeosphaeria_eustoma Phaeotrichum_benjaminii Phoma_herbarum Phyllosticta_capitalensis Phyllosticta_elongata Phyllosticta_philoprina Piedraia_hortae Pleomassaria_siparia Pleospora_halimiones Pleospora_herbarum Pleosporales_sp Preussia_minima Preussia_terricola Pseudocercospora_fijiensis Psiloglonium_araucanum Psiloglonium_clavisporum Psiloglonium_simulans Pyrenochaeta_cava Pyrenochaeta_nobilis Pyrenophora_phaeocomes Pyrenophora_triticirepentis Ramularia_endophylla Rhytidhysteron_rufulum Roccella_boergesenii Roccella_canariensis Roccella_fuciformis Roccella_montagnei Roccella_tuberculata Roccellina_hypomecha Roccellographa_cretacea Saxomyces_alpinus Schismatomma_pericleum Sclerostagonospora_opuntiae Scorias_spongiosa Simonyella_variegata Sirodesmium_olivaceum Spencermartinsia_viticola Splanchnonema_platani Strangospora_pinicola Stylodothis_puccinioides Sydowia_polyspora Syncesia_farinacea Teratosphaeria_readeriellophora Teratosphaeriaceae_sp_CCFEE_502 Teratosphaeriaceae_sp_CCFEE_5401 Teratosphaeriaceae_sp_CCFEE_5457 Teratosphaeriaceae_sp_CCFEE_5499 Teratosphaeriaceae_sp_CCFEE_5501 Trematosphaeria_heterospora Trematosphaeria_pertusa Trichodelitschia_munkii Trichoglossum_hirsutum Tripospermum_myrti Trypethelium_nitidiusculum Trypethelium_virens Tubeufia_cerea Tubeufia_helicomyces Tyrannosorus_pinicola Ulospora_bilgramii Westerdykella_cylindrica Wettsteinina_lacustris Zymoseptoria_tritici 
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END;


BEGIN CHARACTERS;
	TITLE  Character_Matrix;
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	FORMAT DATATYPE = DNA GAP = - MISSING = ?;
	MATRIX
	Abrothallus_acetabuli             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	Abrothallus_buellianus            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	Abrothallus_cladoniae             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	Abrothallus_hypotrachynae         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	Arthopyrenia_salicis              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	Arthrocatena_tenebrio             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	Astrothelium_cinnamomeum          AAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTAGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAGTATGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCTTTTGGTATTCCTTGAGGCATGTCTGTTTGAGCGTTTATAATTCTAGGTAGATAATGACAAAGTTTTATCTATTTGTCTTGACCAAATCTTGTGCCAGCAGTCGCGGCAACACAAGGAAGACAAGTGTTATTCATCTTAAATCGGTTTAAGGGGTACCTAGACGGCTAGAGTTAGAGATGAAATTTTTTGATACTACTGGTAAAGGCGAAAGCAAACCTTTATATATTAACTGACGTTGAGGGACGAAGGCTTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTAATAGTCCAGGCAGAGAATTATGAATGTCATAATAAATGAAAGTGTAAGCATTCCACCTCAAGAGTAATGTGGCAACGCAGGAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGATACCAGCAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGTCGGTCCACAAAGAACCTTCCCACAATTTGAATACAAGCGTTGCATTGTTGTCTTCAGTTAATGTTGTGAGACTTTGGTTAGATTCATAAAATTAACGTAATCCTATGATCT?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAAAAGCTCAAATTTTAAATCTGAGTTGTAATTTGCAGAGGATAAGTTCTTTGGAAAAAGACGCCATGGAGAGTGACAGTCTCGTATGACTCCTTCGAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGACGTAAATTTGTTCCAAAG-CTAAATACCGGCTAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGAGTTAAAAAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCTTATGTTATCAGAGATAAGCTAGCATCAATTGGGGTAGCTGGATAAAAGTGTCGGAAATGTAGTTATAGATGCAGCTAATCCCGATTGAGGACCGCTAGGATGCTGGCATAATGGTAGCATGAGGCCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATCTATGCGAGTTTTTGAGTGACAAACTCATGAGCGTAATGAAAGTGAACGGAGGTAGGAGCACTATCGACCGGTCTTGAAGTTTACGGATGGATCTGAGTATGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCGTGAGTAGGGTGAAGTCAGAGGAAACTCTGATGGAGGCTCGTCAGCGTCTTAACGTGCAAATTAGTGCTTAAACTTGCGCATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGTAACGTCTTCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGAAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGTCCT-TGTTACTTAATTGAACGTGGACACTCGAATTATCGTTACTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGAACGCAAGGTTAAGGTGCCGGAATGTACGCTCATCAGACACCACAAAATCTGTCAGTGCATCCTGACAGCAGGACGGTGGCCATGGAAGTCGGAATCCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCCGAATGCACTGGCGATGAAAATGGATGGCGCTTAAGCGTATTACCCATACCTTGCCATTAAGAAGCTTCTTGAAATTTGCTGCCACCATTGTGGCAAGATCCTCATGGATGAAACCAACCCTGCGTTTATTGAAGCCATGAAGACTAGAGACCGCAAGCGCCGCTTCGACAAGATCTGGACCCTTTGCAAGACCAAGAAGAAGTGTCGAGGCGGATGCGGAAACGTTGCACCAGGC---ATTAGGAAGGATGGTCTGAAACTTCTTGGCACTTGGAAATACGACAAACGAATTGAGAAGAAATACATCACACCTCATCAGGTTCTGGAGGCCTTCAATCATATTTCCAATGAGGATCTAGAGAAGGTTGGTCTTGGTAGCGACTACGCGAAACCAACATGGATGATCCTCACGGTACTTCCTGTTCCACCTCCTCCAGTGCGTCCGAGTATCTCCGTCGATGGAACTGGTCAAGGCATGCGTGGCGAAGATGACTTGACATACAAGCTCAGCGACATTATCCGTGCAAATGCCAACGTAAAGAAATGCAAAGGAGAGGGCTCTCCCAGGTCACATTGTCGCAGAGTTGAGACGCTGCTGCAATATCATGTTGCAACTTACATGGACAATGACATTGCAGGTCAACCACAGGCGATGCAAAAGTCTGGTCGCCCAATTAAATCCATTCGCTCTCGTCTAAAAGGAAAAGAAGGTCGCTTACGAGGGAATCTGATGGGAAAGCGTGTTGATTTTTCTGCACGTACTGTCATCACTGGAGATCCCAATCTTGACCTTGATCAAGTTGGCGTGCCGCGAACCATTTGCAAAACCTTGACCTATCCAGAAACGGTGACACCTTACAACATCTCCAAACTGCACGAACTTGTCAGGAATGGACCAAATGAGCATCCAGGTGCGAAATACGTCATTCGAGACACCGGTGAGAGAATTGATTTGCGCCATCACAAACGCGCCTCGGAGATTACGCTTCAATACGGCTGGAAAGTTGAACGCCATCTTTTCCAGCGTCTCACTAAGGATGTCTACCAGCATCTCCAGAAAGCCATTGAGAACAATCGAGAATTTAGTATCACGTTGGCTGTCAAATCGGCTCATATCACAAATGGTCTACGGTATTCCCTGTCAACTGGCAACTGGGGCGAACAGAGGAAAGCCATGTCGTCGAAAGCTGGTGTTTCTCAAGTGCTCAATCGTTACACCTTTGCGTCAACTTTGTCGCATCTTCGGAGAACCAACACGCCCATTGGACGTGATGGCAAGATTGCGAAGCCTCGCCAGCTTCACAATACACACTGGGGCTTGGTCTGCCCTGCAGAGACTCCTGAAGGTCAAGCCTGTGGGTTGGTCAAGAATTTGGCTCTCATGTGCTATGTTAGCGTTGGCACTCCGAGCGAGCCCATCGTTGAGTTCATGAACCGGAACAACATGGAGATTTTGGAAGAATACGATCCTGTGGCCTTTCCAAACGCAACGAAGATTTTCGTGAATGGCGTATGGGTCGGTTCGCGAGATCCTTCCAGACTGGTCAAAACCATTCAAGACGTGCGGAGGAGGGGTATGATTTCCTTCGAAGTCAGTCTTGTCAGAGACGTTCGTGAGCGAGAGTTCAAGATCTTCACCGACGCTGGGCGTGTCATGAGGCCACTTTTTGTCATTGATACGGATC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	