#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 23, 2025; 9:33 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Meerow A. 2009. Convergence or reticulation? Mosaic evolution in the canalized American Amaryllidaceae. Proceedings of the IVth International Conference on the Comparative Biology of the Monocotyledons., null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S2233] [ The following blocks are input data for analysis step 4693 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep4693; DIMENSIONS NTAX=76; TAXLABELS Acis_autumnalis Agapanthus_africanus Amaryllis_paradisicola Ammocharis_coranica Apodolirion_lanceolatum Boophone_disticha Brunsvigia_comptonii Calostemma_lutea Clinanthus_mirabilis Clinanthus_variegatus Clivia_nobilis Crinum_baumii Crinum_yemense Crossyne_guttata Cryptostephanus_vansonii Cybistetes_longifolia Cyrtanthus_elatus Cyrtanthus_herrei Eithaea_blumenavia Eustephia_darwinii Galanthus_nivalis Galanthus_plicatus Gethyllis_ciliaris Griffinia_hyacinthina Griffinia_parviflora Habranthus_immaculatus Habranthus_martinezii Habranthus_pedunculosus Haemanthus_albiflos Haemanthus_graniticus Hannonia_hesperidum Hessea_brevifolia Hieronymiella_latifolia Hippeastrum_papilio Hippeastrum_reticulatum Hymenocallis_latifolia Hymenocallis_tubiflora Ismene_vargasii Lapiedra_martinezii Leptochiton_quitoensis Leucojum_aestivum Lycoris_aurea Narcissus_viridiflorus Nerine_sarniensis Pancratium_canariense Pancratium_tenuifolium Paramongaia_weberbaueri Phycella_ignea Placea_arzae Proiphys_cunninghamii Pyrolirion_cutleri Rhodophiala_bagnoldii Rhodophiala_bifida Rhodophiala_bifida_Granat Rhodophiala_phycelloides Rhodophiala_rhodolirion Scadoxus_cinnabarinus Scadoxus_membranaceus Sprekelia_formossissima Sternbergia_lutea Strumaria_watermeyeri Traubia_modesta Ungernia_flava Vagaria_ollivieri Worsleya_rayneri Zephranthes_rosea Zephyranthes_atamasca Zephyranthes_candida Zephyranthes_challensis Zephyranthes_chlorosolen Zephyranthes_filifolia Zephyranthes_grandiflora Zephyranthes_mesochloa Zephyranthes_minima Zephyranthes_rosea Zephyranthes_seubertii ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3911] TITLE Amaryllidaceae_plastid_ndhF; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep4693; DIMENSIONS NCHAR=2054; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1780 1790 1800 1810 1820 1830 1840 1850 1860 1870 1880 1890 1900 1910 1920 1930 1940 1950 1960 1970 1980 1990 2000 2010 2020 2030 2040 2050 