NEXUS
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[Matrix accession#: M874]

BEGIN TAXA;
	TITLE M874;
	DIMENSIONS  NTAX=11;
	TAXLABELS
		Lentinula_novaezealandieae_TMI1449	Lentinula_edodes_TMI1148	Lentinula_boryana_R50	Gomphus_floccosus	Bondarzewia_berkleyi	Thelephora_sp	Boletus_satanas	Pleurotus_ostreatus	Agaricus_bisporus	Albatrellus_syringae	Dacrymyces_chrysospermus
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M874;
	DIMENSIONS NCHAR=412;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Lentinula_novaezealandieae_TMI1449       GGAAAAAATATGATaTTACTTt-ACTAaaAgTGTTGTCCaA--ATCTGGTGCCAAAAcACTCGGTaACgCCAGAAACGCgAACGTTagTCacaTTaACCAgGCGTAaAgGGTTCGTACgCAcTTTTTTaaGATAgaATCaAATTGAGGAT?a--GCCgaATAATGCTtAGAGTAGGGA-TTAAATCCTTAGATACTAG-GTGGAATACTaATGGTGAAAg-CTTTTTATCTAATAATGATCGACGCTGAGGAACGAAGGTGAGAATaGA-AAATAGGATTAGAGACCC-AGATATCTCTCACTGTCAACGATGAATGGTGGAAAGTTAGTTtTCTAGTACCGATGTTAACGCGATAACCATT-CCGCCTTGAGAGTACGGTCGCAAGACTGAAA-CCAAAAAAATTA-----
		Lentinula_edodes_TMI1148                 GGAAAAAATATgATATTACttt-acTAAAAGTGTTGTCCAA--ATCTGGTGCCAaAAgACTCGgTAACgCCAGAAACgCGAACgTTagTCacATTaACCAgGCGTaAAgGGTTCgtAgGCAgTTTTttaAgATagAaTCAaaTTGAGGaTAA--gCCgAATaATGCTTagAgTAgGGA-TTAAATCCTTagATaCtAG-GTGGAATACTAATGGTGAAAG-CTTTTTATCTAATAATGATCgACGCTGAGGAACGAAGGTGAGAATaGA-AAATAGGATTAGAGACCC-AGATATCTCTCACTGTCAACGATGAATGGTGGAAAGTTAGTTTTCTAGTACCGATGTTAACGCGATAACCATT-CCGCCTTGAGAGTACGGTCGCAAGACTGAAA-CCAAAAAAATTA-----
		Lentinula_boryana_R50                    GGACAAAATATGATATTACTTT-ACTATAAGTGTTGTCCAA--ATCTGGTGCCA?AAGACTCGGTAACGCCAGAAACGCGAACGTTAGTCACATTAACCAGGCGTAAAGGGTTcGTAGGCAGTTTTTTAAgATAgAATCAAATTGAGGATAa--gCCGAATAATGCTTAgAGTAGGGA-TTAAATCCTTAgATaCTAG-GTGGAATACTAATGGTGAAAG-CTTTTTATCTAATAATGATCGACGCTGAGGAACGAAGGTGAGAATAGA-AAATAGGATTAGAGACCC-AGATATCTCTCACTGTCAACGATGAATGGTGGAATGTTAGTTTTCTAGTACCGATGTTAACGCGATAACCATT-CCGCCTTGAGAGTACGGTCGCAAGACTGAAA-CCAAAAAAATTA-----
		Gomphus_floccosus                        GTAAAAATAATGATGTTACTTT-ACTATTAGTGTTGtCAAA--GTCTGGTGCCAGAAGACTCGGTAAGGCCAGAGACGCAAGCGTTAATCATCTTGATCAGGCGTAAAGGGTTTGTAGGCGGCTTAAAAAGCTAGAATCAGATAGAGGTCAC-CGTGAGAGAACACTTGGAGTAGGGT-TGATATCTGTAGATACCAATGTGGAATTCTAATTAGCGAAGGCTCTTTTCCAAATAATGATTGACGCTGATAAACGAAGGTGAGGAACGA-CAATAGGATTAGATACCC-TGGCATCCCTCTCTGTCAACGATGAATGGTAGTGG-CTAGTTCTCTAGTGGCGAGGTTAACACGTTAACCATT-CCGCCTTGTGAGTACAATTGCAAAGTTGAA?-ACCAAAAAATTAGTCGg
		Bondarzewia_berkleyi                     GGGAGAATAATGATGTTACCTT-ATTAATAGTGTCGCCCAA--AGCTGGTGCCAGAAGACTCGGTAAGGCCAGAGACGCAAACGTTAGTCGTCCTAATCAGGCGTAAAGGGTTTGTAGGCAGCTTTTAAAGCTAGAATCAAATAGAGGTTAT--ATTAAATAATACTTAGTGTAGGGC-CGATATCCTTAGATACTAA-GGGGAATATTAAGGGCGAAAG-CTTTTTTCC-ACTAATGATTGACTCTGAGAAACGA-GGTGAGGATAGG-AAATAGGATTAGATACCCAAATTACCCCTCTCTGTCAACGATGAATGGTGGCTA-CTAGTG--TTGGTGGCGATGTTAACACGATAACCATT-CCGCCTTGTGAGTACGACTGCAAAGTTGAAAA-CCAAAAAATTAGTCGG