Aureobasidium_pullulans           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	Bimuria_novaezelandiae            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	Bipolaris_maydis                  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	Bipolaris_sorokiniana             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	Botryosphaeria_dothidea           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	Byssothecium_circinans            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	Catenulostroma_abietis            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	Cercospora_beticola               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	Chiodecton_natalense              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	Cladosporium_cladosporioides      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	Cladosporium_herbarum             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	Cladosporium_sphaerospermum       AAAACTTTTAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCCTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTC?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TATACGGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACTACATGGATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCTCGACTTCGGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTGGGCTCCTTGGTGAATCATAATAACTTAACGAATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTATCAACGGGTAACGGGGAATAGGGTTCGACTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGTGTACTGGTCCGGCCGGGCCCTTCTGGGGAACCTCATGCCCTTCACTGGGCGTGCTGGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTTGCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAGTATTCAAGCGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTGCTTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGGTGTTAGTAT-TTTGACCCGCTCGGCACCTTACGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGAGTATGGTCGCAAG???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AGTAACGGCGAGTGAAGCAGCAATAGCTCAAATTTGAAATCTGAGTTGTAATTTGTAGAGGATAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCATAGAGGGTGAGAATCCCGTGTAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAATGGGAGGTAAATTTCTTCTAAAG-CTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAAAAGCACGTGAAATTGTTAAAAGGGAAGGGATTGCAACCAGACTTAGGCCAGCATCGTCTGGTGCCGCTGGATAA-GACTTGAGGAATGTAGTTATAGATGCAGCGAGCGCCGGGCGAGGTCCGCGAGGATGCTGGCGTAATGGTCGTAATCCGCCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATCTATGCGAGTGTTCGGGTGTCAAACCCCTACGCGTAATGAAAGTGAACGGAGGTGAGAGCATCATCGACCGATCCTGATGTCTTCGGATGGATTTGAGTAAGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCAT??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????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	Cochliobolus_geniculatus          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	Combea_mollusca                   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	Coniothyrium_cereale              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	Coniothyrium_palmarum             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	Cryomyces_antarcticus             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	Cucurbitaria_elongata             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	Curvularia_brachyspora            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	Delitschia_winteri                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	Delphinella_strobiligena          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	Dendrographa_decolorans           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	Dendrographa_leucophaea           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	Dendryphiopsis_atra               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	Devriesia_strelitziae             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	Devriesia_thermodurans            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	Didymella_pisi                    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	Didymella_rabiei                  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	Didymosphaeria_enalia             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	Diplodia_mutila                   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	Diplodia_tsugae                   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	Dothidea_hippophaes               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	Dothidea_ribesia                  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	Dothidea_sambuci                  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	Dothideomycetes_sp_A6             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	Dothideomycetes_sp_TRN529         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	Dothideomycetes_sp_TRN62          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	Dothideomycetes_sp_TRN77          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	Dothideomycetes_sp_TRN79          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	Dothiorella_sarmentorum           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	Drechslera_erythrospila           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	DTO_305_C3                        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	Elsinoe_centrolobi                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	