2060 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Acis_autumnalis 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Boophone_disticha 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Calostemma_lutea 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Crinum_baumii 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Cybistetes_longifolia 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Cyrtanthus_elatus 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Cyrtanthus_herrei 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Eithaea_blumenavia 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Eustephia_darwinii TAATAGGATTTGGACTTCTGCTTATTCCGACAGCAACAAAAAATATTCGTCGTATGTGGGCTTTTCCAAGTGTTTTGATGCTAAGTATAGCTATGGTGTTTTCGGCCAATCTGTCTATTCAGCAAATAAATGGAAATTTTATCTATCAATATCTATGGTCTTGGACTGTCAATAATGATTTTTCTTTAGAGTTCGGACACTTGATCGATCCACTTACTTCTATTATGTCAATATTAATTACTACTGTTGGAATCCTGGTTCTTATTTATAGTGACAATTATATGTCTCACGATCAAGGATATTTGAGATTTTTTGCTTATATGAGTTTTTTCAATACTTCTATGTTGGGATTAGTTACTAGTTCCAATTTGATACAAATTTATATTTTTTGGGAACTTGTAGGAA{AT}GTCTTCGTATTTATTAATAGGTTTTTGGTTCACACGTCCAATTGCGGCAAGTGCCTGTCAAAAAGCTTTTGTAACCAATCGTATAGGGGATTTCGGTTTATTATTAGGAATTTTAGGACTTTATTGGATAACTGGTAGTTTAGAATTTCGGGATTTGT-----TCGGAATAGTTAATAACTTAGTTCGTAATAATGGAGTGGATTCTTTATTTGCTACTCTGTGTGCTTCTTTTTTA-TTGTCGGTGCAGTTGCTAAATCCGCACAATTCCCTCTTCACATATGGTTACCTGAT-GCTATGGAAGGACCTACTCCCATTTCGGCTCTTATACATGCTGCTACTATGGTAGCAGCGGGAATTTTTCTTGTAGCTCGGCTTCTTCCTCTTTTCACAGTTATCCCTTACATAATGAATCTCATTTCTTTAATAGGCGTAATAACAGTACTA-TTGGAGCCACTTTGGCTCTTGCTCAAAGAGACATTAAAAGAAGTTTAGCTTATTCTACAATGTCTCAATTGGGTTATATTATGTTAGCTCTGGGTATAGGTTCTTATCGAGCCGCTTTATTCCATTTGATCACCCATGCCTATTCGAAAGCTTTATTGTTTTTGGGATCCGGATCCATTATTCATTCCATGGAACC{CT}ATT-GTTGGATATTCACCAGATAAAAGTCAAAATATGGTTCTTATGGGGGGTTTAACAAAATATGTTCCAATTACAAGAATTAGTTTTTTATTAGGTACGCTCTCCCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCTTGTTTTTGGTCCAAAGACGAAATTCTTAATGATAGTTGGTTGTATTCACCAATTTTCGCAATAATAGCTTCCTTCACAGCAGGATTAACCGCA-TTTTATATGTTTCGGATGTATTTACTTACTTTTGATGGACGTTTGCGGATTCATTTTAA-----AAATTA-CAGTAGCACTAAAAATAGTTCTTTCTATTCAATATCTTTATGGGGAAAAGAAGTACCAAAAGCAGTCAATAGAAATTTACTTTTATCAACAATGAATAATAAGGTCTC----TTTTTTTTCAAAAGATATATATCGAATTGATGATAATGTAAGAAATAGAGTACGATACTTTAGTACTTCCTTTAGAAATAAATACACTTACACCTATCCTCACGAATCGGACAATACTATGTTATTTCCCCTGCTTGTATTGGTACTATTTACTTTATTCATTGGAGCAATCGGAATTCATTTTGAC---CGAGG---AGTAATAGATTTTGATCTATTGTCGAAATGGTTAACTCCGTCCGCAGATTTTTTCCATCCAAATTCGAAGGATTCCTCGGATTGGTATGAGTTTTTTAAAAATGCAGTTTTTTCGGTAAGTATAGCTCTTTTTGGATTATTTGTAGCATCCATTTTATATGGATCTGTTTATTCATCTCTACAGAATTTGGGCTTAGTCAATTCATTTGTGAAGAAGAGCCCCAAGAGAATTCTCTTGGACCAAGTCA----------AAAA--------TGTTATATACAATTGGTCATATAATCGTGGTTACATAGATATTTTTTATACTAAGATTTTTACTGTGGGTATAAGAGGATTAGCCGAACTAATTCAGTTTTTTGATAGACATATAATTGATGGAATT