NEXUS
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[Matrix accession#: M513]

BEGIN TAXA;
	TITLE M513;
	DIMENSIONS  NTAX=12;
	TAXLABELS
		Ochotona_princeps	Sylvilagus_floridanus	Sylvilagus_audubonii	Sylvilagus_aquaticus	Romerolagus_diazi	Pronolagus_crassicaudatus	Oryctolagus_cuniculus	Lepus_capensis	Lepus_californicus	Lepus_americanus	Bunolagus_monticularis	Brachylagus_idahoensis
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M513;
	DIMENSIONS NCHAR=739;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Ochotona_princeps               ATCCCCGA---ACCGGTGAAAATGCCCTCCAACTCACCCACC-GATTAAGAGGGGCGGGTATTAAG--CACACACTAGTAGCTCAAAATACCTTGCTTAACCACACCCCCAAGGGACACAGCAGTGATAAATCTTAAGCAATAAACGAAAGTTTGACTAAGTTAAACTACATCAGAGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCAAATTAACAAAACCCCGGCGTAAAGCGTGTTTAAGACTACAA-------CTCAATAAAGTTAAATAATACCCAAGCTGTAAAAAGCTATAGCTATAATTAAGCCCCT-CAACGAAAGTGACTTTATCACCCTTGAATACACGAAAGCTAGGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCCTAGCCACAAACCTAAATAGTTAAACAACAAAACTATTCGCCAGAGAACTACTAGCAACAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCCACTTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGCTCCACCTCACCACCCTTTGCTAACTCAGCCTGTATACCGCCATCTCCAGCAAACCCTAAAAAGGTATCATAGTAAGCCCAATAA-CCCCATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCCATAGGGTGGGAAGCAATGGGCTACATTTTCTTATATAGAACACATACGAAAGCCCATGTGAAACCATAGG--CCGAAGGCGGATTT
		Sylvilagus_floridanus           ????????????????????AATGCCCTTAACAT?AAT--TTAGATCAAGAGGAGCAGGCATTAAGCACACTATTTAGTAGCTCAAGATGCCTTGCTTAACCACACCCCCAAGGAAAACAGCAGTGATAGAAATTTAGCAATGAACGCAAGTTTGACTAAGTTATGCTACTCTAGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCC-AACTAATAAATTCCCGGCGTAAAGCGTGATTAGAATCAAAA---CAGAAAAAATAAAATCAAATAACAACTAAGCTGTAAAAAGTAATAGTTACAAACAAAAATAAACAACGAAAGTGATTTTATAACCTTCGAACTCACGATAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCTTAAACTTAAATAATTCCATAACAAAATTACTCGCCAGAGAACTACAAGCCAGAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAAACCTTACCACTCTTTGCCAACTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCGAACCCTAAAAAGGAAAAAAACTAAGC?CAATTATCCCCATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATAGAGTGGAAAGTAATGGGCTAGATTTTCTACTTCAGAACATA--CGAAAGCCCTTATGAAACTCTGAGAGCCAAAGGAGGATTT
		Sylvilagus_audubonii            ATCCCCAT---ACCGGTGAGAATGCCCTTAACATCAAC--ATAGATCAAGAGGAGCAGGCATTAAGCACACTAATAAGTAGCTCAAGATGCCTTGCTTAACCACACCCCCAAGGGAAACAGCAGTGATAGAAATTTAGCAATGAACGTAAGTTTGACTAAGTTATGCTACTCTAGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCAAACTAATAAATACCCGGCGTAAAGCGTGATTAGAGCTAAAA----TAGAAAAATAAAATCAAATAACAACTAAGCTGTAAAAAGTAATAGTTGTAAACAAAAATAAACAACGAAAGTGATTTTACAACCTTCGAACTCACGATAGCTAAGATCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACCTGAATAATTTTATAACAAAATTACTCGCCAGAGAACTACAAGCCAGAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCCGCCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAAACCTTACCACTCTTTGCCAACTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCGAACCCTAAAAAGGAATAAAAGTAAGCTCAACTATTGCCATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATAGAGTGGAAAGCAATGGGCTACATTTTCTTCTTCAGAACAT?--CGAAAGCCCTTATGAAATTCTAAGGGCCAAAGGAGGATTT
