#NEXUS
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TreeBASE (cc) 1994-2008

Study reference:
Thines M. 2010. Recent outbreaks of downy mildew on grape ivy (Parthenocissus tricuspidata,
Vitaceae) in Germany are caused by a new species of Plasmopara. Mycological
Progress, .

TreeBASE Study URI:  http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10692]

[ The following blocks are input data for analysis step 6211 ]
BEGIN TAXA;
        TITLE  TaxaForAnalysisStep6211;
        DIMENSIONS NTAX=15;
        TAXLABELS
            Plasmopara_geranii_DQ131916
            'Plasmopara geranii-sylvatici DQ131913'
            'Plasmopara geranii-sylvatici DQ131914'
            Plasmopara_muralis_TYPE
            Plasmopara_nivea_EF553507
            Plasmopara_nivea_EF553508
            Plasmopara_obducens_DQ665666
            Plasmopara_praetermissa_DQ131921
            Plasmopara_praetermissa_DQ131922
            Plasmopara_praetermissa_DQ131923
            Plasmopara_pusilla_DQ665667
            Plasmopara_viticola_DQ665668
            Plasmopara_wilsonii_DQ131917
            Plasmopara_wilsonii_DQ131918
            Plasmopara_wilsonii_DQ131919
            ;
END;

BEGIN CHARACTERS;
[! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M6129]

	TITLE ITS2;
	LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep6211;
	DIMENSIONS NCHAR=305;
	FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -;

