NEXUS [File created by TreeBASE: 1/16/09 15:34:16] [Matrix accession#: M3776] BEGIN TAXA; TITLE M3776; DIMENSIONS NTAX=39; TAXLABELS Vicia_ervilia Vicia_sylvatica Vicia_humilis_1 Vicia_humilis_2 Vicia_galilaea Vicia_kalakhensis Vicia_vicina Vicia_sativa_angustifolia Vicia_pseudocracca Vicia_bithynica Vicia_faba Vicia_paucijuga Vicia_michauxii Vicia_americana_1 Vicia_americana_2 Vicia_bungei Vicia_leucophaea Vicia_dumetorum Vicia_japonica Vicia_fauriae Vicia_bifolia Vicia_chosenensis Vicia_amoena Vicia_amurensis Vicia_pisiformis Vicia_benghalensis Vicia_cracca Vicia_pulchella_1 Vicia_mexicana Vicia_pulchella_2 Pisum_sativum Lathyrus_japonicus Vicia_tetrasperma Vicia_nigricans_gigantea Vicia_nigricans_nigricans Lens_culinaris Vicia_hirsuta Trifolium_repens Melilotus_officinalis_suaveolens ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE M3776; DIMENSIONS NCHAR=486; FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? 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Lens_culinaris TCGATGCCTTACA-TGCAGTCCAACAC-GTGAATCGGTTTGAACACA-TACGGCGGGCTT--GAGGTGTT--CCACACCT-CG-GCTTACGTCTGGT-CTGGAGGCGGCCGACGAAGTGCGTTCT-CCTCCGTGCCAAAAC-TCAAATCCC-GGCGCTGAATGCGTCAAGGAAATTAAATTTTGCTCTGAGCGCACCTGCATGGCACCGGAGACGGTTTC-GTGCGGGTTGTGTTTT-GACACATGA-TATAT--CGAAGCCTCCT-GCCAATTTCCT-T-TTGACGGG--TATTGCGCA-C--GGTGGATGTTGGCCTCCCGTGAGCTCT--TTCGTCTCATGGTTGGTTGAAAATTGAGACCTTGGT-AGGGTGTGCCATGATAGATGGTGGTTGTGTGACCCACGAGA--CCAA-----TCATGCGCTGCCCTATTGAA-TTT-GGCCTCTTTTACCCATATGCGTTTC-TAAACGCTCGTGA Vicia_hirsuta TCGATGCCTTACA-TGCAGTCCAACAC-GTGAATCAGTTCGAACACA-TAAGGTGGGCTT--GAGGTGTT--CCACACCT-CG-GCTTACCTCTGGT-TCGGAGGCGGACGACGAAGTGCGTTTT-CCTTCGTGCCAAAAC-TCAAACCCC-GGCGCTGAATGCGTCAAGGAATTTAAATTTTGCTCTGAGCGCACCTGCATGGCACTGGAGACGGTTTTCGTGCGGGTTGTGTTTT-GACACTTAA-TATAT--CGAAGCCTCAT-GCCAATTTCCT-T-TTGACAGG--TATTGTGCG-G--GGTGAATGTTGGCCTCCCGTGAGCTCT--TTCGTCTCATGGTTGGTTGAAAATTGAGACCTTGGT-AGGGTGTGCCATGATAGATGGTGGTTGTGTGACCCACGAGA--CCAA-----TCATGCGCTACTCTATTGAA-TTC-GGCCTCTTTTACCCATATGCGTTTC-TAAACGCTCGTGA Trifolium_repens TCGATGCCTTACAATGCAGACCAACAC-GTGAATCAGTTTGAACACA-TAGGGTTGGTTT--GAGGTGTT--CAACACCT-CG-GCTTGCCTCTGGT-TCGGAGGAGGACGATGTTGTGCGTTCT-CCTTTGTGCCAAAAC-ACAAACCCC-GGCGCTGAATGCGTCAAGGAATTTAAAATTTGCTCTGAGCGCACCTGCATGGCACCGGAGACGGTTTTCGTGCGGGTTGTGTTCT-GACACATAA-TATAT--CGAAGCCTCTC-GCCAATTTCCTATATTGATAGGGGTATTGTGCA-G--GGYGAATGTTGGCCTCCCGTGAGCTCT--ATTGCCTCATGGTTGGTTGAAAATCGAGACCTTGGT-AGGGTGTGCCATGATAGGTGGTGGCTGTGTTACGCACGAGA--CCAAGTAAGTCATGTGCTGCTCTATTGAA-TTTAGGCCTCTTTTACCCACATGCGTTTC-GAAACGCTCGTGA Melilotus_officinalis_suaveolens TCGATGCCTTACA-AGCAGTCCAACAC-GTGAATCAGTTTGAACACATTGGGGTGGG-TG--GAGGTGTTAACCACACCA-AG-ACCTACCTCAGGT-TCAGTGGCGGACGACTC-GTGCGTTCT-CCTTTGTGCCAAAAAACCAAACCCC-GGCGCTGAATGCGTCAAGGAATTAAAATTTTGCTCTGAGCGCACCTGCATGGCATCGGAGACGGTGTTCGTGCGGGTTACGTTTT-GACACATTA-TATAT--CGAAGCCTCCT-GCCAATTTCCT-T-TTGATAGG--TATTGTGCATGCTGGTGAATGTTGGCCTCCCGTGAGCTCT--ATTGTCTCATGGTTGGTTGAAAATCGAGACCTTGGT-AGGGTGTGCCATGATAGATGGTGGTTGTGTGACCCACGAGAAACCAAG---ATCATGTGCTGCCCTATTCAA-TTT-GGCCTCTTTTACCCATATGCGTTTTGTAAACGCTCGTGA ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions = N: 1 - 486 ; CODESET * UNTITLED = Universal: all ; END; BEGIN ASSUMPTIONS; OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; END;