		Sylvilagus_aquaticus            ATCCCCAC---ACCGGTGAGAATGCCCTCAACATCAGC--ATAGATCAAGAGGAGCGGGCATTAAGCAC?CCAATCAGCAGCTCAAGATGCCTTGCTTAACCACACCCCCAAGGAAAACAGCAGTGATAAAAATTTAGCAATGAACGTAAGTTTGACTAAGTTATGCTACTCTAGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCGAACTAATAAACACCCGGCGTAAAGCGTGATTAGAACTAAAG-----ATACAAATAGAGTCAAATAACAACTAAGCTGTAAAAAGTAATAGCTGTAAACAAAAATAAACAACGAAAGTGATTCTACAACCTTCGAACTCACGATAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACTTAAATAATTTCATAACAAAATTACTCGCCAGAGAACTACAAGCCAGAGCTTGAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAAACCTTACCACTCTTTGCCAACTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCGAACCCTAAAAAGGAACAAAAGTAAGCTCAATTATCCCCATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATAGAGTGGAAAGCAATGGGCTACATTTTCTTCTCCAGAACATA--CGAAAGCCCTTATGAAACTCTGAGGGCCAAAGGAGGATTT
		Romerolagus_diazi               AACCCCGC---ACCAGTGAGAATGCCCTTAACATCAAC--CCAGATCAAGAGGAGCAGACATTAAGTACACTTCCCAGTAGCTCAAAATGTCTTGCTCAACCACACCCCCAAGGGATACAGCAGTGATAAAAATTTAGCAATCAACGTAAGTTTGACTAAGTTATACTACTTCAGGGTTGGTAAATCTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCAAATTAATAAACACCCGGCGTAAAGCGTGATTAGAAACAAAA------CACAAATAAAATCAAATAACAACTAAGCTGTAAAAAGTAATAGTTGTAAACAAAAATAAACTACGAAAGTGATTTTATAACATTCGAACTCACGATAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACCTAAATAATTT-ATAACAAAATTGTTCGCCAGAGAAGTACAAGCCAGAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTACACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAAACCTTACCACTCTTTGCCAATTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCGAACCCTAAAAAGGAACAAAAGTAAGCTTAATTATTCTCATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATAGAGTGGAAAGTAATGGGCTACATTTTCTATATTAGAACATA--CGAAAGCCCTTATGAAATCTTAGGG-CCAAAGGAGGATTT
		Pronolagus_crassicaudatus       TTCCCCAT---GCCAGTGAGAATGCCCTTAACATCAAC--CCAGATCAAGAGGAGTAGGCATTAAGCACACCAGCCGGTAGCTCACGACGCCTTGCTCACCCACACCCCCAAGGGATACAGCAGTGAATTAAACTTAGCAATGAACGAAAGTTCGACTGAGTTATGCTACTTAAGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCAAACTAATAAATACCCGGCGTAAAGTGTGATTAGAAGTAAAT------GAAAAATAAAATCAAATAGCGTTTAAGCTGTAAAAAGTACTAACCACGAACAAAAATAATCAACGAAAGTGATCTTATAATTTTCGAACTCACGAGAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACCTTAATAGTTTCATAACAAAACTATTCGCCAGAGAACTACAAGCCAGAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCCGCCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAATCCCCGATAAACCCTACCTCTCTTTGCCAACTCAGCCTATATACCGCCATCTCCAGCGAACCCTGAAAAGGAGCAAAAGTGAGCTCAATCA-CCCCATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATGGAGTGGAAAGCAATGGGCTACATTTTCTACTATAGAATACA--CGGAACTCCCTGTGAAACC-TAGGGACCAAAGGAGGATTT
