NEXUS
[File created by TreeBASE:  1/16/09  15:40:48]
[Matrix accession#: M4314]

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	MATRIX
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		Archidoris_pseudoargus_2              --NNNNNNNNNNNNAAACATAGCCTTAGGAGATTAATCTAAGGTTAGACCTGCCCAATGT-TCAATTTT-ATCAATGGCCGCGGTACTTTGACCGTGCTAAGGTAGCGCAATCAATTGGCCTTTAATTGGGGCCAGGTATGAATGGAGTTACGTGGTTCGACTGTCTCCTCAATTAATTTATTGAAATTACTATTTAGGTGAAAAAGCCTAAAAAAAGAAAAAGGACGAGAAGACCCTTAGAGTTTAACTTAAGTCA-GA--CA----ATTCCTGAACCAGTTTAGTTGGGGCACACTTTGGAACAGATA----AATTTCCTT-AAAGTAACAAACCGATTTTAATAAATGTGAATAAACTACCTTAGGGATAACAGCATAATTTTATAAATAAGTTTGTGACCTCGATGTTGGACTAGGAAATTTAGGGGCTAGCCGCCTTTAAAG-AAAGTTCTGTTCGAACTATT--ATTCCTACGTGATCTGAGTTCAGAATTTTTGGTATATGATGTGGTCTACTCGGAACTGGACTAAGTTTACTAATTCGTTTTGAGTTAGGTACAGCGGGTGCTTTTCTAGGTGATGATCATTTTTACAATGTAATTGTGACTGCTCATGCTTTTGTAATAATTTTTTTCATAGTTATGCCTTTAATAATTGGAGGATTTGGAAACTGAATAGTACCGTTATTAATTGGTGCACCAGATATAAGTTTTCCTCGGATGAATAACATAAGATTTTGGTTATTACCTCCATCTTTTGTTTTACTTCTTTGTTCTACTCTTATAGAAGGTGGTGCCGGTACTGGATGAACTGTGTATCCACCCTTATCAGGTCCTGTGGCCCATGGGGGAACCTCAGTTGATCTTGCTATTTTCTCACTTCATCTAGCAGGTGCGTCTTCCTTACTGGGTGCTATTAACTTTATTACAACTATTTTTAACATACGGTCTTCAGCTATAACCATAGAACGACTAAGTTTGTTTGTATGATCAGTTTTAGTTACAGCTTTTCTTCTTCTCCTTTCACTTCCAGTCTTAGCAGGAGCAATTACTATACTTCTAACAGATCGTAATTTCAATACTAGGTTTTTTGATCCTGCAGGAGGTGGGGACCCCATT
		Archidoris_pseudoargus_3              --NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCAATGGCCGCGGTACTTTGACCGTGCTAAGGTAGCGCAATCAATTGGCCTTTAATTGGGGCCAGGTATGAATGGAGTTACGTGGTTCGACTGTCTCCTCAATTAGTTTATTGAAATTACTATTTAGGTGAAAAAGCCTAAAAAAAGAAAAAGGACGAGAAGACCCTTAGAGTTTAACTTAAGTCA-GA--CA----ATTCCTGAACCAGTTTAGTTGGGGCA-ACTTTGGAACAGATA----AATTTCCTT-AAAGTAACAAACCGATTTTAATAAATGTGGATAAACTACCTTAGGGATAACAGCATAATTTTATAAATAAGTTTGTGACCTCGATGTTGGACTAGGAAATTTAGGGGCTAGCCGCCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTTGGTATATGATGTGGTCTACTCGGGACTGGACTAAGTTTACTAATTCGTTTTGAGTTAGGTACAGCGGGTGCTTTTCTAGGTGATGATCATTTTTACAATGTAATTGTGACTGCTCATGCTTTTGTAATAATTTTTTTCATAGTTATGCCTTTAATAATTGGAGGATTTGGAAACTGAATAGTMCCGTTATTAATTGGTGCACCAGATATAAGTTTTCCTCGGATGAATAACATAAGATTTTGGTTATTACCTCCATCTTTTGTTTTACTTCTTTGTTCTACTCTTATAGAAGGTGGTGCCGGTACTGGGTGAACTGTGTATCCACCCTTATCAGGTCCTGTGGCCCATGGGGGAACCTCAGTTGATCTTGCTATTTTCTCACTTCATCTAGCAGGTGCGTCTTCCTTACTGGGTGCTATTAACTTTATTACAACTATTTTTAACATACGGTCTTCAGCTATAACCATAGAACGACTAAGTTTGTTTGTATGATCAGTTTTAGTNNNNNNTTTTCTTCTTCTCCTTTCACTTCCAGTCTTAGCAGGAGCAATTACTATACTTCTAACAGATCGTAATTTTAATACTAGGTTTTTTGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
