#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 14, 2026; 10:17 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Gernandt D.S., Holman G., Campbell C., Parks M., Mathews S., Raubeson L., Liston A., Stockey R., & Rothwell G. 2016. Phylogenetics of extant and fossil Pinaceae: methods for increasing topological stability. Botany, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S19389] [ The following blocks are input data for analysis step 18482 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep18482; DIMENSIONS NTAX=38; TAXLABELS Abies_concolor_P1 Abies_concolor_P2 Abies_lasiocarpa_P1 Abies_lasiocarpa_P2 Abies_mariesii_P1 Araucaria_columnaris Cathaya_argyrophylla_P1 Cathaya_argyrophylla_P2 Cedrus_deodara_P1 Cephalotaxus_sinensis Cryptomeria_japonica Ginkgo_biloba Keteleeria_evelyniana_P1 Larix_decidua_P1 Larix_laricina_P2 Larix_occidentalis_P1 Nothotsuga_longibracteata_P1 Picea_abies_P1 Picea_abies_P2 Picea_glauca_P1 Picea_glauca_P2 Picea_sitchensis_P1 Pinus_contorta_P1 Pinus_krempfii_P1 Pinus_lambertiana_P1 Pinus_monophylla_P1 Pinus_nelsonii_P1 Pinus_pinea_P1 Pinus_ponderosa_P1 Pinus_strobus_P2 Pinus_thunbergii_P1 Podocarpus_macrophyllus Pseudolarix_amabilis_P1 Pseudotsuga_menziesii_P1 Sciadopitys_verticillata Tsuga_canadensis_P1 Tsuga_chinensis_P2 Tsuga_heterophylla_P2 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M37432] TITLE Pinaceae_phyP_alignment; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep18482; DIMENSIONS NCHAR=1969; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Abies_concolor_P1 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Cedrus_deodara_P1 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Cephalotaxus_sinensis GCATACCTCTCTCGTATGCAAAGAGGAGGAAGCATTCAGCCATTCGGATGCATGCTTGCTGTTGAGGAAACCAGCTTCAAAATCATTGCATACAGTGAAAACGCACTTGAAATGCTGGATGTGATGCCGCACTCTCACTCTCACTCTCACTCTCACTCCCACTCTGTTCCC------ACCATGGAAGGAGGAGAA------------------------AGTGAAGGCATCGTGACAATCGGGAGTGATGTGCGGAGGCTGTTCACCCCATCCAGTGGGCGCAACTTGGAGAGGGCTGCGATGTCCCAGGAAATAAGCCTGGCCAACCCAATTGCCATGGACTCC---AGCAGTGGCAAGCCCTTCTATGCAATTGTGCACAGGATTGATGTTGGCATAGTCATAGATTTAGAGCTGGTGAGGAGA---------------GGTGATGCGGCAGCTTTGGTGTCATGGGGAGGGGGTGGCCTGGGGGGAGGGACTGTGCCATCCCAGAGACTTGCGGTGAGGGCAACGTCGAGACTGCAGGCAGTGCCAAGTGGGGACATTGGTCTGCTGTGTGACACTGTTGTGGAGGAAGTCAGGGAGCTCACTGGCTATGACAGGGTTATGGTTTACAAGTTTCATGAAGACGAGCATGGTGAAGTTGTGGCAGAAATCAGGCGCTCTGACTTGGAGCCCTACCTTGGACTACATTATCCTGCCACTGATATTCCTCAGGCATCTCGCTTTCTATTCATGCAGAACCGGGTACGGATGATCTGTGATTGCCGTGCCACTCCTGTCAAAGTTATACAGGCGGAAGAATTGAAGCAGCCCCTCTGTTTGGTGGGTTCCACATTGCGGGCGCCCCATGGTTGTCATGCTCAGTACATGGCCAATATGGGTTCCATTGCTTCTCTTGTTATGGCTGTCATCGTCAATGGTAATGGAAATGATGAAGATGGG------------GTAAGTGGAAGTGGCCGAAGTTCGATGAAGCTTTGGGGGCTGGTTGTTTGCCATCATACTTCACCGCGAGCTGTTCCATTTCCTCTTCGCTCTGCATGCGAATTTCTGATGCAGACATTTGGCCTTCAGATTAACATGGAATTGCAATTGGCTGCTCAATTAACAGAAAACAACATTCTTAGGACTCAGACACTTCTGTGCGATATGCTTCTCCGAGATGCACCTATTGGAATTGTAAGCCAGTCTCCCAGTATCATGGATCTTGTCAAGTGTGATGGCGCTGCTCTGTACTATGGGGGCATGCTCTGGTTGCTGGGAGTGACCCCTGTGGAGGCTCAAATAAAGGATATTGCAGACTGGTTGCTTGAATGCCACGGGGATTCAACAGGTTTGAGCACGGATAGTTTAGCAGATGCTGGTTATCCCGGTGCAGCATCTCTTGGGGACGCTGTCTGTGGTATGGCTGCTGCTAGAATCACATCAAAAGATTTTTTGTTCTGGTTTAGATCCCACACTGCAAAAGAGATGAAGTGGGGAGGTGCGAAGCATCATCCTGATGATAAAGATGATGGCAGGAGAATGCACCCACGTTCCTCATTTAAGGCATTCCTAGAAGTCGTCAAGAGAAGAAGTTTGCCATGGGAAAATGTAGAAATGGATGCAATTCACTCTCTACAGCTTATTCTACGTGGTTCATTTGAAGGCATTGATGACAGTGATACGAAAACCATGGTTCATGCTCGGTTAAATGATTTAAAATTGCAGGGTATAGATGAGCTTAGCTCTGTGGCAAGTGAGATGGTACGTTTGATCGAAACAGCTACAGCACCTATTTTGGCTGTGGATTCTACCGGGATTGTAAATGGATGGAATGCAAAGGTGGGAGAATTGACAGGCCTT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Cryptomeria_japonica 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Ginkgo_biloba 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Keteleeria_evelyniana_P1 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Larix_decidua_P1 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Larix_laricina_P2 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Larix_occidentalis_P1 ??ATATTTATCTCGAATTCAAAGGGGGGGAAGAATACAGCCGTTTGGGTGTGTGCTTGCAGTGGAGGAGACCACTTTTAGGATCATCGCTTACAGTGAGAACGCAGTGGAAATGCTGGATCTGGCGCCACAGTCT------------------------------GTCCCG------AGCATGGAACAACCT---------------------------CAACCAGAATTTCTGACAATCGGGACCGACGTTCGAACCCTGTTCACCGCCGCCAGTGCTCACTCATTGGAAAAGGCAGCCGTGGCCCAGGAAATAAGCCTCATGAACCCTATCTGGGTTCACTGTAAAAACTCCAGAAAACCCTTTTATGCAATTGTCCATAGGATTGATGTGGGGATGGTGATAGATTTTGAGCCCTTGAAGACT---------------GGGGATGCGTTCATGTCAGCG------------------------GCTGGTGCAGTACAGTCTCAGAAGCTCGCTGTGAGGGCGATTTCTCGTCTGCAGTCACTTCCTTGCGGTGATATCGGCCTGCTGTGTGATACTGTTGTGGAGAATGTGAGGGAGCTGACTGGGTATGAAAGGGTCATGGTATATAAGTTTCATGAAGACGAACACGGGGAAGTTGTCGCGGAAATCAGGCGTTCAGACTTGGAGCCCTATCTTGGGTTGCATTACCCGGCCACCGATATCCCTCAGGCTTCCCGCTTTCTGTTTATGCAGAACAGGGTGCGAATGATCTGCGATTGCATGGCAACTCCCGTGAAGGTTATCCAG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????------??????????????????---------------???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Nothotsuga_longibracteata_P1 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Picea_abies_P1 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Pinus_pinea_P1 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Podocarpus_macrophyllus 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Tsuga_canadensis_P1 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Tsuga_chinensis_P2 