#NEXUS
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TreeBASE (cc) 1994-2008

Study reference:
Cannatella D., Hillis D.M., Chippindale P., Weight L., Rand A., & Ryan M. 1998. Phylogeny
of frogs of the Physalaemus pustulosus species group with an examination
of data incongruence. Systematic Biology, 47(2): 311-335.

TreeBASE Study URI:  http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S394]

[ The following blocks are input data for analysis step 462 ]
BEGIN TAXA;
        TITLE  TaxaForAnalysisStep462;
        DIMENSIONS NTAX=10;
        TAXLABELS
            Physalaemus_caicai
            Physalaemus_cf._freibergi
            Physalaemus_coloradorum
            Physalaemus_enesefae
            Physalaemus_ephippifer
            Physalaemus_petersi
            Physalaemus_pustulatus
            Physalaemus_pustulosus
            Physalaemus_sp._A
            Physalaemus_sp._C
            ;
END;

BEGIN CHARACTERS;
[! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2080]

	TITLE Appendix_COI;
	LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep462;
	DIMENSIONS NCHAR=543;
	FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -;

MATRIX
[                                     10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220       230       240       250       260       270       280       290       300       310       320       330       340       350       360       370       380       390       400       410       420       430       440       450       460       470       480       490       500       510       520       530       540      ]
[                                      .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .      ]
Physalaemus_caicai            CACCCAGAAGTCTATATTCTTATTTTACCCGGCTTCGGAATTATCTCTCATATTGTAACCTATTATTCAAGTAAAAAAGAACCTTTGGGCTACATGGGTATGGTCTGAGCAATAATATCTATTGGTCTTTTAGGCTTCATTGTTTGAGCACATCATATATTTACAACGGACCTTAACGTGGATACACGAGCCTACTTCACCTCAGCAACAATAATTATTGCCATTCCTACCGGTGTAAAAGTCTTTAGCTGATTAGCCACTATACATGGGGGAATTATTAAATGACACGCCGCAATACTGTGAGCTTTAGGATTTATTTTTCTATTTACTGTGGGAGGACTCACAGGCATCGTTCTCGCCAACTCCTCCCTTGACATTGTTCTTCATGACACCTATTACGTAGTAGCTCACTTTCACTATGTTTTATCCATGGGAACTGTATTTGCTATTATAGCTGGCTTTATTCACTGATTTCCACTATTTACTGGATATACACTTCATGAAACCTGAACAAAAATTCACTTTGGTATTATATTTTCAGGA
Physalaemus_cf._freibergi     CACCCAGAAGTATATATTTTAATTCTCCCCGGCTTCGGTATTATTTCCCATGTTGTCACTTATTACTCAAGTAAAAAAGAACCTTTTGGTTATATAGGAATGGTTTGAGCAATAATATCTATCGGGTTATTGGGTTTCATTGTATGAGCCCATCACATATTTACCACAGACTTAAATGTAGATACACGAGCCTATTTTACT?????????????????????????????????GTAAAAGTTTTTAGCTGATTAGCTACTATACATGGGGGAATTATTAAGTGACACGCCGCCATACTTTGAGCCTTAGGATTTATTTTCTTGTTTACAGTAGGCGGACTAACAGGTATTGTTCTTGCTAACTCCTCTCTTGATATTGTACTTCATGATACTTATTACGTTGTAGCTCATTTTCACTACGTACTATCAATAGGAGCCGTATTTGCTATTATAGCAGGATTTGTTCATTGATTTCCTTTATTTTCTGGTTATACCCTTCATGAAACTTGAACAAAAATTCACTTTGGGGTGATGTTCGCAGGG
