#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 16, 2026; 0:11 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Shefferson R., Kull T., & Tali K. 2007. Mycorrhizal interactions of orchids colonizing Estonian mine tailings hills. American Journal of Botany, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1953] [ The following blocks are input data for analysis step 4010 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep4010; DIMENSIONS NTAX=36; TAXLABELS Botryobasidium_subcoronatum Cantharellales_ex_Cypripedium_acaule Cantharellales_ex_Cypripedium_calceolus Cantharellales_ex_Cypripedium_californicum Cantharellales_ex_Cypripedium_candidum Cantharellales_ex_Cypripedium_fasciculatum Cantharellales_ex_Cypripedium_guttatum Cantharellales_ex_Cypripedium_macranthon_rebunense Cantharellales_ex_Cypripedium_macranthon_rebunense_2 Cantharellales_ex_Cypripedium_montanum Cantharellales_ex_Neuwiedia_veratrifolia Cantharellales_ex_Neuwiedia_veratrifolia_2 Cantharellales_ex_Neuwiedia_veratrifolia_3 Cantharellales_ex_Neuwiedia_veratrifolia_4 Cantharellales_ex_Orchis_militaris Cantharellus_cibarius Cantharellus_cinnabarinus Cantharellus_tubaeformis 'Ceratobasidium goodyerae-repentis' Clavulina_cristata Craterellus_tubaeformis Epulorhiza_albertensis Gomphus_floccosus Ramaria_araiospora Tulasnella_albida Tulasnella_calospora Tulasnella_cystidiophora Tulasnella_deliquescens Tulasnella_eichleriana Tulasnella_irregularis Tulasnella_irregularis_2 Tulasnella_pruinosa Tulasnella_tomaculum Tulasnella_violea Tulasnella_violea_2 Tulasnella_violea_3 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3782] TITLE mtLSU_Tulasnellaceae; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep4010; DIMENSIONS NCHAR=227; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Botryobasidium_subcoronatum AGGCCACGACTGTTTACTAAAAACACAGATATCCGCAACGAATAACTTCTTCGTATGGATGTTGAGCTTTGCCCGATGCCGATG?CATAAGCGAAAAATCGGTGAATGGCGGTCTTAAC?GTGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATGACTTGTCCACTAAATATGGTCTTGACTGAATAACGTAACGATGGTCTCGCTGTCTCTACAAGTATCTCAGTGAAATTGAATT Cantharellales_ex_Cypripedium_acaule AACCCCCGACTGTTTACTTAAAACACAGATATCTGCGATGATTAAATTATTTGTATAGATGTCGAATTTTGCCCAATGCCATTAATATAAATGAAAATCTGGTCAATGGCGGTCTTAACTATAAGGATCCAAAGGTAGCAAAATTCATTGTCCGCTAAATA?GGTCCTGCATGAATAAAGTAACGATGGGTTCACTGTCTCTACAAGTATCTCAGTGAAATTGAATT Cantharellales_ex_Cypripedium_calceolus AGGCCCCGACTGTTTACTTAAAACACAGCTTTCTGCAACGATTAATATCTTTGTATAGGAAGCGAATTTTGCCCAATGCCATTAATATAATTGAAGTTCTGGTCAATGGCGGTCTTAACCATGAGGATCCCTAGGTAGCAAAATTAATTGTCCATTAA????????????????????????????????????????????????????????????????????? Cantharellales_ex_Cypripedium_californicum