#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 16, 2026; 6:36 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Cameron S. 1993. Multiple origins of advanced eusociality in bees inferred from mitochondrial DNA sequences. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 90: 8687-8691. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S278] [ The following blocks are input data for analysis step 239 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep239; DIMENSIONS NTAX=16; TAXLABELS Apis_cerana Apis_dorsata Apis_florea Apis_koschevnikovi Apis_mellifera Bombus_avinoviellus Bombus_pennsylvanicus Eufriesia_caerulescens Eulaema_polychroma Exoneura_bicolor Melipona_compressipes Psithyrus_variabilis Scaptotrigona_luteipennis Trigona_hypogea Trigona_pallens Xylocopa_virginica ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2480] TITLE Not_included; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep239; DIMENSIONS NCHAR=454; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Apis_cerana AATAGCTGCAGTATA-TTGACTGTACAAAGGTAGCATAATAAATTGTCTTTTAATTGAAGAATTGAATGAATGAATTGATGAAATAACAACTGTCTC-TA-TTTTATTAAATGAATTTAAATTTTTAGTAAAAATTCTGAAATTTAATTATGGGACGATAAGACCCTATAGAATTTTATTTAATATAATTATTTA-TT--TAATTTATTTGGAAATATATAATTAATTTAA-ATTTGATTGGGAGGATTGGTAAATAAAAATAACTTTATCTAA-AATT-AAT-TTTGATGAAA-AGAT--TTATTTTTGACTTA-TAATTTATGATTAAAAGA-AT-AAATTACCTTAGG-ATAACAGCGTAATATCTTTTGATAGACCACATTGATAAAGATGTTTGCGACCTCGATGTTGAATTAAGAGAAAAGTTAAACGCAGGAGTTTAAAATTTTAAG Apis_dorsata AATAGCTGCAGTATA-TTGACTGTACAAAGGTAGCATAATAAATTGTCTTTTAATTGAAGAATTGAATGAACGAATTAATGAAATAATAACTGTCTC-TA-AATTATTTAATGAATTTAAATTTTTGGTTAAAATTCTAAAATTTAATTATGGGACGATAAGACCCTATAGAATTTTATTTAATAT-TTTATTTGTTAAATAATTTTTTTATTTATAAATAAT-ATATTAA-ATTTGATTGGGAGGATTGATAAATTAAAAAAACTTTATTATA----TTA---TTTGAT-AAA-AGAT--ATATAT-TGAATTA-TAATTTATAATTAATAGA-AT-AAATTACCTTAGG-ATAACAGCGTAATATCTTTTGATAGACCTTATAGATAAAGATGATTGCGACCTCGATGTTGAATTAAGATTAAAGTTAAATGCAGAAGTTTAAAT-TTTGAG Apis_florea AATAGCTGCAGTATA-TTGACTGTACAAAGGTAGCATAATAAATTGTCTTTTAATTGAAGAATTGAATGAATGAATTAATGAAATAATTACTGTCTC-TA-AATTATTTAATGAATTTAAATTTTTAGTTAAAATTCTAAAATTTAATTATGGGACGATAAGACCCTATAGAATTTTATTTAATTTA-TTATTTAATT--TAAATTATTTAAAAATAAATAA------TAA-ATTTGATTGGGAGGATTAATAAAT-TTAATAACTTTATTTTTAAATTTAAT-TTTGATTAGA-AGAT--ATAGAAATGATTTA-TAATTTATAAATATAAGA-AT-AAATTACCTTAGG-ATAACAGCGTAATATCTTTTGATAGGTCATATTGATAAAGATGATTGCGACCTCGATGTTGAATTAAGATAAAAATTAAATGCAGGAGTTTAATTATTTAAG