#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 15, 2026; 15:55 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Bibi F. 2013. A multi-calibrated mitochondrial phylogeny of extant Bovidae (Artiodactyla, Ruminantia) and the importance of the fossil record to systematics. BMC Evolutionary Biology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S14132] [ The following blocks are input data for analysis step 11966 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep11966; DIMENSIONS NTAX=127; TAXLABELS Addax_nasomaculatus Aepyceros_melampus Alcelaphus_buselaphus_buselaphus Alcelaphus_buselaphus_lichtensteinii Alces_alces Ammotragus_lervia_FJ207522 Antidorcas_marsupialis Antilocapra_americana Antilope_cervicapra Arabitragus_jayakari_FJ207523 Axis_axis Bison_bison Bison_bonasus Bos_gaurus Bos_grunniens_NC006380 Bos_javanicus_birmanicus Bos_javanicus_javanicus Bos_taurus_indicus_EU177868 Bos_taurus_taurus_EU177832 Boselaphus_tragocamelus Bubalus_bubalis_bubalis_AF547270 Bubalus_bubalis_carabanesis Bubalus_depressicornis Budorcas_taxicolor_FJ207524 Capra_caucasica Capra_falconeri_FJ207525 Capra_hircus Capra_ibex_FJ207526 Capra_nubiana_FJ207527 Capra_pyrenaica_FJ207528 Capra_sibirica_FJ207529 Capricornis_crispus_FJ207533 Capricornis_milneedwardsii_FJ207534 Capricornis_swinhoei_NC010640 Cephalophus_adersi Cephalophus_callipygus_1 Cephalophus_callipygus_2 Cephalophus_callipygus_3 Cephalophus_dorsalis Cephalophus_jentinki Cephalophus_leucogaster Cephalophus_natalensis Cephalophus_nigrifrons Cephalophus_ogilbyi Cephalophus_rufilatus Cephalophus_silvicultor Cephalophus_spadix Cervus_elaphus_NC007704 Connochaetes_gnou Connochaetes_taurinus_1 Connochaetes_taurinus_2 Damaliscus_pygargus_FJ207530 Dorcatragus_megalotis Eudorcas_rufifrons_1 Eudorcas_rufifrons_2 Gazella_bennettii Gazella_cuvieri Gazella_dorcas_osiris Gazella_dorcas_pelzelnii Gazella_gazella_erlangeri Gazella_gazella_gazella Gazella_leptoceros Gazella_spekei Gazella_subgutturosa_marica Gazella_subgutturosa_subgutturosa Giraffa_camelopardalis_angolensis_NC012100 Giraffa_camelopardalis_antiquorum Hemitragus_jemlahicus_FJ207531 Hippotragus_equinus Hippotragus_niger Hydropotes_inermis Hyemoschus_aquaticus Kobus_ellipsiprymnus Kobus_leche Litocranius_walleri Madoqua_kirkii Madoqua_saltiana Moschus_berezovskii_NC012694 Moschus_moschiferus Muntiacus_muntjak_NC004563 Naemorhedus_baileyi Naemorhedus_griseus_evansi Naemorhedus_griseus_griseus_FJ207532 Nanger_dama Nanger_granti Nanger_soemmerringii Neotragus_batesi Nesotragus_moschatus Odocoileus_hemionus Okapia_johnstoni Oreamnos_americanus_FJ207535 Oreotragus_oreotragus Oryx_beisa Oryx_dammah Oryx_gazella Oryx_leucoryx Ourebia_ourebi Ovibos_moschatus_FJ207536 Ovis_aries_NC001941 Pantholops_hodgsonii_NC007441 Pelea_capreolus Philantomba_maxwelli Philantomba_monticola_1 Philantomba_monticola_2 Procapra_gutturosa Pseudois_nayaur_FJ207537 Pseudoryx_nghetinhensis Raphicerus_campestris Redunca_arundinum Redunca_fulvorufula Rupicapra_pyrenaica_FJ207539 Rupicapra_rupicapra_FJ207538 Saiga_tatarica Sylvicapra_grimmia Syncerus_caffer Tetracerus_quadricornis Tragelaphus_angasii Tragelaphus_derbianus Tragelaphus_eurycerus Tragelaphus_imberbis Tragelaphus_oryx Tragelaphus_scriptus_1 Tragelaphus_scriptus_2 Tragelaphus_scriptus_3 Tragelaphus_spekii Tragelaphus_strepsiceros Tragulus_kanchil ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M16697] TITLE 'Matrix: complete mitochondrial genome '; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep11966; DIMENSIONS NCHAR=14904; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1780 