#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on June 13, 2026; 22:18 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Cannatella D., Hillis D.M., Chippindale P., Weight L., Rand A., & Ryan M. 1998. Phylogeny of frogs of the Physalaemus pustulosus species group with an examination of data incongruence. Systematic Biology, 47(2): 311-335. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S394] [ The following blocks are input data for analysis step 463 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep463; DIMENSIONS NTAX=10; TAXLABELS Physalaemus_caicai Physalaemus_cf._freibergi Physalaemus_coloradorum Physalaemus_enesefae Physalaemus_ephippifer Physalaemus_petersi Physalaemus_pustulatus Physalaemus_pustulosus Physalaemus_sp._A Physalaemus_sp._C ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2082] TITLE Appendix_morph; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep463; DIMENSIONS NCHAR=12; FORMAT DATATYPE=Standard SYMBOLS= "0 1 2" MISSING=? 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Physalaemus_coloradorum 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Physalaemus_ephippifer 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Physalaemus_petersi 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Physalaemus_pustulatus 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2085] TITLE Appendix_Allo; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep463; DIMENSIONS NCHAR=27; FORMAT DATATYPE=Standard SYMBOLS= "0 1 2 3 4 5 6 7 8 9" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 ] [ . . ] Physalaemus_caicai 451441200071101525625127766 Physalaemus_cf._freibergi 221330002041101331413314433 Physalaemus_coloradorum 463322003061401623226138877 Physalaemus_enesefae 671251102171111726226221119 Physalaemus_ephippifer 21122010012111421?3?7242211 Physalaemus_petersi 221230102031105341413323322 Physalaemus_pustulatus 343321114060306324234336655 Physalaemus_pustulosus 531511101051207432121525544 Physalaemus_sp._A 13111010011111112?5?1101111 Physalaemus_sp._C 4423210000811018277?8429968 ; END; BEGIN SETS; CHARSET POLYLOCI (CHARACTERS = Appendix_Allo) = 1-5 8 11 13 15-22 24-27; CHARSET monoloci (CHARACTERS = Appendix_Allo) = 6-7 9-10 12 14 23; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2080] TITLE Appendix_COI; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep463; DIMENSIONS NCHAR=543; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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CATCCAGAAGTTTATATCCTTATTCTCCCCGGTTTGGGCATTATCTCCCACATTGTAACATATTACTCAAGTAAAAAAGAACCTTTCGGATATATGGGAATAGTATGAGCAATAATATCTATTGGCTTACTTGG{CT}TTTATTGTCTGAGCACACCATATGTTTACAACAGACCTAAATGTAGACACACGAGCCTATTTTACCTCAGCAACAATAATTATTGCCATTCCCACAGGTGTAAAAGTATTTAGTTGATTAGCTACTATGCACGGAGGAATTATTAAATGACACGCCGCAATACTATGAGCTCTCGGATTTATTTTTCTATTTACAGTAGGCGGACTGACGGGCATTGTTCTTGCCAATTCTTCTCTAGATATTGTTCTTCATGACACCTATTATGTGGTAGCTCACTTTCACTATGTCTTATCAATAGGG?CTGTATTTGCTATTATAGCGGGCTTTGTTCACTGATTCCCCTTATTTACCGGATATACTCTTCATGAGACTTGAACTAAAATTCACTTTGGAGTAA----------- Physalaemus_enesefae CATCCTGAAGTTTACATCCTTATTCTACCAGGCTTCGGCATTATCTCTCACATTGTCACTTATTATTCAAGTAAAAAGGAACCGTTTGGCTACATGGGAATAGTTTGAGCCATAATATCAATTGGCTTATTAGGTTTTATCGTTTGAGCTCATCATATATTTACAACTGACTTAAACGTAGATACCCGAGCTTATTTTACATCAGCAACAATAATTATTGCAATCCCAACCGGAGTAAAAGTATTTAGCTGATTAGCTACAATGCATGGAGGTATTATTAAATGACATGCAGCTATGTTATGGGCTTTGGGGTTTATTTTCCTTTTTACAGTTGGAGGATTAACAGGAATTGTTCTAGCCAACTCATCTCTTGATATTGTTCTTCATGATACTTATTACGTAGTAGCCCACTTCCATTATGTTTTATCTATAGGAGCTGTTTTTGCAATTATAGCAGGTTTTGTGCACTGATTCCCTCTTTTTACTGGTTATACTCTTCACGAAACTTGAACAAAAATTCACTTTGGAGCAATATTTGCTGGG Physalaemus_ephippifer