		Cadlina_laevis                        --NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGAATGGCCGCGGTACCTTGACCGNGCTAAGGTAGCGCAATAAATTGGCCTTTAAATGAGGCCATGTATGAATGGAATCACGGAGTTTAGCTGTCTCTAGAATTAATTTATTGNAATTACTATACAGGTGAAAAAGCCTGTTCTAAGAAAAAGGACGAGAAGACCCTTAGAGCTTTACT-AAGTT-GAAAATTTTTTATTTTCAAGACAGTTTTGTTGGGGCA-ACATAGGAACACTGA----AATTTCCTTAAGTTTAATTTACCGATACTTATAAATTTGAATAAGCTACCTTAGGGATAACAGCAAAATTTTATAAATTAGTTTGTGACCTCGATGTTGGACTAGGAAACTGCTAGGCTAGCCGCTTATTAGA-TAAGTTCTGTTCGAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTCGGAATGTGGTGTGGTTTACTCGGAACAGGACTTAGCTTATTAATTCGATTTGAATTAGGAACAGCTGGTGCGTTTCTAGGAGATGATCATTTTTATAATGTAATCGTGACCSCTCATGCATTTGTAATGATTTTTTTTATAGTAATACCTYTAATAATTGGAGGTTTTGGAAATTGGATAGTACCATTACTTATCGGGGCTCCTGATATAAGTTTTCCTCGAATAAATAATATAAGATTTTGATTATTACCTCCATCTTTTATCCTTTTATTATGTTCTACTCTTATAGAAGGAGGGGCTGGTACTGGATGAACTGTTTATCCTCCTTTATCAGGACCTGTGGCTCATGGAGGGGTCTCAGTAGATCTTGTTATTTTTTCTCTTCATCTTGCAGGGGCTTCTTCTCTTTTAGGGGCAATCAATTTTATTACGACTATTTTTAACATACGTTCCCCAGCTATAAGAATAGAACGTATTAGATTGTTTGTTTGATCAGTGTTAGTAACTGCTTTTTTATTATTACTGTCTCTTCCTGTATTGGCTGGGGCTATTACTATACTTCTTACTGATCGGAATTTTAATACTAGTTTTTTTGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
		Doriopsis_granulosa                   --NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCTAAAGTCAGACCTGCCCAATGTATATTAACTTATTAATGGCCGCGGTACTTTGACCGTGCTAAGGTAGCGCAATAAATTGACCTTTAATTAGGGTCAGGTATGAAAGGAGTCACGGGGTTCAGCTGTCTCCCCGTCAATATTTTGAACATTACTATGTAGGTGAAAAAGCCTACAAGAAGAAAAGGGACGAGAAGACCCTTAGAGTTTTTCTTAAAGCAGAAAATTTCT-GTT-ACAGTTTAG-----TTGGGGCA-ACTTGGGAACAAAA-----AATTTCCTGAAAGAAAATTAATCGATCTTTATAAAATTGGATAAACTACCTTAGGGATAACAGCATAATTTCGTAAATAAGTTTGTGACCTCGATGTTGGACTAGGAAATCTAAAGGCTAGCCGCCTCT-AGAGTAAGTTCTGTTCGAACTATTTTATTCCTACGTGATCTGAGTTCAGANNNNNNNNCCGGTGATGTGGACTTCTAGGAACTGGTCTTAGCCTGCTTATTCGATTTGAATTAGGGACAGCGGGAGCATTTCTTGGAGACGACCATTTTTATAACGTAATTGTTACTGCTCATGCGTTTGTAATAATTTTTTTTATAGTTATACCTCTTATAATTGGAGGTTTCGGGAATTGGATAGTTCCCTTACTCATTGGTGCACCTGATATAAGATTCCCTCGAATAAACAATATAAGATTTTGGTTACTACCTCCTTCTTTTATTCTCTTACTATGCTCAACCTTGATAGAAGGAGGAGCAGGAACCGGGTGAACAGTTTATCCACCTTTATCAGGCCCTGTAGCCCACGGGGGTTCATCAGTTGATCTTGCTATTTTTTCATTACATCTAGCAGGTGCCTCCTCTCTCTTAGGGGCAATTAACTTTATTACTACAATTTTTAACATACGATCTTCTGCTATAACAATAGAACGACTGAGCTTATTTGTTTGGTCTGTCCTAGTAACAGCATTTCTCCTACTCCTATCCCTACCAGTATTAGCTGGAGCTATCACGATACTTCTAACAGACCGAAACTTCAACACTAGGTTTTTTGACCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 1121 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
CHARSET 16S = 1 - 493 ; 
 CHARSET COI = 494 - 1119 ; 
 OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;