NEXUS
[File created by TreeBASE:  7/26/07  21:01:11]
[Matrix accession#: M1263]

BEGIN TAXA;
	TITLE M1263;
	DIMENSIONS  NTAX=36;
	TAXLABELS
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BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M1263;
	DIMENSIONS NCHAR=1010;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
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		Hildenbrandia_rubra_CASW1              TCGAATGAGCAATATTTTGCTTATATAGCTTATGATATTGATTTATTTGAAGAAGGATCTATTGCTAATTTAACAGCTTCTATTATTGGAAATGTGTTTGGGTTTAAAGCTGTTAAAGCACTACGCTTAGAAGATATGCGTATTCCTGTTGCTTATTTAAAAACTTTCCAAGGTCCAGCTACTGGTATAATTGTTGAACGTGAGCGTATGGATAAGTTTGGTAGACCTTTCTTAGGTGCAACAGTTAAACCAAAGCTTGGATTATCAGGCAAAAATTATGGTCGAGTTGTGTATGAGGGTCTAAAAGGTGGATTAGACTTTTTGAAAGATGATGAAAATATTAACTCTCAACCATTTATGCGTTGGAGAGAAAGATTTTTATTTTCTATAGAAGGTGTTAATCGTGCGATCGCAGCTGCTGGTGAAGTAAAAGGTCATTATATGAATGTAACGGCTGCTACAATGGAAGATATGTATGAACGAGCTGAATTTGCTAAAGAATTAGGTAGTGTCATCTGTATGATTGACTTAGTTATTGGCTATACAGCAATTCAAACAATGGCTATTTGGGCAAGAAAAAATGATATGATCCTTCACCTACATAGGGCAGGTAATTCTACGTATTCTCGTCAGAAAAATCATGGAATGAATTTTAGAGTTATATGTAAATGGATGAGAATGGCAGGAGTAGATCATATTCACGCTGGAACAGTTGTAGGTAAATTAGAAGGAGATCCGCTAATGATTAGAGGATTTTACAATACTTTATTACAAACTCATACAGATATTAATCTACCGCAAGGGTTGTTTTTTGAACAAGACTGGGCTTCATTACGGAAGGTAACACCAGTAGCATCTGGTGGTATCCATGCAGGCCAAATGCACCAATTATTAGATTATTTAGGAGATGATGTTGTTCTACAGTTCGGAGGAGGAACTATTGGACATCCTGATGGTATTCAAGCCGGAGCAACTGCAAATCGTGTTGCACTAGAATCTATGGTAATGGC
		Hildenbrandia_rubra_FRASW1             TCTAATGAACAATACTTCGCTTATATAGCATATGATATTGATTTATTTGAAGAAGGATCGATTGCTAACTTAACAGCTTCTATTATTGGAAACGTATTTGGGTTTAAAGCCGTTAAAGCATTACGTTTAGAAGATATGCGCATTCCTGTTGCTTATCTAAAAACTTTCCAAGGTCCAGCTACAGGTATAGTTGTTGAACGTGAACGTATGGACAAATTCGGTAGACCTTTTTTAGGTGCAACAGTTAAACCAAAACTGGGACTATCAGGTAAAAACTATGGTCGAGTTGTGTATGAAGGATTGAAAGGTGGATTAGATTTTTTGAAAGATGATGAAAATATTAACTCTCAACCATTTATGCGTTGGAAAGAAAGGTTCTTATTTTCTATAGAAGGTGTTAATCGTGCAACAGCAGCAGCTGGTGAAGTAAAAGGTCATTACATGAATGTAACTGCTGGCACAATGGAAGATATGTATGAACGTGCTGAATTTGCTAAAGAGCTAGGTAGTATCATTTGCATGATTGATTTAGTTATTGGCTACACAGCAATTCAAACAATGGCTATTTGGGCAAGAAAAAATGATATGATTCTTCACCTACATAGAGCTGGTAATTCTACGTATTCTCGTCAGAAAAATCATGGAATGAATTTTAGAGTTATATGTAAATGGATGAGAATGGCAGGAGTAGATCATATTCATGCTGGAACAGTCGTAGGTAAATTAGAAGGAGATCCACTAATGATTAGAGGATTTTATAATACTTTGTTACAAACTCACACAGATATTAATTTACCACAGGGATTGTTTTTTGAACAAGACTGGGCTTCCTTACGAAAAGTAACGCCAGTAGCATCTGGTGGTATCCATGCAGGTCAAATGCATCAATTATTAGATTATTTAGGAGAAGATGTTGTTCTACAGTTCGGAGGAGGAACCATTGGACATCCTGATGGTATTCAAGCTGGAGCAACAGCAAATCGAGTTGCATTAGAATCTATGGTGATGGC
		Hildenbrandia_rubra_BCSW2              ??????????????????????????????????????TGACTTATTTGAAGAAGGATCTATTGCTAACTTAACAGCTTCAATTATTGGAAATGTGTTTGGGTTTAAAGCTGTTAAAGCACTACGCTTAGAAGATATGCGTATGCCTGTTGCTTATTTAAAGACTTTCCAAGGTCCAGCTACTGGTATAATTGTTGAACGTGAACGTATGGACAAATTCGGTAGACCTTTCTTAGGTGCAACAGTTAAACCAAAACTGGGACTATCAGGTAAAAACTATGGACGAGTTGTCTATGAAGGCCTTAAAGGTGGATTAGACTTTCTGAAAGATGATGAAAATATTAACTCTCAGCCATTTATGCGTTGGATAGAAAGATTTTTATTCTCTATGGAAGGTGTTAACCGTGCCATTGCAGCCACTGGTGAAATCAAAGGCCATTACATGAATGTCACTGCTGGTACAATGGAAGATATGTATGAACGTGCTGAATTTGCTAAAGAACTAGGCACTGTCATTAGTATGATTGACTTAGTAATTGGTTATACCGCAATTCAAACTATGGCTGTTTGGGCAAGAAAAAACGATATGATCCTTCATTTGCATAGAGCAGGTAATTCTACATATTCTCGTCAAAAAATTCATGGAATGAATTTTAGAGTTATATGTAAATGGATGAGAATGGCAGGAGTGGATCATATTCATGCTGGAACAGTAGTAGGTAAATTAGAAGGCGATCCACTAATGATTAGAGGATTCTATAATACTTTATTTCAAACTCATGCAGATATTAATTTACCGCAGGGGCTGTTTTTTGAACAAGACTGGGCTTCTTTACGAAAAGTAACGCCAGTAGCATCTGGTGGTATCCATGCAGGTCAAATGCATCAGTTATTAGATTATTTAGGAGATGACGTTGTGCTACAGTTTGGAGGAGGAACTATTGGACATCCTGATGGTATTCAAGCTGGAGCAACTGCAAATCGTGTAGCATTAGAATCTATG????????