AGGCCCCGACTGTTTACTTAAAACACAGCTTTCTGCAACGATTAATATCTTTGTATAGGAAGCGAATTTTGCCCAATGCCATTAATATAATTGAAGTTCTGGTCAATGGCGGTCTTAACCATGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATTAATTGTCCATTAAATGTGGTCCCGACTGAATAAAGTAACGATGGTCTCACTGTCTCTACAAGTATCTCAGTGAAATTGAATT Cantharellales_ex_Cypripedium_candidum AGGCCCCGACTGTTTACTTAAAACACAGACATCTGCAACGATTAATTTCTTTGTATAGGTGTTGAATTTTGCCCGATGCCATTAATATAAATGAAAATCTGGTCAATGGCGGTCTTAACTATGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATTAATTGTCCATTAAATGTGGTCCTGACTGAATAAAGTAACGATGGTCTCACTGTCTCTACAAGTATCTCAGTGAAATTGAATT Cantharellales_ex_Cypripedium_fasciculatum AGGCCCCGACTGTTTACTTAAAACACAGCTTTCTGCAACGATTAATATCTTTGTATAGGAAGCGAATTTTGCCCAATGCCATTAATATAAATGAAGTTCTGGTCAATGGCGGTCTTAACCTTGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATTAATTGTCCATTAAATGTGGTCCCGACTGAATAAAGTAACGATGGTCTCACTGTCTCTACAAGTATCTCAGTGAAATTGAATT Cantharellales_ex_Cypripedium_guttatum AGGCCCCGACTGTTTACTTAAAACACAGCTTTCTGCTACGAATAATATCTGTGTATAGAAAGCGAATTTTGCCCAATGCCATTAATATAAATGAAGGGGTGGTCAATGGCGGTCTTATCTATGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATTAATTG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Cantharellales_ex_Cypripedium_macranthon_rebunense AGGCCCCGACTGTTTACTTAAAACACAGCTTTCTGCAACGATTAATATCTTTGTATAGGAAGCGAATTTTGCCCAATGCCATTAATATAAGTGAAGTTCTGGTCAATGGCGGTCTTAACCATGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATTAATTGTCCATTAAATGTGGTCCCGACTGAATAAAGTAACGATGGTCTCACTGTCTCTACAAGCATCTCAGTGAAATTGAATT Cantharellales_ex_Cypripedium_macranthon_rebunense_2 AGGCCCCGACTGTTTACTTAAAACACAGACATCTGCAACGATTAATTTCTTTGTATAGGTGTTGAATTTTGCCCGATGCCATTAATATAAGTGAAAATCTGGTCAATGGCGGTCTTAACTATGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATTAATTGTCCATTAAATGTGGTCCTGACTGAATAAAGTAACGATGGTCTCGCTGTCTCTACAAGTATCTCAGTGAAATTGAATT Cantharellales_ex_Cypripedium_montanum AGGCCCCGACTGTTTACTTAAAACACAGCTTTCTGCAACGATTAATATCTTTGTATAGGAAGCGAATTTTGCCCAATGCCATTAATATAATTGAAGTTCTGGTCAATGGCGGTCTTAACCATGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATTAATTGTCCATTAAATGTGGTCCCGACTGAATAAAGTAACGATGGTCTCACTGTCTCTACAAGTATCTCAGTGAAATTGAATT Cantharellales_ex_Neuwiedia_veratrifolia AGGCCCCGACTGTTTACCTAAAACACAGCTTTCTGCGACGAATAATATCTTTGTATAGAAAGCGAATTTTGCCCAATGCCATTAATATAAGTGAAGTTCTGGTCAATGGCGGTCTTATCTATGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATTAATTGTCCATTAAATGTGGTCCTGACTGAATAAAGTAACGATGGTCTCGCTGTCTCTACAAGTATCTCAGTGAAATTGAATT Cantharellales_ex_Neuwiedia_veratrifolia_2 AGGCCCCGACTGTTTACTTAAAACACAGCTTT?TGCGACGAATAATATCTTTGTATAGAAAGCGAATTTTGCCCAATGCCATTAATATAAGTGAAGTTCTGGTCAATGGCGGTTTTAT?TATGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATTAATTGTCCATTAAATGTGGTCCTGACTGAATAAAGTAACGATGGTCTCGCTGTCTCTACAAGTATCTCAGTGAAATTGAATT Cantharellales_ex_Neuwiedia_veratrifolia_3 