NEXUS
[File created by TreeBASE:  1/16/09  15:37:13]
[Matrix accession#: M4046]

BEGIN TAXA;
	TITLE M4046;
	DIMENSIONS  NTAX=18;
	TAXLABELS
		Alligator_mississippiensis	Gavialis_gangeticus	Apteryx_australis	Casuarius_casuarius	Dromaius_novaehollandiae	Rhea_americana	Pterocnemia_pennata	Struthio_camelus	Crypturellus_soui	Eudromia_elegans	Nothoprocta_perdicaria	Tinamus_guttatus	Anas_platyrhynchos	Gallus_gallus	Buteo_jamaicensis	Ciconia_ciconia	Corvus_corone	Smithornis_rufolateralis
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M4046;
	DIMENSIONS NCHAR=7550;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Alligator_mississippiensis       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		Gavialis_gangeticus              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		Apteryx_australis                GTAAGAAGTTAAATATTTT--GAGAAA-GTTAAAGCATAAGGTGTTTGCA--TTGAGAGACTAGGTTTAACTT-CACC---GAAATAAATAGCT--GGAGTG---GGGGGAATTGTTCTCAATTGATGCTGTCCTTTTGAAGTATTAACTGCGTGTCTTTTCATC---------------TTAACCGTGAAAAA---TCTACTTAAGTGCTGTTACATA-TTATTTGTAGTGACTTAAAC-AGGATATTTTCTTGTTTCATGATAATAGG------AAAAAGAGAAGTAAAAACTT-------------------------AAGCTCCTGTTCTGGGATTGT-ACTCCATTGAAAT-AGACTTATTTCAGAGTYT-TTGATAGTTTTCAT---TCTGTCACATT--AATTTTAAT--TTTTT-CTTTTTAAATAGCCACAACGGAGATCGGCGAGGTTATCTGCTGTGAGTATTCTGTTGTTGAGGAGAGATGGCACAACGTTTAATAGTATTAGGCTTAAATATTAAA--------TACTGTATCTGTGTGAGAACTGTAGGTATTCTGGAGGGATGCATTGTTCAGTTGAATGAATGTTGTTAGCTTAACAAACTGCCCCATTGTGTAGTGTTATGGGAGTGGTAGAATAATTGTCAAGTCAA----GTGTTTCGATTTCAAATATTGCTTTGATTTGCTTTCCTAAAACTAAACTACGTGGTTTG----------------------------AATGTTTTTTGTTT------AAAAAAAAAAAAG-------------TTTTAAA-CTGCTTGT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATAATAAGAGGATT---TTTTTCTTA-----------TAGAAACCTGCCCCTCCAAAGCCAGAGCCTAAACCTAAAAAGGCAGCTCCAAAAGTAAGTTGCTGTGTT-------AATCCTATTACTGAAAGGTAGATAGGTTATGAAATATAGGTTTGTGTAGTAGTAA------TTCATAAAACTTTGAATATCAGTGTATTTATCAGTGG-------------TG-GTAATCATTTGAGAATTTACTTGCATCATTGCTTCC-ATAAAGTTGGACTGAAAACTTTT-ATA-----TTTTACAAAACTTGCAT---AAAAGTATCTAAGACTAACCAAATATATGAAGAAGCTTTACAAAAATTGCGAATCTGTGTCTCTCTTAAACATATAAGTACTTGTGTGTTGCTGCGTTC-TTTTTAGGCCAACATCCAGT-ATT-GGTTTG----GTCATCTTAGTTTGTGGATTCTTGTGGCTTAATGA-GTGGGAATCGGTARTTCTCATGGTGTATGTCATCTTCTATTTGGCAGAAGAGTGAGAAGTTGCCTAAGGGAAAAAAGGGGAAAACTGATGCTGGCAAGGAGGGAAACAACCCTGCAGAAAACGGAGATGCCAAAACAGACCAGGTATAATAGTGTTTCTAGCAGCTTGTGTTACATCACTGAATTATTTTTTT-----------CCATATCAAGTATTGGCAGGTCTAGGCCTGTGCTAATGAAGTGAAATTATTGCTCAATTATTTAGATCTGTTGCTTATGACATTAGTAA-CATGCTTGCAGAT----TCTTTTTAGAAAGTACTGTTT------------GTATTG----GTTGGTAAA-GAGTTAAAATAAAAATTGTCTGTTTGCCAGTTGAAATGAAGTTACTATATGAAAAATTACTGTTACGCCTTGTTCTAAAAATGAGTAAAGTTAA--CAC---ATAAAGCAACTTCAAGTTTGCTTTT-AAGATGC-TTCTAATCCTRGATTTCATTTTGTT-AAAAAT--------------------TATGGTGATACAGCTCAGATAAGAG----------------------TTTTTTCTGTTGGGAAGATTGTTAATCAGGAARAGGAATTTTCAGTTGTT--TGGTGCAAGTATGTRGTGTATATTGACTGGTT-CCCCTTTTT-CTTTTAGGTCTCGGAAC--TCTGTT-TTCAGGACAGACT--TCACTTT-GTTTTTCCCTTTT--AAAGATAT------CTTTCTTTC----ATATCCTTGCTTT----AGTAACACAGAGAGTGAATTTAAGTTTCCAAATCTGTGGGAGGTTAAATGC-TTCTTTCAAAGTCC---GTACTCTCCAGCTTTATTGAGGGGCCATAACTCATTTGCATT-GTGTAACACAGTAAAGCTT-AATTGATTTAAACGTTAACAAGATTGGATTCAAAATTGCCGAGAGTAGAGCATGCTCAGTGCTTTGTAGACTTGGACCCTTAGGCTCTTTATGTGTTTCTATGGATTTGAGCCAGGAATAATAAAGGTAAATGCTGTGCAAGCTTTTCCACGCAGTTGTAGAGTTGCATCTGATCTGCAG---------------TGCCCTAGGTCTTTCTTGAGCAGAAACTG---TTAATCGTG--TTCTAAAAATGTGCATGAGAATGAGATCACAGCATTCA-TTTTCTCTTGCAACCTAAACTATTGTTTGAATCCTTGTCTTGAGAACTGAAGG-CTAATA-CCCTG-AAGTTAACTCATGT---TGTTAATTTGCCTTGGGTTTTCAGTTATACATCA-TATGTACCTAACTTTCTTTTCTTG---CTTAGTGTCAAATATCTGGAGGTATGCAAAAGGGCTGGGAATCTTGGCGTCTGATGTCCAGTGAAAGCACGTAAG-ACAGCTTTA-TGAGAGTCGCACTTTTATTT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ACTGAT-----GGCTAGTTGGACTTCAGTGAGTTCTCCCTCAAGTCAGTGGTTTCTGTGTACAGGTAGGAGGATGCATAGAAAGTACTCA------GCTCATGGTATGTGAATCTCCAAGTTTAGACTTTCCATTCCAAACACCATATG-CAGTCTGAGCAACCCTAGACAATAATAAACCAGCTCATGTGGCCTCT---GTGTGCCTAAGAAATCACATTATATAAGAAAAGTCAGTGGCT--GGACACAAGGGACAT----------ACAATTTTAGCGTAAGCTCTGGAGGATCCGTT--GGAGACCAAGACCTACAAAACTAA--GTGTTGTACAAACACAGGGCATGAAGCTACACCCTTAAGAGATGAGGCAGACAAAGAGTGGGAAGCACCATGGTCTACTCAAGGTCATGAAGCAGATCAGTGTCAGAGCTAGGAACAGAGCCCAGTTTCTTCTGCCCAGGCCAGGAT-CTTGCATGCTAGACCACACTGTCTCTCCAGAGACTGTGGGAAGGGCTACTGAATTAGCTTGGAGATATTTCAAGGATCTGCAACCTATTTCTCAGTATAGATTTTCTGAAAATAAACCTTGAGCGTCCCTTCTGTTTTTT-----------------------------CTCTCTCTCCT???????????????????TGTGGAAATAATAGAAGGGTTAAAGGCTGTTCTTCCATGCACTACAATGGGGAATCCAAAACCTTCTGTTTCATGGATCAAGGGAGAAACAGTTGTAAAGGTGAGTAGAAAATAAAATTAAAATATTGCTA---------GCTTGTTTGCTAAAGGTATTGTGATAAAATATAAGCATCATTCATACTATTT-----GTAAATT-CTGCTCTCTAGAAAGAAAGCATTT-CAGGAAATCTAGAT-CTTATCTACTAAATGTCAGCATTCACAGTAATTCTACCTAAAAATCAAACATTT-CTGTGTTCCCGTACCT--CATT-----TGTTTTTTACTACTAGGTGTGGCCAAATGC----TGCAAAACGCATTTGCGAGTATTCTCCTAAATAA-------GATATTTTCAGCTGCTTTGCTAAGATTCATGACCT------TTTT-GAAGATATAATTCACTGATTTGCAAAAATAAGCATGAG---TGAGTGTGTTGTAACAAAGCTGACCAGGAAGAGCTGGCCCCAGGTTCTTCCATCACAGGGCAACACAGATCATTTTTATGCATGTAAGCCCAATCATTTTAAATGAAAATTTGGTACTGCTTAT-GTGTAGTCTGT----AGAGGATGTTCTTT---CTTTCCTG--TCTGTTAACTCCATCTCTCCC--TTCTTTGGCAGGAAAATGCTCGCATTGCTGTTCTTGATTCAGGGAATCGCTGTGCTGCTGACAATCGAGGTTAAACTTTCCTGCTATCTTTCATACGTTCTCCAGAATTACGCAAGATCTTTGCAACTTTT-GAAATCAGGGATCCGGGGCTTAGAACA------------CA--GTCTGTGTCCTATCGCGCTTGAAAGAGTGGCTTCCTTAAAGGAAAG-CCTCT--TCAGGACA-CCAGAGTCTCG--GCATCAAAACATTTTTAATATGGCTTTGTCAATGGTTTCCTGACTGCGTGGCTCGGAATAAC-ATT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		Casuarius_casuarius              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		Buteo_jamaicensis                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		Ciconia_ciconia                  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		Corvus_corone                    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		Smithornis_rufolateralis         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