		Oryctolagus_cuniculus           CTACTCCTCACGCCAGTGA-AATGCCCTTAACATCAAA--CTAGATCAAGAGGAGCGGACATTAAGCACAGTAATCAGTAGCTCAAGATGCCTTGCTTAACCACACCCCCAAGGGATACAGCAGTGATAAATATTTAGCAATGAACGTAAGTTTGACTAAGTTATGCTACTTTAGGGTTGGTAAATCTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCAAATTAATAAATATCCGGCGTAAAGCGTGATTAGAATAAACA------ACAAAATAAAATCAAATAACAACTAAGCTGTAGAAAGTAATAGTTGCAAACAAAAATAAACAACGAAAGTGATTTTATACTCTTCGAACTCACGATAGCTAAGGCCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACTTTGATAATTTCATAACAAAATTATTCGCCAGAGAACTACAAGCCAAAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCCGTAATCGATAAACCCCGATAAACCCTACCACTCTTTGCCAACTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCGAACCCTAAAAAGGAGCAAAAGTAAGCTCAATTACCACCGTAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCCATAGAGTGGAGAGCAATGGGCTACATTTTCTACTTCAGAATATA--CGAAAGCCCTTATGAAACTCTAAGGGCCAAAGGAGGATTT
		Lepus_capensis                  CTCCCCTC---TCCAGTGAGAATGCCCTTAATATCAAT--CTAGATCAAGAGGAGCAGGTATTAAGCACACTAACTAGTAGCTCAAGATATCTTGCTTAACCACACCCCCAAGGGATACAGCAGTGATAAAAATTTAGCAATGAACGCAAGTTTGACTAAGCTATGCTACTTTAGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCAAACTAATAAACACCCGGCGTAAAGCGTGATTAGAACACAAA-----ATAAAAATAAAATCAAATAACAACTAAGCTGTAAAAAGTAATAGTTGCAAACAAAAATAAACGACGAAAGTGATTTCATAGTCTTCGAACTCACGATAGCTAAGATCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCTTAAACCTAGATAATTTCATAACAAAATTATTCGCCAGAGAACTACAAGCCAGAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCCGCCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAAACCTTACCACTCTTTGCCAACTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCTAAAAAGGAACAAAAGTAAGCTCAATCATCACCATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATAGAGTGGAAAGCAATGGGCTACATTTTCTAGTTCAGAACACA--CGAAAGCCCCTAT?AAACTCTA??????????????????
		Lepus_californicus              ??????????????????????TGCCCTTAATATCAAT--TTAGATCAAGAGGAGCAGGTATTAAGCACACTAACTAGTAGCTCAAGATGCCTTGCTTAACCACACCCCCAAGGGATACAGCAGTGATAAAAATTTAGCAATAAACGTAAGTTTGACTAAGCTATGCTACTCCAGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCAAACTAATAAACA-TCGGCGTAAAGCGTGATTAGAACAAAAAACAAAAAAAAAATAAAAT?AAATAACAACTAAGCTGTAAAAAGTAATAGTTGTAAACAAAAATAAACAACGAAAGTGATTT?ATAGTCTTCGAACTCACGATAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACTTAGATAATTTCCTAACAAAATTATTCGCCAGAGAACTACAAGCCAGAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCCGCCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAAACCTTACCACTCTTTGCCAACTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCTAAAAAGGAGCAAAAGTAAGCTCAATCATCACCATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATAGAGTGGAAAGCAATGGGCTACATTTTCTACCTTAGAACACA--CGAAAGCCCCTATGAAACTCTAGGGGCCAAAGGAGGATTT
		Lepus_americanus                CTCCCCTC---CCCAGTGAGAATGCCCTTAATATCAAT--CTAGATCAAGAGGAGCAGGTATTAAGCACACTAACTAGTAGCTCAAGATGCCTTGCTTAACCACACCCCCAAGGGATACAGCAGTGATAAAAATTTAGCAATGAACGTAAGTTTGACTAAGCTATGCTACTCCAGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCAAACTAATAAACACCCGGCGTAAAGCGTGATTAGAACATAAG---AAAAAAAAATAAAATCAAATAACAACTAAGCTGTAAAAAGTAATAGTTATAAACAAAAATAAACAACGAAAGTGATTTTATAACCTTCGAACTCACGATAGCTAAGATCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACCTAGATAATTCCAGAACAAAATTATTCGCCAGAGAACTACAAGCCAGAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCCGCCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAAACCTTACCACTCTTTGCCAATTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCGAACTCTAAAAAGGAGCAAAAGTAAGCTCAATCATCACCATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATAGAGTGGAAAGCAATGGGCTACATTTTCTACTTTAGAACACA--CGAAAGCCCCTATGAAACTCTAGAGGCCAAAGGAGGATTT