AGGCCCCGACTGTTTACTTAAAACACAGCTTTTTGCTACGATTAACATCTTTGTATAGAAAGCGAATTTTGCCCAATGCCATTAATATAAATGAAGTTCTGGTCAATGGCGGTCTTATCTATGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATTAATTGTCCATTAAATGTGGTCCTGACTGAATAAAGTAACGATGGTCTCACTGTCTCTACAAGTATCTCAGTGAAATTGAATT Cantharellales_ex_Neuwiedia_veratrifolia_4 AGGCCCCGACTGTTTACTTAAAACACAGACATCTGCAACGATTAATTTCTTTGTATAGGTGTTGAATTTTGCCCGATGCCATTAATATAAATGAAAATCTGGTCAATGGCGGTCTTAACTATGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATTAATTGTCCATTAAATGTGGTCCTGACTGAATAAAGTAACGATGGTCTCACTGTCTCTACAAGTATCTCAGTGAAATTGAATT Cantharellales_ex_Orchis_militaris AGGCCCCGACTGTTTACTTAAAACACAGCTTTCTGCAACGATTAATATCTTTGTATAGGAAGCGAATTTTGCCCAATGCCATTAATATAATTGAAGTTCTGGTCAATGGCGGTCTTAACCATGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATTAATTGTCCATTAAATGTGGTCCCGACTGAATAAAGTAACGATGGTCTCACTGTCTCTACAAGTATCTCAGTGAAATTGAAGA Cantharellus_cibarius AGGCCCCGACTGTTTACTTAAAACACAGACATCTGCAACGATTAATTTCTTTGTATAGGTGTTGAATTTTGCCCGATGCCATTAATATAAATGAAAATCTGGTCAATGGCGGTCTTAACTATGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATTAATTGTCCATTAAATGTGGTCCTGACTGAATAAAGTAACGATGGTCTCGCTGTCTCTACAAGTATCTCAGTGAAATTGAATT Cantharellus_cinnabarinus AGGCCCCGACTGTTTACTTAAAACACAGACATCTGCAACGATTAATTTCTTTGTATAGGTGTTGAATTTTGCCCGATGCCATTAATATAAGTAAAAATCTGGTCAATGGCGGTCTTATCC?TGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATTAATTGTCCATTAAATGTGGTCCCGACTGAATAAAGTAACGATGGTCTCACTGTCTCTACAAGTATCTCAGTGAAATTGAATT Cantharellus_tubaeformis AGGCCCCGACTGTTTACTTAAAACACAGACATCTGCAACGATTAATTTCTTTGTATAGGTGTTGAATTTTGCCCGATGCCATTAATATAAGTGAAAATCTGGTCAATGGCGGTCTTAACTATGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATTAATTGTCCATTAAATGTGGTCCTGACTGAATAAAGTAACGATGGTCTCGCTGTCTCTACAAGTATCTCAGTGAAATTGAATT 'Ceratobasidium goodyerae-repentis' AGGCCCCGACTGTTTACTTAAAACACAGATATCTGCAACGATTAATTTCTTTGTATAGGTGTTGAATTTTGCCCGATGCCATTAACATAAATGAAAGTCTGGTCAATGGCGGTCTTATCC?TGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATTAATTGTCCATTAAATGTGGTCCCGACTGAATAAAGTAACGATGGTCTCACTGTCTCTACAAGTATCTCAGTGAAATTGAATT Clavulina_cristata AGGCCCCGACTGTTTACTTAAAACACAGACATCTGCAACGATTAATTTCTTTGTATAGGTGTTGAATTTTGCCCGATGCCATTAATATAAGTAAAAATCTGGTCAATGGCGGTCTTATCC?TGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATTAATTGTCCATTAAATGTGGTCCCGACTGAATAAAGTAACGATGGTCTCACTGTCTCTACAAGTATCTCAGTGAAATTGAATT Craterellus_tubaeformis AGGCCCCGACTGTTTACTTAAAACACAGACATCTGCAACGATTAATTTCTTTGTATAGGTGTTGAATTTTGCCCGATGCCATTAATATAAATGAAAATCTGGTCAATGGCGGTCTTA?CTATGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATTAATTGTCCATTAAATGTGGTCCTGACTGAATAAAGTAACGATGGTCTCGCTGTCTCTACAAGTATCTCAGTGAAATTGAATT Epulorhiza_albertensis