Apis_koschevnikovi AATAGCTGCAGTATA-TTGACTGTACAAAGGTAGCATAATAAATTGTCTTTTAATTGAAGAATTGAATGAACGAATTGATGAAATAACAACTGTCTC-TA-TTTTATTGAATGAATTTAAATTTTTAGTTAAAATGCTAAAATTTAATTATGGGACGATAAGACCCTATAGAATTTTATTTAA-ATAATTATTTA-TT--TAAATTATTTGTAAATAAATAATTAATTTAA-ATTTGATTGGGAGGATTGGTAAATATAAATAACTTTATCTTATAAAT-AAT-TTTAATTAGA-AAAT--AT-TTTTTGATCTA-TAAATTATAATTAAAAGA-AT-AAATTACCTTAGGGATAACAGCGTAATATCTTTTGATAGACCATATTGATAAAGATGATTGCGACCTCGATGTTGAATTAAGATAAAAATTAGACGCAGAAGTTTAAAAATTTAAG Apis_mellifera AATAGCTGCAGTATG-TTGACTGTACAAAGGTAGCATAATAAATTGTCTTTTAATTGAAGAATTGTATGAAAGAATTAATGAAATAATAACTGTCTC-TA-AATTATTAAATGAATTTAAATTTTTAGTTAAAATTCTAAAATT-AATTATGGGACGATAAGACCCTATAGAATTTAATTTAATTTTTAAATTTATTT--ATAATT-TTAATAAATATATTTAAG-ATTAA-ATTTGATTGGGAGGATTGGTAAATTTAATAAACTTTAT-TTAAGATTTAAT-TTTGATATAA-AGAT--TAATTTTTGAATTA-TAAATTGTAATTAAAAGA-AT-AAATTACCTTAGG-ATAACAGCGTAATATCTTTTGATAGACCATATAGATAAAGATGTTTGCGACCTCGATGTTGAATTAAGATGAAAATTAGGCGCAGTAGTTTAAGTTTTTAAG Bombus_avinoviellus AATGGCTGCAGTATAATTGACTGTACGAAGGTAGCATAATAAATTGTTTTTTAATTGAAAACTAGAATGAAAGAATTAATGAAATATATACTGTCTCGTATATATATATTATGAATTTAAAATCTTAGTAAAAATTCTGAGATATTTTTATGGGACGATAAGACCCTATAGAATTTTATAT----TAA-TATAAATTTTAT------TTAAAT-TTTA------G--TTAATATTTGATTGGGAGGATTAATAAATTAAAATAACTTTATTTTGAAT-TTAAACTTTGATTTAAGAG--TAATTTGATTGATCTT-GTATTATTAATTAAAAGA-AA-AAATTACCTTAGGGATAACAGCGTAATATCTTTTTTAAGATCAAATTAATAAAGATGTTTGCGACCTCGATGTTGAATTAAGATAAATTTTAAATGTAGAAGTTTAATAATT-AAG Bombus_pennsylvanicus AATGGCTGCAGTATAACTAACTGTACAAAGGTAGCATAATCAATTGTTTTTTAATTGTTTTCTAGAATGAAAGAATTAATGAGATATATACTGTCTC--ATATATATTTAATGAATTTAAATTTTTAGTAAAAATGCTTAAATAATTTTATGGGACGATAAGACCCTATAGAATTTTATAT----TAA-TAT?TTATTAATTA----TTTAAT-TAAA------GTATTAATATTTAATTGGGAGGATTAATAAATTTAAAAAACTTTATTTTAAAAATAAAACTTTGATTTTAGAATTTAATTT--TTGATCTT-TTATTATAAATCAAAAGA-AT-AAATTACCTTAGGGATAACAGCGTAATATCTTTTTAAAGATCGTATTTATAAAGATGTTTGCGACCTCGATGTTGAATTAAGATAAATTTTAAACGGAGAAGTTTAATAATT-AAG Eufriesia_caerulescens AATAGCTGCAGTATA-TTGACTGTACAAAGGTAGCATAATTAATTGTCTTTTAATTGAAGAATGGAATGAAAGAATTAATGAAATATAAACTGTCTC-TT-ATATATATAATGAAATTAAATTTTTAGTTAAAATGCTAAAATTGAATTATGGGACAATAAGACCCTATAGAATTTTATATAAT-TAATAAT---TTTAAAAAAT-ATTTATTTTAAAATTATTA-ATTAT-ATTTAATTGGGAGGATAAATAAATTTAATTAACTTTATTTTTAATTTAAA-CTTTGATTTAAGAAAA--ATTAATTTGATATAATAA--TATTAATAATAAAAAT-AAATTACCTTAGGGATAACAGCGTAATATCTTTTTAAAGTTCATATTAATAAAGATGTTTGCGACCTCGATGTTGAATTAAGATAAATTTTGAATGAAGAAATTTAAAAATT--AA Eulaema_polychroma