#NEXUS
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TreeBASE (cc) 1994-2008

Study reference:
Cannatella D., Hillis D.M., Chippindale P., Weight L., Rand A., & Ryan M. 1998. Phylogeny
of frogs of the Physalaemus pustulosus species group with an examination
of data incongruence. Systematic Biology, 47(2): 311-335.

TreeBASE Study URI:  http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S394]

[ The following blocks are input data for analysis step 459 ]
BEGIN TAXA;
        TITLE  TaxaForAnalysisStep459;
        DIMENSIONS NTAX=10;
        TAXLABELS
            Physalaemus_caicai
            Physalaemus_cf._freibergi
            Physalaemus_coloradorum
            Physalaemus_enesefae
            Physalaemus_ephippifer
            Physalaemus_petersi
            Physalaemus_pustulatus
            Physalaemus_pustulosus
            Physalaemus_sp._A
            Physalaemus_sp._C
            ;
END;

BEGIN CHARACTERS;
[! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2084]

	TITLE Appendix_12S;
	LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep459;
	DIMENSIONS NCHAR=1214;
	FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -;

MATRIX
[                                     10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220       230       240       250       260       270       280       290       300       310       320       330       340       350       360       370       380       390       400       410       420       430       440       450       460       470       480       490       500       510       520       530       540       550       560       570       580       590       600       610       620       630       640       650       660       670       680       690       700       710       720       730       740       750       760       770       780       790       800       810       820       830       840       850       860       870       880       890       900       910       920       930       940       950       960       970       980       990       1000       1010       1020       1030       1040       1050       1060       1070       1080       1090       1100       1110       1120       1130       1140       1150       1160       1170       1180       1190       1200       1210    ]