Physalaemus_coloradorum       CATCCAGAAGTTTATATCCTTATTCTCCCCGGTTTGGGCATTATCTCCCACATTGTAACATATTACTCAAGTAAAAAAGAACCTTTCGGATATATGGGAATAGTATGAGCAATAATATCTATTGGCTTACTTGG{CT}TTTATTGTCTGAGCACACCATATGTTTACAACAGACCTAAATGTAGACACACGAGCCTATTTTACCTCAGCAACAATAATTATTGCCATTCCCACAGGTGTAAAAGTATTTAGTTGATTAGCTACTATGCACGGAGGAATTATTAAATGACACGCCGCAATACTATGAGCTCTCGGATTTATTTTTCTATTTACAGTAGGCGGACTGACGGGCATTGTTCTTGCCAATTCTTCTCTAGATATTGTTCTTCATGACACCTATTATGTGGTAGCTCACTTTCACTATGTCTTATCAATAGGG?CTGTATTTGCTATTATAGCGGGCTTTGTTCACTGATTCCCCTTATTTACCGGATATACTCTTCATGAGACTTGAACTAAAATTCACTTTGGAGTAA-----------
Physalaemus_enesefae          CATCCTGAAGTTTACATCCTTATTCTACCAGGCTTCGGCATTATCTCTCACATTGTCACTTATTATTCAAGTAAAAAGGAACCGTTTGGCTACATGGGAATAGTTTGAGCCATAATATCAATTGGCTTATTAGGTTTTATCGTTTGAGCTCATCATATATTTACAACTGACTTAAACGTAGATACCCGAGCTTATTTTACATCAGCAACAATAATTATTGCAATCCCAACCGGAGTAAAAGTATTTAGCTGATTAGCTACAATGCATGGAGGTATTATTAAATGACATGCAGCTATGTTATGGGCTTTGGGGTTTATTTTCCTTTTTACAGTTGGAGGATTAACAGGAATTGTTCTAGCCAACTCATCTCTTGATATTGTTCTTCATGATACTTATTACGTAGTAGCCCACTTCCATTATGTTTTATCTATAGGAGCTGTTTTTGCAATTATAGCAGGTTTTGTGCACTGATTCCCTCTTTTTACTGGTTATACTCTTCACGAAACTTGAACAAAAATTCACTTTGGAGCAATATTTGCTGGG
Physalaemus_ephippifer        CACCCTGAAGTTTATATCCTTATTCTTCCAGGTTTTGGAATTATTTCTCATATCGTAACCTATTATTCAAGTAAAAAAGAACCATTCGGATATATGGGTATAGTGTGAGCTATAATATCTATTGGTTTATTAGGATTTATTGTATGAGCGCATCATATATTCACAACTGATTTAAATGTAGATACACGTGCCTATTTTACATCAGCAACAATAATTATTGCCATTCCAACTGGGGTTAAAGTCTTTAGTTGATTAGCTACTATGCATGGAGGAATTATTAAATGACATGCCGCTATATTATGAGCTTTAGGATTTATTTTCCTCTTTACAGTTGGTGGGTTAACAGGAATTGTTCTAGCTAATTCATCTCTTGATATTGTTCTTCATGATACTTATTATGTAGTAGCACATTTCCATTATGTTTTATCTATGGGAGCTGTCTTTGCAATTATAGCAGGCTTTGTACACTGATTTCCTTTATTTACTGGGTATACACTCCACGAAACTTGAACAAAGATTCACTTTGGAGTAATATTT?CTGGT
Physalaemus_petersi           CATCCAGAAGTTTACATCTTAATTCTCCCTGGGTTTGGTATTATTTCCCATGTTGTCACTTATTATTCAAGCAAAAAAGAACCTTTTGGTTATATAGGTATAGTATGAGCAATAATATCAATTGGATTACTTGGTTTTATTGTATGAGCACATCATATATTTACTACAGATTTAAATGTAGATACACGAGCCTATTTTACTTCAGCAACAATAATTATTGCTATTCCAACTGGTGTTAAAGTTTTTAGCTGATTAGCTACTATACACGGGGGAATTATTAAATGACACGCCGCTATACTATGAGCCCTAGGATTCATTTTCTTGTTTACAGTGGGCGGA?TAACAGGTATTGTTCTTGCTAATTCTTCACTGGATATTGTTCTTCATGATAC?TATTATGTTGTAGCTCATTTTCACTACGTGTTATCAATAGGAGCCGTATTTGCTATTATAGCAGGATTTGTTCATTGATTTCCTTTATTTACTGGTTAT?CCCTTCATGAAAC?TGAACCAAAATCCATTTTGGAGTAATGTTTGCAGGA