AATAGCTGCAGTATA-TTGACTGTACAAAGGTAGCATAATAAATTGTCTTTTAATTGAAGAATGGAATGAAAGAATTAATGAAATATAAACTGTCTC-TA-ATATATATAATAAAATTAAATTTTTAGTTAAAATGCTAAAATTAATTTATGGGACGATAAGACCCTATAGAATTTTATATTAT-TAATAAAA-ATTTAAATAAA-ATTTATTTTTATTTTATTGTA-TAATATTTAATTGGGATGATTAATAAATTTAATTAACTTTATTA--AATTAAAAACTTTGATTTAAGAAAA---TTAAATTGATAAAATAAAATATTTATTATAGAT-T-AAATTACCTTAGGGATAACAGCGTAATATCTTTTATGAGATCATATTAATAAAGATGTTTGCGACCTCGATGTTGAATTAAGATAAATTTTAAATGAAGAAATTTAATAATT--AA Exoneura_bicolor AATGACTGCAGTATAATTGACTGTACTAAGGTAGCATAATCAATTGTTTTTTAATTAAAAACTTGAATGAAAGAATGAATGAAATATATACTGTCTC--AATTATATTTAATAAATTTAAAATTTTAGTAAAAATTCTAAAATAAATTTATGGGACGATAAGACCCTATAGAATTTTATAT--TTTA----TATTTTTATTAAA------AATATAA------------AATATTTTATTGGGAGGATAATAAAATTTAATAAACTTT-TATTGAATTTT---CAAAATTAATTGAAAATTTT---ATT---TTAATAATTATTAATTAATTTAAATTAAATTACCTTAGGGATAACAGCGTTATATTTTTTAAAAGATCTTATTAATAAAAATGATTGCGACCTCGATGTTGAATTAAGATAAAAATTAAATGTAGAAGTTTAATTATT-AAG Melipona_compressipes AATGGCTGCAGTATAACTGACTGTACAAAGGTAGCATAATCAATTGGTTTTTAAATGGAATCTGGAATGAAAGTATTAATGAAATATATACTGTCTC--ATATATATTTTATGAATTTAAAATTTTAATAAAAATGTTAAAATTTTTTTATGGGACGATAAGACCCTATAGAATTTTATAT----AAA-ATTTTATTTG-TAA--TT---AATATAAATTAA--AATTTTATATTTAATTGGGAGAATTATTAAATTTAATAAATTTTAATTTTTATA---AACTTTGATTTAAGAA---AATTGAATTGATCTT-TAATTTAAAATTAATAGA-AT-AAATTACCTTAGGGATAACAGCGTTATATTTTTTTATAGATCTTATAGAAAAAAATGATTGCGACCTCGATGTTGAATTAAGATAAATTTTAAATGCAGAAGTTTAATGATT-AAG Psithyrus_variabilis AATGGCTGCAGTATATTTAACTGTACAAAGGTAGCATAATCAATTGTTTTTTAATTAAAAACTTGTATGAAAGAATTAATGAGATATATACTGTCTC--ATATATATAATATAAATTTAAATTTTTAGTAAAAATGCTTAAATTTTTTTATGGGACGATAAGACCCTATAGAATTTTATAT----TAA-AATTTAATTAATAA----ATTAAT-TTAATTT------TTAATATTTAGTTGGGAGGATTGATAAATTTAAAAAACTTTATTTTAAAA-TAAAACTTTGATTAAAGAATTT---TT--TTGATCTT-GTATTATAAATTAAAAGA-AT-AAATTACCTTAGGGATAACAGCGTAATATCTTTTAAAAGATCAAATTTGTAAAGATGATTGCGACCTCGATGTTGAATTAAGATTAATTTTAAATGCAGAAGTTTAATAATT-AAG Scaptotrigona_luteipennis AATGGCTGCAGTATAAATAACTGTACAAAGGTAGCATAATCAATTGATTTTTAAATGAAATCTAGAATGAAAGAATTAATGAAATATATACTGTCTC--ATTTATATAATATAAATTTAAATTTTTAATAAAAATGTTAAAATTTATTTATGGGACGATAAGACCCTATAGAATTTTATAT----TAA-ATTATTTTTATAAA--TATTGAATATAAAATTT--AAATTAATATTTAATTGGGAGAATTATTAAATTTAAAAAATTTTAATTTTTAAA---AACTTTAATTAAAGAA---AATATA-TTGATCTT-TAAATTAAAATTAATAGA-AT-AAATTACCTTAGGGATAACAGCGTTATATTTTTTTATAGATCACATAGAAAAAAATGATTGCGACCTCGATGTTGAATTAAGATAAATTTTAAATGTAGAAATTTAATAATT-AAG Trigona_hypogea