Galanthus_nivalis 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Galanthus_plicatus 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Gethyllis_ciliaris 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Griffinia_hyacinthina 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Haemanthus_graniticus 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Hannonia_hesperidum 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Lapiedra_martinezii 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Leucojum_aestivum 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Lycoris_aurea 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Narcissus_viridiflorus TAATAGGATTTGGACTTCTGCTTATTCCGACAGCAACAAGAAATATTCGCCGTATGTGGGCTTTTCCAAGTGTTTTGATGCTAAGTATAGCTATGGTGTTTTCGGCCAATCTGTCTATTCAGCAAATAAATGGAAATTTGATCTATCAATATCTATGGTCTTGGACTGTCAATAATGATTTTTCTTTAGAGTTCGGACACTTGATCGATCCACTTACTTCTATTATGTCAATATTAATTACTACTGTTGGAATCATGGTTCTTATTTATAGTGACAATTATATGTCTCACGATCAAGGATATTTGAGATTTTTTGCTTATATGAGTTTTTTCAATACTTCTATGTTGGGATTAGTTACTAGTTCCAATTTGATACAAATTTATATTTTTTGGGAACTTGTAGGAATGTGTTCATATTTATTAATAGGTTTTTGGTTCGCACGTCCAATTGCGGCAAGTGCTTGTCAAAAAGCTTTTGTAACCAATCGTATAGGGGATTTTGGTTTATTATTAGGAATTTTAGGACTTTATTGGATAACTGGTAGTTTAGAATTTCGGGATTTGT-----TCGGAATAGTTAATAACTTAGTTCGTAATAATGGAATAGATTCTTTATTTGCTACTTTGTGTGCTTCTTTTTTATTTGTCGGTGCAGTTGCTAAATCCGCACAATTCCCTCTTCACATATGGTTACCTGAC-GCTATGGAAGGACCTACTCCCATTTCGGCTCTTATACATGCTGCTACTATGGTAGCAGCGGGAATTTTTCTTGTAGCTCGGCTTCTTCCTCTTTTCACAGTTATACCTTACATAATGAATCTCATTTCTTTAATAGGCGTAATAACAGTACTATTTGGAGCCACTTTGGCTCTTGCTCAAAGAGACATTAAAAGAAGTTTAGCTTATTCTACAATGTCTCAATTGGGTTATATTATGCTAGCTCTGGGTATAGGTTCTTATCGAGCCGCTTTATTCCATTTGATCACCCATGCCTATTCGAAAGCTTTATTGTTTTTGGGATCCGGATCCATTATTCATTCAATGGAACCCATT-GTTGGATATTCACCAGATAAAAGTCAAAATATGGTTCTTATGGGGGGTTTAACAAAATATGTTCCAATTACAAGAATTACTTTTTTATTAGGTACGCTCTCTCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCTTGTTTTTGGTCCAAAGACGAAATTCTTAATGATAGTTGGTTGTATTCACCAATTTTCGCAATAATAGCTTCCTTCACAGCGGGATTAACCGCA-TTTTATATGTTTCGGATGTATTTACTTACTTTTGACGGACGTTTGCGAATTCATTTTCA-----AAATTA-CAGTAGCACTAAAAATACTTCTTTCTATTCAATATCCTTATGGGGAAAAGAAGTACCAAAAGCAGTCAATAGAAATTTACTTTTATCAACAATGAATAATAAGGTCTC-----CTCTTTTCAAAAGATATATATCGAATTGATGGTAATGTAAGAAATGGAGTACGATACTTTAGTACTTACTTTAGAAATAAATACACTTACACCTATCCTCACGAATCGGACAATACTATGTTATTTCCCCTGCTTGTATTGGTACTATTTACTTTATTCATTGGAGCGATCGGAATTCATTTTGAC---CGAGG---AGTAATAGATTTTGATCTATTGTCGAAATGGTTAACTCCATCCGCGTATTTTTTTCATCCAAATTCGAAGGATTCTTCGGATTGGTGCGAGTTTTTGAAAAATGCAGTTTTTTCGGTAAGTATAGCTCTTTTTGGATTATTTGTAGCATCCATTTTATACGGATCTGTTTATTCATCTCTACAGAATTTGGGTTTAGTCAATTCATTTGTGAAGAAGAGCCCCAAGAGAATTCTCTTGGACCAAGTAA----------AAAA--------TGCTATATACAATTGGTCATATAATCGTGGTTACATAGATATTTTTTATACTAAGATTTTTACTGTGGGTGTAAGAGGATTAGCTGAACTAATTAAGTTTTTTGATAGACATATAATTGATGGAATT Nerine_sarniensis 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Pancratium_canariense 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Pancratium_tenuifolium 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Paramongaia_weberbaueri 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Ungernia_flava 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Vagaria_ollivieri 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Worsleya_rayneri 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Zephranthes_rosea 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Zephyranthes_atamasca 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Zephyranthes_candida 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Zephyranthes_challensis 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Zephyranthes_chlorosolen 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Zephyranthes_filifolia 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Zephyranthes_grandiflora 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Zephyranthes_mesochloa ------------------TGCTTATTCCGACAGCAACAAAAAATATTCGTCGTATGTGGGCTTTTCCAAGTGTTTTGATGCTAAGTATAGCTATGGTGTTTTCGGCCAATTTGTCTATTCAGCAAATAAATGGAAATTTTATCTATCAATATCTATGGTCTTGGACTGTCAATAATGATTTTTCTTTAGAGTTCGGACACTTGATCGATCCACTTACTTCTATTATGTCAATATTAATTACTACTGTTGGAATCCTTGTTCTTATTTATAGTGACAATTATATGTCTCACGATCAAGGATATTTGAGATTTTTTGCTTATATGAGTTTTTTCAATACTTCTATGTTGGGATTAGTTACTAGTTCCAATTTGATACAAATTTATATTTTTTGGGAACTTGTAGGAATGTCTTCGTATTTATTAATAGGTTTTTGGTTCACACGTCCAATTGCGGCAAGTGCCTGTCAAAAAGCTTTTGTAACCAATCGTATAGGGGATTTTGGTTTATTATTAGGAATTTTAGGACTTTATTGGATAACTGGTAGTTTAGAATTTCGGGATTTGT-----TCGGAATTGTTAATAACTTAGTTCGTAATAATGGAGTGGATTCTTTATTTGCTACTCTGTGTGCTTGTTTTTTATTTGCCGGTGCAGTTGCTAAATCCGCACAATTCCCTCTTCACATATGGTTACCTGAT-GCTATGGAAGGACCTACTCCCATTTCGGCTCTTATACATGCTGCTACTATGGTAGCAGCGGGAATTTTTCTTGTAGCTCGGCTTCTTCCTCTTTTCACAGTTATCCCTTACATAATGAATCTCATTTCTTTAATAGGCGTAATAACAGTAATATTTGGAGCCACTTTGGCTCTTGCTCAAAGAGACATTAAAAGAAGTTTAGCTTATTCTACAATGTCTCAATTGGGTTATATTATGTTAGCTCTGGGTATAGGTTCTTATCGAGCCGCTTTATTCCATTTGATCACCCATGCCTATTCGAAAGCTTTATTGTTTTTGGGATCCGGATCCATTATTCATTCAATGGAACCCATT-GTTGGATATTCACCAGATAAAAGTCAAAATATGGTTCTTATGGGGGGTTTAACAAAATATGTTCCAATTACAAGAATTACTTTTTTATTAGGTACGCTCTCTCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCTTGTTTTTGGTCCAAAGACGAAATTCTTAATGATAGTTGGTTGTATTCACCAATTTTCGCAATAATAGCTTCCTTCACAGCGGGATTAACCGCA-TTTTATATGTTTCGGATGTATTTACTTACTTTTGATGGACGTTTGCGGATTCATTTTCA-----AAATTA-CAGTAGCACTAAAAATAGTTCTTTCTATTCAATATCTTTATGGGGAAAAGAAGTACCAAAAGCAGTCAATAGAAATTTACTTTTATCAACAATGAATAATAAGGTCTC-----TTTTTTTCAAAAGATATATATCGAATTGATGATAATGTAAGAAATAGAGTACGATATTTTAGTACTTCCTTTAGAAATAAATACACTTACACCTATCCTCACGAATCGGACAATACTATGTTATTTCCCCTGCTTGTATTGGTACTATTTACTTTATTCATTGGAGCAATCGGAATTCATTTTGAC---CGAGG---AGTAATAGATTTTGATCTATTGTCGAAATGGTTAACTCCGTCCGCAGGTTTTTTCCATCCAAATTCGAAGGATTCCTCGGATTGGTATGAGTTTTTGAAAAATGCAGTTTTTTCGGTAGGTATAGCTCTTTTTGGATTATTTGTAGCATCCATTTTATATGGATCTGTTTATTCATCTCTACAGAATTTGGGCTTAGTCAATTCATTTGTGAAGAAGAGCCCCAAGAGAATTCTCTTGGACCAAGTCA----------AAAA--------TCTTATATACAATTGGTCATATAATCGTGGTTACATAGATATTTTTTATACTAAGATTTTTACTGTGGGTATAAGAGGATTATCCGAACTAATTCAGTTTTTTGATAGACATATAA----------- Zephyranthes_minima TAATAGGATTTGGACTTCTGCTTATTCCGACAGCAACAAAAAATATTCGTCGTATGTGGGCTTTTCCAAGTGTTTTGATGCTAAGTATAGCTATGGTGTTTTCGGCCAATTTGTCTATTCAGCAAATAAATGGAAATTTTATCTATCAATATCTATGGTCTTGGACTGTCAATAATGATTTTTCTTTAGAGTTCGGACACTTGATCGATCCACTTACTTCTATTATGTCAATATTAATTACTACTGTTGGAATCCTTGTTCTTATTTATAGTGACAATTATATGTCTCACGATCAAGGATATTTGAGATTTTTTGCTTATATGAGTTTTTTCAATACTTCTATGTTGGGATTAGTTACTAGTTCCAATTTGATACAAATTTATATTTTTTGGGAACTTGTAGGAATGTCTTCGTATTTATTAATAGGTTTTTGGTTCACACGTCCAATTGCGGCAAGTGCCTGTCAAAAAGCTTTTGTAACCAATCGTATAGGGGATTTTGGTTTATTATTAGGAATTTTAGGACTTTATTGGATAACTGGTAGTTTAGAATTTCGGGATTTGT-----TCGGAATTGTTAATAACTTAGTTCGTAATAATGGAGTGGATTCTTTATTTGCTACTCTGTGTGCTTGTTTTTTATTTGCCGGTGCAGTTGCTAAATCCGCACAATTCCCTCTTCACATATGGTTACCTGAT-GCTATGGAAGGACCTACTCCCATTTCGGCTCTTATACATGCTGCTACTATGGTAGCAGCGGGAATTTTTCTTGTAGCTCGGCTTCTTCCTCTTTTCACAGTTATCCCTTACATAATGAATCTCATTTCTTTAATAGGCGTAATAACAGTAATATTTGGAGCCACTTTGGCTCTTGCTCAAAGAGACATTAAAAGAAGTTTAGCTTATTCTACAATGTCTCAATTGGGTTATATTATGTTAGCTCTGGGTATAGGTTCTTATCGAGCCGCTTTATTCCATTTGATCACCCATGCCTATTCGAAAGCTTTATTGTTTTTGGGATCCGGATCCATTATTCATTCAATGGAACCCATT-GTTGGATATTCACCAGATAAAAGTCAAAATATGGTTCTTATGGGGGGTTTAACAAAATATGTTCCAATTACAAGAATTACTTTTTTATTAGGTACGCTCTCTCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCTTGTTTTTGGTCCAAAGACGAAATTCTTAATGATAGTTGGTTGTATTCACCAATTTTCGCAATAATAGCTTCCTTCACAGCGGGATTAACCGCA-TTTTATATGTTTCGGATGTATTTACTTACTTTTGATGGACGTTTGCGGATTCATTTTCA-----AAATTA-CAGTAGCACTAAAAATAGTTCTTTCTATTCAATATCTTTATGGGGAAAAGAAGTACCAAAAGCAGTCAATAGAAATTTACTTTTATCAACAATGAATAATAAGGTCTC-----TTTTTTTCAAAAGATATATATCGAATTGATGATAATGTAAGAAATAGAGTACGATATTTTAGTACTTCCTTTAGAAATAAATACACTTACACCTATCCTCACGAATCGGACAATACTATGTTATTTCCCCTGCTTGTATTGGTACTATTTACTTTATTCATTGGAGCAATCGGAATTCATTTTGAC---CGAGG---AGTAATAGATTTTGATCTATTGTCGAAATGGTTAACTCCGTCCACAGGTTTTTTCCATCCAAATTCGAAGGATTCCTCGGATTGGTATGAGTTTTTGAAAAATGCAGTTTTTTCGGTAGGTATAGCTCTTTTTGGATTATTTGTAGCATCCATTTTATATGGATCTGTTTATTCATCTCTACAGAATTTGGGCTTAGTCAATTCATTTGTGAAGAAGAGCCCCAAGAGAATTCTCTTGGACCAAGTCA----------AAAA--------TCTTATATACAATTGGTCATATAATCGTGGTTACATAGATATTTTTTATACTAAGATTTTTACTGTGGGTATAAGAGGATTATCCGAACTAATTCAGTTTTTTGATAGACATATAATTGATGGAA-- Zephyranthes_rosea TAATAGGA-TTGGACTTCTGCTTATTCCGACAGCAACAAAAAATATTCGTCGTATGTGGGCTTTTCCAAGTGTTTTGATGCTAAGTATAGCTATGGTGTTTTCGGCCAATTTGTCTATTCAGCAAATAAATGGAAATTTTATCTATCAATATCTATGGTCTTGGACTGTCAATAATGATTTTTCTTTAGAGTTCGGACACTTGATCGATCCACTTACTTCTATTATGTCAATATTAATTACTACTGTTGGAGTCCTTGTTCTTATTTATAGTGACAATTATATGTCTCACGATCAAGGATATTTGAGATTTTTTGCTTATATGAGTTTTTTCAATACTTCTATGTTGGGATTAGTTACTAGTTCCAATTTGATACAAATTTATATTTTTTGGGAACTTGTAGGAATGTCTTCGTATTTATTAATAGGTTTTTGGTTCACACGTCCAATTGCGGCAAGTGCCTGTCAAAAAGCTTTTGTAACCAATCGTATAGGGGATTTTGGTTTATTATTAGGAATTTTAGGACTTTATTGGATAACTGGTAGTTTAGAATTTCGGGATTTGT-----TCGGAATTGTTAATAACTTAGTTCGTAATAATGGAGTGGATTCTTTATTTGCTACTCTGTGTGCTTGTTTTTTATTTGCCGGTGCAGTTGCTAAATCCGCACAATTCCCTCTTCACATATGGTTACCTGAT-GCTATGGAAGGACCTACTCCCATTTCGGCTCTTATACATGCTGCTACTATGGTAGCAGCGGGAATTTTTCTTGTAGCTCGGCTTCTTCCTCTTTTCACAGTTATCCCTTACATAATGAATCTCATTTCTTTAATAGGCGTAATAACAGTAATATTTGGAGCCACTTTGGCTCTTGCTCAAAGAGACATTAAAAGAAGTTTAGCTTATTCTACAATGTCTCAATTGGGTTATATTATGTTAGCTCTGGGTATAGGTTCTTATCGAGCCGCTTTATTCCATTTGATCACCCACGCCTATTCGAAAGCTTTATTGTTTTTGGGATCCGGATCCATTATTCATTCAATGGAACCCATT-GTTGGATATTCACCAGATAAAAGTCAAAATATGGTTCTTATGGGGGGTTTAACAAAATATGTTCCAATTACAAGAATTACTTTTTTATTAGGTACGCTCTCTCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCTTGTTTTTGGTCCAAAGACGAAATTCTTAATGATAGTTGGTTGTATTCACCAATTTTCGCAATAATAGCTTCCTTCACAGCGGGATTAACCGCA-TTTTATATGTTTCGGATGTATTTACTTACTTTTGATGGACGTTTGCGGATTCATTTTCA-----AAATTA-CAGTAGCACTAAAAATAGTTCTTTCTATTCAATATCTTTATGGGGAAAAGAAGTACCAAAAGCAGTCAATAGAAATTTACTTTTATCAACAATGAATAATAAGGTCTC----TTTTTTTTCAAAAGATATATATCGAATTGATGATAATGTAAGAAATAGAGTACGATATTTTAGTACTTCCTTTAGAAATAAATACACTTACACCTATCCTCACGAATCGGACAATACTATGTTATTTCCCCTGCTTGTATTGGTACTATTTACTTTATTCATTGGAGCAATCGGAATTCATTTTGAC---CGAGG---AGTAATAGATTTTGATCTATTGTCGAAATGGTTAACTCCGTCCGCAGGTTTTTTCCATCCAAATTCGAAGGATTCCTCGGATTGGTATGAGTTTTTGAAAAATGCAGTTTTTTCGGTAGGTATAGCTCTTTTTGGATTATTTGTAGCATCCATTTTATATGGATCTGTTTATTCATCTCTACAGAATTTGGGCTTAGTCAATTCATTTGTGAAGAAGAGCCCCAAGAGAATTCTCTTGGACCAAGTCA----------AAAA--------TCTTATATACAATTGGTCATATAATCGTGGTTACATAGATATTTTTTATACTAAGATTTTTACTGTGGGTATAAGAGGATTATCCGAACTAATTCAGTTTTTTGATAGACATATAATTGATGGAATT Zephyranthes_seubertii TAATAGGATTTGGACTTCTGCTTATTCCGACAGCAACAAAAAATATTCGTCGTATGTGGGCTTTTCCAAGTGTTTTGATGCTAAGTATAGCTATGGTGTTTTCGGCCAATTTGTCTATTCAGCAAATAAATGGAAATTTTATCTATCAATATCTATGGTCTTGGACTGTCAATAATGATTTTTCTTTAGAGTTCGGACACTTGATCGATCCACTTACTTCTATTATGTCAATATTAATTACTACTGTTGGAATCCTTGTTCTTATTTATAGTGACAATTATATGTCTCACGATCAAGGATATTTGAGATTTTTTGCTTATATGAGTTTTTTCAATACTTCTATGTTGGGATTAGTTACTAGTTCCAATTTGATACAAATTTATATTTTTTGGGAACTTGTAGGAATGTCTTCGTATTTATTAATAGGTTTTTGGTTCACACGTCCAATTGCGGCAAGTGCCTGTCAAAAAGCTTTTGTAACCAATCGTATAGGGGATTTTGGTTTATTATTAGGAATTTTAGGACTTTATTGGATAACTGGTAGTTTAGAATTTCGGGATTTGT-----TCGGAATTGTTAATAACTTAGTTCGTAATAATGGAGTGGATTCTTTATTTGCTACTCTGTGTGCTTGTTTTTTATTTGCCGGTGCAGTTGCTAAATCCGCACAATTCCCTCTTCACATATGGTTACCTGAT-GCTATGGAAGGACCTACTCCCATTTCGGCTCTTATACATGCTGCTACTATGGTAGCAGCAGGAATTTTTCTTGTAGCTCGGCTTCTTCCTCTTTTCACAGTTATCCCTTACATAATGAATCTCATTTCTTTAATAGGCGTAATAACAGTAATATTTGGAGCCACTTTGGCTCTTGCTCAAAGAGACATTAAAAGAAGTTTAGCTTATTCTACAATGTCTCAATTGGGTTATATTATGTTAGCTCTGGGTATAGGTTCTTATCGAGCCGCTTTATTCCATTTGATCACCCATGCCTATTCGAAAGCTTTATTGTTTTTGGGATCCGGATCCATTATTCATTCAATGGAACCCATT-GTTGGATATTCACCAGATAAAAGTCAAAATATGGTTCTTATGGGGGGTTTAACAAAATATGTTCCAATTACAAGAATTACTTTTTTATTAGGTACGCTCTCTCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCTTGTTTTTGGTCCAAAGACGAAATTCTTAATGATAGTTGGTTGTATTCACCAATTTTCGCAATAATAGCTTCCTTCACAGCGGGATTAACCGCA-TTTTATATGTTTCGGATGTATTTACTTACTTTTGATGGACGTTTGCGGATTCATTTTCA-----AAATTA-CAGTAGCACTAAAAATAGTTCTTTCTATTCAATATCTTTATGGGGAAAAGAAGTACCAAAAGCAGTCAATAGAAATTTACTTTTATCAACAATGAATAATAAGGTCTC-----TTTTTTTCAAAAGATATATATCGAATTGATGATAATGTAAGAAATAGAGTACGATATTTTAGTACTTCCTTTAGAAATAAATACACTTACACCTATCCTCACGAATCGGACAATACTATGTTATTTCCCCTGCTTGTATTGGTACTATTTACTTTATTCATTGGAGCAATCGGAATTCATTTTGAC---CGAGG---AGTAATAGATTTTGATCTATTGTCGAAATGGTTAACTCCGTCCACAGGTTTTTTCCATCCAAATTCGAAGGATTCCTCGGATTGGTATGAGTTTTTGAAAAATGCAGTTTTTTCGGTAGGTATAGCTCTTTTTGGATTATTTGTAGCATCCATTTTATATGGATCTGTTTATTCATCTCTACAGAATTTGGGCTTAGTCAATTCATTTGTGAAGAAGAGCCCCAAGAGAATTCTCTTGGACCAAGTCA----------AAAA--------TCTTATATACAATTGGTCATATAATCGTGGTTACATAGATATTTTTTATACTAAGATTTTTACTGTGGGTATAAGAGGATTATCCGAACTAATTCAGTTTTTTGATAGACATATAATTGATGGAA-- ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Amaryllidaceae_plastid_ndhF) = N: 1-2054; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Amaryllidaceae_plastid_ndhF) = N: 1-2054; END; [ The following blocks are output data for analysis step 4693 ] BEGIN TREES; TITLE Tb9465; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep4693; TREE Fig._1 = [&R] (((((((Acis_autumnalis,(Galanthus_nivalis,Galanthus_plicatus),Hannonia_hesperidum,Lapiedra_martinezii,Leucojum_aestivum,Vagaria_ollivieri),Narcissus_viridiflorus,(Pancratium_canariense,Pancratium_tenuifolium),Sternbergia_lutea),(Lycoris_aurea,Ungernia_flava)Tribe_LYCORIDEAE)Eurasian_clade,(((((Clinanthus_mirabilis,Clinanthus_variegatus),Paramongaia_weberbaueri)Tribe_CLINANTHEAE,((Hymenocallis_latifolia,Hymenocallis_tubiflora),Ismene_vargasii,Leptochiton_quitoensis)Tribe_HYMENOCALLIDEAE),((Eustephia_darwinii,Hieronymiella_latifolia),Pyrolirion_cutleri)Tribe_EUSTEPHIEAE)Andean_tetraploid_clade,(((Eithaea_blumenavia,Habranthus_immaculatus,((Habranthus_martinezii,Habranthus_pedunculosus,Sprekelia_formossissima,Zephyranthes_filifolia),Rhodophiala_bifida,Rhodophiala_bifida_Granat),Hippeastrum_papilio,Hippeastrum_reticulatum,Phycella_ignea,Rhodophiala_bagnoldii,Rhodophiala_phycelloides,Traubia_modesta,(Zephranthes_rosea,Zephyranthes_atamasca,Zephyranthes_grandiflora,Zephyranthes_rosea),Zephyranthes_candida,Zephyranthes_challensis,Zephyranthes_chlorosolen,Zephyranthes_mesochloa,Zephyranthes_minima,Zephyranthes_seubertii),(Placea_arzae,Rhodophiala_rhodolirion)),(Griffinia_hyacinthina,Griffinia_parviflora),Worsleya_rayneri)Hippeastroid_clade)),((((Apodolirion_lanceolatum,Gethyllis_ciliaris,Haemanthus_albiflos,Haemanthus_graniticus,Scadoxus_cinnabarinus,Scadoxus_membranaceus),(Clivia_nobilis,Cryptostephanus_vansonii))Tribe_HAEMANTHEAE,(Calostemma_lutea,Proiphys_cunninghamii)Tribe_CALOSTEMMATEAE),(Cyrtanthus_elatus,Cyrtanthus_herrei)Tribe_CYRTANTHEAE)),(Amaryllis_paradisicola,(((Ammocharis_coranica,Crinum_baumii),Cybistetes_longifolia),(Boophone_disticha,Brunsvigia_comptonii,Hessea_brevifolia,Nerine_sarniensis,Strumaria_watermeyeri),Crinum_yemense,Crossyne_guttata))Tribe_AMARYLLIDEAE),Agapanthus_africanus); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr5452] END;