1790 1800 1810 1820 1830 1840 1850 1860 1870 1880 1890 1900 1910 1920 1930 1940 1950 1960 1970 1980 1990 2000 2010 2020 2030 2040 2050 2060 2070 2080 2090 2100 2110 2120 2130 2140 2150 2160 2170 2180 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Alcelaphus_buselaphus_lichtensteinii 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Bubalus_bubalis_carabanesis 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Bubalus_depressicornis 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Capra_caucasica 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Cephalophus_dorsalis 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CTG Cephalophus_leucogaster 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Cephalophus_natalensis 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Cephalophus_silvicultor 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Gazella_bennettii 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Gazella_cuvieri 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Gazella_dorcas_pelzelnii 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Gazella_gazella_erlangeri 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Gazella_gazella_gazella 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Gazella_leptoceros 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Gazella_subgutturosa_marica 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Hippotragus_equinus 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Hippotragus_niger 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Hyemoschus_aquaticus 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Moschus_moschiferus 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Nanger_dama 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Pseudoryx_nghetinhensis 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Saiga_tatarica 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Tetracerus_quadricornis 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Tragelaphus_imberbis 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((Tragulus_kanchil:1.0,Hyemoschus_aquaticus:1.0):39.0,((Antilocapra_americana:25.0,((Giraffa_camelopardalis_angolensis_NC012100:2.0,Giraffa_camelopardalis_antiquorum:2.0):6.0,Okapia_johnstoni:8.0):17.0):2.0,((((Axis_axis:2.0,Cervus_elaphus_NC007704:2.0):6.0,Muntiacus_muntjak_NC004563:8.0):2.0,(Odocoileus_hemionus:8.0,(Hydropotes_inermis:6.0,Alces_alces:6.0):2.0):2.0):15.0,((Moschus_berezovskii_NC012694:1.0,Moschus_moschiferus:1.0):22.0,(((Boselaphus_tragocamelus:6.0,Tetracerus_quadricornis:6.0):9.0,((Tragelaphus_imberbis:7.0,((Tragelaphus_angasii:2.0,Tragelaphus_scriptus_1:2.0):4.0,((Tragelaphus_strepsiceros:4.0,(Tragelaphus_derbianus:2.0,Tragelaphus_oryx:2.0):2.0):1.5,((Tragelaphus_eurycerus:4.0,Tragelaphus_spekii:4.0):1.0,(Tragelaphus_scriptus_2:1.0,Tragelaphus_scriptus_3:1.0):4.0):0.5):0.5):1.0):6.0,(Pseudoryx_nghetinhensis:12.0,((Syncerus_caffer:6.0,(Bubalus_bubalis_carabanesis:2.0,(Bubalus_bubalis_bubalis_AF547270:1.0,Bubalus_depressicornis:1.0):1.0):4.0):3.0,((Bos_taurus_taurus_EU177832:1.0,Bos_taurus_indicus_EU177868:1.0):3.0,((Bos_grunniens_NC006380:2.0,(Bison_bison:1.0,Bison_bonasus:1.0):1.0):1.0,(Bos_javanicus_birmanicus:2.0,(Bos_gaurus:1.0,Bos_javanicus_javanicus:1.0):1.0):1.0):1.0):5.0):3.0):1.0):2.0):3.0,((Aepyceros_melampus:2.0,(Neotragus_batesi:1.0,Nesotragus_moschatus:1.0):1.0):15.0,((Procapra_gutturosa:11.0,((Raphicerus_campestris:3.0,(Dorcatragus_megalotis:2.0,(Madoqua_kirkii:1.0,Madoqua_saltiana:1.0):1.0):1.0):7.0,(Ourebia_ourebi:9.0,(Saiga_tatarica:8.0,((Antidorcas_marsupialis:1.0,Litocranius_walleri:1.0):6.0,(Antilope_cervicapra:6.0,(((Eudorcas_rufifrons_1:1.0,Eudorcas_rufifrons_2:1.0):2.0,(Nanger_granti:2.0,(Nanger_dama:1.0,Nanger_soemmerringii:1.0):1.0):1.0):2.0,(((Gazella_bennettii:1.0,Gazella_subgutturosa_subgutturosa:1.0):2.0,(Gazella_subgutturosa_marica:2.0,(Gazella_cuvieri:1.0,Gazella_leptoceros:1.0):1.0):1.0):1.0,(Gazella_spekei:3.0,((Gazella_dorcas_osiris:1.0,Gazella_dorcas_pelzelnii:1.0):1.0,(Gazella_gazella_erlangeri:1.0,Gazella_gazella_gazella:1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):5.0,((Pelea_capreolus:11.0,((Kobus_ellipsiprymnus:5.0,Kobus_leche:5.0):2.0,(Redunca_arundinum:4.0,Redunca_fulvorufula:4.0):3.0):4.0):4.0,((Oreotragus_oreotragus:8.0,((Philantomba_maxwelli:2.0,(Philantomba_monticola_1:1.0,Philantomba_monticola_2:1.0):1.0):5.0,((Sylvicapra_grimmia:4.0,(Cephalophus_dorsalis:3.0,(Cephalophus_jentinki:2.0,(Cephalophus_silvicultor:1.0,Cephalophus_spadix:1.0):1.0):1.0):1.0):2.0,(Cephalophus_adersi:5.0,(((Cephalophus_callipygus_3:1.0,Cephalophus_ogilbyi:1.0):1.0,(Cephalophus_callipygus_1:1.0,Cephalophus_callipygus_2:1.0):1.0):2.0,(Cephalophus_leucogaster:3.0,(Cephalophus_natalensis:2.0,(Cephalophus_nigrifrons:1.0,Cephalophus_rufilatus:1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):6.0,((((Damaliscus_pygargus_FJ207530:2.0,(Alcelaphus_buselaphus_buselaphus:0.7,Alcelaphus_buselaphus_lichtensteinii:0.7):1.3):4.0,(Connochaetes_taurinus_1:1.5,(Connochaetes_gnou:0.5,Connochaetes_taurinus_2:0.5):1.0):4.5):3.0,((Hippotragus_equinus:1.0,Hippotragus_niger:1.0):4.0,(Addax_nasomaculatus:4.0,(Oryx_beisa:3.0,(Oryx_gazella:2.0,(Oryx_dammah:1.0,Oryx_leucoryx:1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):4.0):4.0,(Pantholops_hodgsonii_NC007441:12.0,((Ovibos_moschatus_FJ207536:4.0,((Capricornis_crispus_FJ207533:2.0,(Capricornis_milneedwardsii_FJ207534:1.0,Capricornis_swinhoei_NC010640:1.0):1.0):1.0,(Naemorhedus_griseus_griseus_FJ207532:2.0,(Naemorhedus_baileyi:1.0,Naemorhedus_griseus_evansi:1.0):1.0):1.0):1.0):7.0,(Ovis_aries_NC001941:10.0,(((Ammotragus_lervia_FJ207522:1.0,Arabitragus_jayakari_FJ207523:1.0):1.0,(Rupicapra_pyrenaica_FJ207539:1.0,Rupicapra_rupicapra_FJ207538:1.0):1.0):7.0,((Budorcas_taxicolor_FJ207524:1.0,Oreamnos_americanus_FJ207535:1.0):7.0,(Pseudois_nayaur_FJ207537:7.0,(Hemitragus_jemlahicus_FJ207531:6.0,(Capra_sibirica_FJ207529:5.0,(Capra_nubiana_FJ207527:4.0,((Capra_ibex_FJ207526:1.0,Capra_pyrenaica_FJ207528:1.0):2.0,(Capra_caucasica:2.0,(Capra_falconeri_FJ207525:1.0,Capra_hircus:1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):5.0):2.0):2.0):13.0); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr62759] END; [ The following blocks are output data for analysis step 11966 ] BEGIN TREES; TITLE 'All16Calibs 1+2 MCC 5 All16Calibs 1+2_MCC'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep11966; TREE All16Calibs = [&R] ((Tragulus_kanchil:19.441855071122138,Hyemoschus_aquaticus:19.441855071122138):14.272848636175777,(Antilocapra_americana:21.126054399957646,((((((Boselaphus_tragocamelus:6.556321872012303,Tetracerus_quadricornis:6.556321872012303):7.289057835257598,((Tragelaphus_imberbis:7.398377841473202,((Tragelaphus_angasii:4.820971543623276,Tragelaphus_scriptus_1:4.820971543623276):1.8964521389443476,((Tragelaphus_strepsiceros:4.441945615898813,(Tragelaphus_derbianus:2.7899547254302064,Tragelaphus_oryx:2.7899547254302064):1.651990890468607):0.5029852481295478,((Tragelaphus_eurycerus:3.2788237735408075,Tragelaphus_spekii:3.2788237735408075):0.5875872501563499,(Tragelaphus_scriptus_2:1.6427084532164464