Elsinoe_veneta                    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	Farlowiella_carmichaeliana        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	Friedmanniomyces_endolithicus     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	Geoglossum_nigritum               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	Gloniopsis_praelonga              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	Gloniopsis_subrugosa              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	Glonium_circumserpens             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	Guignardia_gaultheriae            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	Helicomyces_roseus                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	Herpotrichia_diffusa              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	Herpotrichia_juniperi             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	Hysterium_angustatum              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	Hysterium_pulicare                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	Hysterobrevium_smilacis           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	Hysteropatella_clavispora         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	Hysteropatella_elliptica          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	Jahnula_appendiculata             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	Jahnula_aquatica                  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	Jahnula_bipileata                 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	Jahnula_bipolaris                 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	Jahnula_granulosa                 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	Jahnula_sangamonensis             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	Kirschsteiniothelia_aethiops      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	Leptosphaeria_maculans            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	Macrophomina_phaseolina           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	Manglicola_guatemalensis          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	Massariosphaeria_grandispora      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	Massariosphaeria_roumeguerei      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	Massariosphaeria_triseptata       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	Massariosphaeria_typhicola        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	Mycosphaerella_eurypotami         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	Myriangium_duriaei                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	Ostreichnion_sassafras            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	Paradendryphiella_arenariae       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	Phaeodothis_winteri               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	Phaeosphaeria_eustoma             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	Phaeotrichum_benjaminii           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	Phoma_herbarum                    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	Phyllosticta_capitalensis         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	Phyllosticta_elongata             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	Phyllosticta_philoprina           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	Piedraia_hortae                   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	Pleomassaria_siparia              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	Pleospora_halimiones              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	Pleospora_herbarum                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	Preussia_minima                   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	Preussia_terricola                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	Pseudocercospora_fijiensis        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	Psiloglonium_araucanum            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	Psiloglonium_clavisporum          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	Roccella_montagnei                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	Roccella_tuberculata              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	Roccellina_hypomecha              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	Roccellographa_cretacea           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	Scorias_spongiosa                 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	Simonyella_variegata              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	Sirodesmium_olivaceum             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	Spencermartinsia_viticola         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	Splanchnonema_platani             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	Strangospora_pinicola             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	Stylodothis_puccinioides          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	Sydowia_polyspora                 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	Syncesia_farinacea                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	Teratosphaeria_readeriellophora   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	Trematosphaeria_heterospora       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	