		Apophlaea_lyallii                      TCAAATGAACAATATTTTGCTTATATAGCATATGATATTGATTTGTTTGAGGAAGGTTCAATTGCTAATTTGACAGCTTCCATTATAGGTAATGTATTCGGTTTTAAAGCAGTGAAGGCTTTACGTTTAGAGGATATGCGCATCCCTGTAGCATACTTAAAAACCTTTCAAGGCCCAGCTACAGGTGTAATTGTAGAACGTGAACGCATGGATAAGTTTGGTAAACCTCTATTAGGTGCTACTGTAAAACCTAAGCTTGGGTTATCCGGGAAGAACTACGGACGAGTAGTATATGAAGGTTTAAAAGGTGGTTTAGATTTCTTGAAAGATGATGAGAATATTAATTCTCAACCGTTCATGCGTTGGAGAGAAAGATATTTGTTTGCAATAGAAGGTGTTAATCGTGCTGTTGCTGGAACAGGAGAGGTCAAAGGACATTATTTGAATGTAACTGCTGGCACAATGGAAGACATATATGAACGAGCTGCATTTGCTAAAGAATTAGGAAGTGTCATCTGTATGATTGATTTAGTTATTGGATACACAGCTATCCAAAGTATGGCTAAATGGGCTCGTAAGAATGATATGATTTTACATTTACATAGAGCAGGTAACTCTACATACTCTCGTCAAAAGAACCATGGCATGAATTTTAGAGTTATATGCAAATGGATGAGGATGGCTGGTGTTGATCATATTCATGCTGGGACAGTTGTTGGTAAACTAGAAGGAGATCCTTTAATGATCAAAGGATTTTATAACACTTTATTACAAACACATCTAGACATAAATCTACCTCAAGGTCTATTTTTCACACAAGAATGGGCTTCATTACGTAAAGTGATGCCTGTAGCTTCTGGAGGTATTCATGCAGGACAGATGCATCAGTTATTAGATTATTTAGGTGATGATGTTATCTTACAATTTGGAGGAGGTACAATTGGTCATCCGGATGGTATTCAAGCAGGAGCAACGGCTAATCGTGTAGCTTTAGAGGCGATGGTAATGGC
		Apophlaea_sinclairii                   TCAAATGAACAATATTTTGCTTATATAGCATATGATATTGACTTATTTGAGGAAGGTTCAATTGCTAATTTGACAGCTTCCATTATAGGCAATGTATTTGGTTTTAAAGCTGTTAAGGCTTTGCGTCTAGAAGATATGCGTATCCCTGTAGCATACTTAAAGACTTTTCAAGGTCCAGCTACAGGAGTAATTGTGGAACGTGAACGTATGGATAAGTTTGGAAAACCTTTCTTAGGTGCTACCGTAAAACCTAAGCTTGGATTATCTGGTAAGAACTATGGACGGGTAGTCTATGAAGGTTTAAAAGGTGGCTTAGATTTCTTAAAAGACGATGAAAATATTAATTCTCAACCTTTTATGCGTTGGAGGGAAAGATATTTATTTGCAATAGAAGGTGTTAATCGTGCTGTAGCTGGAACAGGAGAGATTAAAGGACATTATCTGAATGTTACCGCGGGCACAATGGAAGATATGTATGAACGAGCTGCATTTGCTAAAGAGTTAGGAAGTATTATTTGTATGATTGATTTAGTTATCGGATACACAGCTATTCAAAGTATGGCTAAATGGGCACGTAAGAATGATATGATTCTACACTTACATAGAGCAGGTAATTCTACATACTCTCGTCAAAAGAATCATGGCATGAATTTTAGAGTTATATGCAAATGGATGAGAATGGCTGGCGTCGACCATATCCATGCAGGGACAGTTGTTGGTAAATTAGAAGGAGATCCGTTAATGATCAAAGGATTTTATAACACTTTATTACAACCTTATCTAGACATAAATTTACCTCAAGGCTTATTTTTCAAACAGGAATGGGCTGCATTACGTAAAGTAATGCCTGTAGCTTCTGGAGGCATTCATGCAGGACAGATGCATCAGTTGTTAGATTATTTAGGTGACGATGTCATCCTACAATTTGGAGGTGGGACAATAGGTCATCCAGATGGTATTCAAGCAGGAGCAACTGCTAATCGTGTAGCTTTAGAAGCTATGGTAATGGC
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BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 1010 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
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