,Tragelaphus_scriptus_3:1.6427084532164464):2.2237025704807074):1.0785198403312002):1.7724928185392006):0.6809541589056476):6.054603724651198,(Pseudoryx_nghetinhensis:11.823221369541098,((Syncerus_caffer:7.000614726599498,(Bubalus_bubalis_carabanesis:1.3343461916837,(Bubalus_bubalis_bubalis_AF547270:1.0628269393752063,Bubalus_depressicornis:1.0628269393752063):0.2715192523084937):5.6662685349157975):4.027253584232209,(((Bos_javanicus_birmanicus:2.0921649356965055,(Bos_gaurus:1.8998967500560155,Bos_javanicus_javanicus:1.8998967500560155):0.19226818564049708):1.4693546365678998,(Bison_bison:1.531635794734557,Bos_grunniens_NC006380:1.531635794734557):2.029883777529852):0.4812819174492464,((Bos_taurus_taurus_EU177832:0.6690385124753249,Bos_taurus_indicus_EU177868:0.6690385124753249):2.454929691964878,Bison_bonasus:3.123968204440203):0.9188332852734487):6.985066821118055):0.795353058709491):1.6297601965832023):0.39239814114550065):2.309568245804753,((Aepyceros_melampus:13.434689031840897,(Neotragus_batesi:9.1754637328122,Nesotragus_moschatus:9.1754637328122):4.259225299028703):1.2159252246751002,((((((Hippotragus_equinus:5.667648280372152,Hippotragus_niger:5.667648280372152):0.9427761706681022,(Addax_nasomaculatus:3.2209734042697047,(Oryx_beisa:1.9749194618203063,(Oryx_gazella:1.7856422602310076,(Oryx_dammah:1.3999342496209124,Oryx_leucoryx:1.3999342496209124):0.3857080106100952):0.18927720158930228):1.246053942449402):3.3894510467705494):4.893188516380954,((Damaliscus_pygargus_FJ207530:4.1479702674334575,(Alcelaphus_buselaphus_buselaphus:1.2791606930575572,Alcelaphus_buselaphus_lichtensteinii:1.2791606930575572):2.868809574375897):2.1136578750540256,(Connochaetes_taurinus_1:1.2960122585053568,(Connochaetes_gnou:0.8893238426186088,Connochaetes_taurinus_2:0.8893238426186088):0.4066884158867481):4.965615883982126):5.241984824933732):0.4218637983701967,(Pantholops_hodgsonii_NC007441:10.141466116642581,((Ovibos_moschatus_FJ207536:6.109530393759053,((Capricornis_crispus_FJ207533:2.6528998407782716,(Capricornis_milneedwardsii_FJ207534:1.6613062693580574,Capricornis_swinhoei_NC010640:1.6613062693580574):0.9915935714202142):2.3781434165105804,(Naemorhedus_griseus_griseus_FJ207532:4.395793943171853,(Naemorhedus_baileyi:2.2672494959438527,Naemorhedus_griseus_evansi:2.2672494959438527):2.128544447228):0.635249314116999):1.0784871364702013):3.103372109207303,(Ovis_aries_NC001941:8.062187729755522,(((Ammotragus_lervia_FJ207522:4.926801361830925,Arabitragus_jayakari_FJ207523:4.926801361830925):2.5220825859061566,(Rupicapra_pyrenaica_FJ207539:1.9045098921479102,Rupicapra_rupicapra_FJ207538:1.9045098921479102):5.544374055589175):0.47564612724827526,(Oreamnos_americanus_FJ207535:7.7337210102884075,(Budorcas_taxicolor_FJ207524:7.570102938033706,(Pseudois_nayaur_FJ207537:6.011414147205528,((Capra_nubiana_FJ207527:2.094986790146594,((Capra_ibex_FJ207526:0.6737960965580321,Capra_pyrenaica_FJ207528:0.6737960965580321):1.1167883692359055,(Capra_hircus:1.3140352567872142,(Capra_caucasica:1.2221211498993512,Capra_falconeri_FJ207525:1.2221211498993654):0.09191410688786306):0.4765492090067269):0.3044023243526528):1.6230116386028115,(Hemitragus_jemlahicus_FJ207531:3.3084517417177235,Capra_sibirica_FJ207529:3.3084517417177235):0.40954668703168196):2.2934157184561226):1.5586887908281781):0.16361807225470137):0.19080906469695336):0.13765765477016778):1.1507147732108347):0.928563613676225):1.784010649148824):1.7742362494552992,(Pelea_capreolus:7.464720283875703,((Redunca_arundinum:4.27238146450725,Redunca_fulvorufula:4.27238146450725):2.787518889