Trematosphaeria_pertusa           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	Trichodelitschia_munkii           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	Trichoglossum_hirsutum            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	Wettsteinina_lacustris            ACAACTTTCAACAATGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCCAAATGCGATAAGTAGTGTGAATTGCAGAATTCAGTKAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTTGGTATTCCATGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCTAAAATTCTGGATATATAATGAAAACTTTATATCTATAGGTCTCGACTAAATCTTGTGCCAGCAGTCGCGGTAAGACAAGGGAGACGAGTGTTATTCATCTTTAACAGGTATATAGGGTACCTAGACGGCTTGAGTTTGGGATGAAATCTTTTGATACTACTGATAACGGCGAAGGCAAACCTCTATGTATAAACTGACGTTGAGGGACGAAGGCTCAGGGAGTGAAGAGGATTAGATACCCCCGTAGTCTGGGCAGACAATGATGAGTGCCATAATAAATGAAAGTGGAAGCACTCCACCTCAAGAGTAATGTGGCAACGCAGGAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTATTTAATTCGATGATCCTCGAATAACCTTACCACAATTTGAATACATGCGTTGCATGGCTGTCTTCAGTTAATGTCGTGAGATTT-GGTTAGGTCCATTAAATTAACGTAAACCCTTGTTTT???????????????????????????????????????????????????AGTACCTTACTACTTGGATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCTCGACTTCGGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTGGGCTCCTTGGTGATTCATAATAACTTCTCAGATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGACGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAAGGTATTGGCTTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAACCTCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTTGGCCTGGCTGGCAGGTCCGCCTCACCGCGTGCACTTGTCCGGCCGGGCCTTTCTGGAGAACCGCATGCCCTTCACTGGGTGTGTTGGGGA-CCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTTGCTCGAATACGTTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTCCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGACAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGC?GACTAGGGATCGGGCGG???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????-???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AAGGCCGGTGTTTCGCAGGTGCTGAACCGCTACACATATGCCTCCACCCTGTCCCATCTTCGACGAACAAATACGCCTGTGGGTCGTGACGGCAAGCTGGCAAAACCTCGACAGCTCCACAACAGTCATTGGGGCCTTGTGTGCCCTGCTGAGACACCCGAAGGACAGGCCTGCGGTTTGGTGAAGAATTTGTCCCTCATGTGCTACGTCAGTGTTGGCAGCGAGAGTGCGCCAATCACCGATTACATGATAGGCCGTAACATGGAACTTTTGGAGGAGTTCGACCCGTCGAACAACGCCACAGCGACAAAGGTGTTCGTGAACGGTGTCTGGGTAGGCCATCGCAACCCATCGCAACTTGTTTCGAAGGTCCAAGAGCTTCGGCGAGACGGTACGCTGTCTTACGAAATGAGTTTGGTTCGAGACATACGTGATCGCGAATTCAAGATCTTCACTGACGCCGGTCGTGTCATGCGGCCACTTTTCGTGGTGGAGCATGATG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	Zymoseptoria_tritici              AAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCCTGGTATTCCGGGGGGCATGCCCGTTCGAGCGTC??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AGAGCTAATACATGCTAAAAACCTCGACTTCGGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTGGGCTCCTTGGTGAATCATAATAACTTCACGAATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGAGGCCTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATAGGGTTCGACTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGTGTACTGGTCCGGCCGGGCCCTTCTGGGGAGCCGCATGCCCTTCACTGGGCGTGTCGGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTTGCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCCGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAA?TATGCCGACTAGGGATC????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAA?TCTGAGTTGTAATTTGTAGAGGATAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCACAGAGGGTGAGAATCCCGTGTAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAATGGGAGGTAAATTTCTTCTAAAG-CTAAATACCGGCCTGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAAAAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTACCACCAGACTTAGGCCAACATCATCTGGGACCGCCGGACAA-GACCCGAGGAATGTGGTTATAGATGCGGCGCGTCCCGGGTGAGGTCCGCGAGGATGTTGGCGTAATGGTGGTCAGCGGCCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATCTATGCGAGTGTTCGGGTGTCAAACCCCTACGCGGAATGAAAGTGAACGGAGGTGGGAGCACCATCGACCGATCCTGATGTCCTCGGATGGATTTGAGTAAGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGTAACGTTTTCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGTTGAAACAACCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGTCCT-TGTTACTTAGTTGAACGTGGACATTTGAATTATCGTTACTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGAACGCGAGGTTAAGGTGCCGGAATGTACGCTCATCAGACACCACAAAAGGTGTTAGTTCATCTAGACAGCAGGACGGTGGCCATGGAAGTCGGAATCCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCCGAATGAACTAGCCCTGAAAATGGATGGCGCTTAAGCGTGCTACCCATACCTCGC?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AAGTTCCAACAACTGGTGAAAGACATGAAGCAGTATCTCCATCGATGTGTGGAGACTGGCAAGGACTTCAACATCGCGCTCGCGGTCAAGACGAACATCATCACATCGGGTTTGCGGTACTGTCTGGCGACGGGAAACTGGGGCGATCAAAAGAAGGCCGCCAGCGCAAAAGCCGGAGTCAGCCAAGTGCTGAACAGATACAC?TATGCCTCCACATTGAGTCATTTGCGACGAACGAACACCCCTATCGGTCGTGATGGTAAGATTGCGAAACCAAGACAGCTGCACAACACTCATTGGGGTCTCGTGTGCCCGGCCGAAACGCCCGAGGGACAAGCCTGTGGATTAGTGAAGAATCTGTCACTGATGTGCTATGTGACTGTCGGAACACCTGGCGAGCCCATCGTTGACTTCATGCGGCAACGTGGAATGGATCTTCTCGAAGAGCATGATCCGAACCAGGTCAAGGACGCAACGAAGGTCTTCCTGAATGGTACCTGGGTGGGTCACAAGAATGCCGGACAGCTCACAGAGACATTGCGACAACTCCGGCGAAAGGGTCTGCTCAGTTTCGAAGTGACCATCATCCGAGACGTGCGCGAACGCGAGATCCGAGTCTTCACGGATGCTGGCCGTGTCTGCCGACCTTTGTTCGTGGTGGACAACAATCCCAAATCACTAGAGCCGGGCACCCTTGTGCTGAAGCAAGATCATGTCGAGAGACTTCAGCAAGATCAGGGTTGGAAGGGTCTGGTCACCAACGGTGTTGTGGAGTATCTTGATGCCGAGGAGGAGGAAGTTGCCATGATCATAATGACACCCGAGGATCTTGAGGAGCATCGAGCCCCCCATCGACGCATCAAGCCGAAGCCCAACTCACAGGTGCGGACGTACACACATTGCGAGATTCATCCTGCTATG?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????

;



END;

BEGIN CODONS;
	CODONPOSSET * UNTITLED  =  N:  1- 7072 ;
	CODONPOSSET CodonPositions  =  N:  1- 7072 ;

	CODESET * UNTITLED   =  universal:  1 -  7072;


END;

BEGIN SETS;
	CHARSET its   =   1 -  155;
	CHARSET mitssu   =   156 -  648;
	CHARSET ssu   =   649 -  2277;