[                                      .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .    ]
Physalaemus_caicai            AAAGGTTTGGTCCTAGCCTTGAAATCAATTATTTCTTAACATACACATGCAAGTATTCAGCCCCCTGTTGAAACGCCC-TTAAAT---CCCTATAGGATAAGGAGCTGGTATCAGGCACGAAATTCTGCCCAAAACACCTAGCTATGCCACACCCACAAGGGAACT-CAGCAGTGATTAACATTGAGCATAAGCGATAGCTTGACTCAGTTAAAGAAAAGAGAGCCGGCAAATCTGGTGCCAGCCGCCGCGGTTACACCACGTGACTCAAATTGAACTCAATCGGCGTAAAGCGTGATTAAAGTCCCACAATATTGAAGTTAAACTAGAACTAAGCTGTGACACGCTTGTTCTTAAGAAAATCTTATACGAAAGTTACTCCAACCAAATCCACTTGAATTCACGACAATTAGGACACAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCC-TAATCGTAAACCTTAACTTACACCAATATCGCCGGGGAACTACGAGCAAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTACCCCAAATCCACCTAGAGGAGCCTGTCCTATAACCGATACCCCCCGTTTAACCTCACCATTTTTAGCCT-CTCAGCCTGTATACCTCCGTCGTCAGCTTACCACGTGAGCGAACACTAGTGACGTCAATGTCACTACATCAATACGTCAGGTCAAGGTGCAGTATATAAAATGGGAAGAGATGGGCTACACTTTCTAGTATAGAACATACGAAAGACTATTTATGAAATCTAGTCTAAAGGCGGATTTAGAAGTAAAGAAAAACAAGAGCGTTTTCTTTAACTAGGCACTGGGGTGTGTACACACGCCCGTCACCCTCTTCAAAGCTTATTTATAGTAACTAACCTAACTTTGCTATA-TAGAAGAGGCAAGTCGTAACATGGTAAGTATACCGGAAGTGTGCTTGGAAACGAAACGTAGCTTAACC-AAAGCATCTCGCTTACACCGAGAAAATGTATGTGAAAACCAAACCGATTCGAGCTAAAAATCTAGCCTTATATTTCCCTAATAAAAACCCCTTCTCCCATTATAACCAAATTAAAACATTTTTTAAA-CTTAGTAAAGGAGATTAAAAAGTTTCTTAGAGCTATAATAATTGTACCGCAAGGGAAAGATGAAATAAAAATGAAATAAAATTAAAGCAGTAAAAAGTAGAGCTTTACTCTCGTACCTTTTGCATAATGGTCTAG
Physalaemus_cf._freibergi     AAAGGTTTGGTCCTAGCCTTAAAGTCAATTACTTCTTAATATACACATGCAAGTATCAGCCCTCCTGTGAAAACGCCC-TTATTTTTCCCCATTAGGGATAGGAGCTGGTATCAGGCACAAAATA-TGCCCAAAACACCTAACTACTCCACACCCACAAGGGAACT-CAGCAGTGATTAACATTAAATATAAGCGCCAGCTTGATTTAGTTAAAGAAAACAGAGCCGGCAAATCTGGTGCCAGCCGCCGCGGTTACACCAAGTGACTCAAATTGACCTACATCGGCGTAAAGCGTGATTTAAGAGTCTTTAAATTGAAATTAAATTACAATTAAGCTGTAACACGCTTGTTTGTAAGAAAACCTGATACGAAAGTTACTTCAACTTGATCTACTTGAATTCACGACAATTAGGACACAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCC-TAATCGTAAACTTTAATTTACACTAATATCGCCAGGGAACTACGAGCAAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTACCCCAAATCCACCTAGAGGAGCCTGTCCTATAATCGATAACCCCCGTTAAACCTCACCACTTCTAGCTTA-TCAGCCTGTATACCTCCGTCGTCAGCTTACCTCGTGAGCGAATCATAGTGAGCCTAATGCTTATTCACCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCATATGAAGCGGGAAGAGATGGGCTACACTTTCTAACTTAGAACATACGAAAAATTATTTATGAAAACTAATTTGAAGGCGGATTTAGAAGTAAAAAGAAATCAGTGTATTCTTTTTAACCTGGCACTGGGGTGTGTACACACGCCCGTCGCCCTCTTCAAAGCTCAATTATAGTATTTAACTAAA-TCTGCTATTCAGA-AGAGGCAAGTCGTAACATGGTAAGTGTACCGGAAGTGTGCTTGGAAACAAAACGTAGCTTAA-TTAAAAGCATCTGCTTACACCAAGAAAATGTATGTGAAAACCAAACCGTCTTGAGCTAAAAATTTAGCCTTACTCTACAATTATACTCATTCTATTTTAC---TTACACAAAATAAAACATTCTTTAAA-CTTAGTAAAGGAGATAAAAAAGTTTTTTAGAGCTATATTATAAGTACCGCAAGGGAAAAATGAAATAAAAATGAAATAAAATTAAAGCATAATATAGTAGAGATTCCCCCTCGTACCTTTTGCATCATGGTCTAG
Physalaemus_coloradorum       AAAGGTTTGGTCCTAGCCTTTAAGTCAATTACTTCTTAATATACACATGCAAGTATCCGCCCCCCTGTGAAAACGCCC-TTAAAT---CCCAATAGGATAAGGAGCTGGTATCAGGCACGAAATTCTGCCCAAGACACCTAGCTATGCCACACCCACAAGGGAACTTCAGCAGTGATTAACATTGAACATAAGCGACACGTTGACTCAGTTAAAGAAAAGAGAGCCGGCAAATCTGGTGCCAGCCGCCGCGGTTACACCACGTGACTCAAATTGACCTTAGTCGGCGTAAAGCGTGATTAAAGTTTAAACAAATTAAAGTTAAACTAAAATTAAGCTGTGACACGCTTATTTTAAGGAAAACCTGAAACGAAAGTTACTTTAACTTAATCTACTTGAACTCACGACAATTAGGACACAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCC-TAATCGTAAACCTTAACTTACATTATCATCGCCAGGGAACTACGAGCAAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTACCCCAAATCCACCTAGAGGAGCCTGTCCTATAACCGATACCCCCCGTTTAACCTCACCACTTTTAGCCT-CTCAGCCTGTATACCTCCGTCGTCAGCTTACCACGTGAGCGAACACTAGTGAGCCTAATGCCCACACGCCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCATATGAAGTGGAAAGAGATGGGCTACACTTTCTAATATAGAACACACGAAAGACTACCTATGAAACCTAGTCTGAAGGCGGATTTAGAAGTAAAAAAAAACAAGAGCGTTTTCTTTAACTAGGCACTGGGGTGTGTACACACGCCCGTCACCCTCTTCAAAGCTTACTTATAGTAACTAGCCTAAATTTGCTAAACAGA-AGAGGCAAGTCGTAACATGGTAAGTATACCGGAAGTGTGCTTGGAAACGAAACGTAGCTTAAC-TAAGGCATCTCGCTTACACCGAGAAAATGTGTGTGAAAACCAAACCGATTCGAGCTAAAAATATAGCCTTATATAATCCTAATGTAAAACCCCTTTTAC---ACAATTAAATTAAAACATTTTATAAAACTTAGTAGGGGAGGTTAAAAAGTTTCTTAGAGCTATAACAATAGTACCGCAAGGGATGTGTGAAATAAAAATGAAATAAAACTCAAGCAATAAAAAGTAAACCTTAACCCTTGTACCTTTTGCATCATGGTCTAG
Physalaemus_enesefae          AAAGGTTTGGTCCTAGCCTTTAAATCAATTATTACTTAATTTACACATGCAAGTATCCGCACCCCTGTGAAAACGCCCTTTATTTT--CTC-ACGAAACAAGGAGCTGGTATCAGGCCCGAATTTCTGCCCAAGACACCTAGCTATGCCACACCCACAAGGGAACC-CAGCAGTGATTAACATTAAACATAAGCGACACGTTGACTTAGTTAAAGTAAAGAGAACCGGCTAATCTGGTGCCAGCCGCCGCGGTTACACCAGATGGTTCAAATTGATTCTTATAGGCGTAAAGCGTGATTAAAGTATTATATAATTGTAGTTGAACATAAATTAAGCTGTAACACGCTTATTTATTTGAAAACCATAAACGAAAGTTACTTCAATTAACCCAACTTGAACTCACGACAGTTAGGACACAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCCTTAACCGTAAACTTTAACTTACTCTTTAATCGCCAGGGAACTACGAGCAAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTACCCCATATCCACCTAGAGGAGCCTGTCCTGTAATCGATACTCCCCGCTTAACCTAACCACCTTTAGC-TACTCAGCCTGTATACCTCCGTCGTCAGCTTACCACGTGAGCGAACATTAGTGACGTTAATGTCTTTACATCAATACGTCAGGTCAAGGTGCAGCATATAAGGTGAGAAGAGATGGGCTACACTCTCTAAAATAGAATAAACGAAAAACTACTTATGAAATCTAGTTTGAAGGCGGATTTAGAAGAAAGAGAAACAAGAATTGTTCTCTTTAACTTGGCACTGGGGTGTGTACACACGCCCGTCACCCTCTTCAAAGCTACTTTTAAGTTCTTAACTAAATTTTGCATCTATAGAAGAGGCAAGTCGTAACATGGTAAGTATACCGGAAGTGTGCTTGGAAACGAAACGTAGCTTAAATTAAAGCATTTCGCTTACACCGAAAAAATATCTGTGAAAACCTGTCGTTTCGAGTCAAAAAATTTAGCCCACATTTA--CTTATATTAACCAATTTTTAT---ATACTTCAATTAAATCATTTTATCTG-CCT-GTAAAGGAGATTGAAAGGCCTACAGGAGCTATAAACCTAGTACCGCAAGGGAATAATGAAATAAAAATGAAAAAC--TTTAAGCATATTATAGTAGAGATTAATTCTCGTACCTTTTGCATAATGGTCTAG
Physalaemus_ephippifer        AAAGGTTTGGTCCTAGCCTTGAAATCAATTATTACTTAATATACACATGCAAGTATCCGCACCCCTGTGAAAACGCCCTTTACT--CCCCC-ACGGGACAAGGAGCTGGTATCAGGCCCGAAATTCTGCCCAAGACACCTAGCTATGCCACACCCACAAGGGAACT-CAGCAGTGATTAACATTAAACATAAGCGACACGTTGACTTAGTTAAAGTAAAGAGAACCGGCTAATCTGGTGCCAGCCGCCGCGGTTACACCAAGTGGTTCAAATTGATTCTTTTCGGCGTAAAGCGTGATTAAAGTATTATATAATTGCAGTTGAACATAAATTAAGCTGTGACACGCTTATTTATCTGAAAACCATAAACGAAAGTTACTTCAATTAACCCCACTTGAACTCACGACAGTTAGGACACAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCCTTAACCGTAAACTTTAACTTACTCTTTTATCGCCAGGGAACTACGAGCAAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTACCCCACATCCACCTAGAGGAGCCTGTCCTATAATCGATAATCCCCGCTTAACCTCACCACCTTTAGC-TACTCAGCCTGTATACCTCCGTCGTCAGCTTACCACGTGAGCGAACATTAGTGAGCTTAATGTCTTTACATCAATACGTCAGGTCAAGGTGCAGCATATGAGGTGAGAAGAGATGGGCTACACTTTCTAAATTAGAAAATACGAAAAACTACCCATGAAACTTAGTTTGAAGGCGGATTTAGAAGTAAAGAGAAATAAGAGTGTTCTCTTTAACTTGGCACTGGGGTGTGTACACACGCCCGTCACCCTCTTCAAAGCTAATTTTAAGTTTTTAACTATTTTATGCAACAATAGAAGAGGCAAGTCGTAACACGGTAAGTATACCGGAAGTGTGCTTGGAAACGAAACGTAGCTTAACTTAAAGCATTCCGCTTACACCGAAAAAATATCCGTGAAAACCCGATCGTTTCGAGCAAAATATTTAGCCCATACAAC--CATATGAAAACCAATTTTTTA---AACTTTTAATTAAATCATTCTATTAG-CCTAGTAAAGGGGATTAAAAAGCCTGTAGGAGCTATAAATCTAGTACCGCAAGGGAATAATGAAATAAAAATGAAAAAC--CTTAAGCACGATAAAGTAAAGATTAACTCTTGTACCTTTTGCATAATGGTCTAG