185156,(Kobus_ellipsiprymnus:2.866729580823753,Kobus_leche:2.866729580823753):4.193170772868653):0.4048199301832973):6.234992731371001):0.22967007700240138,((Oreotragus_oreotragus:13.007476608802808,((Philantomba_maxwelli:4.052808341223303,(Philantomba_monticola_1:2.8565631415411037,Philantomba_monticola_2:2.8565631415411037):1.196245199682199):4.4316957519564895,((Sylvicapra_grimmia:5.573056519941305,(Cephalophus_dorsalis:3.4267862629035566,(Cephalophus_jentinki:2.8994988991781554,(Cephalophus_silvicultor:1.2321454793310203,Cephalophus_spadix:1.2321454793310203):1.6673534198471351):0.5272873637254012):2.1462702570377488):0.8491378650570471,(Cephalophus_adersi:5.969662926474811,(((Cephalophus_callipygus_3:0.8125629688108535,Cephalophus_ogilbyi:0.8125629688108535):0.49133730759315064,(Cephalophus_callipygus_1:0.8937768334899854,Cephalophus_callipygus_2:0.8937768334899854):0.4101234429140188):3.8334793656886585,(Cephalophus_leucogaster:3.3663963531388514,(Cephalophus_natalensis:1.4763041881973464,(Cephalophus_nigrifrons:0.2842646873510013,Cephalophus_rufilatus:0.2842646873510013):1.1920395008463451):1.890092164941505):1.7709832889538042):0.8322832843821413):0.4525314585235556):2.0623097081814397):4.522972515623115):0.764168260317394,(((Raphicerus_campestris:10.866222954633583,(Dorcatragus_megalotis:8.640053426354854,(Madoqua_kirkii:5.752100172082335,Madoqua_saltiana:5.752100172082335):2.887953254272519):2.2261695282788043):0.8778688954282483,(Ourebia_ourebi:11.103989459921339,(Saiga_tatarica:9.461604317137608,((Antidorcas_marsupialis:7.581203512182636,Litocranius_walleri:7.581203512182636):1.3114562453272711,(Antilope_cervicapra:6.166546668461567,((((Gazella_bennettii:1.5230141535979183,Gazella_subgutturosa_subgutturosa:1.5230141535979183):0.5135207792022953,(Gazella_subgutturosa_marica:0.8258272038349048,(Gazella_cuvieri:0.20091175504588676,Gazella_leptoceros:0.20091175504588676):0.6249154487890181):1.2107077289653017):0.6629753745867486,(Gazella_spekei:2.1521237023007043,((Gazella_dorcas_osiris:0.4077533594302718,Gazella_dorcas_pelzelnii:0.4077533594302718):1.5164072131339363,(Gazella_gazella_erlangeri:0.3497056949849906,Gazella_gazella_gazella:0.3497056949849906):1.5744548775792175):0.22796312973650323):0.5473866050862508):3.0621399639553175,((Eudorcas_rufifrons_1:0.30428995693495864,Eudorcas_rufifrons_2:0.30428995693495864):4.5917195956815995,(Nanger_granti:2.064452514261152,(Nanger_dama:1.3386963318586105,Nanger_soemmerringii:1.3386963318586105):0.725756182402538):2.8315570383554096):0.8656407187257216):0.4048963971192876):2.72611308904834):0.5689445596277007):1.6423851427837448):0.6401023901405569):0.19284339660892513,Procapra_gutturosa:11.936935246670728):1.8347096224494734):0.15773822312880448):0.7212311642668983):1.5043336965586498):1.7509114340152507,(Moschus_berezovskii_NC012694:3.2334057158193943,Moschus_moschiferus:3.2334057158193943):14.672453671270404):0.44884691542799615,(((Axis_axis:5.943518078299901,Cervus_elaphus_NC007704:5.943518078299901):2.802361512361955,Muntiacus_muntjak_NC004563:8.745879590661856):1.8233165714180526,(Odocoileus_hemionus:9.565933390421506,(Hydropotes_inermis:8.67833281264771,Alces_alces:8.67833281264771):0.887600577773803):1.0032627716584024):7.785510140437992):0.6230563451733033,((Giraffa_camelopardalis_angolensis_NC012100:1.147180637676744,Giraffa_camelopardalis_antiquorum:1.147180637676744):12.604014593923448,Okapia_johnstoni:13.751195231600105):5.226567416090905):2.148291752266349):12.58864930733995); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr62775] END;