AATGGCTGCAGTATACCTGACTGTGCAAAGGTAGCATAATAATTTGGTTTTTAAATGAAATCTGGAATGAAAGAATTAATGAAATATATACTGTCTC--AAATTTATTTAATGAATTTAAATTTTTAATAAAAATGTTAAAATTTTTTTATGGGACGATAAGACCCTATAGAATTTTATAT----TAA-ATTAAATTTATTTT--TA---AATATAAAAATT--AATTTAATATTTAATTGGGAGAATTATTAAATTTAATAAATTTTAATAAATGTG---AACTTTAATTAAAGAA---AAAAAAGTTGATCTT-TAATTTAAAATTAATAGA-AT-AAATTACCTTAGGGATAACAGCGTAATATTTTTTTATAGGTCATATAGAAAAAAATGATTGCGACCTCGATGTTGAATTAAGATAAATTTTAAATGCAGGGGTTTAATAATT-AAG Trigona_pallens AATGGCTGCAGTATACCTGACTGTGCAAAGGTAGCATAATAATTTGATTTTTAATTGAAATCTGGAATGAAAGGATTAATGAAATATAAACTGTCTC--TTATTTATTTAATAAATTTAAATTTTTAATAAAAATGTTAAAATTATTTTATGGGACGATAAGACCCTATAGAATTTTATAT----TAA-TTTAT-TTTAATAA--AA---AATATTGAATTT--AAATTAATATTTAATTGGGAGAATTATTAAATTTAAAAAATTTTAATTTTTGAT---AACTTTAATTTAAGGA---AAATTTTTTGATCTT-TAATTTAAAATTATTAGA-AT-AAATTACCTTAGGGATAACAGCGTAATATTTTTTTATAGGTCATATAGAAAAAAATGATTGCGACCTCGATGTTGAATTAAGATAAATTTTAAATGCAGGAGTTTAATAATT-AAG Xylocopa_virginica AATAGCTGCAGTATACATGACTGTACTAAGGTAGCATAATAAATAGTTTTTTAATTGAAAACTTGAATGAAAGAATTAATGAAATATATACTGTCTC--AAATATATTAATTGAAATTAAAATTTTAGTTAAAATGCTAAAATTTAATTATGGGACGACAAGACCCTATAGAATTTTAT---ATTTATATATTTAATTAAT-AATAATTAATTATT---TAAATATATAAATATTTAGTTGGGAGGATTATTAAATAAAATTAACTTTAAT----AATAAAATCTATAATATTAGTATTT---TAAAATGATTAAATT-TTATTGATTATAAGAT-T-AAATTACCTTAGGGATAACAGCGTAATAACTTTTGATAGATCATATTAATAAAGATGATTGCGACCTCGATGTTGAATTAAGATATTAATTAGATGTAGCTGTCTAATTACATAAG ; END; [ The following blocks are output data for analysis step 239 ] BEGIN TREES; TITLE Tb5019; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep239; TREE Fig._2B = [&R] (((((Apis_mellifera,(Apis_cerana,Apis_koschevnikovi)),Apis_dorsata),Apis_florea)Apini,((((Melipona_compressipes,(Trigona_pallens,Trigona_hypogea)),Scaptotrigona_luteipennis)Meliponini,((Bombus_pennsylvanicus,Psithyrus_variabilis),Bombus_avinoviellus)Bombini),(Eulaema_polychroma,Eufriesia_caerulescens)Euglossini)),Xylocopa_virginica)Apidae; [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr1373] END; BEGIN TREES; TITLE Tb5019; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep239; TREE Fig._2A = [&R] (((((Apis_mellifera,(Apis_cerana,Apis_koschevnikovi)),Apis_dorsata),Apis_florea)Apini,((((Melipona_compressipes,Scaptotrigona_luteipennis),(Trigona_pallens,Trigona_hypogea))Meliponini,((Bombus_pennsylvanicus,Psithyrus_variabilis),Bombus_avinoviellus)Bombini),(Eulaema_polychroma,Eufriesia_caerulescens)Euglossini)),Xylocopa_virginica)Apidae; [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr1372] END;