#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on January 21, 2026; 6:07 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Pinto-sánchez N.R., Calderon-espinosa M.L., Miralles A., Crawford A.J., & Ramírez-pinilla M.P. 2015. Molecular phylogenetics and biogeography of the Neotropical skink genus Mabuya Fitzinger (Squamata: Scincidae) with emphasis on Colombian populations. Molecular phylogenetics and Evolution, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S18043] [ The following blocks are input data for analysis step 16627 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep16627; DIMENSIONS NTAX=248; TAXLABELS Mabuya_agilis_E11108 Mabuya_agilis_LG464 Mabuya_agilis_MRT1206 Mabuya_agilis_MRT3951 Mabuya_agilis_SC21 Mabuya_agmosticha_LG_901 Mabuya_agmosticha_LG_902 Mabuya_alliacea_Cr Mabuya_altamazonica_ICN12194_Met_Pac Mabuya_altamazonica_MBS001_Br Mabuya_altamazonica_MHNC6703_Pe Mabuya_altamazonica_MNHN20060291_Pe Mabuya_altamazonica_NRPS104_Met_San Mabuya_altamazonica_NRPS105_Met_San Mabuya_altamazonica_NRPS106_Met_Map Mabuya_altamazonica_OMNH37191_Br Mabuya_altamazonica_UISR1484_Cas_Oro Mabuya_altamazonica_UISR1992_Cas_Tau Mabuya_altamazonica_UISR1994_Cas_Tau Mabuya_altamazonica_UISR1995_Gua_San Mabuya_altamazonica_UISR1996_Gua_San Mabuya_altamazonica_UISR2001_Caq_Mor Mabuya_altamazonica_UISR2002_Caq_Mor Mabuya_aurae_E11103 Mabuya_aurae_E11104 Mabuya_aurae_SBH268935 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M32992] TITLE Mabuya_5_genes; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep16627; DIMENSIONS NCHAR=3211; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Mabuya_dorsivittata_LG1089 GCTTAGCCCTAAACATAGACAATACTAACACAATATTGTCCGCCAGAGAACTACAAGTGAAAAACTGGAAACTCTAAGGACTTGGCGGTACCCCACATCAGCCTAGAGGAGCCTGTCCTATAATCGATAATCCACGTTGTACCTTACCATTTCTAGA?AACTC?AGCCTATATACCGCCGTCGAAAGCTTACCCTATGAAAGAAACAAAGTAAGCAAAATAGTTAAAAACTAAAACGTCAGGTCAAGGTGTAGCACATGAAATGGAAGAGATGGGCTACATTTTCTACT?TCAGAAAATACGAACAGCACAATGAAATCTGTACTCAAAGGCGGATTTAGCAGTAAGGCAAAAAAGAAATTTTACCTTAAACCCGCTCTGGGGCGCGC???????????????????????????AAAACTCATCCAATTCTAAAAATCGTTAATAACTCATTCATTGATCTCCCCACTCCTTCAAACATTTCAGCTTGATGAAACTTTGGCTCCCTCCTAGGCGCCTGCCTAGTCGCACAAGTCATTACTGGATTATTCCTAGCTATACATTACACAGCAGATATTTCCTCCGCATTCTCCTCCGTAGCCCACATTTGCCGAGACGTCCAATACGGCTGACTTGTACGAAACCTCCACGCCAACGGCGCCTCCATATTTTTCATCTGTATTTATCTTCATGTCGGACGAGGCCTTTACTACGGATCTTATATATACAAAGAAACTTGAAACATTGGAATTGTCCTCCTACTTCTAGTTATAGCAACTGCCTTCGTCGGATACGTACTACCATGAGGCCAAATATCATTCTGA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TGAGGGGCTACTGTTATCACCTCAGTAGACAACGCAACCTTAACTCGATTCTTCTCCTTTCACTTTATCCTTCCCTTCATTATTATAGGAGCATCAATAATCCACCTACTCTTCCTACACGAAACAGGATCAAACAACCCCACAGGCCTAAATTCAAACACCGACAAAATCCCATTCCACCCATACTTCTCCTACAAAGATATATTAGGAGCAGCCCTAATAATTCTACTTCTATTAACATTAGCCCTTTTCTCACCAAACCTACTAGGCGACCCAGAAAACTTTACTCCAGCAAACCCTCTAGTTACCCCACCCCACATTAAACCAGAGTGATATTTCCTTTTTGCCTACGCCATCCTACGCTCTATCCCAAACAAACTTGGAGGGGTCTTAGCTCTACTTTTTTCTATTCTTATCCTCCTGCTAGTACCAATACTCCATACATCAAAACAACGAGGAAACGCCTTCCGCCCAATATCACAAGCTATTTTCTGACTACTAGTCACAAAC????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Plestiodon_egregius GCTTAGCCGTAAACCAAGGTATTATAAACACAACACTACCCGCCAGAGAACTACAAGTGAAAAACTCAAAACTCCAAGGACTTGGCGGTGCCCTATACCAGCCTAGAGGAGCCTGTCCTATAATCGATAATCCACGCTCCACCCGACCATCTTTTGCC??CAC?AGCCTATATACCGCCGTCGTCAGCCTACCCTGTGAAAGAGGAACAGTAAGCGGAATAGCTACTAGCTAATACGTCAGGTCAAGGTGTAGCATATAAGATGGAAGAGATGGGCTACATTTTCTACT?TCAGAAAACACGAAAAGCTCAATGAAATTTGTGCCAAAAGGCGGATTTAGAAGTAAGACAAGCCAGTATTCTTGCCTTAAACTCGCT??????????????????????????CACAACCTACGAAAGACTCACCCAATCTTAAAAATCGTTAACAGCACATTTATTGACCTTCCCGCCCCATCAAACATCTCAGCCTGGTGAAATTTTGGCTCTCTTTTAGGCATCTGCCTTATCGCACAAGTAGCAACCGGCCTATTCTTAGCTATACACTACACAGCAGACATTTCCTCCGCTTTCTCATCCGTCGCCCACATCTGTCGAGATGTACAATACGGCTGACTTATTCGAAACTTACATGCCAATGGGGCATCCTTATTTTTCATCTGCATCTACCTACACATTGGGCGGGGCCTCTATTACGGCTCATACCTATATAAAGAAACCTGAAACATTGGGGTGGTCCTCCTACTCTTAGTGATAGCAACCGCATTCGTAGGCTATGTGCTCCCATGGGGACAGATATCCTTCTGAGGCGCAACCGTAATTACAAACCTATTATCAGCAATTCCATACATTGGCACCAACCTAGTAGAATGAATTTGAGGGGGCTTTTGAGGCGCAACCGTAATTACATCCGTAGACAACGCAACCCTCACCCGATTTTTCACATTCCACTTCCTTCTGCCATTCGCTATTATAGGGGCCTCAATAATTCACCTACTATTTCTTCACGAAACAGGATCAAATAACCCAACCGGACTAAATTCTAGCACAGATAAGGTGCCATTCCACCCATATTACACATACAAAGACCTTCTTGGTTTCATCATTATACTGTCTGTTCTACTAGCCCTCGCCCTTTTCTCACCAAACCTTCTAGGCGACCCAGAAAATTTTACCCCAGCAAACCCCCTGGTAACACCCCCACATATTAAGCCAGAGTGATACTTCTTATTTGCCTACGCCATCCTACGCTCTATTCCAAACAAACTAGGCGGCGTCCTAGCCCTCCTATTTTCAATCTTAGTCCTTCTAGTAGTTCCGCTACTCCATAAATCTAAACAACGAGCCACCGCCTTCCGTCCAGCTTCACAAACTATATTTTGACTTTTAATTTCAAACATCATTATCCTTACATGAATCGGGGGACAACCAGTAGAACACCCATTTATCATCATCGGCCAGGTTGCCTCCGCCCTATATTTCATGATCTTCCTCATCCTCATACCAGTAACA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Plestiodon_laticeps_S8 ?????????TAAACCAAGGTAGTACGAACACAACACTACCCGCCAGAGAACTACAAGTGAAAAACTTAAAACTCCAAGGACTTGGCGGTGCCCCACATCAACCTAGAGGAGCCTGTCCTATAATCGATAATCCACGCTTCACCCAACCATCTTTTGCC??CTC?AGCCTATATACCGCCGTCGTCAACCTACCCTATGAAAGAAGCAAAGTGGGTAAAACAGTTATTAACTAACACGTCAGGTCAAGGTGTAGCACATAAGATGGAAGAGATGGGCTACATTTTCTACC?ACAGAAAACACGAACAGATCAATGAAACTTGAACTAAAAGGCGGATTTAGAAGTCAGACAAGCCAGCATTCTTGTCTTAAACTAGCTCTGGGGCGCGC???????????????????????????AAAACGCACCCCATCTTAAAAATTGTTAATAGTACATTTATTGACCTCCCCGCCCCATCAAATATCTCAGCTTGGTGAAACTTCGGCTCACTCCTAGGGGCCTGCCTTATCGCACAAGTAGCAACCGGCCTATTTCTAGCTATACACTACACAGCAGATATTTCCTCCGCCTTTTCATCCGTAGCACACATCTGCCGAGACGTACAATACGGCTGACTTATCCGCAACCTACATGCAAACGGAGCCTCCTTATTCTTCATCTGCATCTACTTACACATCGGACGGGGCCTATATTATGGCTCATACACACATAAAGAAACCTGAAATATTGGGGTCGTCCTGCTACTCCTAGTAATAGCAACAGCATTCGTGGGGTACGTCCTACCATGAGGACAAATATCCTTTT???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TGAGGTGCAACCGTAATTACATCTGTGGACAACGCAACTCTAACCCGGTTCTTCACATTTCACTTCCTGCTACCATTCATCATCATGGGGGCTTCAATAATTCACCTACTGTTCCTCCACGAGACAGGGTCAAACAACCCAACAGGGCTCGCCTCAAACATAGATAAAGTCCCATTTCACCCATATTACACATACAAAGACCTCTTAGGACTTATCATTATGTTACTCACCTTATTAATCCTCGCCCTTTTCACACCAAACCTTTTAGGTGACCCAGAAAACTTCACCCCAGCAAACCCCCTAGTAACCCCCCCACACATTAAACCAGAGTGATACTTCCTATTTGCCTACGCCATCCTTCGTTCCATTCCAAATAAACTCGGAGGTGTCTTGGCCCTATTGTTCTCAATTCTAGTACTACTTGCAGTTCCACTACTTCACACATCCAAACAACGCGCCAACGCCTTCCGTCCAATCTCACAAATTATATTCTGGCTCCTAGCCTCAAACATCATTATCCTTACATGAATTGGGGGACAACCAGTAGAACACCCATTTATCATTATTGGACAAATTGCCTCCACCCTATACTTTATAATTTTCCTCATCCTAATACCAACAACA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Trachylepis_capensis_AMB4765 GCTTGGCCCTAAACATAGATGGCAAACACACAATGCTATCCGCCAGAGAACTACAAGTGAAAAACTAGAAACTCCAAGGACTTGGCGGTACTCCATATCGACCTAGAGGAGCCTGTCCTATAATCGATAATCCACGTTATACCTCACCACCCCTTGC?AATTC?AGCCTATATACCGCCGTCGTCAGCCTACCTTATGAAAGAAACAAAGTAGACAAAACAGTTAATAACTAAAACGTCAGGTCAAGGTGTAGCACATGGGGTGGAAGAGATGGGCTACACTTTCTACC?ACAGAATATACGAACAGCACAATGAAACTTGTGCTAAAAGGTGGATTTAGCAGTAAGAAAAACAAGAAACTTTGCCTGAAACTCGCTCTGGAGTGCGC????