CACCCTGAAGTTTATATCCTTATTCTTCCAGGTTTTGGAATTATTTCTCATATCGTAACCTATTATTCAAGTAAAAAAGAACCATTCGGATATATGGGTATAGTGTGAGCTATAATATCTATTGGTTTATTAGGATTTATTGTATGAGCGCATCATATATTCACAACTGATTTAAATGTAGATACACGTGCCTATTTTACATCAGCAACAATAATTATTGCCATTCCAACTGGGGTTAAAGTCTTTAGTTGATTAGCTACTATGCATGGAGGAATTATTAAATGACATGCCGCTATATTATGAGCTTTAGGATTTATTTTCCTCTTTACAGTTGGTGGGTTAACAGGAATTGTTCTAGCTAATTCATCTCTTGATATTGTTCTTCATGATACTTATTATGTAGTAGCACATTTCCATTATGTTTTATCTATGGGAGCTGTCTTTGCAATTATAGCAGGCTTTGTACACTGATTTCCTTTATTTACTGGGTATACACTCCACGAAACTTGAACAAAGATTCACTTTGGAGTAATATTT?CTGGT Physalaemus_petersi CATCCAGAAGTTTACATCTTAATTCTCCCTGGGTTTGGTATTATTTCCCATGTTGTCACTTATTATTCAAGCAAAAAAGAACCTTTTGGTTATATAGGTATAGTATGAGCAATAATATCAATTGGATTACTTGGTTTTATTGTATGAGCACATCATATATTTACTACAGATTTAAATGTAGATACACGAGCCTATTTTACTTCAGCAACAATAATTATTGCTATTCCAACTGGTGTTAAAGTTTTTAGCTGATTAGCTACTATACACGGGGGAATTATTAAATGACACGCCGCTATACTATGAGCCCTAGGATTCATTTTCTTGTTTACAGTGGGCGGA?TAACAGGTATTGTTCTTGCTAATTCTTCACTGGATATTGTTCTTCATGATAC?TATTATGTTGTAGCTCATTTTCACTACGTGTTATCAATAGGAGCCGTATTTGCTATTATAGCAGGATTTGTTCATTGATTTCCTTTATTTACTGGTTAT?CCCTTCATGAAAC?TGAACCAAAATCCATTTTGGAGTAATGTTTGCAGGA Physalaemus_pustulatus CACCCAGAAGTTTACATTCTCATTCTCCCGGGATTTGGTATTATTTCTCACATTGTAACATATTATTCAAGCAAAAAAGAACCTTTTGGTTACATAGGAATAGTTTGAGCAATAATATCTATTGGTTTACTTGGTTTTATCGTTTGAGCACACCATATGTTTACAACAGACCTAAATGTAGATACACGAGCTTATTTCACCTCAGCAACAATAATTATTGCTATCCCCACGGGCGTAAAAGTATTTAGTTGATTAGCTACTATGCATGGGGGAATTATTAAATGACACGCCGCAATACTATGAGCTTTGGGGTTCATCTTTTTATTTACAGTGGGGGGATTAACAGGCATTGTTCTTGCCAACTCTTCCCTAGATATTGTTCTTCATGACACTTACTATGTAGTAGCTCATTTTCACTATGTTTTATCCATGGGGGCTGTATTTACCATTATAGCAGGCTTTATCCATTGATTCCCTTTATTTACTGGATATACTCTTCATGAGACGTGAACAAAAATCCACTTCGGAGTAATATTTTTTGGA Physalaemus_pustulosus 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CACCCAGAAGTCTATATTCTTATCTTACCCGGTTTCGGCATTATTTCCCATATCGTAACTTATTATTCCAACAAAAAAGAACCTTTTGGATATATGGGCATGGTTTGAGCAATGATGTCTATTGGCCTTCTAGGCTTTATTGTTTGAGCACATCACATGTTCACAACAGACCTAAACGTGGATACACGAGCTTATTTCACCTCCGCAACAATAATTATTGCTATCCCCACTGGTGTTAAAGTATTTAGTTGATTAGCTACTATGCACGGAGGAATTATTAAATGACACGCCGCAATATTATGAGCTCTAGGATTTATTTTTCTATTTACTGTTGGAGGACTCACAGGCATTGTTCTTGCCAACTCCTCTCTAGATATTGTCCTTCATGACACCTACTATGTAGTAGCTCATTTTCACTATGTTTTATCTATGGGAGCTGTCTTTGCTATTATAGCCGGTTTTGTACACTGATTTCCTTTATTTACCGGATATACACTTCATGAAACCTGAACAAAAATCCACTTCGGAGTTATGTTC?????? ; END; BEGIN ASSUMPTIONS; WTSET * dcc = 1000: 1-543 ; WTSET dcc = 1000: 1-543 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2081] TITLE Appendix_Calls; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep463; DIMENSIONS NCHAR=12; FORMAT DATATYPE=Standard SYMBOLS= "0 1 2 3 4 5 6 7 8" MISSING=? GAP= -; CHARSTATELABELS 1 Duration, 2 FreqOnset, 3 MaxFreq, 4 TimetoMax, 5 TimetoMid, 6 FreqOffset, 7 Dominant, 8 AMDuration, 9 RiseTime, 10 MidRise, 11 FallTime, 12 MidFall, ; MATRIX Physalaemus_caicai 700442333565 Physalaemus_cf._freibergi 076000000100 Physalaemus_coloradorum 254125721221 Physalaemus_enesefae 833588554787 Physalaemus_ephippifer 4212664?2333 Physalaemus_petersi 365011100041 Physalaemus_pustulatus 142037843612 Physalaemus_pustulosus 620054210076 Physalaemus_sp._A 5103736?3454 Physalaemus_sp._C ???????????? ; END; [ The following blocks are output data for analysis step 463 ] BEGIN TREES; TITLE Tb5243; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep463; TREE Fig._1_Comb = [&R] (((Physalaemus_sp._A,Physalaemus_ephippifer),Physalaemus_enesefae),((Physalaemus_pustulosus,(Physalaemus_petersi,Physalaemus_cf._freibergi)),((Physalaemus_coloradorum,Physalaemus_pustulatus),(Physalaemus_caicai,Physalaemus_sp._C)))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr3342] END;