Physalaemus_petersi           AAAGGTTTGGTCCTAGCCTTAAAGTCAATTATTTCTTAATATACACATGCAAGTATCAGCCCTCCTGTGAAAACGCCC-TTAATTTTCCCCATTAGGATAAGGAGCTGGTATCAGGCACAAAATA-TGCCCAAAACACCTAGCTATGCCACACCCACAAGGGAACT-CAGCAGTGATTAACATTAAACATAAGCGCCAGCTTGATTTAGTTAAAGAAAATAGAGCCGGCAAATCTGGTGCCAGCCGCCGCGGTTACACCACGTGACTCAAATTGATTTATATCGGCGTAAAGCGTGATTTAAGAGTATTAAGATTGAAATTAAATTTTAATTAAGCTGTAACACGCTTGTTTTTAAGAAAACCAAACACGAAAGTTATTTCAATTATCTCCACTTGAATTCACGACAATTAGGATACAGACTGGGATTAGATACCCCACTATGCC-TAATCGTAAACTTTAATTTACACTAACATCGCCAGGGAACTACGAGCAAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTACCCCAAATCCACCTAGAGGAGCCTGTCCTATAATCGATAACCCCCGTTAAACCTCACCACTTCTAGCTTA-TCAGCCTGTATACCTCCGTCGTCAGCTTACCTCGTGAGCGAATCATAGTGAGCCTAATGCTTATACACCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGTATATGAAGTGGGAAGAGATGGGCTACACTTTCTAATTTAGAACATACGAAAAATTATTTATGAAAACTAATTTGAAGGCGGATTTAGAAGTAGAAAGAAATTAGTGTATTCTTTTTAACCCGGCACTGGGGTGTGTACACACGCCCGTCACCCTCTTCAAGGCCTATTTATAGTATTTAACTAAA-TTTGCTATTCAGA-AGAGGCAAGTCGTAACATGGTAAGTGTACCGGAAGTGTGCTTGGAAACAAAACGTAGCTTAA-TTAAAGCATCTTGCTTACACCAAGAAAATGTATGTGAAAACCATACCGTCTTGAGCTAAAAACTTAGCCTTACCCTACAATTATATTTACCCTATTTTAC---TTACACAAAATAAAACATTCTTTAAG-CTTAGTAAAGGAGATAAAAAAGTTTTTTAGAGCTATAAAATAAGTACCGCAAGGGAAAAATGAAATAAAAATGAAACAAAATTCAAGCATAATATAGTAGAGTTTTCCCCTCGTACCTTTTGCATAATGGTCTAG
Physalaemus_pustulatus        AAAGGTTTGGTCCTAGCCTTGAAGTCAATTACTTCTTAATATACACATGCAAGTATACGCTCCCCTGTGAAAACGCCC-TTAAAT---CCCTATAGGATAAGGAGCTGGTATCAGGCACGAAACTCTGCCCAAAACACCTAGCTATGCCACACCCACAAGGGAATT-CAGCAGTGATTAACATTGAACATAAGCGACAGCTTGACTCAGTTAAAGAAGAGAGAGCCGGCAAATCTGGTGCCAGCCGCCGCGGTTACACCACGTGACTCAAATTGACCTCTATCGGCGTAAAGCGTGATTAAAGTTTAAATAAATTGAAGTTGAACTAAAATTAAGCTGTGACACGCTTATTTTAAAGAAAACCTAATACGAAAGTTACTTTAACTAAATCTACTTGAACTCACGACAATTAGGATACAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCC-TAATCGTAAACCTTAATTTACATAAATATCGCCAGGGAACTACGAGCAAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTACCCCAAATCCACCTAGAGGAGCCTGTCCTATAACCGATACCCCCCGTTTAACCTCACCATTTTTAGCTT-CTCAGCCTGTATACCTCCGTCGTCAGCTTACCACGTGAGCGAACACTAGTGAGCCTAATGCCCTTACACCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCATATGAAATGGAAAGAGATGGGCTACACTTTCTAGCATAGAACATACGAAAGACTATTTATGAAATCTAGTCTAAAGGCGGATTTAGAAGTAAAAAAAAACAAGAGCGTTTTTTTTAACTTGGCACTGGGGTGTGTACACACGCCCGTCACCCTCTTCAAAGCTTACTTACAGTAATTAACCAAAATTTGCTGGA-TAGAAGAGGCAAGTCGTAACATGGTAAGTATACCGGAAGTGTGCTTGGAAACAAAATGTAGCTTAAC-TAAAGCACCTTGCTTACACCGAGAAAATGTATGTGAAAACCAAACCGATTCGAGCTAAAAAGATAGCCTTATTATCACCTAATGCATTAACCTTCATAT---ATAATTCAATTAAAACATTTTTTTGA-CCTAGTAAAGGAGATTAAAAAGTTTCTTAGAGCTATAATAATAGTACCGCAAGGGAAATATGAAATAAAAATGAAATAAAACTCAAGCAATAAAAAGTAAAGTTCAACCCTTGTACCTTTTGCATCATGGTCTAG