GCATATTTATCTCGAATTCAAAGAGGGGGAATTATACAGTCTCACGGGTGTGTGCTCGTAGTGGAGGAGAGTACTTATAGAATTATCGCTTACAGCGAGAATGCAGTAGAAATGCTGGATCTGGTGCTACAGTCT------------------------------GTCCCC------AGCATGGAAAAACCT---------------------------CAACCCCAAATTCTGACCATAGGGACCGACGTTCGAACGCTGTTCACTTCCGCTAGTGCTCGGTTCTTGGAAAAGGCTACCACGGCCCAGAAATTAAGCTTCTTGAACCCCATCTGTGTTCATTGTAAAAACTCTGGAAAGCCCTTTAATGCAATTCTCCATAGGATTGATGTGGGGATGGTGATAGATTTTGAGCCTTTGGAGACT---------------GGGGATGCGTTCATGTCTTCA------------------------GCTGGTGCAGTGCACTCTGAGAAGCTTGCTATGATGGCGATTTCTCGTCTGCAGTCACTTCCTAGCGGTGATATCGGCTTGCTGTGTGATACTGTTGTGGAGAATGTGCGAGAGCTGACTGGGTATGATAGGGTTATGGTATACAAGTTTCATGAAGACAAACACGGGGAAGTTGTTGCGGAAATCAGGCGTTCAGACATGGAACCCTATCTTGGGTTGCATTACCCTGCGACCGATATCCCTCAGGCTGCTCGCTTTCTTTTTATGCAGAACAGGGTGCGAATGATCTGTGATTGCACGGCAAATCCTGTGAAGGTTATCCAGTCTGAGGAATTGAGGCAACCTGTCTGTTTAGTGGGTTCTACGCTCCGGGCGTCCCATGGGTGCCATGCGCAATACATGGCCAACATGGGTTCCATTGCTTCGCTTGTTATGGCTGTGATTATTAAAGGGAAT------GATGGCGAGGGGGGAGGG---------------AGTGGACGAAATTTCATGAAGCTCTGGGGTTTGGTTGTGTGCCACCATACTTCCCCGCGGGCAGTTCCTTTTCCTCTTCGCCATGCTTGCGAATTTATGATGCAAGCATTTGGTCTTCAGTTGAGCATGGAATTGCAATTGGCAGCTCAATTGATGGAGAAACGCATTCTTAGAATTCAAACGCTTCTGTGTGATATGTTTCTCCGAGAAGGCCCTGTTGGAATTGTAACTCAGTCTCCCAGCATCATGGATCTTGTTGAGTGTGATGGTGCTGCTCTTTATTATGGATGTAAGTGTTGGATGCTAGGAGTGAGCCCGACTGAAGCTGAAATCAAGGATATTGCAGAATGGTTGCTTGAATACCATGGGGATTCATTGGACCTGAGCACGGATAGTTTGATAGATGCTGGTTATCCTGGTGCCGCCGATCTTGGGGATGCAGTCTGTGGCATGGCTGCTGCTAGAATTGCTGCAGAAGACTTTCTGTTTTGGTTTAGATCCCACACTGCAAAGGAGTTGAAGTGGGGAGGTGCAAAACATCATCCAGATGATAAAGATGATGGCCGGAGGATGCACCCTCGTATCTCTTTCAAGGCATTTCTAGAAGTGGTCAAAAGAAGAAGCCTACCATGGGGAAATCAGGAAATTGATTCAATTCACTCGCTACAGCTTATTCTACGAGGTTTATTTCAAGACATTGATGACAGTGGTACTAAAGCTATGGTTTATGCTCGGCGAAATGATTTGATATTTCAGGGCTTAGATAAACTTAGGTCTGTGACTACTGAGATGGTGCGTGCGATTGAAACAGCTACAGCACCTATTTTTTCCGTAGATACTAATGGACTTGTAAATGGATGGAATGCACAATTGGCAGAATTGACAGGCCTTCCAGTTCGAGAAGCCATGGGCAAGTCTCTTGTTCAGGATCTTGTTTTTGAAGAATCTGTGGAGACGGTTGAAAAACTGCTCTACAATGCCTTAAGAG Tsuga_heterophylla_P2 GCATATTTATCTCGAATTCAAAGAGGGGGGATAATACAGTCTCACGGGTGTGTCCTCGTGGTGGAGGAGACTACTTATAGAATTATCGCTTACAGCGAGAATGCAGTAGAAATGCTGGATCTGGTGCCACAGTCT------------------------------GTCCCC------AGCATGGAAAAATCT---------------------------CAGCCCCAAATTCTGACCATAGGGACCGACGTTCGAACGCTGTTCACTTCCGCTAGTGCTCGGTTCTTGGAAAAGGCTACCGCGGCCCAGAAATTAAGCTTCTTGAACCCCATCTGTGTTCATTGTAAAAACTCTGGAAAGCCCTTTAATGCAATTCTCCATAGGATTGATGTGGGGATGGTGATCGATTTTGAGCCTTTGGAGACT---------------GGGGATGCGTTCATGTCTTCA------------------------GCTGGTGCAGTGCACTCTGAGAAGCTTGCTATGATGGCGATTTCTCGTCTGCAGTCACTTCCTAGCGGTGATATCGGCTTGCTGTGTGATACTGTTGTGGAGAATGTGCGAGAGCTGACTGGGTATGATAGGGTTATGGTATACAAGTTTCATGAAGACAAACACGGGGAAGTTGTTGCGGAAATCAGGCGTTCAGACATGGAACCCTATCTTGGGTTGCATTACCCTGCGACCGATATCCCTCAGGCTGCTCGCTTTCTTTTTATGCAGAACAGGGTGCGAATGATCTGTGATTGCACGGCAAATCCTGTGAAGGTTATCCAGTCTGAGGAATTGAGGCAACCTGTCTGTTTAGTGGGTTCTACGCTCCGGGCGTCCCATGGGTGCCATGCGCAATACATGGCCAACATGGGTTCCATTGCTTCGCTTGTTATGGCTGTGATTATTAAAGGGAAT------GATGGCGAGGGGGGAGGG---------------AGTGGACGAAATTTCATGAAGCTCTGGGGTTTGGTTGTGTGCCACCATACTTCCCCGCGGGCAGTTCCTTTTCCTCTTCGCCATGCTTGCGAATTTCTGATGCAAGCATTTGGTCTTCAGTTGAGCATGGAATTGCAATTGGCAGCTCAATTGATGGAGAAACGCATTCTTAGAATTCAAACGCTTCTGTGTGATATGTTTCTCCAAGAAGGCCCTGTTGGAATTGTAACTCAGTCTCCCAGCATCATGGATCTTGTCAAGTGTGATGGTGCTGCTCTTTATTATGGAGGTAAGTGTTGGATGCTGGGAGTGAGCCCGACTGAAGCTGAAATCAAGGATATTGCAGAATGGTTGCTTGAATACCATGGAGATTCATTGGGCCTGAGCACGGATAGTTTGATAGATGCTGGTTATCCTGGTGCCGCCGATCTTGGGGATGCAGTCTGTGGCATGGCTGCTGCTAGAATTGCTTCAGAAGACTTTCTGTTTTGGTTTAGATCCCACACTGCAAAGGAGTTGAAGTGGGGAGGCGCAAAACATCATCCAGATGATAAAGATGATGGCCGGAGGATGCACCCTCGTATCTCTTTCAAGGCATTTCTAGAAGTGGTCAAAAGAAGAAGCCTACCATGGGGAAATCAGGAAATTGATTCAATTCACTCGCTACAGCTTATTCTACGAGGTTCATTTCAAGACATTGATGACAGTGGTACTAAAGCTATGGTTTATGCTCGGCTAAATGATTCGATATTTCAGGGCTTAGATAAACTTAGGTCTGTGACTACTGAGATGGTGCGTGCGATTGAAACAGCTACAGCACCTATTTTTTCCGTAGATACTAATGGACTTGTAAATGGATGGAATGCACAAGTGGCAGAATTGACAGGCCTTCCAGTTCGAGAAGCCATGGGCAAGTCTCTTGTTCAGGATCTTGTTTTTGAAGAATCTGTGGAGACGGTTGAAAAACTGCTCTACAATGCCTTAAGAG ; END; [ The following blocks are output data for analysis step 18482 ] BEGIN TREES; TITLE Consensus_from_Pinaceae_phyP; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep18482; TREE Fig._1B = [&R] ((Sciadopitys_verticillata:0.088343,(Araucaria_columnaris:0.146802,Podocarpus_macrophyllus:0.173474):0.0245,(Cephalotaxus_sinensis:0.070466,Cryptomeria_japonica:0.095041):0.064428):0.0310065,(Ginkgo_biloba:0.109223,((((Abies_concolor_P2:0.006881,Abies_lasiocarpa_P2:0.006871):0.053316,(Tsuga_chinensis_P2:0.008135,Tsuga_heterophylla_P2:0.005454):0.038568):0.020033,(Larix_laricina_P2:0.068867,((Cathaya_argyrophylla_P2:0.06067,Pinus_strobus_P2:0.07555):0.006383,(Picea_abies_P2:0.004547,Picea_glauca_P2:0.006701):0.032802):0.010598):0.006396):0.027436,(Cedrus_deodara_P1:0.026141,(((Pseudolarix_amabilis_P1:0.015967,(Nothotsuga_longibracteata_P1:0.013292,Tsuga_canadensis_P1:0.011378):0.009118):0.001059,(Keteleeria_evelyniana_P1:0.022338,(Abies_concolor_P1:0.00934,(Abies_lasiocarpa_P1:0.005648,Abies_mariesii_P1:0.005073):1.35E-4):0.019843):0.003996):0.006065,((Pseudotsuga_menziesii_P1:0.014582,(Larix_decidua_P1:0.001564,Larix_occidentalis_P1:1.0E-8):0.010403):0.009811,((Picea_abies_P1:0.001664,Picea_glauca_P1:0.004461,Picea_sitchensis_P1:0.001665):0.01721,(Cathaya_argyrophylla_P1:0.027976,((Pinus_pinea_P1:0.002235,Pinus_thunbergii_P1:0.004468,(Pinus_contorta_P1:5.65E-4,Pinus_ponderosa_P1:5.54E-4):0.002794):0.012199,((Pinus_krempfii_P1:0.001675,Pinus_lambertiana_P1:0.005053):0.004486,(Pinus_monophylla_P1:0.008067,Pinus_nelsonii_P1:0.009066):0.004715):0.00658):0.024371):0.001492):0.005713):0.007091):0.001791):0.015105):0.079495):0.0310065); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr97554] END;