	CHARSET lsu   =   2278 -  3373;
	CHARSET rpb1   =   3374 -  4330;
	CHARSET rpb2   =   4331 -  6172;
	CHARSET tef   =   6173 -  7072;

END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
	OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS;
	TYPESET * UNTITLED   =  unord:  1 -  7072;

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BEGIN MacClade;
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	ListWindow Taxa closed Geneva '9' '50' '10' '129' '490' 100000000;
	ListWindow Trees closed Geneva '9' '50' '10' '276' '490';
	ListWindow TypeSets closed Geneva '9' '50' '10' '276' '490';
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	ListWindow ExSets closed Geneva '9' '50' '10' '276' '490';
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	StateNamesSymbols closed Geneva '9' '10' '50' '30' '148' '220';
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	EntryInterpretation 01;
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BEGIN MESQUITECHARMODELS;
	ProbModelSet * UNTITLED   =  'Jukes-Cantor':  1 -  7072;
END;

BEGIN TREES;
	Title 'Trees from "RAxML_236_tree.result"';
	LINK Taxa = Taxa;
	TRANSLATE
[0] 		1 Abrothallus_acetabuli,
[1] 		2 Abrothallus_buellianus,
[2] 		3 Abrothallus_cladoniae,
[3] 		4 Abrothallus_hypotrachynae,
[4] 		5 Abrothallus_parmeliarum,
[5] 		6 Abrothallus_parmotrematis,
[6] 		7 Abrothallus_secedens,
[7] 		8 Abrothallus_sp1,
[8] 		9 Abrothallus_sp2,
[9] 		10 Abrothallus_suecicus,
[10] 		11 Abrothallus_usneae,
[11] 		12 Aff_Cryomyces_sp_CCFEE_5476,
[12] 		13 Aliquandostipite_khaoyaiensis,
[13] 		14 Alternaria_alternata,
[14] 		15 Alternaria_eureka,
[15] 		16 Alternaria_sp,
[16] 		17 Alternaria_tenuissima,
[17] 		18 Alyxoria_varia,
[18] 		19 Arthonia_caesia,
[19] 		20 Arthopyrenia_salicis,
[20] 		21 Arthrocatena_tenebrio,
[21] 		22 Astrothelium_cinnamomeum,
[22] 		23 Aureobasidium_pullulans,
[23] 		24 Bimuria_novaezelandiae,
[24] 		25 Bipolaris_maydis,
[25] 		26 Bipolaris_sorokiniana,
[26] 		27 Botryosphaeria_dothidea,
[27] 		28 Byssothecium_circinans,
[28] 		29 Capnodiales_sp_A73,
[29] 		30 Capnodiales_sp_CCFEE_5205,
[30] 		31 Capnodiales_sp_CCFEE_5389,
[31] 		32 Capnodiales_sp_CCFEE_5410,
[32] 		33 Capnodiales_sp_CCFEE_5459,
[33] 		34 Capnodiales_sp_CCFEE_5502,
[34] 		35 Capnodium_coffeae,
[35] 		36 Caproventuria_hanliniana,
[36] 		37 Catenulostroma_abietis,
[37] 		38 Cercospora_beticola,
[38] 		39 Chiodecton_natalense,
[39] 		40 Cladosporium_cladosporioides,
[40] 		41 Cladosporium_herbarum,
[41] 		42 Cladosporium_sphaerospermum,
[42] 		43 Cochliobolus_geniculatus,
[43] 		44 Combea_mollusca,
[44] 		45 Coniothyrium_cereale,
[45] 		46 Coniothyrium_palmarum,
[46] 		47 Cryomyces_antarcticus,
[47] 		48 Cucurbitaria_elongata,
[48] 		49 Curvularia_brachyspora,
[49] 		50 Davidiellaceae_sp_AN1,
[50] 		51 Davidiellaceae_sp_CCFEE_5211,
[51] 		52 Davidiellaceae_sp_CCFEE_5388,
[52] 		53 Davidiellaceae_sp_CCFEE_5456,
[53] 		54 Delitschia_winteri,
[54] 		55 Delphinella_strobiligena,
[55] 		56 Dendrographa_decolorans,
[56] 		57 Dendrographa_leucophaea,
[57] 		58 Dendryphiopsis_atra,
[58] 		59 Devriesia_strelitziae,
[59] 		60 Devriesia_thermodurans,
[60] 		61 Didymella_pisi,
[61] 		62 Didymella_rabiei,
[62] 		63 Didymosphaeria_enalia,
[63] 		64 Diplodia_mutila,
[64] 		65 Diplodia_tsugae,
[65] 		66 Dothidea_hippophaes,
[66] 		67 Dothidea_insculpta,
[67] 		68 Dothidea_ribesia,
[68] 		69 Dothidea_sambuci,
[69] 		70 Dothideomycetes_sp_A6,
[70] 		71 Dothideomycetes_sp_AN13,
[71] 		72 Dothideomycetes_sp_CCFEE_5416,
[72] 		73 Dothideomycetes_sp_CCFEE_5460,
[73] 		74 Dothideomycetes_sp_TRN11,
[74] 		75 Dothideomycetes_sp_TRN111,
[75] 		76 Dothideomycetes_sp_TRN122,
[76] 		77 Dothideomycetes_sp_TRN123,
[77] 		78 Dothideomycetes_sp_TRN124,
[78] 		79 Dothideomycetes_sp_TRN129,
[79] 		80 Dothideomycetes_sp_TRN137,
[80] 		81 Dothideomycetes_sp_TRN138,
[81] 		82 Dothideomycetes_sp_TRN142,
[82] 		83 Dothideomycetes_sp_TRN152,
[83] 		84 Dothideomycetes_sp_TRN153,
[84] 		85 Dothideomycetes_sp_TRN211,
[85] 		86 Dothideomycetes_sp_TRN235,
[86] 		87 Dothideomycetes_sp_TRN245,
[87] 		88 Dothideomycetes_sp_TRN267,
[88] 		89 Dothideomycetes_sp_TRN279,
[89] 		90 Dothideomycetes_sp_TRN42,
[90] 		91 Dothideomycetes_sp_TRN43,
[91] 		92 Dothideomycetes_sp_TRN437,
[92] 		93 Dothideomycetes_sp_TRN44,
[93] 		94 Dothideomycetes_sp_TRN452,
[94] 		95 Dothideomycetes_sp_TRN456,
[95] 		96 Dothideomycetes_sp_TRN5,
[96] 		97 Dothideomycetes_sp_TRN529,
[97] 		98 Dothideomycetes_sp_TRN62,
[98] 		99 Dothideomycetes_sp_TRN66,
[99] 		100 Dothideomycetes_sp_TRN77,
[100] 		101 Dothideomycetes_sp_TRN79,
[101] 		102 Dothideomycetes_sp_TRN80,
[102] 		103 Dothideomycetes_sp_TRN87,
[103] 		104 Dothiora_cannabinae,
[104] 		105 Dothiorella_sarmentorum,
[105] 		106 Drechslera_erythrospila,
[106] 		107 DTO_277_D2,
[107] 		108 DTO_277_I3,
[108] 		109 DTO_305_C3,
[109] 		110 DTO_305_E1,
[110] 		111 Elasticomyces_elasticus,
[111] 		112 Elsinoe_centrolobi,
[112] 		113 Elsinoe_phaseoli,
[113] 		114 Elsinoe_veneta,
[114] 		115 Extremus_antarcticus,
[115] 		116 Farlowiella_carmichaeliana,
[116] 		117 Friedmanniomyces_endolithicus,
[117] 		118 Geoglossum_nigritum,
[118] 		119 Gloniopsis_praelonga,
[119] 		120 Gloniopsis_subrugosa,
[120] 		121 Glonium_circumserpens,
[121] 		122 Guignardia_bidwellii,
[122] 		123 Guignardia_gaultheriae,
[123] 		124 Helicomyces_roseus,
[124] 		125 Herpotrichia_diffusa,
[125] 		126 Herpotrichia_juniperi,
[126] 		127 Hysterium_angustatum,
[127] 		128 Hysterium_pulicare,
[128] 		129 Hysterobrevium_smilacis,
[129] 		130 Hysteropatella_clavispora,
[130] 		131 Hysteropatella_elliptica,
[131] 		132 Jahnula_appendiculata,
[132] 		133 Jahnula_aquatica,
[133] 		134 Jahnula_bipileata,
[134] 		135 Jahnula_bipolaris,