MATRIX
[                                                 10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220       230       240       250       260       270       280       290       300     ]
[                                                  .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .     ]
Plasmopara_geranii_DQ131916               ????????GTGCTATATTG-GCTTAGACTTG-ATAATGTGCT--TATAAGATCTCCTTCCTTTT-CGGCA-TAATGATATGATGAGC-CGTAGTCACTAATAACATTGTCTTTAAATAAGCCTTACT-GTGTGAGGTCTGTCATTTGTGGTCAGTCGGCGACCGGTTTCTTTGCTGTTGCATTAA-GGGAATATTTTTGATTTGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTAAACAATGCGCTTATTAAATTTGTTTTCTGTGATGGCTTTAAAAACTGGTGAACCGTAGCTACAAGGGACTTGTCTTTCAT
'Plasmopara geranii-sylvatici DQ131913'   ??????CGGTGATCTCGTT-ATTCTTGCTGG-AAAATGAA--------GGACATCTTCCTTTTT-CGGCT-TTATGAAATGATGAGC-TATAGTCACTAATAGCATTGTCCTTAAATCAGCTTTACT-GTGTGTGGTCTGTCATTTATGGCCAGTCGGCGATCGATTTATTTGCTGTTGCATTAA-GGGGATATTTTTGATTTGCGGTATGGTTTGCTTCGGCTAAACAATGCGCTTATTAAATTTATTTTCTGTGATGGCTAAATAAGCTGGTGAACCGTAGCTACAAGGGGCTTGTCTTTCAT
'Plasmopara geranii-sylvatici DQ131914'   ??????CGGTGATCTCGTT-ATTCTTGCTGG-AAAATGAA--------GGACATCTTCCTTTTT-CGGCT-TTATGAAATGATGAGC-TATAGTCACTAATAGCATTGTCCTTAAATCAGCTTTACT-GTGTGAGGTCTGTCATTTGTGGCCAGTCGGCGATCGATTTATTTGCTGTTGCATTAA-GGGGATATTTTTGATTTGCGGTATGGTTTGCTTCGGCTAAACAATGCGCTTATTAAATTTATTTTCTGTGATGGCTAAATAAGCTGGTGAACCGTAGCTACAAGGGGCTTGTCTTTCAT
Plasmopara_muralis_TYPE                   ????????????TTTGATA-GCTTCGGCTTG-ATAATGTGCT--TAT-AATTTTTTTCCATGTTGCAGTATTAACAACTTGATGAAC-CGTGATCATTAGTGACATAGTCTTTTATTAAGCTTAACTAGTTTGAAGTTTGTTTATTATGGCCAGTCGGCGACCAGTTTGTTTGCTGTTGCATTAA-AGTCTTTATTTCGATTTGCGGTATGGTTGGCTTTGGCTAAACAATGCGTTTATTGAA-TTAATTTCTGTGATGGCTTAATGAATTGGTGAACCGTAGCTATATGTGACTATCTTTCAAT
Plasmopara_nivea_EF553507                 ????????????TGTAATATGTGCTTTTTTA-ATAATGCGCT--TATGAAACATTTTTCCTGTTGCGGCA-TGATAAAATGATGAGC-CGTAGTCAAAAGCGACAAAGTCTTTTAACCAGCTTTGCT-GTGAGAAGTCTGTCAATTGTGGCCAGTCGGCGACCGATTT-TTTGCTATTGCATTAAAGGTAATATGTTTGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTAAACAATGCGCTTATTAATTTTATTTCCTGTAATAACTTTATTAATTGGTGAACCGTAGCTATAAATGGCTTTGTCTTCCA
Plasmopara_nivea_EF553508                 ????????????TGTAATATGTGCTTTTTTA-ATAATGCGCT--TATGAAACATTTTTCCTGTTGCGGCA-TGATAAAATGATGAGC-CGTAGTCAAAAGCGACAAAGTCTTTTAACCAGCTTTGCT-GTGAGAAGTCTGTCAATTGTGGCCAGTCGGCGACCGATTT-TTTGCTATTGCATTAAAGGTAATATGTTTGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTAAACAATGCGCTTATTAATTTTATTTCCTGTAATAACTTTATTAATTGGTGAACCGTAGCTATAAATGGCTTTGTCTTCCA
Plasmopara_obducens_DQ665666              ????????????AATATTA-GCTTCGGCTAACATAGTG-GCT-----AAACATTTTTTTCTGTTGCGGCA-TTATAACTTGATGAAC-CGTAGTCATTAGTAACATAGTCTTTTAATCAGCTTTACT-GTGTGAAGTCTGTCAATTGTGGCCAGTCGGCGACCAGTTTATTTGCTGTTGCATAAA-AGAAATTATTTTAATTTGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTAAACAATGCGCTTATTAA-TTTATTTTCTGTGATAGCTTAATAAATTGGTGTACCGTAGCTATATGAGGCTTTGTCTTTTA
Plasmopara_praetermissa_DQ131921          ????????????TATATTG-GCTCCGGCTTA-ATAATGTGCT--TATCAGATACTTTTCCTGTTGTAAGA-TAAT-ATTTGGCGAAC-CGTAGT-AATAATGACATAGTCTTTTAATCAGCGTTAAT-GTGTGGAGTCTGTCAATTATGGCCAGTCGGCGACCGGTTTGTTTGCTGTTGCATTAATGGAGATATTATTGATTTGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTAAACAATGCGCTTATTGAGTTTATTTCTGGTGATGGCTTAATAAATTGGTGAACCGTAGCTATAAGTGGCTTTGTCGATCG