AACCCCCGACTGTTTACTTAAAACACAGATATCTGCGATGATTAAATTATTTGTATAGATGTCGAATTTTGCCCAATGCCATTAATATAAATGAAAATCTGGTCAATGGCGGTCTTAACTATAAGGATCCAAAGGTAGCAAAATTCATTGTCCGCTAAATACGGTCCTGCATGAATAAAGTAACGATGGGTTCACTGTCTCTACAAGTATCTCAGTGAAATTGAATT Gomphus_floccosus AGGCCCCGACTGTTTACTTAAAACATAAGAATCTGCAATGATTAATATCGTGGTATAGGTTCTGAAATTTGCC?AATGCCATTAATATAAG?GAATGTCTGGTTAATAGCGGTCTTAACTATGAGGATCCAAAGGTAGCAAAATAAGTTGGCCGTTAAATGAGGTCTTGTATCAATAATGTAACGAGGGCCTCACTGTCTCTACAAGTCGCTCAGTGAAATTGAATT Ramaria_araiospora AGGCCCCGACTGTTTACTTAAAACATAAGAATCTGCAATGATTAATCTCGTGGTATAGGTTCTGAAATTTGCCCAATGCCATTAATATAAG?GAATGTCTGGTTAATAGCGGTCTTAACTATGAGGATCCAAAGGTAGCAAAATAAGTTGGCCATTAAATGTGGTCTTGTATCAATAATGTAACGATGGCCTCACTGTCTCTACAAGTCGCTCAGTGAAATTGAATT Tulasnella_albida GCGCACCGACTGTTTACTAAAAACACAGATAACTGCTAAGATGAAAATACTTGTATAGTTGTCGAATTTTGCCCAATGCCATTAATATAAATGAAAGTCTGGTCAATGGCGGTCTTAACCATAAGGATCCAAAGGTAGCAAAATTCATTGTCCGCTAAATACGGTCCTGCATGAATAAAGTAACGATTGCGCCACTGTCTCTACAAGCATCTCAGTGAAATTGAATT Tulasnella_calospora AGGCCCCGACTGTTTACTTAAAACACAGCTTTCTGCGACGAATAATATCTTTGTATAGAAAGCGAATTTTGCCCAATGCCATTAATATAAGTGAAGTTCTGGTCAATGGCGGTCTTATCTATGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATTAATTGTCCATTAAATGTGGTCCTGACTGAATAAAGTAACGATGGTCTCGCTGTCTCTACAAGTATCTCAGTGAAATTGAATT Tulasnella_cystidiophora AGGCCCCGACTGTTTACTTAAAACACAGCTTTCTGCTACGAATAATATCTGTGTATAGAAAGCGAATTTTGCCCAATGCCATTAATATAAATGAAGTTCTGGTCAATGGCGGTCTTATCTATGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATTAATTGTCCATTAAATGTGGTCCTGACTGAATAAAGTAACGATGGTCTCACTGTCTCTACAAGTATCTCAGTGAAATTGAATT Tulasnella_deliquescens AGGCCCCGACTGTTTACTTAAAACACAGACATCTGCAACGATTAATTTCTTTGTATAGGTGTTGAATTTTGCCCAATGCCATTAATATAAGTAAAAATCTGGTCAATGGCGGTCTTATCCATGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATTACTTGTCCATTAAATGTGGTCCCGACTGAATAAAGTAACGATGGTCTCACTGTCTCTACAAGTATCTCAGTGAAATTGAATT Tulasnella_eichleriana AGGCCACGACTGTTTAATTAAAACACAGACATCTGCTATGATTAATTTATTTGTATAGGTGTTGAATTTTGCCCCATGCCATTAATATAAGTGAAAATCTGGTTAATGGCGGTCTTAACTATAAGGATCCTAAGGTAGCGAAATTTATTGTCCGTTAAATGCGGTCCCGCATGAATAAAGTAACGATGGTCTCACTGTCTCTACAAGTATCTCAGTGAAATTGAATT Tulasnella_irregularis AGGCCCCGACTGTTTACTTAAAACACAGCTTTCTGCTACGAATAATATCTGTGTATAGAAAGCGAATTTTGCCCAATGCCATTAATATAAGTGAAGTTCTGGTCAATGGCGGTCTTATCTATGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATTAATTGTCCATTAAATGTGGTCCTGACTGAATAAAGTAACGATGGTCTCACTGTCTCTACAAGTATCTCAGTGAAATTGAATT Tulasnella_irregularis_2 AGGCCCCGACTGTTTACTTAAAACACAGCTTTCTGCGACGAATAATATCTTTGTATAGAAAGCGAATTTTGCCCAATGCCATTAATATAAGTGAAGTTCTGGTCAATGGCGGTCTTATCTATGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATTAATTGTCCATTAAATGTGGTCCTGACTGAATAAAGTAACGATGGTCTCGCTGTCTCTACAAGTATCTCAG???????????? Tulasnella_pruinosa