[135] 		136 Jahnula_granulosa,
[136] 		137 Jahnula_sangamonensis,
[137] 		138 Kirschsteiniothelia_aethiops,
[138] 		139 Lasiodiplodia_theobromae,
[139] 		140 Laurera_megasperma,
[140] 		141 Lecanactis_abietina,
[141] 		142 Lepidosphaeria_nicotiae,
[142] 		143 Leptosphaeria_maculans,
[143] 		144 Lophiostoma_arundinis,
[144] 		145 Lophiostoma_crenatum,
[145] 		146 Lophium_mytilinum,
[146] 		147 Macrophomina_phaseolina,
[147] 		148 Manglicola_guatemalensis,
[148] 		149 Massariosphaeria_grandispora,
[149] 		150 Massariosphaeria_roumeguerei,
[150] 		151 Massariosphaeria_triseptata,
[151] 		152 Massariosphaeria_typhicola,
[152] 		153 Melanomma_radicans,
[153] 		154 Microxyphium_citri,
[154] 		155 Montagnula_opulenta,
[155] 		156 Mycosphaerella_eurypotami,
[156] 		157 Myriangium_duriaei,
[157] 		158 Mytilinidion_andinense,
[158] 		159 Mytilinidion_mytilinellum,
[159] 		160 Mytilinidion_resinicola,
[160] 		161 Mytilinidion_rhenanum,
[161] 		162 Mytilinidion_scolecosporum,
[162] 		163 Neofusicoccum_kwambonambiense,
[163] 		164 Neofusicoccum_ribis,
[164] 		165 Oedohysterium_insidens,
[165] 		166 Oedohysterium_sinense,
[166] 		167 Opegrapha_dolomitica,
[167] 		168 Ophiosphaerella_herpotricha,
[168] 		169 Ostreichnion_sassafras,
[169] 		170 Otthia_spiraeae,
[170] 		171 Paradendryphiella_arenariae,
[171] 		172 Parastagonospora_avenae,
[172] 		173 Parastagonospora_nodorum,
[173] 		174 Phaeodothis_winteri,
[174] 		175 Phaeosphaeria_eustoma,
[175] 		176 Phaeotrichum_benjaminii,
[176] 		177 Phoma_herbarum,
[177] 		178 Phyllosticta_capitalensis,
[178] 		179 Phyllosticta_elongata,
[179] 		180 Phyllosticta_philoprina,
[180] 		181 Piedraia_hortae,
[181] 		182 Pleomassaria_siparia,
[182] 		183 Pleospora_halimiones,
[183] 		184 Pleospora_herbarum,
[184] 		185 Pleosporales_sp,
[185] 		186 Preussia_minima,
[186] 		187 Preussia_terricola,
[187] 		188 Pseudocercospora_fijiensis,
[188] 		189 Psiloglonium_araucanum,
[189] 		190 Psiloglonium_clavisporum,
[190] 		191 Psiloglonium_simulans,
[191] 		192 Pyrenochaeta_cava,
[192] 		193 Pyrenochaeta_nobilis,
[193] 		194 Pyrenophora_phaeocomes,
[194] 		195 Pyrenophora_triticirepentis,
[195] 		196 Ramularia_endophylla,
[196] 		197 Rhytidhysteron_rufulum,
[197] 		198 Roccella_boergesenii,
[198] 		199 Roccella_canariensis,
[199] 		200 Roccella_fuciformis,
[200] 		201 Roccella_montagnei,
[201] 		202 Roccella_tuberculata,
[202] 		203 Roccellina_hypomecha,
[203] 		204 Roccellographa_cretacea,
[204] 		205 Saxomyces_alpinus,
[205] 		206 Schismatomma_pericleum,
[206] 		207 Sclerostagonospora_opuntiae,
[207] 		208 Scorias_spongiosa,
[208] 		209 Simonyella_variegata,
[209] 		210 Sirodesmium_olivaceum,
[210] 		211 Spencermartinsia_viticola,
[211] 		212 Splanchnonema_platani,
[212] 		213 Strangospora_pinicola,
[213] 		214 Stylodothis_puccinioides,
[214] 		215 Sydowia_polyspora,
[215] 		216 Syncesia_farinacea,
[216] 		217 Teratosphaeria_readeriellophora,
[217] 		218 Teratosphaeriaceae_sp_CCFEE_502,
[218] 		219 Teratosphaeriaceae_sp_CCFEE_5401,
[219] 		220 Teratosphaeriaceae_sp_CCFEE_5457,
[220] 		221 Teratosphaeriaceae_sp_CCFEE_5499,
[221] 		222 Teratosphaeriaceae_sp_CCFEE_5501,
[222] 		223 Trematosphaeria_heterospora,
[223] 		224 Trematosphaeria_pertusa,
[224] 		225 Trichodelitschia_munkii,
[225] 		226 Trichoglossum_hirsutum,
[226] 		227 Tripospermum_myrti,
[227] 		228 Trypethelium_nitidiusculum,
[228] 		229 Trypethelium_virens,
[229] 		230 Tubeufia_cerea,
[230] 		231 Tubeufia_helicomyces,
[231] 		232 Tyrannosorus_pinicola,
[232] 		233 Ulospora_bilgramii,
[233] 		234 Westerdykella_cylindrica,
[234] 		235 Wettsteinina_lacustris,
[235] 		236 Zymoseptoria_tritici;
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62):0.039277188850629155):0.09408384523404284,(((131:0.12512792181862753,(130:0.09069250144733146,128:0.16359094466477742):0.04104887880114574):0.43127052037210195,(((231:0.089905635761096,124:0.110817488285684):0.17504883312414712,230:0.44842198519243964):0.26552201010332566,(58:0.011084157944520116,138:0.027113790154469356):1.0343788475238234):0.06740027141233107):0.04750607010524734,(((((3:0.10821307879130536,(7:0.08157861279499165,(9:0.044929021415770785,8:0.026655135994063484):0.059847841461497644):0.026290507882545118):0.058561299164245045,((1:0.008056885442757126,(4:0.007919813352463282,((6:0.00000100000050002909,5:0.00000100000050002909):0.00000100000050002909,2:0.00000100000050002909):0.001115522101087465):0.005280877500608294):0.018722196053993105,(10:0.06268543431945496,11:0.07832477174198552):0.07053914358574573):0.10361298222247663):0.29565590800840447,70:0.4481377623166691):0.08730375565926728,((((146:0.07970919270976716,(162:0.06252711141184351,(161:0.00000100000050002909,160:0.00000100000050002909):0.01267052538846537):0.080396156361383):0.0804263806066326,(158:0.20719684908123465,159:0.04994534530850536):0.05214752914701442):0.31177927177327713,((((129:0.1872279705588979,(((191:0.09441597865011969,189:0.07734176392783967):0.1737281609079014,190:0.11605613050222749):0.04890365271031679,(169:0.12277097403028982,127:0.14286658040418554):0.04887056791621098):0.01590266079760079):0.07299701933369239,((119:0.12885137803526692,(197:0.13408308437853889,120:0.12996278155261648):0.007993652096593208):0.06465081205695779,(165:0.040572363182618344,166:0.024588280605225304):0.4091736359732954):0.09738177769428935):0.07334541462334941,((((142:0.11023075791220155,(63:0.13387353597984844,233:0.11517854907181345):0.043755098990010274):0.13359286632288742,(((149:0.04921215671732925,(144:0.019845694641641033,(223:0.04766138917564855,145:0.04054272557414543):0.04153525790672024):0.03631056723295825):0.24994520337327158,((153:0.39365343377758594,(151:0.5388662532261556,(187:0.2592965620470