#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 16, 2026; 22:26 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Spies C.F., Meitz-hopkins J.C., Langenhoven S.D., Pretorius M.C., & Mcleod A. 2014. Two clonal lineages of Phytophthora citrophthora from citrus in South Africa represent a single phylogenetic species. Mycologia, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S14609] [ The following blocks are input data for analysis step 12670 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep12670; DIMENSIONS NTAX=56; TAXLABELS Phytophthora_aff_botryosa_CBS_23530_HQ708214 Phytophthora_aff_botryosa_CBS_23828_HQ708213 Phytophthora_bisheria_P10117_HQ261250 Phytophthora_bisheria_P11311_HQ261249 Phytophthora_bisheria_P7191_HQ261248 Phytophthora_botryosa_CBS_58169_HQ708222 Phytophthora_botryosa_P1044_HQ261257 Phytophthora_botryosa_P3425_HQ261256 Phytophthora_botryosa_P6944_HQ261255 Phytophthora_botryosa_P6945_HQ261254 Phytophthora_capsici_P10386_HQ261267 Phytophthora_capsici_P1319_HQ261266 Phytophthora_citricola_CBS_22188_HQ708269 Phytophthora_citricola_STEU6750_GU133459 Phytophthora_citrophthora_3BO_HM752780 'Phytophthora citrophthora BO-02' Phytophthora_citrophthora_CBS_111338_HQ708275 Phytophthora_citrophthora_CBS_111339_HQ708274 Phytophthora_citrophthora_CBS_111726HQ708273 Phytophthora_citrophthora_CBS_95087_HQ708272 Phytophthora_citrophthora_P0318_CTR1 Phytophthora_citrophthora_P10341_HQ261283 Phytophthora_citrophthora_P10368_HQ261282 Phytophthora_citrophthora_P3078_CTR1 Phytophthora_citrophthora_P3079_CTR1 Phytophthora_citrophthora_P7487_CTR1 Phytophthora_citrophthora_PCRh71_HM752781 Phytophthora_citrophthora_STEU6751_GU133458 Phytophthora_citrophthora_STEU7420 Phytophthora_citrophthora_STEU7423 Phytophthora_citrophthora_STEU7430 Phytophthora_citrophthora_STEU7468 Phytophthora_colocasiae_P6290_HQ261287 Phytophthora_colocasiae_P6317_HQ261286 Phytophthora_glovera_P10619_HQ261436 Phytophthora_heveae_P1000_HQ261321 Phytophthora_himalsilva_44_HM752796 Phytophthora_himalsilva_60_HM752797 Phytophthora_himalsilva_61_HM752798 Phytophthora_himalsilva_72_HM752799 Phytophthora_himalsilva_73_HM752800 Phytophthora_himalsilva_86_HM752801 Phytophthora_katsurae_P6921_HQ261346 Phytophthora_meadii_CBS_21988_HQ708324 Phytophthora_meadii_P6128_HQ261354 Phytophthora_mengei_P10139_HQ261366 Phytophthora_mengei_P1275_HQ261365 Phytophthora_multivesiculata_CBS_54596_HQ708340 Phytophthora_multivesiculata_P10670_HQ261371 Phytophthora_siskiyouensis_P15122_HQ261421 Phytophthora_siskiyouensis_P16301_HQ261419 Phytophthora_sp._P1200_CTR2 Phytophthora_sp._P1212_HQ261453_CTR2 Phytophthora_sp._P3771_CTR3 Phytophthora_tropicalis_P6522_HQ261467 Phytophthora_tropiclalis_CBS_43491_HQ708417 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M19848] TITLE COX1_alignment_including_only_representative_isolates; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep12670; DIMENSIONS NCHAR=797; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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(((((Phytophthora_citrophthora_3BO_HM752780:0.002524,Phytophthora_citrophthora_P10341_HQ261283:0.002426,Phytophthora_citrophthora_PCRh71_HM752781:0.00265,Phytophthora_citrophthora_CBS_111339_HQ708274:0.002726,Phytophthora_citrophthora_P10368_HQ261282:0.002472)0.94:0.052353,Phytophthora_citrophthora_P7487_CTR1:0.002638,Phytophthora_citrophthora_STEU6751_GU133458:0.002565,Phytophthora_citrophthora_STEU7420:0.002539,Phytophthora_citrophthora_STEU7430:0.002595,Phytophthora_citrophthora_STEU7468:0.02106,Phytophthora_citrophthora_CBS_111338_HQ708275:0.003224,Phytophthora_citrophthora_P0318_CTR1:0.002581,Phytophthora_citrophthora_STEU7423:0.012206,'Phytophthora citrophthora 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[! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr69038] END;