Physalaemus_pustulatus        CACCCAGAAGTTTACATTCTCATTCTCCCGGGATTTGGTATTATTTCTCACATTGTAACATATTATTCAAGCAAAAAAGAACCTTTTGGTTACATAGGAATAGTTTGAGCAATAATATCTATTGGTTTACTTGGTTTTATCGTTTGAGCACACCATATGTTTACAACAGACCTAAATGTAGATACACGAGCTTATTTCACCTCAGCAACAATAATTATTGCTATCCCCACGGGCGTAAAAGTATTTAGTTGATTAGCTACTATGCATGGGGGAATTATTAAATGACACGCCGCAATACTATGAGCTTTGGGGTTCATCTTTTTATTTACAGTGGGGGGATTAACAGGCATTGTTCTTGCCAACTCTTCCCTAGATATTGTTCTTCATGACACTTACTATGTAGTAGCTCATTTTCACTATGTTTTATCCATGGGGGCTGTATTTACCATTATAGCAGGCTTTATCCATTGATTCCCTTTATTTACTGGATATACTCTTCATGAGACGTGAACAAAAATCCACTTCGGAGTAATATTTTTTGGA
Physalaemus_pustulosus        CACCCAGAAGTTTATATTTTAATTCTCCCAGGATTTGGAATTATTTCCCATATTGTTACATACTACTCAAGTAAAAAGGAACCTTTTGGTTATATAGGCATAGTTTGAGCTATAATATCAATTGGCCTACTTGGCTTTATCGTTTGAGCTCATCATATGTTTACAACTGATCTGAACGTAGACACACGAGCTTATTTTACTTCTGCAACAATAATCATCGCAATTCCAACCGGCGTAAAAGTCTTTAGTTGATTAGCAACTATACATGGGGGTATTATTAAATGACATGCCGCTATATTATGAGCCTTAGGCTTTATTTTCTTATTTACTGTAGGGGGACTAACAGGCATTGTTCTCGCTAATTCATCTCTAGACATTGTATTACATGATACATATTATGTTGTAGCCCACTTTCATTATGTTTTGTCTATAGGGGCTGTATTTGCTATTATGGCAGGATTTGTTCATTGATTTCCCCTATTTACAGGTTACTCTCTTCACGAGACTTGAACAAAAATTCATTTTGGTGTAATATTTGCAGGT
Physalaemus_sp._A             CACCCTGAAGTTTATATTCTAATTCTTCCAGGTTTTGG?ATTATTTCTCATATTGTAACCTATTATTCGAGTAAAAAAGAACCATTTGGATATATGGGAATAGTGTGAGCTATAATGTCAATTGGCTTATTAGGCTTTATTGTATGAGCCCATCATATATTTACAACTGACTTAAATGTAGATACACGTGCCTATTTTACATCAGCAACAATAATTATTGCCATTCCAACTGGAGTCAAAGTCTTTAGCTGATTAGCTACTATGCACGGAGGTATTATTAAATGACATGCCGCTATATTATGGGCTTTAGGGTTTATTTTCCTTTTTACAGTTGGTGGATTAACAGGAATTGTTTTAGCTAACTCATCTCTTGATATTGTTCTTCATGACACTTATTATGTAGTAGCACATTTCCACTATGTTTTATCTATAGGAGCTGTTTTTGCTATTATGGCAGGCTTTGTACACTGATTTCCTCTATTTACTGGATATACACTCCACGAAACTTGAACAAAGATTCACTTTGGTGTAATATTTGCTGGT
Physalaemus_sp._C             CACCCAGAAGTCTATATTCTTATCTTACCCGGTTTCGGCATTATTTCCCATATCGTAACTTATTATTCCAACAAAAAAGAACCTTTTGGATATATGGGCATGGTTTGAGCAATGATGTCTATTGGCCTTCTAGGCTTTATTGTTTGAGCACATCACATGTTCACAACAGACCTAAACGTGGATACACGAGCTTATTTCACCTCCGCAACAATAATTATTGCTATCCCCACTGGTGTTAAAGTATTTAGTTGATTAGCTACTATGCACGGAGGAATTATTAAATGACACGCCGCAATATTATGAGCTCTAGGATTTATTTTTCTATTTACTGTTGGAGGACTCACAGGCATTGTTCTTGCCAACTCCTCTCTAGATATTGTCCTTCATGACACCTACTATGTAGTAGCTCATTTTCACTATGTTTTATCTATGGGAGCTGTCTTTGCTATTATAGCCGGTTTTGTACACTGATTTCCTTTATTTACCGGATATACACTTCATGAAACCTGAACAAAAATCCACTTCGGAGTTATGTTC??????
;
END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
	WTSET * dcc = 1000: 1-543 ;
	WTSET  dcc = 1000: 1-543 ;
END;
[ The following blocks are output data for analysis step 462 ]
BEGIN TREES;
      TITLE Tb5242;
      LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep462;
      TREE Fig._1_COI = [&R] (((Physalaemus_sp._A,Physalaemus_ephippifer),Physalaemus_enesefae),(Physalaemus_pustulosus,((Physalaemus_petersi,Physalaemus_cf._freibergi),(Physalaemus_coloradorum,Physalaemus_pustulatus,(Physalaemus_caicai,Physalaemus_sp._C)))));
[!  TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr3343]


END;