489,(186:0.2068630337806447,234:0.3494008024867391):0.16583996273716486):0.0627090215220642):0.017293160494335873):0.024532378755925236,(((182:0.25949971810407346,(224:0.07168288435648562,126:0.1809170786470495):0.0526989496013727):0.008498276310227199,125:0.2165598546470294):0.1089544263535581,((28:0.33018305538191167,(((174:0.13375727287602399,24:0.23999223202285908):0.06161253017107593,155:0.23144990485946898):0.14219879395220442,(212:0.28994098467931867,235:0.23574257983010427):0.040919512964599065):0.07135984135907418):0.07945520540813694,(((168:0.16740961420818876,(185:0.18194383979919973,(207:0.00000100000050002909,(173:0.042612960896711766,(175:0.00000100000050002909,172:0.014706628154330312):0.03874546037785123):0.06712064534644355):0.06899897394128407):0.016312442276148715):0.09012727910038973,((((48:0.08806528341796171,46:0.168413094556376):0.03684182720603526,(45:0.06049280489914794,(192:0.08872795618048634,193:0.003203552480027768):0.058043280043580725):0.08252967734025096):0.03933447557023149,(183:0.12148197767327873,((((43:0.07329341399354965,49:0.00000100000050002909):0.10706429508140047,(26:0.04078861600587778,25:0.02560544296442591):0.06434673609643539):0.04052877711210344,(184:0.03937946587831647,171:0.06075067848982969):0.046274368827619504):0.04354603291722855,((15:0.07917475106349083,(14:0.00000100000050002909,(17:0.023840440328097616,16:0.0005484195714753152):0.0006425119156764764):0.05832276094360063):0.0685979910892402,(194:0.16577116411905665,(106:0.00000100000050002909,195:0.00000100000050002909):0.08097477996400368):0.0334537799226929):0.011008524217307308):0.12793380704005436):0.019630069365014498):0.026356227003116753,143:0.25506558643003185):0.025594630508385886):0.047985059672022906,(177:0.07688631440216957,(62:0.032504702875006,61:0.004358500067851255):0.052611938509396015):0.13505736439898985):0.09551789486251396):0.11416078192942354):0.042420014667743304):0.03431205342140669):0.044401359702794775,(150:0.32865931810546306,(20:0.503451580312183,210:0.19304339409211504):0.04598244409226788):0.0682352638199664):0.04286639120848223):0.040264315946252766,152:0.3208093236362752):0.03905251899445596,54:0.35026593379227766):0.08318972314409583):0.06796655500890163,121:0.28497240552328884):0.05625894666436646):0.15612886539337542,(116:0.4680598237292127,(148:0.5300513599937291,((13:0.21628166820511,(133:0.08545155660799889,136:0.14185551499319263):0.14519758661255303):0.08459410262438267,((132:0.0031325094542118967,(134:0.10094185782640124,137:0.08903186776100054):0.045302985218876976):0.041062631020009885,135:0.1319399524745106):0.3408506171248123):0.07924415484745481):0.6158899515887788):0.06256764992842671):0.0632166420578523):0.03126062743604295,(((122:0.02796676708847084,178:0.00000100000050002909):0.043561433652068354,((179:0.1623842630166569,123:0.00000100000050002909):0.05787216260431259,180:0.012980704622359375):0.03881887974497205):0.2706014283801365,(147:0.11620591360551485,(27:0.11851017731678715,(((164:0.007681266328045273,163:0.00978608384443943):0.09127625518768505,(211:0.05355482488519641,(170:0.00852282312834842,105:0.0023869459265134637):0.05449461452713759):0.072708585464173):0.021755875121685916,((64:0.04544402646540039,65:0.09462891049175563):0.03944877982712508,139:0.0892397441363808):0.062461095156202164):0.028129122563213444):0.026167166404487407):0.12494207491040539):0.3147689499349022):0.05616644893999079):0.06390987853629217):0.02730901584790451,((176:0.15048882854316697,225:0.05014394753989673):0.4785077609048552,(36:0.00000100000050002909,232:0.10109246212060927):0.4416623686293307):0.22607867032830556):0.04176621869728548):0.00000100000050002909):0.06993406032159422):0.25936335486349477,(226:0.16871300665035638,118:0.12074151087804745):0.25936335486349477);

END;


Begin MESQUITE;
		MESQUITESCRIPTVERSION 2;
		TITLE AUTO;
		tell ProjectCoordinator;
		timeSaved 1480199886176;
		getEmployee #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa;
		tell It;
			setID 0 6055797215255381800;
		endTell;
		getEmployee #mesquite.charMatrices.ManageCharacters.ManageCharacters;
		tell It;
			setID 0 6773038094285136858;
			mqVersion 303;
			checksumv 0 3 2250669481 null  getNumChars 7072 numChars 7072 getNumTaxa 236 numTaxa 236   short true   bits 2305843009213693967   states 15   sumSquaresStatesOnly 1.759959E7 sumSquares -4.6116860184273265E19 longCompressibleToShort false usingShortMatrix true   NumFiles 1 NumMatrices 1;
			mqVersion;
		endTell;
		getWindow;
		tell It;
			suppress;
			setResourcesState false false 100;
			setPopoutState 400;
			setExplanationSize 0;
			setAnnotationSize 0;
			setFontIncAnnot 0;
			setFontIncExp 0;
			setSize 1661 902;
			setLocation 8 23;
			setFont SanSerif;
			setFontSize 10;
			getToolPalette;
			tell It;
			endTell;
			desuppress;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.trees.ManageTrees.ManageTrees;
		tell It;
			showTrees 0 #mesquite.lists.TreesList.TreesList;
			tell It;
				setTreeBlock 1;
				getWindow;
				tell It;
					newAssistant  #mesquite.lists.NumForTreeList.NumForTreeList;
				tell It;
					suppress;
					setValueTask  #mesquite.trees.NumberOfTaxa.NumberOfTaxa;
					desuppress;
				endTell;
					newAssistant  #mesquite.lists.TreeListRooted.TreeListRooted;
					newAssistant  #mesquite.lists.TreeListPolys.TreeListPolys;
					newAssistant  #mesquite.lists.TreeListPolyAssumption.TreeListPolyAssumption;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 1561 830;
					setLocation 8 23;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
					endTell;
				endTell;
				showWindow;
			endTell;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.trees.BasicTreeWindowCoord.BasicTreeWindowCoord;
