#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 24, 2025; 2:52 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Dijoux L., Verbruggen H., Mattio L., Duong N., & Payri C.E. 2012. Diversity of Halimeda (Bryopsidales, Chlorophyta) in New Caledonia: a combined morphological and molecular study. Journal of Phycology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S12336] [ The following blocks are input data for analysis step 8539 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep8539; DIMENSIONS NTAX=31; TAXLABELS 'Halimeda borneensis (morphotype B) IRD 5309 (NC)' 'Halimeda borneensis (morphotype B) IRD 5310 (NC)' 'Halimeda borneensis AM049955 (FP)' 'Halimeda borneensis CP08 1081 (FP)' 'Halimeda borneensis CP08 1157 (FP)' 'Halimeda borneensis CP08 886 (FP)' 'Halimeda borneensis CP08 908 (FP)' 'Halimeda cylindracea (morphotype A) IRD 5325 (NC)' 'Halimeda cylindracea (morphotype A) IRD 5326 (NC)' 'Halimeda cylindracea AM049956 (Ye)' 'Halimeda heteromorpha (morphotype O) IRD 5330 (NC)' 'Halimeda heteromorpha (morphotype O) IRD 5346 (FP)' 'Halimeda heteromorpha AM049957 (FP)' 'Halimeda heteromorpha CP08 518 (FP)' 'Halimeda heteromorpha FJ624535 (Phi)' 'Halimeda incrassata AM049958 (Bah)' 'Halimeda incrassata FJ624534 (Car)' 'Halimeda kanaloana (morphotype P) IRD 5323 (NC) ' 'Halimeda kanaloana (morphotype P) IRD 5324 (NC)' 'Halimeda kanaloana AM049959 (H)' 'Halimeda macroloba (morphotype C) IRD 5304 (NC)' 'Halimeda macroloba (morphotype C) IRD 5308 (NC)' 'Halimeda macroloba (morphotype C) IRD 5321 (NC)' 'Halimeda macroloba (morphotype C) IRD 5322 (NC)' 'Halimeda macroloba AM049960 (Tanz)' 'Halimeda melanesica (morphotype T) IRD 5810 (NC)' 'Halimeda melanesica AM049961 (Phi)' 'Halimeda micronesica AM049964 (Wa)' 'Halimeda monile AM049962 (Pan)' 'Halimeda simulans AM049963 (Jam)' 'Halimeda sp. IRD 5311 morphotype A (NC)' ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M11442] TITLE Halimeda_L1_tufA_matrix; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep8539; DIMENSIONS NCHAR=821; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] 'Halimeda borneensis (morphotype B) IRD 5309 (NC)' GGAGCAGCGCAAATGGATGGAGCCATTTTAGTGGTCTCAGGTGCTGATGGGCCTATGCCACAAACAAAAGAACATATTTTATTAGCACAACAAGTTGGAGTGCCTGCTATTGTTGTTTTTCTTAATAAAATTGATCAGGTAGATGATGCAGATTTACTTGAACTTGTTGAGCTTGAAATTCGAGAAACTTTAGATAGATATGATTTTCCAGGAGATGATATTCCTATCATAAGTGGATCAGCTTTAGCTGCTGTCGAAGCTTTAACTACAAATCCGATGATCCAAAGAGGAGAAAACGAATGGGTAGATAAAATCTATAAATTGATGGATGTTATTGATGAAGAAATTCCTCTTCCGCCTCGAAGTACAGATAAAGATTTTCTTATGGCCGTTGAAAATGTTGTTTCTATTACAGGTCGGGGAACAGTTGCTACAGGTCGAGTTGAAAGGGGTCAAATAAAAGTTGGACAAAATATTGAAATTGTAGGTCTTAAAGAAACAAAAGAAACAACTGTTATTGGACTTGAAATGTTTCAAAAAACATTGGAAGAAAGTGTTGCTGGTGATAATGTTGGTGTTTTATTACGTGGTGTTCAAAAAAATGAAATTCAACGTGGTATGGTTTTAGCAAAACCAGGGTCTATTACACCTCATACACGTTTCAAAGCTCAAGTATATATTTTGAAAAAAGATGAAGGTGGGCGTCATACTTCTTTTGTAGCAGGTTATCGACCGCAATTTTATGTACGAACTACAGATGTTACTGGAAAAATTGACTCTTTTCAAGGAGACGACGATAGTGAAATCCGTATGGTTATGCC 'Halimeda borneensis (morphotype B) IRD 5310 (NC)' ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTTTATTAGCACAACAAGTTGGAGTGCCTGCTATTGTTGTTTTTCTTAATAAAATTGATCAGGTAGATGATGCAGATTTACTTGAACTTGTTGAGCTTGAAATTCGAGAAACTTTAGATAGATATGATTTTCCAGGAGATGATATTCCTATCATAAGTGGATCAGCTTTAGCTGCTGTCGAAGCTTTAACTACAAATCCGATGATCCAAAGAGGAGAAAACGAATGGGTAGATAAAATCTATAAATTGATGGATGTTATTGATGAAGAAATTCCTCTTCCGCCTCGAAGTACAGATAAAGATTTTCTTATGGCCGTTGAAAATGTTGTTTCTATTACAGGTCGGGGAACAGTTGCTACAGGTCGAGTTGAAAGGGGTCAAATAAAAGTTGGACAAAATATTGAAATTGTAGGTCTTAAAGAAACAAAAGAAACAACTGTTATTGGACTTGAAATGTTTCAAAAAACATTGGAAGAAAGTGTTGCTGGTGATAATGTTGGTGTTTTATTACGTGGTGTTCAAAAAAATGAAATTCAACGTGGTATGGTTTTAGCAAAACCAGGGTCTATTACACCTCATACACGTTTCAAAGCTCAAGTATATATTTTGAAAAAAGATGAAGGTGGGCGTCATACTTCTTTTGTAGCAGGTTATCGACCGCAATTTTATGTACGAACTACAGATGTTACTGGAAAAATTGACTCTTTTCAAGGAGACGA??????????????????????????? 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TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr50748] END;