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTCGGCTCATTATTGGGAATTTGCTTAATTGCCCAAGTACTAACAGGCCTATTTTTAGCTATACACTACACAGCAGACATTTCCTCCGCATTTTCATCTGTTGCACACATTTGCCGAGATGTACAATACGGTTGACTTATCCGAAACCTCCATGCAAACGGCGCCTCCATATTTTTCATTTGCATCTACTTGCACATTGGGCGCGGACTTTATTATGGCTCTTATATATATAAAGAAACCTGAAATATTGGAGTTATTCTCCTTCTCCTCGTTATAGCAACAGCATTTGTTGGATACGTCCTTCCCTGGGGCCAAATATCATTCTGAGGTGCCACTGTTATTACAAACCTCCTATCAGCAATTCCCTACATCGGGACCAACCTTGTAGAATGAATCTGAGGGGGGTTT?????????????????????TCAGTTGACAATGCAACCCTCACCCGATTTTTTTCATTCCATTTTATCCTACCGTTTATTATCATAGGAGCTTCAATACTACACCTTCTTTTCCTCCATGAAACCGGCTCCAATAATCCAACCGGCATCAATTCAAACACAGACAAAATTCCATTCCATCCCTACTACTCCTACAAAGACCTACTAGGGGCCCTCCTTCTTCTACTTCTCCTATTAACACTTGCCTTATTCTCTCCAAACCTTCTGGGCGACCCAGAAAACTTCACACCAGCAAACCCCTTGGTCACACCACCGCATATTAAA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Trachylepis_perrotetii_FMNH262227 GCTTAGCCCTCAACATAGACAGTAAAACCACAATACTGTCCGCCAGAGAACTACAAGTGAAAAACTAGAAACTCCAAGGACTTGGCGGTGCTCCATACCGACCTAGAGGAGCCTGTCCTATAATCGATAATCCACGTTTCACCTCACCACCTCTTGC?AAGTC?AGCCTATATACTGCCGTCGTCAGCTTACCTTATGAAAGAAACAAAGTAAGCAAAATAGTAAACAACAAAAACGTCAGGTCAATGTGTAGCATATGGGGTGGAAGAGATGGGCTACACTCTCTACC?ACAGAACACACGAACAGTACAATGAAATAAGTACTCAAAGGCGGATTTAGTAGTAAGACAAACAAGAAACTTTGACTGAAATACGCTCTGGAGCGCGC???????????????????????????AAAACCCACCCCATCCTAAAAATCATCAACAACTCATTTATCGACCTCCCAGCCCCCTCAAACATTTCAGCCTGATGAAACTTTGGCTCCCTGCTAGGAATTTGCCTAATCACACAAGCCATCACAGGGTTATTCCTAGCAATACACTACACAGCAGACATCTCTTCAGCATTCTCATCTGTAGCCCACATTTGCCGAGATGTTCAATACGGTTGACTCATCCGAAACCTCCACGCTAATGGCGCCTCCATATTTTTCATCTGTATCTATCTTCACATTGGACGTGGCCTCTATTACGGCTCCTACATGTACAAAGAAACATGAAACATCGGAGTTATCCTCCTACTCCTAGTCATAGCAACAGCATTTGTTGGCTACGTCCTACCATGAGGCCAAATATCTTTCTGAGGTGCTACAGTAATTACAAACCTCTTATCAGCAATCCCCTACATCGGGACTAGCCTTGTAGAGTGGATTTGAGGCGGATTC?????????????????????TCAGTGGATAATGCAACCCTTACCCGCTTCTTCTCATTCCACTTCATCCTACCATTCATTATTATAGGCGCCTCAATAATTCACCTCCTATTCCTCCATGAAACAGGATCAAACAACCCAACCGGCCTAAGTTCTAACACAGACAAAATTCCATTTCATCCCTACTACTCATACAAAGACCTTCTAGGTATAATCTTAATACTACTATTCCTACTTTCATTAGCCTTATTCTCCCCCAACCTCCTAGGAGACCCAGAAAACTTCACCCCAGCAAACCCTCTAGTCACACCCCCCCACATTAAACCAGAATGATACTTCCTATTTGCCTACGCAATCCTCCGCTCTATTCCCAACAAACTGGGCGGAGTCCTAGCACTCTTATTTTCTATCCTTATCCTCCTCCTTGTCCCCATCTTACACACATCCAAACAACGAAGCAACACTTTCCGACCCCCATCCCAAATAATCTTTTGGCTATTAATTACGGAC????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Trachylepis_vittata_Bev1446 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