		tell It;
			makeTreeWindow #6055797215255381800  #mesquite.trees.BasicTreeWindowMaker.BasicTreeWindowMaker;
			tell It;
				suppressEPCResponse;
				setTreeSource  #mesquite.trees.StoredTrees.StoredTrees;
				tell It;
					setTreeBlock 1;
					toggleUseWeights off;
				endTell;
				setAssignedID 956.1480199832296.1156177551681323654;
				getTreeWindow;
				tell It;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 1561 830;
					setLocation 8 23;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
					endTell;
					setActive;
					getTreeDrawCoordinator #mesquite.trees.BasicTreeDrawCoordinator.BasicTreeDrawCoordinator;
				tell It;
					suppress;
					setTreeDrawer  #mesquite.trees.SquareLineTree.SquareLineTree;
					tell It;
						setNodeLocs #mesquite.trees.NodeLocsStandard.NodeLocsStandard;
						tell It;
							branchLengthsToggle on;
							toggleScale on;
							toggleBroadScale off;
							toggleCenter on;
							toggleEven on;
							setFixedTaxonDistance 0;
						endTell;
						setEdgeWidth 4;
						showEdgeLines on;
						orientUp;
					endTell;
					setBackground White;
					setBranchColor Black;
					showNodeNumbers off;
					showBranchColors on;
					labelBranchLengths off;
					centerBrLenLabels on;
					showBrLensUnspecified on;
					showBrLenLabelsOnTerminals on;
					setBrLenLabelColor 0 0 255;
					setNumBrLenDecimals 6;
					desuppress;
					getEmployee #mesquite.trees.BasicDrawTaxonNames.BasicDrawTaxonNames;
					tell It;
						setColor Black;
						toggleColorPartition off;
						toggleColorAssigned on;
						toggleShadePartition off;
						toggleShowFootnotes on;
						toggleNodeLabels on;
						toggleCenterNodeNames off;
						toggleShowNames on;
						namesAngle ?;
					endTell;
				endTell;
					setTreeNumber 1;
					setDrawingSizeMode 0;
					toggleLegendFloat on;
					scale 0;
					toggleTextOnTree off;
					showWindow;
				endTell;
				desuppressEPCResponse;
				getEmployee #mesquite.trees.ColorBranches.ColorBranches;
				tell It;
					setColor Red;
					removeColor off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.BranchNotes.BranchNotes;
				tell It;
					setAlwaysOn off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.ColorTreeByPartition.ColorTreeByPartition;
				tell It;
					colorByPartition off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.DrawTreeAssocDoubles.DrawTreeAssocDoubles;
				tell It;
					setOn on;
					setDigits 4;
					writeAsPercentage off;
					toggleCentred off;
					toggleHorizontal on;
					toggleWhiteEdges on;
					setFontSize 10;
					setOffset 0  0;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.DrawTreeAssocStrings.DrawTreeAssocStrings;
				tell It;
					setOn on;
					toggleCentred on;
					toggleHorizontal on;
					setFontSize 10;
					setOffset 0  0;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.trees.TreeInfoValues.TreeInfoValues;
				tell It;
					panelOpen false;
				endTell;
			endTell;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowCoord.BasicDataWindowCoord;
		tell It;
			showDataWindow #6773038094285136858 #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindowMaker;
			tell It;
				getWindow;
				tell It;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 1561 830;
					setLocation 8 23;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
					endTell;
					setTool mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindow.arrow;
					colorCells  #mesquite.charMatrices.ColorByState.ColorByState;
				tell It;
					setStateLimit 9;
					toggleUniformMaximum on;
				endTell;
					colorRowNames  #mesquite.charMatrices.TaxonGroupColor.TaxonGroupColor;
					colorColumnNames  #mesquite.charMatrices.CharGroupColor.CharGroupColor;
					colorText  #mesquite.charMatrices.NoColor.NoColor;
					setBackground White;
					toggleShowNames on;
					toggleShowTaxonNames on;
					toggleTight off;
					toggleThinRows off;
					toggleShowChanges off;
					toggleSeparateLines off;
					toggleShowStates on;
					toggleAutoWCharNames off;
					toggleAutoTaxonNames off;
					toggleShowDefaultCharNames off;
					toggleConstrainCW on;
					toggleBirdsEye off;
					toggleShowPaleGrid off;
					toggleShowPaleCellColors off;
					toggleShowPaleExcluded off;
					togglePaleInapplicable on;
					toggleShowBoldCellText off;
					toggleAllowAutosize off;
					toggleColorsPanel off;
					toggleLinkedScrolling on;
					toggleScrollLinkedTables off;
				endTell;
				showWindow;
				getWindow;
				tell It;
					forceAutosize;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.ColorCells.ColorCells;
				tell It;
					setColor Red;
					removeColor off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.categ.StateNamesStrip.StateNamesStrip;
				tell It;
					showStrip off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.AnnotPanel.AnnotPanel;
				tell It;
					togglePanel off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.CharReferenceStrip.CharReferenceStrip;
				tell It;
					showStrip off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.QuickKeySelector.QuickKeySelector;
				tell It;
					autotabOff;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.SelSummaryStrip.SelSummaryStrip;
				tell It;
					showStrip off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.align.AlignToDropped.AlignToDropped;
				tell It;
					gapCosts 8 3 2 2;
					subCosts  10 5 10 10 10 5 5 10 10 10 5 10;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.molec.ColorByAA.ColorByAA;
				tell It;
					emphasizeDegeneracy off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.molec.SequenceInfoEditor.SequenceInfoEditor;
				tell It;
					panelOpen false;
				endTell;
			endTell;
		endTell;
		endTell;
end;