#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 25, 2025; 8:02 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Morales-hojas R., Reis M., Vieira C.P., & Vieira J. 2011. Resolving the phylogenetic relationships and evolutionary history of the Drosophila virilis group using multilocus data. Molecular phylogenetics and Evolution, 60: 249-258. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S12555] [ The following blocks are input data for analysis step 8904 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep8904; DIMENSIONS NTAX=14; TAXLABELS Drosophila_americana_americana Drosophila_americana_texana Drosophila_borealis_E Drosophila_borealis_W Drosophila_ezoana Drosophila_flavomontana Drosophila_kanekoi Drosophila_lacicola Drosophila_littoralis Drosophila_lummei Drosophila_mojavensis Drosophila_montana Drosophila_novamexicana Drosophila_virilis ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M12137] TITLE Drosophila_virilis_16s_adhcds_adhintron_fu_gpdh_nonAcds_nonAintron_CG9631_CG7219cds_CG7219_intron_alignment; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep8904; DIMENSIONS NCHAR=9076; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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ATTATGCTACCTTTGCACAGTTAAAATACTGCGGCCATTTAAAAATTTTCAGTGGGCAGGTTAGACTTTAAATTTAATTCAAAAAGACATGTTTTTGTTAAACAGGCGAACATTATTTTTGCCGAATTCTTTACCTAAACTTATCATTTAAATTTATTT-TACAATAAAATATACTAATTCTATCATTATTTCTTAATTTTAAAAATTAAAATTAATATCCCAATAAAAATTTAAAATATA-AATAAATAATTTAATTT-ATAAAATAAATTATAACACAATTTTTAATAATTGCTAATTCTAAGCATATATATTTTAAATTTATTTATTATTTTTAAAAATTTATTTTATAGCTTATCCCATAAAATATTAAAATTAT-AAATTATTTATTTAAAAAA-TTTTTTAAATAAATTTATAATTTCTAAATTAAATTTATTTCTTGAAAAACTAGATACCTTTAAAAACGAATAACATTTCATTTCTAATATAATATTCAAAATAATTTTATTACATTAACTTTTATATTATATTAACTCTTTTAAAATCGAGAAAAATATATTTAAATATTTTTTATTTAATAAACGCTGATACACAAGGTACAATAAATTAAATTTTCTTTTATAATAAAAATTTTTCAAAATATTTCAATTTTCTTTTACAATACTATTAAACTATTATTAAAATTATTTTTTCTTTAAACAATACTAAAA-CTTTTTCCTATATAATTATTTTTAATATTTTAAAATAAAA--TAAATAAAATTAATAAATAAAATCTAATCAATTTATATTGATTTGCACAAAAATCTTTTCAATGTAAATGAAATGCTTTCCTAAATAAGCTTTAAATTGTCATTCTAGATACACTTTCCAGTACATCTACTATGTTACGACTTATCTTACCTTAATAATAAGAGCGACGGGCGATGTGTACATATTTTAGAGCTAAAATCAAATTATTAATCTTTATAATTTTACTACCAAATCCACCTTCAAAAATTTTTTCATAGTTTTATCTGTTTAAATAAATTTATTGTAACCCATTATTACTTAAATATAAGCTACACCTTGATCTGATATACATTTTAATAAAAATTATTGAATATTATTATTCTTATAAAATATTCTGATAACGACGG-TATATAAACTGATTACAAACTTAAGTAAGGTCCATCGTGGATTATCGATTACAAAACAGGTTCCTCTGGATAGACTAAAATACCGCCAAATTTTTTAAGTTTCAAGAACTTATCTATTACTACTTAAGTATTAATACTTACATTTTAAATAATAGGGTATCTAATCCATGGCGATCGCTAACAAGAACATTATCTTTGTCGCTGGACTGGGTGGCATTGGACTGGACACCAGTCGGGAGATAGTCAAGAGTGGACCAAAGAACCTGGTGATCCTTGACCGTATTGAGAACCCGACAGCTATTGCCGAGCTGAAGGCACTCAACCCAAAGGTGACAGTTACATTCTATCCCTATGATGTAACTGTGCCGGTGGCAGAAACCACAAAGCTACTGAAGACGATCTTTGCCAAGCTGAAGACTGTGGATCTGCTTATCAATGGCGCTGGCATTTTGGACGATCACCAGATTGAGCGTACTATTGCGGTGAACTTTACGGGCACGGTGAATACCACAACTGCCATTATGGAATTCTGGGATAAGCGCAAGGGTGGCCCAGGCGGAGTTATTGCAAACATTTGCTCGGTGACTGGCTTTAATGCCATCTACCAGGTGCCTGTTTACTCCGCCTCAAAGGCAGCTGCTCTCAGCTTCACCAACTCACTGGCGAGACTGGCGCCTATTACTGGTGTAACGGCCTATTCCATCAATCCGGGCATTACTAGGACACCCCTGGTGCACAAATTCAATTCGTGGCTGGATGTCGAGCCACGCGTGGGCGAGCTACTTCTTGAGCATCCCACTCAAACGACTCTGGAGTGCGCCCAGAACTTTGTTAAGGCCATTGAGGCCAACCAAAATGGAGCCATCTGGCAACTGGATTTGGGTCGCCTGATCTCCGTTGAATGGACCAAGCACTGGGACTCGCATATCTAAACGTGTGTAT--CAGATTTCTGCAAGATGGAATA------GTATATT--CATAAAAACTGTATTTGCCTAGGTAAGTAATAACAGCCATATAACAAACCGAATGTAAAATACCAAATC--TATTTAATCTGAATAGATGGACCGCTACGCGGTTAGCTCTCTGGTTGGCCAAGGCTCATTTGGCTGTGTCTACAAAGCCCAGCGGCGCGATGATGACAAAGTGGTGGCCATCAAAGTCATATCAAAGCGCGGTCGTTCCAATCGCGAGCTTAAGAATCTGCGTCGCGAATGTGACATTCAGGCGCGTCTCAAGCATCCGCATGTTATAGAAATGGTGGAGTCGTTCGAATCCAAATTCGATTTGTTCGTGGTCACCGAGTTCGCTCTAATGGATTTGCATCGATATTTGTCCTTCAATGGCGCCATGCGCGAGGAGCACGCACAGCGCGTTGTCTGTCATTTGGTGTCGGCGCTCTATTATCTGCACTCGAATCGCATACTGCATCGGGATCTAAAGCCGCAGAATGTGCTGCTGGACAAAAACATGCACGCCAAGCTCTGCGACTTTGGGCTCGCACGCAACATGACGATGGGCACACATGTGTTGACTTCCATAAAGGGCACACCGCTCTATATGGCGCCGGAGCTGCTGGCTGAGCAGCCGTACGATCACCAGGCAGATATGTGGTCGCTGGGATGCATTGCCTATGAGAGTATGGCGGCACAGCCGCCGTTCTGCGCAACCTCCATACTGCATCTGGTGAAGCTGATCAAGCACGAGGACGTCAAATGGCCCAGCACGCTGAGCAGCGAGTGCCGTTCCTTTTTGCAGGGCTTGCTCGAGAAGGATCCTAGCATGCGCATCTCATGGACGCAGCTGCTTTGCCATCCTTTTGTCGAGGGCAAGCTATATATAGCCGAGGTACAGGCAGCACAAAGTTCGCCCTTTATAAATCCCCAGCTGGCCAAGGACACCAAAAAATCTCAGCAATCGAGACATGTGGGCGCAGATTTGGGCGATGTTTTGGCAGCGTTAAAGTTGAGCGATGTGGCCAATGAAAACCTGAGCACATCGCGAGATAGCATCAATGCCATTGCGCCGAGTGACATTGAGCAGCTGGAAACCGATGTTGAGGATAATGTACACCGGCTTATAGTGCCATTTGCGGATATTTCCTACAGAGAGTTGCCAAGCGGCACTGCAGCAGCTGCTGCT------GCAGCTGGTGCCATGCCACTGATTAATTCGCAAACCTGCTTTGTTAGTGGCAACTCCAATATGATACTCAATCATCTGAACGACAATTTTGCAATCGAAGCGCCTGCTTCGAGCGCAACCAAGTCCATGAAGTCGAAGCTGAAGCTGGCTCTCAATATAAAACAGTCGCGTAGCAAGGATTTGGAGAAGCGCAAGCTTAGTCAAAATTTGGATAACTTTTCGCTGCGCCTGGGACAGAGCATTGACATAGAAGTGCAGCGCAAAACAACTGAGATGCTCACGCAGCAGTCGCAGGCACAACAGCTGCAGGATAGGAAGACACAGCAGCTGAAGCAATCGACGCATTCCACCAACGATGAGAAATTGAGCAGCGACAACTCGCCGCCTTGTCTGTTGCCCGGTTGGGACAGCTGCGATGAATCTCAGAGCCCGCCCATTGAGAATGACGAGTGGCTGGCGTTTTTGCATCGCTCCATACAGGAGCTGCTGGACGGCGAATTTGATTCGCTGAAGCAGCACAATCTAGTCAGCATAATTGTGGCGCCACTGCGAAACTCCAAGGCCATACCCAAGGTGCTGCAGAGCGTTGCGCAGCTGCTGTCGCTGCCCTTTGTGCTCGCCGAACAGCATTTGGTAGCGGAGGCCATAAAAGGAGTTTATATTGATGTCAAACTGGTGCCCAACTTAATGTACGCCTGCAAGCTGCTTCTCTCGCAGCGCCACCTAACCGACTCGGCTGCTTCACTGCCAGCCGGCACGGGCGTCTCCCTGAGTCGAACGCTGCGCAGCGTCTCGGACCTGAGTACCGAGGAGATGAGCACCGCCTGCAGCCTGTACGAGCTGGTCTGCCATCTGGTCCATCAGCAGCAGCAGTTCCTCAGCCAGTTCTGTGACGCTGTGGCAATACTCGCCGTCAACGACATGTTCATCAATTTTCTTACACATGATTTTAAGGACAGCAGCGCGGTGCGACTCGCTAGTTGCATGCTGGCATTGTTCTGTTGCGTTTTGCGTGAAATGGCGGAAAAGGTAAATGTTTGCATCGTGGGCTCTGGCAACTGGGGTTCGGCCATAGCGAAAATCGTGGGCGCCAATGCGGCCGCGCTGCCCGAGTTTGAGGAGCGCGTCACAATGTTTGTCTACGAGGAGATGATTGATGGCAAGAAGTTAACGGAAATTATCAATGAAACGCACGAGAATGTTAAATACCTGAAGGGACACAAACTGCCAACAAATGTGGTTGCCGTACCTGATCTGGTTGAGGCTGCCAAGAATGCCGATATACTGATCTTTGTGGTGCCACATCAGTTCATACCAAATTTCTGCAAACAATTGCTGGGCAAGATCAAGCCAAATGCCATTGCCATATCCCTGATCAAGGGCTTCGATAAGGCCGAGGGCGGCGGCATTGATCTGATATCGCACATTATTACCCGCCATTTGAAGATACCATGCGCCGTGCTGATGGGCGCTAATCTGGCCAACGAGGTGGCCGAGGGCAACTTTTGCGAGACGACAATCGGCTGCACGGACAAAAAGTACGGCAAGGTGCTGCGTGATCTCTTCCAGGCCAATCATTTTCGTGTCGTGGTCGTTGAGGATGCCGAAGCCGTTGAGGTTTGCGGTGCCCTGAAGAACATTGTTGCCTGTGGTGCGGGCTTTGTCGATGGTCTCAAGCTGGGCGATAATACTAAGGCAGCGGTC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Drosophila_kanekoi 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Drosophila_lacicola 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Drosophila_lummei 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Drosophila_mojavensis 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Drosophila_novamexicana 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Drosophila_virilis 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