		Thelephora_sp                            GGGAAGATAATGACATTACCTT-ACTATTAGTGTTGTCCAA--ATCTGGTGCCAGAAGACTCGGTAAGGCCA?AAACGCGAACGTTAGTCGTCCTAATCAGGCGTAAAGGGTGTGTAGGCAGCTTTAAAAGCTAGAATCAAATAGAGGATAT--ATTAAATAATATTTAGAGGAGGTC-TTATATCCTTAGATACTAA-ATGGAATATTAAGAGTGAAAG-CTTTTTATCTACTAAAGATTGACGCTGAGAAACGAAGGTGAGTATAGG-AAATAGGATTAGATACCC-AGATACCACTCTCTGTCAACGATGAATGGTGGTTG-CCAATTATTAGGTGGCTCTGTTAACACTATAACCATTTCCGCCATGTTAGTATGACTGCAAAGTTGAAAA-CAAAAAAATTAGTCGG
		Boletus_satanas                          GAGAAAATAATGATATTATCTT-ACTATTAGTGTCGTCTAA--ATTTGGTGCCAGAAGACTCGGTAAGACCTTAGACGCAAACGTTAATCGTCATAATCAGGCGTAAAGGGTGTGTAGGCGGCTTTTAAAGCTAGAATCTAAAAGAGGGTAA--GCTAAACAACATAATTAATTGGGACTGACAACTTATAATAAT---GTGGAGTACTAAAGGTTAAAG-CTATTTATCTACTTAAGATTGACGCTCAGAAACGAAGGGGAGAATAAGAAACTTAGATTAGAGACCT-AATTATCTCTCTCAGTCAACGATGAATGGTAGTTA-TTAAAA--TTAGTGACGAGGTTAACACGATGACCATT-CCGCCTTGTTAGTAAGACTGCAAAGTTGAAAA-CAAAAAAATTAGTCGG
		Pleurotus_ostreatus                      GGGAAAAAAATGATATTACCTC-ACTAAAAGTGTTGTCCAA--ATCTGGTGCCAGAAGACTCGGTAAGACCAGAAACGCAAACGTTAGTCATCTTAATCAGGCGTAAAGGGTATGTAGGCAGCTTTTAAAGCTAGAATCTAATAGAGGAAAA--ACCAAATAATACTTAGAGTAGGGA-TGATATCCATAGATACTAA-GGGGAATACTAAGGGCGAAAG-CTTTTTTTCTATTAAAGATTGACGCTGAGAAACGAAGGTGAGAATAGG-AAATAGGATTAGATACCC-AGATACCTCTCACTGTCAACGATGAATGGTGGTTG-TTAGTT--CTGATGGCGATGTTAACACGATAACCATT-CCGCCTTGCGAGTACGGTTCCCAAACTGAAACCCCAAAAAATTAGTCGG
		Agaricus_bisporus                        GGGAAAATAATGATATTACCTT-GCTATAAG?GTTGTCCAAATAACTGGTGCCAGAAG?CTCGGTAACGCCAGAAACGCAAACGTTAGTCGTCCTAATCAGGCGTAAAGGGTGAGTAGGCTGCTTTAAAAGCTAGAATCaAACaGAgGATAA--ACCGAACAaTGTTTAGAGTAGGGA-TGAAATCCTTAAATACTAA-ATGGAGTACTAATGGTGAAAA-CTTTTATCT-AATAATGATTGACGCTGAGGAACGAAGGTGAGAATAGA-AAATAGGATTGGAGACCC-AGATATCCCTCACTGTCAACGATGAATGGTGGTTG-TTAGTT--CTAGTAACGATGTTAACGCGATAACCAT?-CCGCCTTGCGAGTACGGTTGCAAAACTGAAA-CCAAAAAAATTAGTCGT
		Albatrellus_syringae                     GGGAAAATATTGATATTACCTT-ACTAATAGTGTCGTCCAA--AACTGGTGCCAGAAGACTCGGTAAGGCCAGAGACgCAAACGTTAATCGTCTTAATCAGgCGTAAAGGGTTTGTAGGCAGCTTTTAAAGATAGAATCAAATAGAGGATAGTTACCAaATCATGCTTAGAGGAGGGC-TGATATCCtAAGATACTAA-GTGGAATACTAGGAGCgTAaG-CTTttTaTCCAATAATGATTGACGCTGAGAAACGAAGGTGAGGATaGG-AAATAGGATTAGATACCC-AGATACCCCTCTCTGTCAACGATGAATGGTAGTTA-TTAGTTTTTTAGTGACGATGTTAACGCGTTAACCATT-CCGCCTTGTGAGTACGACTGCAAAGTTGAA?-A??AAAAAATTAGTCGG
		Dacrymyces_chrysospermus                 GGGAAA-TAATGATATATCCGTTACTATCAGTGTCGTCCAA--AGcTGGTGCCAgAAgAcTCGGTAAGGCCAGAgACGCAAACGTTAGTCGTCATAAACAGGCGTAAAGGGTTCGTAGGCATCTTTTAAAGATAGAATCTAATGGAGTTTGA--ACCGCTAAATGCTTTAAGTAGGGA-TGAAATATTTAGAGATAAG-GTAgAATGCTCAAGGCGTAAG-CAgCCTCTCATGTAAAGATTGACGCTGAGGAACTAAGGAgAGCCCCAGGAAAAAGGATTAGATACCC-AAGTACCCTCTC-TGCCAACGATGAATGGTACTCA-TTAGCAAATTAGTGGGAAAGTTAACACGTGAACCATT-CCGCCTTGTGAGTACGG?CGCAAAG?CTGAAAACAAAAAAATTAG----
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 412 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;