Physalaemus_pustulosus        AAAGGTTTGGTCCTAGCCTTAAAATCAATTATTTCTTAATATATACATGCAAGTCTCAGCCCCCCTGTGAAAACGCCC-TTAAATA--CCCTCTAGGATAAGGAGCTGGTATCAGGCACGAAATTCTGCCCAAAACACCTAGCTATGCCACACCCACAAGGGAATT-CAGCAGTAATTAACATTGAATATAAGCGCCAGCTTGATTCAGTTAAAGAAAATAGAGCCGGCTAATCTGGTGCCAGCCGCCGCGGTTACACCACGTGACTCAAATTGATTTCATTCGGCGTAAAGCGTGATTTAAGCACTAAAAAATTAAAGTTAAACTTAAACTAAGCTGTGACACGCTTCTTTTTAAGAAAACCTAATACGAAAGTTACTTTAATTATTACCACTTGAATTCACGACAATTAGAACACAAACTGGGATTAGATACCCCACTATTGC-TAATCGTAAACTTTAACGGACACCTTGCTCGCCCGGGAACTACGAGCAAAGGTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTACCCCAAATCCACCTAGAGGAGCCTGTCCTATAATCGATAACCCCCGTTTAACCTCACCACCCCTAG-TTACTCAGCCTGTATACCTCCGTCGTCAGTTTACCACGTGAGCGAGCTATAGTGAGCTTAATGTCATTACATCAATACGTCAGGTCAAGGTGCAGCACATGAGGTGGGAAGAGATGGGCTACACTTTCTATACTAGAATATACGAAAAATTACCTATGAAAATAAATTTGAAGGCGGATTTAGAAGTAAAGAAAAACAAGAGCGTTTTCTTTAACTACCCACTGGGGTGTGTACACACGCCCGTCACCCTCTTCAAAGCTAACTTATAGTATATAACTACATCCTGCTATTCAGACAGAGGCAAGTCGTAACATGGTAAGTATACCGGAAGTGTGCTTGGAAACAAAATGTAGCTTAAC-TAAAGCACCTTGCTTACACCGAGAAAATGTGTGTGAAAACCAAATCATTTTGAGCCAAAGATATAGCCCTATTAAATTTAATAAAAACACTCTTATATA---TTTATT-AATTAAAGCATTTACCTAA-CTTAGTATAGGAGATAAAAAAGTTTTTTAGCGCAATAAAC-AAGTACCGCAAGGGAAATATGAAATAGAAATGAAATAAAAATTAAGCATAAAATAGCAGAGCCTTACCCTCGTACATTTTGCATAATGGTCTAG
Physalaemus_sp._A             AAAGGTTTGGTCCTAGCCTTGAAATCAATTATTACTTAATATACACATGCAAGTATCCGCACCCCTGTGAAAACGCCCTTTACT--CCCCC-ACGGGACAAGGAGCTGGTATCAGGCCCGAAATCCTGCCCAAGACACCTAGCTATGCCACACCCACAAGGGAACT-CAGCAGTGATTAACATTAAGTATAAGCGACACGTTGACTTAGTCAAAGTAAAGAGAACCGGCTAATCTGGTGCCAGCCGCCGCGGTTACACCAAGTGGTTCAAATTGATTCTTATCGGCGTAAAGCGTGATTAAAGTATTATATAATTGCAGTTGAACATAAATTAAGCTGTGACACGCTTATTTATCTGAAAACCATAAACGAAAGTTACTTCAATTAACCCCACTTGAACTCACGACAGTTAGGACACAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCCTTAACCGTAAACTTTAACTTACTCTTTAATCGCCAGGGAACTACGAGCAAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTACCCCACATCCACCTAGAGGAGCCTGTCCTATAATCGATAATCCCCGCTTAACCTCACCACCTTTAGC-TACTCAGCCTGTATACCTCCGTCGTCAGCTTACCACGTGAGCGAACATTAGTGAGCTTAATGTCTTTACATCAATACGTCAGGTCAAGGTGCAGCATATGAGGTGAGAAGAGATGGGCTACACTTTCTAAATTAGAAAATACGAAAAACTACTCATGAAACTTAGTTTGCAGGCGGATTTAGAAGTAAAGAGAAATAAGAGAGTTCTCTTTAACTTGGCACTGGGGTGTGTACACACGCCCGTCACCCTCTTCAAAGCTAATTTTAAGTTTTTAACTATTTAATGCAATAATAGAAGAGGCAAGTCGTAACATGGTAAGTATACCGGAAGTGTGCTTGGAAACGAAACGTAGCTTAACCTAAAGCATTTCGCTTACACCGAAAAAATATCTGTGAAAACCCGATCGTTTCGAGCAAAATATTTAGCCCTCATTAA--CCTATGAAGACCAATTTTTTA---AAATTTTAATTAAATCATTCTATTAG-CCTAGTAAAGGGGATTAAAAAGCCTGTAGGAGCTATAAATCTAGTACCGCAAGGGAATAATGAAATAAAAATGAAAAAC--CTTAAGCACAATAAAGTAAAGATCAACTCTTGTACCTTTTGCATCATGGTCTAG
Physalaemus_sp._C             AAAGGTTTGGTCCTAGCCTTGAAATCAATTATTTCTTAATATACACATGCAAGTATCCGCTACCCTGTGAAAACGCCC-TTAAAA---CCCTATAGGATAAGGAGCTGGTATCAGGCACGAAATTCTGCCCAAAACACCTAGCTATGCCACACCCACAAGGGAACT-CAGCAGTGATTAATATTGAGCATAAGCGTCAGCTTGACTCAGTTAAAGAAAAGAGAGCCGGCAAATCTGGTGCCAGCCGCCGCGGTTACACCACGTGACTCAAATTGAATTCAATCGGCGTAAAGCGTGATTAAAGTCTCATGACATTGAAGTTAAACTAGAACTAGGCCGTGACACGCTTGTTCTTAAGAAAACCTGATACGAAAGTTACTTCAACTTGATCTACTTGAATTCACGACAATTAGGACACAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCC-TAATCGTAAACCTTAATTTACACTAACATCGCCAGGGAACTACGAGCAAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTACCCCAAATCCACCTAGAGGAGCCTGTCCTATAATCGATACCCCCCGTTTAACCTCACCATTTTTAGCCTA-TCAGCCTGTATACCTCCGTCGTCAGCTTACCACGTGAGCGAACATAAGTGACGTTAATGCCATTACACCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGTATATAAAATGGGAAGAGATGGGCTACACTCTCTAATATAGAACATACGAAAGACTATTTATGAAATCTAGTCCAAAGGCGGATTTAGAAGTAAAGAAAAACAAGAGCGTTTTCTTTAACAAGGCACTGGGGTGTGTACACACGCCCGTGACCCTCTTCAAAGCTTATTTTTAGTAATTAACTTAACCTTGCTACA-TAGAAGAGGCAAGTCGTAACATGGTAAGTATACCGGAAGTGTGCTTGGAAACGAAGCGATACGTTAACCAAAGCATCTCGCTTACACCGAGAAAATGTGTGTGAAAATCAAACCGATTCGAGCTAAAAATCTAGCCTTACTCCCTTCTAATGAAAAATTCTTCTTTTCCCATAAACAA-CTAAAACATTTTTTAAA-CCTAGTAAAGGAGATTAAAAAGTTTTTCAGAGCTATAATAATTGTACCGCAAGGGATAGATGAAATAAAAATGAAACAAAATTAAAGCAATAAAAAGTAGAGCCTTACCCTCGTACCTTTTGCATCATGGTCTAG
;
END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
	WTSET * dcc = 1000: 1-1214 ;
	WTSET  dcc = 1000: 1-1214 ;
END;
[ The following blocks are output data for analysis step 459 ]
BEGIN TREES;
      TITLE Tb5239;
      LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep459;
      TREE Fig._1_12S = [&R] (((Physalaemus_sp._A,Physalaemus_ephippifer),Physalaemus_enesefae),((Physalaemus_pustulosus,(Physalaemus_petersi,Physalaemus_cf._freibergi)),((Physalaemus_coloradorum,Physalaemus_pustulatus),(Physalaemus_caicai,Physalaemus_sp._C))));
[!  TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr3346]


END;