#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 16, 2026; 0:38 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Roy L., Dowling A.P., Chauve C.M., & Buronfosse T. 2010. Diversity of Phylogenetic Information According to the Locus and the Taxonomic Level: An Example From a Parasitic Mesostigmatid Mite Genus. International Journal of Molecular Sciences, 11. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10389] [ The following blocks are input data for analysis step 5838 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep5838; DIMENSIONS NTAX=35; TAXLABELS Androlaelaps_casalis_ACA Dermanyssus_apodis_GO Dermanyssus_apodis_MAR Dermanyssus_carpathicus_5 Dermanyssus_carpathicus_JBO59 Dermanyssus_carpathicus_RQ Dermanyssus_carpathicus_RQ2 Dermanyssus_gallinae_COL Dermanyssus_gallinae_COL2 Dermanyssus_gallinae_Chab Dermanyssus_gallinae_Chab2 Dermanyssus_gallinae_LB18 Dermanyssus_gallinae_LC Dermanyssus_gallinae_LC2 Dermanyssus_gallinae_PI Dermanyssus_gallinae_PO2 Dermanyssus_gallinae_ROL1 Dermanyssus_gallinae_ROL2 Dermanyssus_gallinae_SK Dermanyssus_gallinae_SK2 Dermanyssus_gallinae_SK3 Dermanyssus_gallinae_Woodp Dermanyssus_hirsutus_ADhirs Dermanyssus_hirundinis_ADhirun Dermanyssus_hirundinis_HR Dermanyssus_hirundinis_OC Dermanyssus_longipes_ENVL083 Dermanyssus_longipes_PAS Ornithonyssus_bacoti_OB Ornithonyssus_sylviarum_FS5 Ornithonyssus_sylviarum_FS6 Ornithonyssus_sylviarum_JBO Ornithonyssus_sylviarum_OSBM Tropilaelaps_mercedesae Varroa_jacobsoni ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M5152] TITLE Taxa_for_multigene_analyses; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep5838; DIMENSIONS NCHAR=2174; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Ornithonyssus_sylviarum_JBO 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Varroa_jacobsoni AATTTATTCCATAGAGGAGTAGCAGTTGATTTAGGAATTTTAAGTTTACATTTAGCTGGAATTTCTTCTATTATAAGATCTATTAATTTTATTGCTACAATTTTAAATATACGTGTTAAGGGGATAAATCTTGAGATAATACCTTTATTTGTATGGTCAGTTTTTATTACTACTATTTTATTATTATTATCATTACCTGTTTTAGCAGGAGCTATTACAATATTATTAACAGATCGAAATTTTAATACTACTTTTTTTGATCCTAGAGGGGGAGGGGACCCTATTTTATATCAACATTTATTTTGATTTTTTGGGCATCCAGAAGTTTATATTTTAATTTTACCTGGATTCGGAATTATTTCTCATGTAATTTGTATACAAAGAGGGAAAAAGCAACCTTTTGGTAATTTAGGGATAATTTATGCTATAATAACTATTGGTATTTTAGGTTTTATTGTATGAGCTCATCATATATTTACAGTAGGGATAGATATTGATACT????????????????????????????????GAGAATGGAAAAATGATTATATACTTTATTATAAAAACATTCTAAAATTTATATTAAATATAAAAATATATTTATATTATTATTAGACAAGAAGACCCTATGAATCTTTAATTAT----------TAAAAAAA--------ATAATAATTTTAATTGGGGCGATTAAAAAATAATAAATAACTTTATTAATAAAGTTTCTTAAAAA-TTTTT-AAAAAGATACTCTAGGGATAACAGCGTTATTATTTTGGATAGTCCATATTGATAAAATAGTTTGCGACCTCGATGTTGAATTAATGTACCTAAATAAAGTAGAATTTATTT??????????-----------TCAATATGGGGGATCACTTAGTCCTTAAATCGAAGAAAAACATAGTAATTTGTGGAAATTGATGTGAGTTGTGAAGTTGTGTGAGCATTGTGTTTTTGAATGAAAATTTTAGTATGGATGCACTTGTATCTATGCTACATTTGTTTCAGTATATAT--ACATATAATACGTAGTTACTACATTACTGATTCAAAATCCATTCACTCAC---ATGAGCGAATGGTCGTTGTATGATG-TCTATGTCGTGAATGCTTGTTCACAACGAATGTTCATGGCAGAGGTG---------TTTATAGCTGTATGTTATATATTATTGACTAAGGATCGCGGTCTCACTCGT----TAGAGTTAGTCGCGCGTCGCCG--------ACACTGTTCGGTTCGACAGCATTTTTCA---GAGTTGTGCTATCGAGAAGAAGACAT---CACAAGACTTGCTTAGTAGTAATAGTAAAAATTATCTTTGATCACAAGGGTGATA--AT-A????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ; END; [ The following blocks are output data for analysis step 5838 ] BEGIN TREES; TITLE 6comb_MP_tree; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep5838; TREE Combined_Genes = [&R] ((((((Ornithonyssus_sylviarum_JBO,(Ornithonyssus_sylviarum_FS5,Ornithonyssus_sylviarum_FS6)),Ornithonyssus_sylviarum_OSBM),Ornithonyssus_bacoti_OB),Tropilaelaps_mercedesae),(Dermanyssus_hirsutus_ADhirs,(((((Dermanyssus_carpathicus_JBO59,Dermanyssus_carpathicus_5),Dermanyssus_carpathicus_RQ),Dermanyssus_carpathicus_RQ2),((Dermanyssus_hirundinis_ADhirun,(Dermanyssus_hirundinis_HR,Dermanyssus_hirundinis_OC)),(Dermanyssus_longipes_ENVL083,Dermanyssus_longipes_PAS))),(((((((((Dermanyssus_gallinae_Chab,Dermanyssus_gallinae_Chab2),Dermanyssus_gallinae_PO2),Dermanyssus_gallinae_SK2),Dermanyssus_gallinae_SK),Dermanyssus_gallinae_SK3),(Dermanyssus_gallinae_ROL2,Dermanyssus_gallinae_Woodp)),Dermanyssus_gallinae_ROL1),(((Dermanyssus_gallinae_COL,Dermanyssus_gallinae_COL2,Dermanyssus_gallinae_PI),(Dermanyssus_gallinae_LC,Dermanyssus_gallinae_LC2)),Dermanyssus_gallinae_LB18)),(Dermanyssus_apodis_GO,Dermanyssus_apodis_MAR))))),(Androlaelaps_casalis_ACA,Varroa_jacobsoni)); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr7817] END;