Plasmopara_praetermissa_DQ131922          ????????????TATATTG-GCTCCGGCTTA-ATAATGTGCT--TATCAGATACTTTTCCTGTTGTAAGA-TAAT-ATTTGGCGAAC-CGTAGT-AGTAATGACATAGTCTTTTAATCAGGCGTTAT-GTGTGGAGTCTGTCAATTATGGCCAGTCGGCGACCGGTTTGTTTGCTGTTGCATTAATGGAGATATTATTGATTTGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTAAACAATGCGCTTATTGAGTTTATTTCTGGTGATGGCTTAATAAATTGGTGAACCGTAGCTATAAGTGGCTTTGTCGATCG
Plasmopara_praetermissa_DQ131923          ????????????TATATTG-GCTCCGGCTTA-ATAATGTGCT--TATCAGATACTTTTCCTGTTGTAAGA-TAAT-ATTTGGCGAAC-CGTAGT-AATAATGACATAGTCTTTTAATCAGCGTTAAT-GTGTGGAGTCTGTCAATTATGGCCAGTCGGCGACCGGTTTGTTTGCTGTTGCATTAATGGAGATATTATTGATTTGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTAAACAATGCGCTTATTGAGTTTATTTCTGGTGATGGCTTAATAAATTGATGAACCGTAGCTATAAGTGGCTTTGTCGATCG
Plasmopara_pusilla_DQ665667               ??????CTGTGATCTCATC-ATTCTTAT--G-AAAATGAA--------GAAAATCTTTTTTTTT-CGGCT-TTATGA--TGATGAGCTTAAAGTCACTATTAGCA-TGTCCTTAAATCAGCTTTATC-GTGTGAGGTCTGTCATTTGTGGCCAGTCGGCGATCGATTTATTTGCTGTTGCATTAA-GAGGATATTTTTGATTTGCGGTATAGTTTACTTCGGCTAAACAATGCGCTTATTAAATTTGTTCTCTGTGATGGCTAAATAAGGTGGTGAACCGTAGCTACAAGGGGCTTGTCTTTCTT
Plasmopara_viticola_DQ665668              ????????????TTTGATA-GCTTCGGCTTG-AAAATGTGCT--AAT-AAATTCTTTTCTTATTGCAGTA-TAATAACTTGATGAAC-CGTAGTCATTAGTGACAAAGTCTTTTATTAAGCTATACCAGTTTGAAGTTTGTCTATTGTGGCCAGTCGGCGACCAATTTATTTGCTGTTGCATTAA-AGATTTTTTTTTGATTTGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTAAACAATGCGTTTATTAAA-TTAATTTCTGTGATGGCTTAATGAATCGGTGAACCGTAGCTATATGTGACTATGCTTTCAA
Plasmopara_wilsonii_DQ131917              TTGAATTTGTGCTTTATTG-ACTTCGGTCTG-ATATTGTGCTTATATACGATATTTTTTCTGGT-CGGCA-TGTTGATATGATGGGC-CGTAGTCATCAATAGCTTTGTTTTATAAGCAGCATTACT-GTGTGAAGTATGTCATTTGTGGCCAGTCGGCGATCA-TTTATTTGCTGTTGCATTAA-GGAGACTTATTAAATTCGCGGTATGATTGGCTTCGGCTAAGCAATGCGCTTATTATATTTGTTTTCTGCGATGGCTTAATGAATTGGTGATCCGTAGCTATAATAGACTTGTCTTTCAT
Plasmopara_wilsonii_DQ131918              TTGAATTTGTGCTTTATTG-ACTTCGGTCTG-ATATTGTGCTTATATACGATATTTTTTCTGGT-CGGCA-TGTTGATATGATGGGC-CGTAGTCATTAATAGCTTTGTTTTATAAGCAGCATTACT-GTGTGAAGTATGTCATTTGTGGCCAGTCGGCGATCA-TTTATTTGCTGTTGCATTAA-GGAGACTTATTAAATTCGCGGTATGATTGGCTTCGGCTAAGCAATGCGCTTATTATATTTGTTTTCTGCGATGGCTTAATGAATTGGTGATCCGTAGCTGTAATAGACTTGTCTTTCAT
Plasmopara_wilsonii_DQ131919              TTGAATTTGTGCTTTATTG-ACTTCGGTCTG-ATATTGTGCTTATATACGATATTTTTTCTGGT-CGGCA-TGTTGATATGATGGGC-CGTAGTCATTAATAGCTTTGTTTTATAAGCAGCATTACT-GTGTGAAGTATGTCATTTGTGGCCAGTCGGCGATCA-TTTATTTGCTGTTGCATTAA-GGAGACTTATTAAATTCGCGGTATGATTGGCTTCGGCTAAGCAATGCGCTTATTATATTTGTTTTCTGCGATGGCTTAATGAATTGGTGATCCGTAGCTATAATAGACTTGTCTTTCAT
;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * UNTITLED (CHARACTERS = ITS2) = 
		N: 1-305;
CODONPOSSET  CodonPositions (CHARACTERS = ITS2) = 
		N: 1-305;
END;
[ The following blocks are output data for analysis step 6211 ]
BEGIN TREES;
      TITLE 'ITS2 Pl muralis Pl_viticola';
      LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep6211;
      TREE ITS2_MajRule = [&R] (((Plasmopara_wilsonii_DQ131918,Plasmopara_wilsonii_DQ131919,Plasmopara_wilsonii_DQ131917),(Plasmopara_geranii_DQ131916,(('Plasmopara geranii-sylvatici DQ131914','Plasmopara geranii-sylvatici DQ131913'),Plasmopara_pusilla_DQ665667))),(((Plasmopara_viticola_DQ665668,Plasmopara_muralis_TYPE),Plasmopara_obducens_DQ665666),(Plasmopara_nivea_EF553507,Plasmopara_nivea_EF553508),(Plasmopara_praetermissa_DQ131921,Plasmopara_praetermissa_DQ131923,Plasmopara_praetermissa_DQ131922)));
[!  TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr20660]


END;