AGGCCCCGACTGTTTACTTAAAACACAGCTTTCTGCTACGATTAACATCTTTGTATAGAAAGCGAATTTTGCCCAATGCCATTAATATAAATGAAGTTCTGGTCAATGGCGGTCTTATCTATGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATTAATTGTCCATTAAATGTGGTCCTGACTGAATAAAGTAACGATGGTCTCACTGTCTCTACAAGTATCTCAGTGAAATTGAATT Tulasnella_tomaculum ??CCCCCGACTGTTTACTTAAAACACAGATATCTGCGATGATTAAATTATTTGTATAGATGTCGAATTTTGCCCAATGCCATTAATATAAATGAAAATCTGGTCAATGGCGGTCTTAACTATAAGGATCCAAAGGTAGCAAAATTCATTGTCCACTAAATACGGTCCTGCATGAATAAAGTAACGATGGGTTCACTGTCTCTACAAGTATCTCAGTGAAATTGAATT Tulasnella_violea GCGCACCGACTGTTTACTAAAAACACAGATAACTGCTAATATTAGAATATTTGTATAGTTGTCGAATTTTGCCCAATGCCATTAATATAAATGAAAATCTGGTCAATGGCGGTCTTAACCATAAGGATCCAAAGGTAGCAAAATTCATTGTCCGCTAAATACGGTCCTGCATGAATAAAGTAACGATTGCGCCACTGTCTCTACAAGTATCTCAGTGAAATTGAATT Tulasnella_violea_2 AACCCCCGACTGTTTACTTAAAACACAGATATCTGCGATGATTAAATTATTTGTATAGATGTCGAATTTTGCCCAATGCCATTAATATAAATGAAAATCTGGTCAATGGCGGTCTTAACTATAAGGATCCAAAGGTAGCAAAATTCATTGTCCGCTAAATACGGTCCTGCATGAATAAAGTAACGATGGGTTCACTGTCTCTACAAGTATCTCAGTGAAATTGAATT Tulasnella_violea_3 AGGCCCCGACTGTTTACTATAAACACAGACACCTGCAACGATGCATTTCTGTGTATAGGTGTTGAATTTTGCCCGATGCCATTAATATAAATGAAGTTCTGGTCAATGGCGGTCTTAACTATAAGGATCCTAAGGTAGCGAAATTTATTGTCCGTTAAATGCGGTCCTGCATGAATAAAGTAACGATGGTCTCACTGTCTCTACAAGTATCTCAGAGAAACTGAATT ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = mtLSU_Tulasnellaceae) = N: 1-227; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = mtLSU_Tulasnellaceae) = N: 1-227; END; [ The following blocks are output data for analysis step 4010 ] BEGIN TREES; TITLE Tb8782; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep4010; TREE Fig._5 = [&R] ((Ramaria_araiospora,Gomphus_floccosus),(((((Cantharellales_ex_Cypripedium_californicum,(Cantharellales_ex_Orchis_militaris,Cantharellales_ex_Cypripedium_calceolus)),(Cantharellales_ex_Cypripedium_montanum,Cantharellales_ex_Cypripedium_macranthon_rebunense)),(Cantharellales_ex_Cypripedium_fasciculatum,Cantharellales_ex_Cypripedium_guttatum)),((Tulasnella_cystidiophora,(((Tulasnella_irregularis,Tulasnella_irregularis_2),((Cantharellales_ex_Neuwiedia_veratrifolia_3,(Cantharellales_ex_Neuwiedia_veratrifolia_2,(Tulasnella_calospora,Cantharellales_ex_Neuwiedia_veratrifolia))),(Tulasnella_pruinosa,(Tulasnella_albida,Tulasnella_violea)))),(Epulorhiza_albertensis,(Tulasnella_violea_2,((Cantharellales_ex_Cypripedium_acaule,Tulasnella_tomaculum),(Tulasnella_eichleriana,Tulasnella_violea_3)))))),(Cantharellales_ex_Neuwiedia_veratrifolia_4,(Cantharellales_ex_Cypripedium_candidum,Cantharellales_ex_Cypripedium_macranthon_rebunense_2)))),(Botryobasidium_subcoronatum,('Ceratobasidium goodyerae-repentis',((Cantharellus_tubaeformis,(Cantharellus_cibarius,(Craterellus_tubaeformis,Cantharellus_cinnabarinus))),(Clavulina_cristata,Tulasnella_deliquescens)))))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr5024] END;