		Bunolagus_monticularis          ATCTCCGC---ACCAGTGAGAATGCCCTTAATATCAAT--ACTGATCAAAAGGAGCAGACATTAAGCACACTAACCAGTAGCTCAAGATGTCTTGCTTAACCACGCCCCCAAGGGATACAGCAGTGATAAAAATTTAGCAATAAACGTAAGTTTGACTAAGTTATGCTACTACAGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCAAATTAATAAACACTCGGCGTAAAGCGTGATTAGAGATAAAA------TAAAAATAAGTTCAAATAACAACTAAGCCGTAAAAAGTAATAGTTGCAAACAAAAATAAACAACGAAAGTGATTTTACAGTACTCGAATTCACGATAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACCTCAATAATTTCATAACAAAATTATTCGCCAGAGAACTACAAGCCACAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCC-CCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATGAACCCCGATAAACCTTACCACTCTTTGCTAAATCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCTAAAAAGGAACAAAAGTGAGCTCAATTATCCTCATAAAGACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCCATAGAGTGGAAAGCAATGGGCTACATTTTCTACCTCAGAACACA--CGAAAGCCCTAATGAAACT-TAAGG-CTAAAGGAGGATTT
		Brachylagus_idahoensis          TTCCCCGC---ACCAGTGAGAATGCCCTTAACATCAGTTCAAAGATCAAGAGGAGCAGGTATTAAGCACACTATTAAGTAGCTCAAGATGCCTTGCTTAACCACACCCCCAAGGGAAACAGCAGTGATAGAAATTTAGCAATAAACGAAAGTTTGACTAAGTTATACTACTC-AGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCAAATTAATAAACACTCGGCGTAAAGCGTGATTAGGATTAGAC---GTAACAAAATAGAATCAAATATCAACTAAACTGTAAAAAGTAATAGTTGCAAACAAAAATTAACAACGAAAGTGGTTTTATTATCTTCGAATTCACGATAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACCTCGATAATTTCATAACAAAATTACCCGCCAGAGAACTACAAGCCAGAGCTTCAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCCGCCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAGACCTCACCACTCTTTGCCAACTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCGAACCCTAAAAAGGGACAAAAGTAAGCTCAATTATTTCCATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATAGAGTGGGAAGCAATGGGCTACATTTTCTATATCAGAATACA--CGAAGACCCTGATGAAACTCAAAGGGTTAAAGGAGGATTT
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 739 ; 
 CODESET * UNTITLED = mtDNA.mam.ext: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
USERTYPE 2_1 STEPMATRIX = 4 
 A C G T 
 . 2 1 2 
 2 . 2 1 
 1 2 . 2 
 2 1 2 . 
 ; 
 
 USERTYPE 3_1 STEPMATRIX = 4 
 A C G T 
 . 3 1 3 
 3 . 3 1 
 1 3 . 3 
 3 1 3 . 
 ; 
 
 USERTYPE 1_0 STEPMATRIX = 4 
 A C G T 
 . 1 0 1 
 1 . 1 0 
 0 1 . 1 
 1 0 1 . 
 ; 
 
 USERTYPE 10_1 STEPMATRIX = 4 
 A C G T 
 . 10 1 10 
 10 . 10 1 
 1 10 . 10 
 10 1 10 . 
 ; 
 
 USERTYPE 20_1 STEPMATRIX = 4 
 A C G T 
 . 20 1 20 
 20 . 20 1 
 1 20 . 20 
 20 1 20 . 
 ; 
 
 OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 CHARSET 12Sambig = 7 - 12 37 - 42 262 - 270 696 - 699 ; 
 CHARSET 12S & cytB_3rd = 1 - 6 13 - 36 43 - 261 271 - 695 700 - 739 ; 
 CHARSET 12S = 1 - 6 13 - 36 43 - 261 271 - 695 700 - 739 ; 
 CHARSET all_but_ambig = 1 - 6 13 - 36 43 - 261 271 - 695 700 - 739 ; 
 EXSET * 12S & cytB_3rd = 7 - 12 37 - 42 262 - 270 696 - 699 ; 
 END;